genome.fa.s4118.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004118.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  338822

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 171 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138--229	48	1.9	49	86	8	136	36	21	16	25	1.94
238--434	52	3.8	52	95	0	351	39	23	14	22	1.91
238--434	103	1.9	104	96	1	369	39	23	14	22	1.91
1379--1442	1	64.0	1	82	0	74	1	7	0	90	0.51
1371--1447	8	9.1	9	76	18	51	1	11	0	87	0.62
1371--1447	9	8.1	9	85	9	82	1	11	0	87	0.62
11960--11996	15	2.7	15	88	12	53	62	8	5	24	1.44
13377--13403	13	2.1	13	100	0	54	7	59	33	0	1.25
14097--14290	3	63.7	3	87	5	282	62	1	1	35	1.12
19705--19742	20	1.9	20	88	0	58	50	5	5	39	1.48
23013--23219	74	2.8	74	84	5	256	23	31	23	21	1.98
25479--25829	38	9.8	38	77	12	263	43	4	6	44	1.51
25479--25829	75	4.9	76	74	15	268	43	4	6	44	1.51
25568--25829	37	7.5	33	75	16	128	41	5	7	45	1.55
25841--25886	18	2.5	19	79	10	60	15	6	4	73	1.19
32214--32844	84	7.6	81	78	5	615	30	23	20	24	1.98
32218--32909	164	4.2	164	87	3	929	30	23	20	24	1.98
32218--32909	332	2.1	329	87	2	967	30	23	20	24	1.98
33567--33797	38	6.6	38	78	11	146	41	5	7	45	1.56
33595--33721	37	3.5	36	83	6	123	41	4	7	46	1.52
33642--33797	33	4.6	33	72	20	103	42	5	7	44	1.55
33809--33854	18	2.5	19	79	10	60	15	6	4	73	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39266--39305	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
41875--42087	75	2.8	74	82	4	232	25	31	22	20	1.98
44508--44541	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
44584--44620	15	2.4	16	86	13	51	32	2	5	59	1.34
45088--45345	128	2.0	126	91	1	417	36	12	14	36	1.84
45729--45804	35	2.2	35	90	4	118	34	1	25	39	1.64
46321--46347	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
47876--47953	30	2.6	30	79	4	95	35	7	21	34	1.82
58155--58190	18	2.0	18	88	0	54	19	2	44	33	1.65
60263--60288	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
72307--73073	201	3.8	201	85	2	995	25	16	19	38	1.92
73961--73989	12	2.4	12	100	0	58	6	6	27	58	1.50
79147--79207	4	14.5	4	73	10	50	44	19	3	32	1.67
82650--82704	27	2.0	28	85	7	76	34	5	16	43	1.71
83088--83159	23	3.1	23	80	11	85	31	11	19	37	1.87
82991--83210	121	1.8	120	88	1	332	33	15	12	39	1.85
83010--83234	121	1.9	119	85	4	274	32	15	13	39	1.86
83134--83609	74	6.4	74	81	6	484	32	13	13	40	1.83
83135--83608	220	2.1	221	81	6	557	32	13	13	40	1.83
85168--85192	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
85383--85434	24	2.2	24	85	0	68	36	17	17	28	1.92
86266--86333	20	3.5	20	82	6	77	36	10	23	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86345--86413	20	3.5	20	84	9	79	34	11	27	26	1.91
86396--86518	20	6.0	21	69	11	76	30	13	27	28	1.94
86386--86453	20	3.3	20	74	11	75	30	13	30	25	1.93
86386--86463	41	1.9	41	89	0	120	35	12	28	23	1.91
86386--86474	41	2.2	41	85	4	117	33	13	29	23	1.93
87584--87908	43	7.6	41	76	12	239	50	6	18	25	1.70
87581--87908	85	3.8	84	74	12	247	49	6	18	25	1.70
94258--94301	23	1.9	23	81	9	54	25	0	4	70	1.06
94272--94327	26	2.2	26	83	0	67	30	5	0	64	1.16
95239--95299	4	14.5	4	73	10	50	44	19	3	32	1.67
97810--97851	20	2.1	20	86	0	57	38	19	11	30	1.88
98233--98482	101	2.4	104	83	5	301	38	15	15	31	1.89
99247--99318	23	3.1	23	78	11	85	31	11	19	37	1.87
99100--99281	98	1.9	98	85	2	258	34	14	10	40	1.81
99149--99369	121	1.8	121	89	0	343	33	14	12	39	1.84
