genome.fa.s4426.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004426.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009705_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  282303

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2627--2667	22	2.0	22	85	9	59	63	0	2	34	1.08
2617--2671	22	2.5	22	79	8	58	61	1	3	32	1.24
2742--2870	21	6.5	20	71	8	68	56	1	0	41	1.14
2768--2856	28	3.0	29	81	15	103	59	2	1	37	1.17
3633--3665	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
10251--10292	21	2.0	20	86	4	57	50	4	0	45	1.23
10757--10938	60	3.0	60	82	4	199	38	5	21	34	1.77
11484--11520	19	1.9	19	88	0	56	43	0	2	54	1.14
17669--17725	28	2.1	28	90	3	89	29	7	14	49	1.69
19302--19355	24	2.2	24	83	0	72	31	22	22	24	1.98
19358--19427	24	2.9	24	84	0	104	27	21	27	24	1.99
19819--19864	21	2.2	21	81	14	51	23	28	6	41	1.79
20033--20081	18	2.7	18	96	0	89	22	28	18	30	1.97
23124--23199	33	2.3	33	88	0	116	22	27	17	32	1.96
24011--24057	18	2.6	18	89	0	67	25	29	17	27	1.97
24723--24778	20	2.6	23	81	10	66	28	21	16	33	1.95
25361--25401	3	13.7	3	100	0	82	65	0	34	0	0.93
28244--28295	20	2.6	20	71	0	59	36	0	5	57	1.23
34174--35729	4	391.2	4	92	4	2523	48	24	1	25	1.58
36048--36108	23	2.7	23	92	0	104	24	27	27	19	1.99
37085--37127	21	2.0	21	91	8	70	32	18	25	23	1.97
42432--42458	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44504--44636	5	27.6	5	73	15	77	75	4	3	16	1.12
44505--44565	29	2.1	29	82	11	72	75	6	1	16	1.09
44564--44628	27	2.4	26	85	7	85	76	3	4	15	1.07
44573--44623	14	3.6	14	76	7	59	74	3	1	19	1.07
44540--44642	14	7.1	15	74	15	58	76	2	4	15	1.07
45117--45158	20	2.1	20	95	0	75	16	50	33	0	1.46
47186--47823	85	7.7	85	82	5	660	27	17	20	35	1.94
49277--49466	99	1.9	99	86	2	274	30	17	17	33	1.94
53475--53539	5	12.8	5	83	6	69	73	4	4	16	1.17
53516--53549	18	1.9	17	88	5	50	76	0	11	11	1.02
53492--53581	30	3.0	29	78	14	76	74	4	8	12	1.20
53630--53669	17	2.3	17	86	4	53	77	0	0	22	0.77
53630--53678	13	3.6	13	81	15	55	77	0	2	20	0.87
53618--53677	25	2.4	25	78	13	70	78	0	5	16	0.92
58316--58374	25	2.4	25	80	13	68	42	0	1	55	1.09
64360--64456	2	48.5	2	91	4	160	49	1	2	47	1.20
70934--70984	20	2.5	20	100	0	102	47	3	0	49	1.20
70941--70997	20	3.1	18	87	7	71	49	3	0	47	1.18
71460--71556	38	2.6	39	75	9	94	25	6	28	39	1.80
79970--80029	26	2.3	26	88	5	86	71	1	3	23	1.10
80597--80668	35	2.1	35	97	0	135	29	19	11	40	1.86
87415--87447	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87450--87500	23	2.2	23	89	0	75	74	0	3	21	0.98
87445--87509	26	2.4	27	89	5	96	75	1	3	20	1.02
87579--87626	21	2.2	20	79	13	51	66	0	8	25	1.19
88084--88150	34	2.0	34	96	0	125	28	19	11	40	1.87
88854--88885	14	2.1	16	88	11	50	15	15	18	50	1.79
89141--89186	20	2.5	18	86	10	58	2	8	26	63	1.35
89204--89280	31	2.5	31	95	0	136	45	16	12	24	1.83
103522--103571	23	2.2	23	88	0	73	38	8	20	34	1.82
103485--103647	87	1.9	87	94	2	292	41	12	14	31	1.83
107599--108096	201	2.5	199	86	2	640	34	12	16	36	1.87
108209--108247	20	2.0	19	90	5	60	35	15	2	46	1.60
107764--108947	200	5.9	200	85	2	1328	29	14	15	40	1.87
109120--109173	24	2.3	23	87	9	81	50	12	1	35	1.52
109132--109183	24	2.2	24	82	6	61	51	11	3	32	1.56
117816--117860	20	2.2	20	84	7	56	13	22	0	64	1.28
122122--122179	15	3.7	15	88	6	80	25	0	51	22	1.48
122528--123828	199	6.5	200	88	2	1862	27	14	15	41	1.87
