genome.fa.s4309.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004309.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009447_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  426183

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6582--6620	18	2.2	18	95	0	69	43	20	20	15	1.88
6763--6804	16	2.7	16	96	3	77	26	28	11	33	1.92
11496--11552	24	2.4	24	78	0	69	38	21	15	24	1.92
11544--11619	23	3.3	23	79	0	71	38	23	18	19	1.93
13361--13395	18	1.9	18	94	0	61	22	20	31	25	1.98
17026--17074	14	3.7	14	71	15	50	28	20	28	22	1.98
17023--17070	25	1.9	25	91	0	78	29	20	27	22	1.99
18318--18360	19	2.3	18	84	4	50	53	4	2	39	1.34
18817--19021	79	2.7	78	85	8	294	52	3	11	32	1.54
22450--22519	31	2.3	31	82	0	86	24	14	15	45	1.83
23419--23464	12	3.7	13	78	18	53	41	0	0	58	0.98
23670--23985	20	15.6	20	78	9	167	38	22	18	19	1.93
23670--23985	60	5.2	60	77	9	275	38	22	18	19	1.93
23670--23985	40	7.8	40	81	6	280	38	22	18	19	1.93
24272--24483	40	5.2	41	79	11	138	37	24	17	21	1.94
24294--24484	20	9.4	20	83	4	195	37	23	18	20	1.94
25065--25142	20	3.8	20	75	9	86	53	20	15	10	1.70
25149--25285	19	7.1	19	88	3	175	13	23	20	43	1.87
26982--27361	94	4.1	95	93	1	608	21	11	18	48	1.79
27449--27573	33	3.8	33	88	2	164	48	24	18	8	1.77
27512--27579	19	3.8	19	79	18	83	48	27	17	5	1.70
27585--27667	19	4.6	19	75	14	77	10	24	18	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27635--27675	19	2.2	19	86	0	55	12	21	19	46	1.82
28141--28210	21	3.3	21	68	5	61	24	35	20	20	1.96
28092--28210	42	2.8	42	81	5	116	24	36	16	22	1.94
29557--29592	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
29699--29783	19	4.7	19	73	16	65	47	18	20	14	1.83
29748--29788	19	2.2	19	95	0	73	51	21	14	12	1.75
29793--29959	33	4.8	33	76	9	163	15	20	17	45	1.85
29836--29890	20	2.8	19	83	8	74	16	21	20	41	1.90
32494--32545	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
33407--33450	20	2.2	20	84	4	54	25	25	18	31	1.97
33418--33507	20	4.4	20	90	1	108	20	18	22	38	1.93
33392--33482	40	2.3	41	81	5	98	24	20	20	34	1.97
33431--33559	20	6.3	20	81	7	125	21	18	22	37	1.94
33418--33600	41	4.5	40	73	12	133	21	18	22	37	1.94
33431--33559	61	2.1	62	82	5	165	21	18	22	37	1.94
33650--33703	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
34388--34434	17	2.7	18	80	3	60	42	0	0	57	0.98
34388--34434	18	2.6	19	77	12	55	42	0	0	57	0.98
34555--34610	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
40735--40775	18	2.3	18	100	0	82	46	17	19	17	1.85
40918--40953	16	2.2	16	90	0	54	33	25	11	30	1.90
45691--45747	24	2.4	24	75	0	60	38	17	17	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45739--45814	23	3.3	23	79	0	71	38	23	18	19	1.93
45904--45952	16	3.0	17	91	5	75	44	18	10	26	1.81
50107--50156	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
52095--52189	43	2.3	41	85	5	120	55	3	8	32	1.45
52808--52850	19	2.3	18	84	4	50	53	4	2	39	1.34
53309--53516	79	2.7	78	87	5	321	52	3	12	32	1.55
59572--59600	12	2.3	13	94	5	51	13	20	0	65	1.26
62259--62293	18	1.9	18	100	0	70	17	17	17	48	1.81
69580--69626	20	2.4	19	86	10	67	25	25	31	17	1.97
69591--69631	20	2.0	20	95	0	73	29	19	31	19	1.96
75216--75256	20	2.0	20	95	0	73	29	19	31	19	1.96
80827--80873	20	2.4	19	82	10	58	27	25	29	17	1.97
85175--85216	14	3.1	14	86	3	59	38	21	23	16	1.93
85260--85294	14	2.5	14	100	0	70	14	14	34	37	1.86
