genome.fa.s4250.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004250.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009318_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  394940

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2029--2083	25	2.2	24	83	3	74	7	16	14	61	1.54
13027--13106	35	2.2	36	93	2	135	30	38	3	27	1.74
15189--15240	24	2.3	22	77	9	61	34	19	21	25	1.96
17161--17238	36	2.2	36	90	2	122	30	38	2	28	1.70
17161--17238	11	6.6	11	74	21	61	30	38	2	28	1.70
17161--17248	35	2.5	36	86	1	115	31	36	2	29	1.70
18469--18515	11	4.1	11	80	20	60	25	2	36	36	1.68
18469--18515	24	2.0	24	84	15	64	25	2	36	36	1.68
18469--18548	35	2.2	37	88	4	119	27	2	37	32	1.70
22379--22425	11	4.1	11	77	20	51	27	2	34	36	1.69
22379--22454	35	2.1	37	85	4	102	28	2	35	32	1.71
26453--26491	17	2.3	18	82	13	55	2	17	10	69	1.28
26453--26498	17	2.8	16	81	18	51	2	17	10	69	1.27
26971--27030	25	2.4	25	100	0	120	36	11	3	48	1.56
28627--28671	20	2.1	22	88	8	67	44	6	13	35	1.70
36766--36816	23	2.2	23	96	0	93	19	41	9	29	1.84
37923--38034	36	3.1	36	92	1	181	27	2	37	32	1.71
47642--47693	15	3.4	15	75	15	52	67	0	17	15	1.24
48352--48389	11	3.5	11	79	13	51	28	5	34	31	1.80
48346--48398	22	2.3	23	96	3	99	26	3	37	32	1.74
48367--48436	36	1.9	36	100	0	140	30	2	38	28	1.71
51278--51348	22	3.2	22	87	0	79	28	33	4	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51318--51384	35	1.9	35	96	0	125	26	38	2	31	1.72
51511--51558	15	3.0	16	87	6	62	20	29	0	50	1.49
53241--53331	2	45.5	2	100	0	182	49	0	0	50	1.00
53492--53541	15	3.4	15	72	22	52	78	2	16	4	1.00
74879--74929	19	2.6	19	87	3	66	35	15	7	41	1.76
76625--76685	9	6.7	9	75	17	63	83	9	6	0	0.80
76649--76677	12	2.4	12	100	0	58	79	6	13	0	0.93
76644--76677	13	2.6	13	86	13	52	79	8	11	0	0.94
76649--76697	11	4.6	11	78	16	50	75	10	14	0	1.04
76648--76703	21	2.7	21	82	0	67	73	14	12	0	1.11
82867--82915	23	2.1	24	92	3	82	28	24	24	22	1.99
83010--83053	23	1.9	23	90	0	70	59	15	13	11	1.62
83061--83090	15	1.9	16	93	6	53	83	0	13	3	0.77
89078--89141	11	5.7	11	74	15	60	0	21	1	76	0.87
89078--89123	19	2.4	20	85	10	69	0	23	0	76	0.79
89078--89142	19	3.5	18	80	17	62	0	21	3	75	0.94
89081--89135	14	4.2	13	77	13	51	0	21	1	76	0.88
94655--94718	11	5.7	11	70	15	51	0	23	1	75	0.90
94655--94700	19	2.4	20	82	10	60	0	26	0	73	0.83
99321--99424	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
99828--99875	17	2.7	18	79	17	55	77	4	18	0	0.93
99826--99875	11	4.5	11	80	14	50	78	4	18	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103354--103423	35	1.9	37	88	5	108	34	32	4	28	1.77
103394--103462	33	2.1	33	83	5	86	30	36	1	31	1.67
107524--107558	18	1.9	19	88	11	56	74	8	17	0	1.06
110953--111021	19	3.6	19	96	0	120	33	13	5	47	1.66
116425--116504	35	2.2	37	91	4	128	27	3	37	31	1.74
122433--122493	9	6.3	10	74	25	60	78	11	9	0	0.96
122434--122493	19	3.2	18	90	6	93	78	11	10	0	0.97
128564--128616	8	6.0	8	81	12	52	81	9	5	3	0.98
128563--128624	19	3.3	19	81	16	76	77	11	6	4	1.11
134446--134475	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
139914--139998	35	2.4	37	90	4	129	29	2	36	31	1.70
146318--146347	5	5.8	5	92	7	51	0	20	0	80	0.72
146314--146366	10	4.7	11	76	19	56	0	18	1	79	0.83
148439--148518	35	2.2	37	91	4	128	27	3	37	31	1.74
150594--150698	36	2.9	36	91	1	176	27	4	37	30	1.77
157607--157645	12	3.2	12	83	16	53	7	10	7	74	1.22