124205--124249	19	2.4	19	96	0	81	55	8	2	33	1.43
126420--126474	24	2.5	22	83	16	69	49	5	1	43	1.36
127728--127795	19	3.6	19	89	0	100	36	17	0	45	1.49
128129--128186	21	2.8	21	97	0	107	24	12	18	44	1.84
128241--129082	182	4.6	182	85	4	1072	28	14	12	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128241--129082	365	2.3	365	87	3	1205	28	14	12	44	1.82
134890--134916	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
141686--141714	14	2.0	15	93	6	51	27	0	0	72	0.85
142443--142493	26	2.0	26	100	0	102	39	7	3	49	1.51
144317--144430	24	4.8	24	90	4	167	24	14	20	40	1.90
144300--144430	48	2.7	49	78	11	146	23	14	19	41	1.88
144320--144448	24	5.4	23	86	5	98	25	12	20	41	1.88
144647--144699	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
148665--148776	24	4.7	24	86	4	154	25	16	20	38	1.92
148992--149018	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
151199--151393	87	2.2	87	82	7	227	36	18	21	23	1.95
152137--152202	31	2.1	31	94	0	114	21	25	15	37	1.92
153803--153833	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
160564--160631	3	22.0	3	85	8	75	41	0	0	58	0.98
160560--160629	13	5.3	13	79	16	81	40	0	0	60	0.97
161811--161867	27	2.1	27	84	12	73	42	3	0	54	1.17
165957--166014	22	2.6	22	86	5	82	32	13	13	39	1.85
166414--167058	113	5.7	113	97	0	1177	39	15	17	27	1.89
166414--167291	339	2.7	321	87	7	1156	38	15	17	28	1.90
166874--167261	206	1.9	202	84	6	523	39	14	18	28	1.90
167525--167593	3	23.0	3	85	11	97	37	0	0	62	0.96
167527--167591	28	2.3	28	89	7	96	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168698--168753	22	2.5	22	77	16	62	25	3	7	64	1.35
170120--170166	23	1.9	24	87	12	69	42	4	6	46	1.48
172254--172420	43	3.9	42	82	7	194	28	14	25	32	1.94
172254--172448	86	2.3	85	83	4	232	27	15	25	31	1.96
172256--172505	43	5.9	41	77	8	173	24	14	25	35	1.94
172389--172505	41	2.8	42	80	3	121	17	15	27	39	1.90
172918--172968	21	2.4	21	80	0	57	1	37	17	43	1.61
182116--182575	190	2.4	188	85	6	617	31	17	15	34	1.92
182414--182723	148	2.1	148	88	0	449	34	17	15	32	1.91
182523--182616	42	2.3	42	83	5	111	36	21	14	27	1.93
184644--184689	20	2.3	20	85	7	58	39	17	23	19	1.92
184794--184855	20	3.1	20	73	0	61	25	17	16	40	1.90
184760--184855	40	2.4	40	85	0	129	26	16	15	41	1.88
184760--184852	20	4.7	20	67	7	55	25	17	16	40	1.89
184871--184910	21	1.9	21	94	0	71	42	20	20	17	1.89
184939--184984	20	2.3	20	88	0	65	13	19	23	43	1.86
185185--185267	20	4.2	20	87	0	121	14	16	22	45	1.84
188078--188117	21	1.9	21	84	0	53	40	17	5	37	1.72
188917--188951	11	3.2	11	91	0	61	51	0	20	28	1.47
191683--191713	16	1.9	16	93	0	53	41	19	9	29	1.83
192493--192635	74	1.9	73	87	4	207	55	9	5	28	1.55
193382--193559	93	1.9	93	83	4	234	37	19	19	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197325--197379	2	28.5	2	92	7	96	50	0	0	49	1.00
198729--198758	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
200030--200099	20	3.5	20	75	14	72	20	7	2	70	1.24
200117--200168	4	12.8	4	87	4	68	17	1	1	78	0.93
200090--200156	25	2.7	24	80	11	64	13	2	5	77	1.07
200103--200148	17	2.7	18	76	10	51	10	4	6	78	1.08
200103--200173	33	2.1	34	86	2	99	14	4	4	77	1.07
200692--200742	17	3.1	17	78	16	54	50	0	0	49	1.00
200692--200779	42	2.2	40	91	4	140	50	0	0	50	1.00
206059--206096	20	1.9	20	94	0	67	39	10	28	21	1.86

Tables:   1   2