86417--86579	81	2.0	81	100	0	326	33	9	28	28	1.89
89173--89220	21	2.3	21	92	3	80	22	41	4	31	1.73
93079--93117	18	2.1	19	85	4	53	66	5	7	20	1.36
108484--108620	71	2.0	71	91	2	224	35	9	15	39	1.80
124611--125081	47	9.7	47	86	5	514	22	22	11	43	1.85
124759--125046	27	11.4	27	78	14	296	21	22	12	43	1.85
124941--125021	20	3.7	20	69	20	63	19	25	13	40	1.89
124813--125001	74	2.6	72	70	12	177	20	23	13	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125496--125685	95	2.0	96	84	3	249	25	23	16	34	1.95
129341--129513	91	1.9	91	85	4	242	35	14	15	34	1.87
133171--133331	85	1.9	85	86	0	232	30	18	19	31	1.96
137594--137942	47	7.4	47	88	3	506	22	23	10	42	1.85
137581--137942	139	2.6	139	88	6	523	23	23	10	42	1.84
155174--155282	56	1.9	57	92	1	184	26	19	13	40	1.89
159579--159625	3	16.0	3	82	4	60	65	6	0	27	1.16
166747--166796	23	2.1	24	88	3	75	34	10	20	36	1.86
184321--184385	20	3.2	20	70	8	67	38	16	21	23	1.93
184670--184707	10	3.8	10	83	13	51	68	0	0	31	0.90
186337--186436	36	2.8	36	92	0	164	19	24	19	38	1.94
199039--199104	26	2.4	27	73	12	64	56	1	1	40	1.18
201549--201621	30	2.5	31	82	8	89	41	9	19	30	1.83
209015--209088	30	2.5	30	82	8	89	45	8	17	28	1.77
216667--216691	12	2.1	12	100	0	50	56	0	28	16	1.41
218731--218769	18	2.2	18	86	4	53	28	0	15	56	1.40
222058--222095	16	2.3	16	90	4	58	26	15	26	31	1.96
232045--232075	7	4.3	7	92	8	53	74	0	12	12	1.08
232020--232075	23	2.6	22	83	10	71	75	1	12	10	1.14
232049--232095	17	2.9	16	87	6	60	76	0	12	10	1.02
233381--234322	54	17.4	54	90	1	1469	33	16	26	23	1.96
233526--233615	29	3.2	29	63	23	75	33	16	24	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233903--233993	29	3.3	29	65	27	79	31	17	24	26	1.97
234012--234155	29	5.2	29	61	24	87	33	15	25	25	1.95
234297--234348	26	2.0	26	96	0	95	36	17	23	23	1.95
234242--234402	80	2.0	80	95	2	288	34	17	25	22	1.95
234191--234456	134	2.0	134	95	1	480	33	17	26	22	1.96
234134--234510	188	2.0	188	92	2	632	33	17	26	23	1.96
234080--234560	242	2.0	242	93	1	822	33	17	26	23	1.96
234026--234618	296	2.0	296	92	1	983	33	17	26	23	1.96
234322--234784	54	8.6	54	91	0	712	33	16	26	23	1.96
234744--234917	55	3.2	55	88	0	258	30	14	26	28	1.95
237538--237643	20	5.2	20	67	26	62	42	8	6	42	1.61
237516--237579	18	3.7	18	71	10	62	40	9	7	42	1.66
237517--237584	33	2.1	32	86	10	95	41	7	7	44	1.60
237558--237636	24	3.2	24	77	13	72	40	7	7	44	1.61
237613--237726	7	17.3	6	75	13	59	42	7	3	46	1.48
237613--237726	9	13.0	8	70	17	59	42	7	3	46	1.48
237602--237636	18	1.9	18	88	0	52	42	8	2	45	1.49
237638--237697	27	2.2	27	93	0	102	38	8	3	50	1.49
237620--237727	20	4.9	20	73	21	74	43	7	2	46	1.46
237680--237748	34	2.0	36	85	5	97	46	7	2	43	1.46
237770--238015	33	7.5	33	79	10	256	43	6	7	42	1.59
237794--238026	18	13.1	18	68	16	128	43	6	7	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237933--237981	25	2.0	25	87	0	71	42	8	8	40	1.64
237952--238050	51	1.9	51	80	8	112	46	5	5	43	1.47
238112--238163	24	2.2	24	82	6	61	40	9	5	44	1.61
238216--238268	21	2.5	21	81	0	70	41	7	3	47	1.50
238258--238306	22	2.1	22	88	7	71	36	2	8	53	1.43
238280--238560	31	8.8	31	73	19	165	44	3	2	49	1.31
238286--238560	65	4.3	64	77	15	243	44	3	1	49	1.30
238223--238521	153	2.0	146	79	12	322	43	5	2	48	1.38
238244--238514	131	2.1	133	80	8	313	43	4	2	49	1.38
238479--238556	6	13.3	6	74	23	53	47	0	1	51	1.09

Tables:   1   2   3