genome.fa.s4117.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004117.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009009_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2456583

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
628030--628063	17	1.9	18	88	5	52	73	2	2	20	1.09
632165--632316	10	15.4	10	72	20	67	3	16	0	79	0.90
632186--632315	14	9.8	13	73	20	92	3	14	0	81	0.85
632185--632316	8	16.0	8	75	15	110	3	15	0	81	0.86
632169--632315	18	8.5	17	76	15	99	3	15	0	80	0.89
632246--632307	1	62.0	1	77	0	61	0	11	0	88	0.51
632169--632298	38	3.3	38	77	16	131	3	15	0	80	0.91
633131--633190	25	2.4	25	80	5	68	30	11	13	45	1.79
633686--633710	6	4.2	6	100	0	50	16	48	0	36	1.46
644482--644531	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
648936--648969	16	2.2	15	89	5	50	55	8	0	35	1.31
652421--652458	20	1.9	20	88	0	58	5	13	18	63	1.48
652934--652985	17	3.2	17	75	10	54	50	13	3	32	1.60
655794--655823	7	4.3	7	95	0	51	23	0	30	46	1.52
659371--659472	53	1.9	54	88	6	154	48	18	14	18	1.82
660416--660484	2	36.0	2	87	8	99	49	0	1	49	1.09
662826--662855	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
663919--663958	14	2.9	14	84	0	53	47	25	5	22	1.71
664012--664069	29	2.1	28	81	15	68	44	13	17	24	1.85
664186--664219	17	2.0	17	88	0	50	38	8	11	41	1.73
669470--669500	13	2.3	14	94	5	55	41	19	0	38	1.51
672059--672100	21	2.0	20	90	4	66	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
674439--674467	14	2.1	14	100	0	58	13	20	13	51	1.75
675947--675993	22	2.1	22	88	0	67	27	23	6	42	1.78
676560--676589	11	2.7	11	100	0	60	26	0	0	73	0.84
676742--676773	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
677772--677840	30	2.2	30	82	15	86	34	5	18	40	1.75
677781--677840	29	2.0	31	90	6	97	33	6	18	41	1.76
677916--677970	19	2.9	19	88	0	83	38	10	12	38	1.79
678075--678116	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
678399--678468	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
680645--680704	29	2.0	31	90	6	97	35	6	16	41	1.75
680780--680834	19	2.9	19	88	0	83	38	10	12	38	1.79
681195--681262	18	3.7	18	71	23	61	50	27	14	7	1.70
681435--681474	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
681689--681758	34	2.1	32	86	5	95	32	15	27	24	1.95
682573--682831	21	12.3	21	80	12	282	35	20	20	23	1.96
682573--682831	42	6.2	42	88	6	318	35	20	20	23	1.96
682600--682863	42	6.3	41	88	4	236	35	21	20	21	1.96
682622--682888	21	12.8	21	79	7	143	35	22	20	21	1.96
685650--685695	16	3.1	15	82	17	60	52	0	0	47	1.00
691016--691096	30	2.4	35	75	20	84	38	6	4	50	1.49
694477--694519	21	2.0	21	100	0	86	32	18	20	27	1.96
698327--698408	42	2.0	42	85	4	112	26	23	10	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
698327--698430	42	2.5	41	80	9	102	25	24	11	38	1.89
701707--701744	20	2.0	20	85	10	53	60	2	0	36	1.11
711240--711423	59	3.1	58	80	3	197	33	24	5	35	1.80
712519--712580	31	2.2	28	81	16	74	33	27	20	17	1.96
714162--714286	43	2.9	43	96	0	232	44	13	0	40	1.49
716307--716511	113	1.8	113	81	2	259	39	16	10	34	1.82
716307--716535	113	2.0	113	79	1	244	37	16	10	35	1.83
718270--718607	90	3.8	90	88	3	468	42	15	11	31	1.82
721023--721470	222	2.0	222	98	0	860	40	13	12	33	1.83
728011--728056	23	2.0	23	100	0	92	43	4	30	21	1.72
735117--735176	31	1.9	31	100	0	120	23	26	21	28	1.99
740740--740874	60	2.3	58	78	8	137	34	17	14	34	1.89
743904--743968	34	1.9	34	87	6	96	46	4	1	47	1.32
745383--745429	2	24.0	2	95	4	87	51	0	0	48	1.00