99293--99774	75	6.4	75	83	3	533	31	14	12	41	1.83
99293--99774	224	2.1	225	84	3	623	31	14	12	41	1.83
101338--101362	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
101552--101603	24	2.2	24	85	0	68	36	17	17	28	1.92
102340--102377	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
102515--102582	20	3.5	20	82	6	77	36	10	23	29	1.88
102594--102662	20	3.5	20	84	9	79	34	11	27	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102635--102702	20	3.3	20	74	11	75	30	13	30	25	1.93
102696--102743	20	2.4	20	85	0	60	31	12	29	27	1.93
103840--104143	43	7.1	41	75	11	211	50	5	17	26	1.69
103841--104145	85	3.6	84	70	15	203	49	5	17	26	1.69
104135--104189	21	2.6	22	80	8	60	60	1	5	32	1.30
103999--104171	42	4.1	42	77	7	163	52	4	15	27	1.62
110509--110552	23	1.9	23	81	9	54	25	0	4	70	1.06
110523--110578	26	2.2	26	83	0	67	30	5	0	64	1.16
114743--114785	10	4.3	10	81	0	59	32	0	16	51	1.45
114743--114793	20	2.5	20	87	0	66	33	0	13	52	1.41
115180--115247	14	4.9	14	68	22	54	57	0	1	41	1.08
115180--115260	19	4.4	18	67	9	56	58	0	1	40	1.06
118134--118165	15	2.1	15	100	0	64	31	25	12	31	1.92
121552--121619	21	3.6	19	76	21	63	70	0	1	27	0.96
121568--121612	13	3.4	14	82	14	51	71	0	0	28	0.87
121552--121619	14	4.8	13	72	21	57	70	0	1	27	0.96
121557--121643	22	3.7	23	77	13	79	66	0	3	29	1.08
121570--121650	27	3.0	26	75	20	69	66	1	2	29	1.12
121824--121875	25	2.1	25	82	13	63	61	1	7	28	1.34
122337--122425	37	2.4	37	76	0	88	35	8	12	42	1.74
123656--123715	22	2.7	22	77	10	61	71	0	3	25	1.01
132308--132407	50	2.1	47	90	5	155	43	2	26	29	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135402--135444	3	14.7	3	95	4	79	32	0	0	67	0.91
138493--139012	174	3.0	171	79	11	583	48	17	15	17	1.81
140671--140715	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
142528--142618	23	4.0	23	95	0	155	18	30	26	24	1.98
150600--150641	22	2.0	22	85	4	59	28	35	28	7	1.84
152267--152466	103	1.9	103	95	0	364	27	13	23	36	1.92
152492--152554	23	2.7	23	85	0	81	20	25	25	28	1.99
154009--154287	64	4.3	63	78	10	237	36	19	17	27	1.94
154012--154287	128	2.2	128	81	6	319	35	19	17	27	1.94
158319--158421	45	2.3	45	87	0	143	34	19	15	30	1.93
158364--158568	64	3.2	63	79	7	218	36	19	17	27	1.94
162523--162570	22	2.2	22	81	3	62	33	29	29	8	1.86
164179--164389	103	2.0	103	95	0	377	27	13	23	36	1.92
164413--164475	23	2.7	23	92	0	99	19	28	26	25	1.98
165548--165622	23	3.2	23	68	7	60	50	4	1	44	1.29
174832--174887	14	4.3	14	76	17	66	10	12	23	53	1.69
174839--174908	24	2.9	24	87	4	97	12	10	18	58	1.62
175631--175689	10	6.7	10	71	28	62	8	11	22	57	1.61
175637--175685	16	3.1	16	100	0	98	6	12	24	57	1.58
175631--175689	26	2.3	26	85	5	75	8	11	22	57	1.61
175755--175787	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
192389--192801	201	2.1	200	79	5	431	28	18	20	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193333--193361	11	2.6	11	100	0	58	27	6	0	65	1.18
207550--207615	27	2.4	27	82	2	78	37	12	30	19	1.88
207659--207754	34	2.7	35	79	12	90	51	0	0	48	1.00
207706--207752	15	3.1	15	81	0	58	48	0	0	51	1.00
207666--207754	40	2.3	38	83	14	121	50	0	0	49	1.00
208686--208736	25	2.0	25	100	0	102	64	3	11	19	1.41
208692--208746	25	2.2	25	86	0	74	63	5	14	16	1.48
208963--209330	182	2.0	185	98	1	715	45	12	9	32	1.75
210937--210984	20	2.5	19	80	12	53	58	0	0	41	0.98
211792--211862	35	2.0	36	91	8	119	26	5	25	42	1.77

Tables:   1   2