genome.fa.s4169.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004169.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009117_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  295911

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 226 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147330--147380	20	2.6	20	84	3	77	43	3	7	45	1.51
147406--147537	2	63.0	2	70	16	72	49	3	6	40	1.45
147327--147479	20	7.3	20	71	13	69	45	3	7	43	1.50
147406--147617	112	1.9	114	80	11	249	45	5	8	41	1.56
147526--147598	35	2.1	34	90	5	112	39	6	9	43	1.64
147534--147649	18	6.7	18	73	20	95	38	6	10	43	1.66
147605--147656	13	3.6	13	75	22	50	38	3	9	48	1.54
147587--147689	33	3.2	32	83	10	122	42	4	8	43	1.57
147587--147656	31	2.2	33	92	5	117	38	5	10	45	1.61
147534--147649	51	2.2	53	93	3	200	38	6	10	43	1.66
147441--147686	51	4.8	49	76	10	147	45	5	8	41	1.56
147750--147788	14	2.8	14	88	11	62	43	30	0	25	1.55
147832--147889	29	1.9	31	89	6	93	43	3	8	44	1.51
147884--147972	28	3.2	28	79	4	92	41	6	8	42	1.63
147964--148060	2	47.0	2	73	13	63	45	5	2	47	1.36
147978--148065	22	4.5	19	72	16	81	42	3	3	51	1.35
148142--148835	207	3.3	213	90	3	1080	28	11	8	51	1.67
149530--149555	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
150144--150188	15	2.9	15	83	6	63	75	2	6	15	1.11
150144--150186	16	2.8	15	89	3	59	76	2	4	16	1.05
150233--150350	6	19.3	6	68	22	59	73	1	6	17	1.13
150246--150301	24	2.3	24	84	6	78	76	1	5	16	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150233--150350	36	3.2	35	74	17	98	73	1	6	17	1.13
150265--150341	18	3.9	19	74	15	68	72	1	9	16	1.16
150265--150341	40	1.9	39	84	7	102	72	1	9	16	1.16
150304--150368	30	2.1	30	86	8	87	73	1	9	15	1.15
150482--150527	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
152449--153391	84	11.1	85	84	3	1087	24	18	22	33	1.97
152449--153391	169	5.5	170	86	2	1121	24	18	22	33	1.97
154271--154468	95	2.1	94	90	1	306	32	17	16	33	1.93
167861--167916	11	5.0	11	76	10	51	73	1	5	19	1.12
167909--167973	30	2.2	30	83	5	78	72	1	10	15	1.19
168077--168119	2	21.5	2	95	0	77	48	0	2	48	1.14
168717--168745	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
169734--169765	15	2.1	16	94	5	57	18	6	15	59	1.57
171689--171736	18	2.4	20	80	16	55	56	0	35	8	1.30
173023--173055	14	2.4	14	94	0	57	36	3	27	33	1.72
175100--175187	32	2.9	28	75	18	70	37	2	3	56	1.28
175128--175192	32	2.0	33	93	3	114	41	0	0	58	0.98
175628--175667	20	2.0	20	85	9	55	72	0	7	20	1.08
176098--176151	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
176549--176629	31	2.6	31	84	0	117	18	16	18	46	1.84
176969--177051	40	2.0	41	88	6	123	36	10	10	42	1.75
177911--177958	14	3.4	14	88	5	78	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177906--177966	22	2.8	22	87	7	81	70	0	0	29	0.88
177924--177974	21	2.2	23	80	19	54	70	0	1	27	0.98
178020--178053	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
178668--178857	76	2.6	73	83	9	219	59	11	1	27	1.41
178710--178857	76	1.9	76	90	2	235	59	12	2	26	1.44
180912--181001	5	18.2	5	74	11	78	71	2	3	23	1.13
180912--180995	34	2.4	35	78	13	102	70	2	3	23	1.15
