genome.fa.s4454.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004454.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009796_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  368644

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2990--3053	23	2.8	23	87	0	92	26	23	28	21	1.99
3069--3286	103	2.1	103	93	0	373	37	23	13	25	1.91
6845--6874	15	2.0	15	100	0	60	20	26	26	26	1.99
8792--8855	23	2.8	23	87	0	92	26	25	28	20	1.99
8870--9087	103	2.1	103	94	0	391	37	23	13	26	1.91
9716--9751	11	3.5	11	78	21	51	27	25	22	25	2.00
9709--9759	19	2.7	19	96	0	93	25	25	23	25	2.00
14545--14583	12	3.2	12	92	0	69	82	0	7	10	0.86
18315--18371	22	2.6	24	81	15	70	52	5	1	40	1.34
20881--20925	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
20904--21207	149	2.0	149	97	0	572	36	19	16	27	1.93
21376--21447	29	2.5	29	95	0	126	38	11	9	40	1.74
21750--21900	67	2.3	67	89	2	223	17	25	28	28	1.97
29334--29376	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
29333--29382	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
59849--59916	4	17.0	4	93	0	118	50	22	0	27	1.49
63461--63578	60	2.0	59	88	5	175	40	4	20	34	1.72
64347--64445	21	4.8	20	75	6	81	37	23	18	21	1.94
64412--64605	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
64412--64605	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
64987--65057	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
65137--65242	21	5.6	20	70	16	91	45	18	25	10	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65135--65213	21	3.8	21	79	12	92	45	16	26	11	1.81
65130--65246	41	3.1	38	79	14	136	46	17	26	10	1.80
65200--65253	14	3.5	14	73	22	54	42	24	25	7	1.80
65189--65258	33	2.1	33	97	0	131	47	20	25	7	1.75
65195--65269	33	2.3	33	92	0	123	46	24	22	6	1.75
65265--65362	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
65287--65376	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
65270--65384	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
67083--67463	93	4.1	93	98	0	744	22	12	18	45	1.83
67507--67635	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
67543--67635	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
67507--67635	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
67631--67765	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
67653--67709	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
67636--67728	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
69656--69691	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
69798--69897	19	5.5	19	84	12	147	45	17	23	15	1.85
69798--69914	53	2.2	53	95	1	209	43	17	24	14	1.86
69904--70052	19	8.6	19	73	21	139	15	22	18	43	1.87
69904--70020	52	2.2	52	95	0	207	16	21	17	44	1.87
69961--70052	33	2.8	33	98	1	175	13	23	18	44	1.85
69980--70034	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70111--70227	19	6.4	19	87	10	181	46	17	22	14	1.84
70111--70227	33	3.2	36	84	13	159	46	17	22	14	1.84
70129--70246	53	2.2	53	98	1	229	44	17	23	13	1.85
71382--71406	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
71581--71627	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
72310--72559	20	12.5	20	87	1	268	19	18	24	37	1.94
72546--72628	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
72526--72624	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
73434--73491	21	2.8	20	82	12	55	27	3	1	67	1.17
74826--74951	59	2.1	60	81	11	152	38	15	15	31	1.88
76540--76736	97	2.0	97	98	0	376	41	22	9	26	1.83
76637--77206	118	4.9	116	89	3	851	41	21	9	28	1.84
