genome.fa.s4302.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004302.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009435_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  139261

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1729--1798	20	3.7	18	73	17	61	31	17	24	27	1.97
1841--1882	22	1.9	22	85	9	59	30	14	28	26	1.95
2331--2633	45	6.9	45	85	8	408	41	9	17	30	1.82
2331--2633	89	3.5	87	86	5	414	41	9	17	30	1.82
10080--10104	13	1.9	13	100	0	50	24	24	12	40	1.88
15278--15314	18	2.1	18	94	0	65	37	24	8	29	1.84
19320--19351	14	2.1	16	88	11	50	53	12	6	28	1.62
33096--33131	18	1.9	19	88	5	56	38	0	11	50	1.38
33115--33460	7	48.9	7	70	16	126	39	1	8	51	1.39
33181--33463	2	147.5	2	67	26	125	40	0	7	51	1.34
33251--33482	5	47.2	5	67	24	97	40	0	5	53	1.28
33184--33461	55	4.9	57	75	13	191	40	0	7	51	1.34
33258--33482	25	8.7	26	73	19	145	40	0	5	53	1.27
35803--35842	13	3.1	13	88	0	53	27	22	15	35	1.94
38981--39019	16	2.4	16	91	0	60	28	20	17	33	1.96
39084--39117	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
41894--41955	17	3.6	17	82	4	70	40	9	14	35	1.79
41911--41954	18	2.5	18	85	10	56	43	11	9	36	1.72
45799--45849	19	2.6	20	78	12	52	27	0	1	70	0.98
46746--46815	35	2.0	35	88	2	106	50	11	11	27	1.73
57829--57870	16	2.6	16	92	0	66	71	0	7	21	1.09
57831--57879	16	3.0	16	82	8	55	69	0	6	24	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58020--58052	4	8.0	4	96	3	57	75	0	0	24	0.80
59321--59657	38	9.4	37	72	15	203	45	7	3	43	1.50
59321--59657	36	9.4	36	73	18	217	45	7	3	43	1.50
59321--59505	68	2.7	68	78	14	184	46	7	3	42	1.48
59451--59657	74	2.8	71	78	11	231	43	7	3	44	1.51
60246--61053	84	9.8	84	84	3	890	24	20	25	29	1.99
60243--61053	168	4.9	165	84	3	1027	24	20	25	29	1.99
64408--64452	19	2.4	19	96	3	83	68	8	11	11	1.39
66216--66255	15	2.7	15	92	0	62	70	0	7	22	1.12
66388--66438	17	2.9	17	83	13	52	76	5	5	11	1.14
67697--68050	36	9.8	36	73	15	225	44	7	3	44	1.48
67874--68071	36	5.4	36	78	8	195	43	8	3	44	1.51
67869--68071	74	2.8	72	78	8	223	43	7	3	45	1.50
69017--69055	6	6.5	6	93	0	69	0	2	15	82	0.79
74868--75025	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
74992--75221	20	11.5	20	80	5	223	36	24	18	20	1.94
75900--75946	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
76120--76144	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
78425--78691	33	7.9	33	79	15	214	45	17	22	13	1.84
78406--78565	67	2.4	67	89	5	236	45	19	21	13	1.84
78434--78691	52	5.0	53	81	12	256	45	17	23	13	1.84
78467--78691	85	2.6	85	98	0	432	45	16	23	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78698--78813	53	2.2	53	98	1	225	13	24	18	43	1.86
78716--78813	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
78920--78956	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
80935--80991	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
80916--81008	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
80879--81008	19	7.3	19	76	17	127	46	23	18	10	1.80
81020--81100	33	2.5	33	91	4	137	9	20	23	45	1.81
81039--81137	19	5.4	19	76	12	100	11	18	25	45	1.82
81185--81467	93	3.1	93	98	0	550	45	19	12	22	1.83
83170--83259	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
83162--83276	33	3.5	33	97	0	221	46	20	23	9	1.80
83184--83281	19	5.7	19	71	22	90	43	22	23	10	1.83
83293--83349	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
83277--83357	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
83334--83409	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
83333--83410	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
83489--83559	33	2.2	33	92	0	115	47	16	22	12	1.80
83942--84135	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
83942--84135	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
84122--84204	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
84102--84200	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
86277--86408	38	3.5	38	67	22	107	31	10	18	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86263--86398	73	1.9	73	93	0	236	30	11	17	40	1.84
88607--88888	138	2.1	137	84	3	361	40	17	12	30	1.86
92979--93029	25	2.0	25	96	0	93	29	19	19	31	1.97
93892--93923	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
95215--95506	38	7.7	37	75	15	208	43	5	1	49	1.36
95208--95463	76	3.4	73	81	13	265	43	5	1	48	1.38
95400--95449	25	2.0	26	88	4	75	42	6	4	48	1.46
95435--95574	2	71.5	2	83	14	168	48	2	0	48	1.16
95945--96033	2	47.0	2	79	14	91	53	1	0	44	1.07
97703--97765	23	2.7	23	85	0	81	15	28	22	33	1.95
97734--97778	23	2.0	23	82	8	56	20	22	24	33	1.97
97795--97883	24	3.7	24	90	0	142	21	30	21	26	1.98
108290--108319	14	2.1	14	100	0	60	40	30	0	30	1.57
109703--109738	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
109901--109931	14	2.2	14	94	0	53	70	0	3	25	1.02
109886--109936	25	2.0	25	88	7	77	70	0	1	27	0.98
111221--111812	84	7.0	84	86	3	762	23	18	26	31	1.98
111344--111812	253	1.9	254	92	1	789	23	19	26	31	1.98
113362--113622	95	2.7	95	85	3	317	32	19	16	32	1.94
114080--114125	21	2.2	21	92	0	74	58	6	15	19	1.58
117108--117146	20	1.9	20	84	5	51	53	2	2	41	1.28
120459--120491	16	2.1	16	94	0	57	75	3	15	6	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122558--122617	2	30.0	2	75	18	54	41	3	3	51	1.35
123715--123772	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
123766--123837	23	3.1	22	79	13	74	20	6	0	72	1.08
123798--123838	6	7.2	6	78	10	50	14	2	0	82	0.76
123832--123914	38	2.1	41	80	10	93	18	6	6	69	1.30
123983--124036	21	2.6	21	77	11	56	14	3	1	79	0.95
123976--124045	11	6.3	11	71	15	54	17	2	2	77	1.02
124278--124464	6	29.5	6	68	23	84	19	3	3	74	1.09
124282--124405	13	9.8	12	70	11	70	16	4	2	76	1.05
124279--124448	46	3.5	46	76	17	150	18	3	2	74	1.09
124367--124432	11	5.6	11	84	10	53	22	0	1	75	0.88
124363--124464	19	5.4	19	77	14	79	21	0	2	74	1.01
125424--125487	19	3.4	19	100	0	128	31	17	29	21	1.96
125974--126031	24	2.5	21	75	25	55	39	5	22	32	1.76
126250--126304	18	2.9	19	69	15	60	20	23	30	25	1.98
132109--132155	16	2.7	18	80	16	62	40	2	17	40	1.61
133193--133255	18	3.4	17	74	23	56	20	19	30	30	1.97
133171--133254	38	2.2	40	86	4	118	21	16	29	32	1.95
133231--133265	18	1.9	18	88	0	52	20	22	34	22	1.97
138479--139258	85	9.2	86	85	2	889	35	22	18	24	1.95
138479--139258	171	4.6	171	83	2	889	35	22	18	24	1.95

Tables:   1

The End!