185960--186037	19	3.8	20	77	15	70	16	25	33	24	1.96
185960--186039	20	3.9	20	76	13	65	16	26	32	25	1.96
188930--188972	20	2.2	20	83	8	52	30	11	20	37	1.89
193834--193876	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
196593--196632	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
200308--200336	15	2.0	15	93	6	51	75	0	13	10	1.04
200395--200426	17	1.9	16	93	6	55	71	3	0	25	1.00
201175--201218	17	2.4	18	81	11	54	54	0	0	45	0.99
201734--201768	17	2.1	17	89	5	54	82	2	0	14	0.77
202025--202051	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
202098--202126	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
202595--202637	19	2.3	19	87	0	59	30	23	25	20	1.99
204197--204266	33	2.2	32	85	7	97	31	10	18	40	1.84
206310--206491	95	1.9	95	88	4	278	31	19	18	30	1.96
210404--210438	17	2.1	17	89	5	54	82	2	0	14	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214498--214522	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
214523--214567	23	2.0	23	81	0	54	48	6	0	44	1.29
215453--215503	21	2.4	21	74	6	59	66	3	13	15	1.39
216357--216770	199	2.1	198	92	1	688	38	9	16	36	1.80
219029--219095	34	2.0	34	85	5	91	76	1	8	13	1.09
219029--219086	16	3.5	17	72	11	57	75	1	8	13	1.10
219135--219181	3	15.7	3	95	0	85	65	0	2	31	1.04
220513--220729	35	5.9	39	75	18	159	43	7	4	44	1.52
220557--220647	39	2.3	39	88	3	137	43	7	3	45	1.49
220488--220696	73	2.9	72	77	11	225	43	7	4	44	1.52
221469--222440	84	11.7	84	81	5	1100	24	20	24	29	1.99
221469--222440	249	3.9	249	92	0	1534	24	20	24	29	1.99
227435--227476	15	2.7	15	85	3	57	78	0	9	11	0.96
227423--227571	15	9.7	15	65	22	53	73	1	6	18	1.11
228847--229059	73	3.0	70	77	16	233	44	7	4	43	1.51
236125--236188	30	2.2	29	83	16	87	50	3	9	37	1.51
236138--236188	15	3.4	15	71	17	52	49	1	11	37	1.51
236732--236810	42	1.9	41	89	2	122	48	18	3	29	1.66
242771--242803	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
242869--242922	16	3.4	16	92	0	90	61	22	7	9	1.51
243577--243645	24	2.9	24	82	4	86	57	17	8	15	1.62
244868--244897	14	2.1	14	93	0	51	23	23	13	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244997--245056	10	5.4	12	73	18	58	51	0	0	48	1.00
245017--245058	22	1.9	22	95	0	75	54	0	0	45	0.99
245107--245201	19	5.0	19	70	11	70	48	1	1	49	1.15
245041--245201	29	5.4	29	75	14	109	48	1	1	49	1.17
245316--245417	49	2.1	48	80	8	109	50	0	0	48	1.07
245588--245639	26	2.0	27	92	3	88	28	23	5	42	1.77
245620--245662	15	2.9	15	89	0	68	39	23	4	32	1.75
245594--245672	15	5.6	14	74	14	63	34	22	6	36	1.80
267389--267439	23	2.2	23	82	6	59	5	39	0	54	1.24
269184--269363	31	5.8	31	86	1	234	30	15	19	34	1.93
269184--269363	93	1.9	94	87	1	263	30	15	19	34	1.93
277555--277603	21	2.3	21	86	6	64	32	30	12	24	1.92
280034--280126	11	8.8	10	69	21	57	56	3	2	37	1.27
281225--281272	22	2.2	22	100	0	96	33	12	16	37	1.86
287120--287165	24	1.9	24	86	0	65	43	2	0	54	1.12
287116--287156	21	2.0	21	90	9	66	43	2	0	53	1.13
289634--289997	130	2.8	131	83	2	428	32	8	16	42	1.78
291024--291092	31	2.2	31	84	0	93	28	14	14	42	1.85

Tables:   1   2

The End!