745674--745716	23	2.0	21	86	9	59	53	16	6	23	1.67
746218--746361	76	1.9	76	82	5	184	38	18	15	28	1.91
747228--747253	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
748635--748686	27	1.9	27	84	0	68	13	5	17	63	1.48
748860--748924	23	2.8	24	83	9	89	13	9	15	61	1.56
748905--748991	32	2.7	32	96	1	156	18	12	10	58	1.62
749000--749026	13	2.1	13	100	0	54	7	7	22	62	1.46
750820--750847	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751139--751172	18	1.9	18	88	5	52	14	26	32	26	1.95
751372--751495	39	3.2	40	78	11	107	31	24	22	21	1.98
754545--754603	31	1.9	31	96	0	109	35	13	16	33	1.88
754544--754616	31	2.4	31	85	0	101	41	12	15	31	1.84
754973--755049	31	2.5	31	89	0	127	40	12	15	31	1.85
756038--756071	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
761015--761039	13	1.9	13	100	0	50	20	8	0	72	1.10
761644--761682	21	1.9	20	89	5	60	69	0	10	20	1.17
763136--763198	33	1.9	33	96	0	117	42	12	17	26	1.85
763999--764031	16	2.1	16	88	5	50	30	24	3	42	1.70
769209--769315	54	2.0	53	96	1	196	32	24	14	28	1.95
769503--769548	20	2.3	20	85	7	58	10	2	13	73	1.17
772244--772816	92	6.3	92	86	3	755	31	17	15	34	1.92
780954--781155	100	2.0	102	84	5	268	35	9	18	36	1.84
800175--800231	27	2.1	27	90	0	87	36	7	7	49	1.57
800526--800562	15	2.5	15	80	20	51	35	0	2	62	1.10
807535--807878	180	1.9	180	80	4	399	25	24	17	31	1.97
811930--811974	22	2.0	22	100	0	90	8	31	17	42	1.80
827788--827958	59	2.9	60	90	1	272	45	9	18	26	1.81
832027--832075	21	2.3	20	83	13	55	53	2	2	42	1.24
835172--835205	15	2.2	15	89	5	50	79	0	0	20	0.73
841097--841135	18	2.4	16	87	12	53	28	28	5	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844192--844407	97	2.2	100	85	5	287	46	14	20	18	1.84
845625--845704	37	2.1	38	95	2	144	42	8	2	46	1.48
861458--862518	216	4.9	216	99	0	2106	31	26	14	27	1.95
863146--863232	31	2.9	31	85	6	110	45	14	3	35	1.62
865890--865960	16	4.4	16	89	0	97	21	25	12	40	1.88
866230--866276	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
866229--866278	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
866505--866599	49	2.0	49	87	6	140	35	6	7	50	1.56
867402--867438	13	2.8	13	83	0	56	18	45	21	13	1.84
868763--868798	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
869908--869983	24	3.2	24	84	3	91	22	15	19	42	1.89
869917--869990	24	3.1	24	86	3	96	20	16	17	45	1.85
870196--870234	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
870832--870871	21	1.9	21	90	10	64	52	0	0	47	1.00
871181--871232	7	7.4	7	82	8	52	21	0	25	53	1.45
871181--871232	21	2.5	21	77	0	59	21	0	25	53	1.45
871231--871324	48	1.9	49	89	2	145	34	4	8	53	1.51
871306--871359	16	3.3	16	85	12	74	37	0	5	57	1.22
871231--871359	49	2.7	49	79	12	124	35	3	7	53	1.45
871313--871367	15	3.4	15	83	16	74	40	1	5	52	1.35
872176--872230	14	3.9	14	82	0	65	27	0	21	50	1.49
872175--872236	14	4.4	14	74	8	54	27	0	22	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872327--872375	21	2.3	21	92	3	80	42	2	6	48	1.39
872318--872353	15	2.4	15	95	0	63	41	0	8	50	1.33
872523--872662	2	73.0	2	68	20	68	46	4	2	47	1.34
872669--874647	4	495.8	4	95	1	2468	46	28	3	21	1.69
873048--873155	42	2.6	42	98	0	207	37	38	13	9	1.77
873048--873195	42	3.4	42	91	3	206	37	35	14	12	1.84
874873--874932	29	2.1	29	87	0	84	31	28	0	40	1.57
875047--875087	14	2.9	15	85	10	59	36	4	9	48	1.58
876514--876594	31	2.6	30	84	11	110	33	2	14	49	1.57
877535--877603	34	2.0	34	97	0	129	31	23	5	39	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9