160482--160542	28	2.2	28	80	13	74	73	4	18	3	1.14
160492--160546	27	2.0	28	85	7	76	76	3	16	3	1.07
174216--174319	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
178623--178726	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
181113--181295	91	2.0	91	91	0	294	20	27	22	28	1.99
188070--188102	15	2.2	15	94	0	57	51	0	24	24	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188245--188291	11	4.1	11	80	20	60	25	2	36	36	1.68
188245--188291	24	2.0	24	84	15	64	25	2	36	36	1.68
188245--188324	35	2.2	37	88	4	119	27	2	37	32	1.70
188664--188714	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
192392--192438	11	4.1	11	80	20	60	25	2	36	36	1.68
192392--192438	24	2.0	24	84	15	64	25	2	36	36	1.68
192392--192471	35	2.2	37	88	4	119	27	2	37	32	1.70
192810--192860	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
198632--198700	33	2.1	33	86	5	95	33	1	34	30	1.67
198671--198783	36	3.2	36	88	1	156	29	3	34	32	1.75
200472--200514	23	2.0	20	86	13	59	79	2	16	2	0.95
204192--204262	35	2.0	37	88	5	110	30	30	4	33	1.77
205747--206119	185	2.0	189	96	2	691	29	13	13	43	1.83
207147--207226	35	2.2	37	91	4	128	31	37	3	27	1.74
212814--212863	13	4.3	12	80	17	52	78	10	12	0	0.98
212808--212843	14	2.6	14	86	13	56	80	8	11	0	0.90
212809--212843	13	2.6	13	95	4	61	80	8	11	0	0.92
212804--212851	22	2.2	22	84	0	60	83	8	8	0	0.82
212826--212870	10	4.4	10	80	5	54	75	13	11	0	1.05
212805--212870	31	2.1	30	83	10	80	77	12	10	0	1.00
212803--212870	21	3.2	22	77	8	70	76	13	10	0	1.02
218270--218349	35	2.2	37	88	4	119	32	36	3	27	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220187--220237	19	2.6	20	87	3	68	47	5	13	33	1.67
230698--230740	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
231450--231554	36	2.9	36	92	1	176	29	4	35	30	1.78
238078--238147	19	3.6	18	78	17	77	80	11	8	0	0.92
238079--238134	22	2.6	22	91	5	89	82	10	7	0	0.85
238071--238154	10	8.2	11	68	24	51	79	11	8	0	0.92
238069--238154	19	4.3	20	76	18	72	77	13	8	0	0.97
241930--242025	48	2.2	44	82	15	119	33	2	15	48	1.57
242958--243062	36	2.9	36	92	1	176	29	4	35	30	1.78
246472--246523	24	2.4	21	77	22	63	78	3	13	3	1.02
246462--246504	17	2.4	18	81	14	54	79	4	13	2	1.00
252095--252166	6	12.0	6	72	12	51	76	5	15	2	1.09
252102--252135	16	2.0	18	88	11	54	82	5	11	0	0.83
252105--252166	23	2.7	23	82	12	65	77	3	16	3	1.03
257771--257826	18	3.1	18	80	17	62	1	17	1	78	0.92
257774--257823	11	4.8	10	80	20	50	2	18	2	78	0.95
257774--257826	10	5.1	10	79	4	52	1	16	1	79	0.92
262351--262425	21	3.8	19	75	18	73	2	18	4	74	1.09
262372--262425	18	2.9	18	80	20	58	0	20	3	75	0.95
267217--267252	13	2.8	13	100	0	72	47	8	30	13	1.73
268686--268718	14	2.4	14	90	10	50	0	21	0	78	0.75
299997--300039	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309981--310084	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
310486--310536	11	4.4	12	80	9	54	78	3	17	0	0.90
315012--315115	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
320435--320488	18	3.0	18	78	10	58	3	16	5	74	1.16
320762--320806	20	2.2	20	85	14	58	64	0	13	22	1.28
322772--322820	11	4.8	10	81	18	57	79	2	18	0	0.83
322769--322823	19	3.1	18	80	19	62	80	1	18	0	0.81
327001--327040	12	3.2	12	85	3	53	37	35	5	22	1.76
331436--331465	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
335413--335479	28	2.4	29	80	14	86	62	14	16	5	1.50

Tables:   1   2