76637--77206	232	2.4	234	89	3	864	41	21	9	28	1.84
89680--89731	21	2.5	21	96	0	95	7	55	13	23	1.63
95551--95678	63	2.0	63	100	0	256	28	15	17	38	1.90
97028--97069	19	2.1	19	86	8	57	16	4	4	73	1.17
98094--98128	18	1.9	18	88	11	54	57	0	0	42	0.99
107982--108169	60	3.2	60	81	3	175	32	25	4	36	1.77
108080--108169	29	3.1	29	73	9	83	34	26	4	34	1.77
108091--108169	30	2.7	29	75	7	79	34	27	3	34	1.75
108315--108455	60	2.3	60	78	9	153	44	5	17	32	1.72
109495--109603	45	2.4	45	84	0	137	50	8	26	14	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110690--111303	240	2.5	236	83	8	684	33	16	18	31	1.93
120802--120900	31	3.3	29	68	13	76	26	6	9	58	1.52
121256--121299	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
123781--123822	19	2.2	19	100	0	84	66	4	4	23	1.30
128790--128874	6	14.2	6	92	0	116	44	15	5	34	1.70
131109--131165	26	2.3	25	77	16	66	64	10	3	21	1.39
133911--133947	17	2.1	18	90	5	58	8	10	24	56	1.60
134103--134127	12	2.1	12	100	0	50	52	32	16	0	1.44
135922--135965	16	2.6	18	83	16	58	45	20	0	34	1.51
137497--137646	66	2.3	66	97	1	284	47	4	6	42	1.49
140947--141014	4	18.0	4	85	11	90	52	25	1	20	1.54
140950--141014	14	4.4	14	82	5	67	53	24	1	20	1.54
140947--141014	18	3.7	18	77	16	68	52	25	1	20	1.54
141563--141616	26	2.1	27	89	6	85	16	9	20	53	1.70
143072--143148	34	2.3	34	88	0	109	33	36	23	6	1.81
144582--144691	58	1.9	56	81	10	132	29	27	7	36	1.84
144798--144931	60	2.3	59	81	6	146	40	5	23	29	1.79
146485--146625	60	2.3	60	80	2	158	38	6	23	31	1.80
148245--148359	60	1.9	60	85	7	162	33	23	5	38	1.77
157658--157698	3	13.7	3	100	0	82	65	0	34	0	0.93
166804--166987	93	2.0	93	100	0	368	41	20	8	28	1.82
169146--169197	26	2.0	26	88	0	77	23	34	15	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175530--175991	231	2.0	231	89	5	702	28	12	18	40	1.87
176382--176445	17	3.7	17	91	2	101	28	29	9	32	1.88
177039--177076	21	1.9	20	89	10	60	39	31	10	18	1.85
177069--177152	33	2.5	34	94	1	143	58	1	0	40	1.06
177090--177142	9	6.2	9	77	14	51	62	0	0	37	0.96
182842--182888	24	2.0	24	87	4	69	53	17	19	10	1.72
184199--184242	20	2.2	20	84	8	54	11	15	22	50	1.76
185550--185584	15	2.3	15	90	9	54	42	20	22	14	1.88
188485--188531	3	15.0	3	82	8	58	61	0	4	34	1.15
188485--188531	19	2.5	19	89	0	67	61	0	4	34	1.15
188863--189042	40	4.4	41	67	15	113	23	20	20	35	1.96
188865--189128	123	2.1	122	84	3	332	23	21	20	33	1.97
188717--189254	289	1.9	289	84	0	727	24	22	19	34	1.97
189316--189463	36	4.1	36	81	6	156	44	15	13	26	1.83
189470--189641	44	3.9	45	84	2	222	38	19	17	24	1.93
189470--189641	89	1.9	89	83	4	222	38	19	17	24	1.93
191088--191114	13	2.1	13	100	0	54	14	14	0	70	1.17
191646--191695	3	16.7	3	78	15	50	60	0	6	34	1.21
192708--192742	18	1.9	18	100	0	70	25	34	17	22	1.96
192967--193019	15	3.3	17	72	22	51	32	24	5	37	1.79
195161--195220	2	31.0	2	93	6	106	48	0	0	51	1.00
200719--200840	16	7.8	16	85	5	178	36	8	29	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204863--204891	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
204894--204950	27	2.1	27	83	3	71	56	14	0	29	1.39
206271--206297	11	2.5	11	100	0	54	44	7	29	18	1.77
207308--207407	43	2.3	42	79	12	114	35	8	21	36	1.83
207390--207445	14	3.9	14	71	13	51	30	8	21	39	1.84
216383--216438	21	2.7	21	100	0	112	44	25	16	14	1.84
216645--216702	22	2.6	22	94	0	98	20	44	17	17	1.86
217055--217081	14	1.9	14	100	0	54	48	22	22	7	1.75
217110--217158	20	2.5	20	89	0	71	18	18	26	36	1.94
217126--217181	20	2.8	20	91	0	85	10	16	23	50	1.76

Tables:   1   2