genome.fa.s4325.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004325.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009483_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96520

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4006--4080	39	1.9	39	88	0	114	36	26	17	20	1.94
19129--19616	229	2.1	229	95	1	863	44	7	7	39	1.61
19874--19920	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
19671--20134	181	2.6	182	86	1	644	41	13	17	27	1.87
20055--20101	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
20064--20106	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
22314--22378	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
22412--22477	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
22662--22702	21	2.0	21	90	0	64	56	0	41	2	1.13
24265--24313	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
24405--25762	199	6.9	200	96	2	2561	36	14	17	31	1.90
27226--27289	6	10.7	6	79	0	65	39	9	32	18	1.83
27226--27307	24	3.4	24	82	0	92	37	8	32	20	1.83
27243--27311	3	23.0	3	75	0	66	36	7	33	23	1.82
27226--27307	36	2.3	36	91	0	128	37	8	32	20	1.83
27226--27289	12	5.3	12	86	0	92	39	9	32	18	1.83
27239--27311	12	5.8	12	81	9	83	35	8	32	23	1.84
31074--31138	25	2.6	25	95	0	112	40	9	12	38	1.75
31481--31552	23	3.2	23	88	2	101	34	5	20	38	1.76
31967--32039	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
31138--32205	484	2.2	483	96	1	1933	39	7	11	40	1.71
32398--32470	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31760--32868	431	2.6	431	97	1	2079	41	7	12	38	1.71
33609--33673	25	2.6	25	92	0	103	40	10	10	38	1.75
34016--34088	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
34499--34571	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
33673--34725	483	2.2	484	96	1	1927	39	7	12	40	1.71
34929--35001	23	3.2	23	92	0	110	35	4	20	39	1.72
34293--35397	427	2.6	430	96	1	2023	41	7	12	38	1.70
36138--36202	25	2.6	25	95	0	112	40	9	12	38	1.75
36546--36618	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
37036--37108	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
36202--37273	490	2.2	487	96	1	1986	39	7	11	40	1.70
38253--38317	25	2.6	25	95	0	112	40	9	12	38	1.75
38663--38735	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
39154--39224	23	3.2	23	84	8	92	33	4	22	39	1.74
39160--39229	21	3.2	21	78	11	70	32	4	22	40	1.74
38317--39389	489	2.2	489	96	0	1990	39	7	11	40	1.70
39581--39653	23	3.2	23	80	0	83	35	4	19	41	1.70
39581--39678	46	2.1	45	81	7	108	34	5	16	43	1.70
38945--41403	430	5.6	431	80	10	2923	41	7	12	39	1.70
40012--40084	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
40502--40574	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
39803--40740	490	1.9	491	97	0	1763	41	7	11	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40932--41004	23	3.2	23	92	0	110	35	4	20	39	1.72
42150--42214	25	2.6	25	95	0	112	40	9	12	38	1.75
42560--42632	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
43050--43122	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
42214--43289	490	2.2	489	97	0	2026	39	7	11	41	1.70
43481--43553	23	3.2	23	92	0	110	35	4	20	39	1.72
43697--43753	29	2.0	29	82	6	71	54	5	0	40	1.23
43906--43978	23	3.2	23	80	0	83	35	4	19	41	1.70
43906--44003	46	2.1	45	81	7	108	34	6	16	42	1.73
42842--46298	431	8.0	431	96	0	6423	40	7	12	39	1.71
44337--44409	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
44774--44840	23	2.9	23	88	0	98	34	2	20	41	1.68
42842--46298	856	4.0	861	97	0	6446	40	7	12	39	1.71
45200--45272	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
45630--45702	23	3.2	23	88	0	110	34	5	20	39	1.76
45630--45727	46	2.1	45	81	7	108	33	7	17	41	1.77
46060--46132	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
50994--51045	20	2.5	19	82	17	59	40	3	0	55	1.18
51556--51612	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
52103--52151	19	2.6	19	80	0	62	18	8	2	71	1.21
52859--52888	9	3.3	9	100	0	60	20	0	0	80	0.72
53031--53064	18	2.0	18	88	11	54	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53386--53664	111	2.5	112	94	1	497	44	13	16	25	1.84
53534--54160	181	3.5	182	89	3	920	43	12	16	27	1.84
54532--54570	20	2.0	20	89	0	60	41	7	15	35	1.76
54537--54576	20	2.0	20	85	0	53	47	7	15	30	1.72
54799--54846	23	2.1	23	88	0	69	37	16	8	37	1.79
55519--55574	27	2.0	28	83	10	71	48	0	10	41	1.38
56224--56276	17	3.1	18	78	8	56	45	30	18	5	1.73
57629--57682	17	3.0	17	86	8	63	55	1	1	40	1.21
57609--57918	20	16.8	18	67	21	85	47	3	3	45	1.37
57609--57859	9	27.4	9	67	24	86	48	3	3	44	1.37
57693--57934	11	22.5	11	69	19	97	45	3	3	47	1.37
57876--57934	26	2.1	30	84	15	81	42	1	3	52	1.28
57737--57918	72	2.5	72	84	7	217	45	3	4	46	1.41
57693--57934	9	26.6	9	69	22	91	45	3	3	47	1.37
58896--58970	34	2.2	35	79	13	84	29	5	4	61	1.36
60072--60409	43	7.9	43	82	2	223	25	15	25	33	1.95
60129--60424	43	7.0	42	83	4	263	24	17	25	33	1.96
62820--62905	36	2.4	36	98	0	163	38	18	6	36	1.78
70733--70840	41	2.6	41	80	2	110	34	18	15	31	1.92
70752--70878	41	3.1	40	80	6	112	35	20	18	25	1.95
72038--72083	22	2.1	22	87	0	65	39	13	4	43	1.63
72509--72822	83	3.8	82	76	5	242	32	22	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72629--72836	82	2.5	82	81	2	229	32	22	14	30	1.94
72691--72830	41	3.4	42	75	9	135	27	22	17	32	1.97
72488--72836	83	4.2	82	76	5	233	31	21	15	31	1.94
74009--74056	11	4.1	11	82	15	51	45	47	0	6	1.27
79035--79144	12	8.9	12	70	20	84	47	0	0	51	1.06
79018--79144	20	6.4	20	69	18	70	45	0	1	52	1.10
79028--79142	13	9.2	12	71	19	76	47	0	1	50	1.11
79017--79151	63	2.1	64	93	4	229	45	0	1	53	1.09
79774--79835	31	2.0	31	96	0	115	24	29	16	30	1.96
81544--81761	103	2.1	103	93	0	373	26	14	23	35	1.93
81768--81887	47	2.6	47	91	1	197	24	24	22	29	1.99
81768--81892	23	5.3	23	78	2	115	24	23	22	29	1.99
87452--87669	103	2.1	103	97	0	409	25	13	23	36	1.92
87676--87795	47	2.6	47	91	1	188	25	22	21	30	1.99
87676--87800	23	5.3	23	73	2	106	26	21	21	30	1.98
88909--88969	31	2.0	31	93	0	104	40	9	9	39	1.72
89207--89256	14	3.8	13	80	12	57	58	8	4	30	1.45
92089--92139	20	2.5	20	84	9	68	31	19	17	31	1.95
93491--93546	28	2.0	29	85	3	78	39	7	17	35	1.78
93541--93599	31	1.9	31	89	0	91	22	20	15	42	1.89
93830--93859	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
95988--96054	30	2.2	31	86	2	91	34	16	14	34	1.90

Tables:   1

The End!