genome.fa.s4471.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004471.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009858_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  150280

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5175--5219	20	2.2	20	96	0	81	24	13	17	44	1.85
5247--5273	13	2.1	13	100	0	54	29	14	25	29	1.95
5722--5756	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
7497--7887	95	4.1	95	83	3	446	35	15	18	29	1.92
7517--7908	191	2.1	189	81	5	459	35	15	18	30	1.92
13571--13628	29	1.9	31	86	6	84	53	17	6	22	1.67
14773--14825	3	17.3	3	84	11	72	35	0	0	64	0.94
17738--17802	3	21.0	3	79	3	58	43	1	0	55	1.09
17740--17800	12	4.9	12	82	6	77	44	1	0	54	1.10
17748--17828	31	2.7	32	79	9	82	53	1	0	45	1.08
23253--23284	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
28683--28762	12	6.6	12	81	9	83	81	0	18	0	0.70
28683--28762	23	3.3	24	77	13	83	81	0	18	0	0.70
28680--28762	32	2.5	33	87	12	111	80	0	19	0	0.71
28690--28762	26	2.9	25	90	10	105	82	0	17	0	0.68
28680--28761	11	7.6	11	74	17	66	80	0	19	0	0.71
30131--30403	92	3.1	92	89	7	397	30	13	20	35	1.91
30305--30600	116	2.6	116	98	0	567	32	15	20	31	1.94
31407--32536	116	9.8	113	94	1	1436	39	13	18	28	1.88
31443--32552	114	9.6	116	94	1	1406	39	13	18	29	1.88
32774--32811	12	3.2	12	85	3	51	34	2	0	63	1.09
38765--38798	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45403--46231	277	2.9	282	94	3	1451	32	14	26	26	1.95
53584--53637	17	2.8	19	75	16	58	51	0	0	48	1.00
56963--57044	38	2.2	38	84	8	105	52	4	0	42	1.23
57839--57929	3	30.3	3	93	0	155	31	1	1	65	1.06
58302--58359	29	2.0	29	100	0	116	44	31	13	10	1.78
61495--61557	32	2.0	32	93	6	110	14	14	9	61	1.55
65598--65836	105	2.3	102	83	9	281	31	19	11	37	1.88
65782--65866	36	2.4	36	82	4	100	30	20	11	37	1.88
66301--66375	36	2.1	36	82	9	91	25	17	12	45	1.82
66294--66411	63	1.9	62	86	8	168	28	16	11	42	1.84
66817--66904	3	29.3	3	92	0	149	31	1	1	65	1.07
67277--67334	29	2.0	29	100	0	116	44	31	13	10	1.78
69721--69774	23	2.5	21	84	6	72	46	11	25	16	1.80
69723--69770	23	2.1	23	96	0	87	50	12	22	14	1.77
71678--71715	20	1.9	20	84	10	51	60	0	0	39	0.97
73555--73624	20	3.5	20	70	18	72	22	22	21	32	1.98
73506--73793	42	6.9	42	93	1	492	22	20	24	32	1.98
73871--73902	6	5.5	6	96	3	57	31	53	15	0	1.43
74704--74785	42	2.0	42	92	0	137	32	25	19	21	1.97
74710--74777	21	3.2	21	66	15	59	36	23	19	20	1.95
74770--74819	21	2.4	21	89	0	82	18	36	26	20	1.95
74735--74858	62	2.0	63	88	1	187	27	29	22	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74770--74860	21	4.4	21	73	13	71	24	31	24	19	1.98
74913--74980	21	3.2	21	68	15	68	30	26	20	22	1.98
74791--74972	41	4.4	41	91	0	283	28	25	24	21	1.99
77343--77395	20	2.7	20	93	0	88	28	18	16	35	1.93
77399--77523	65	1.9	66	85	6	173	26	20	20	32	1.97
79524--79561	14	2.6	14	91	4	58	34	10	0	55	1.34
81789--81835	21	2.2	21	85	7	60	38	4	4	53	1.40
82623--82672	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
83078--83122	18	2.7	15	83	16	54	15	2	24	57	1.49
83898--83961	30	2.1	30	91	0	101	62	10	10	15	1.54
85096--85156	2	33.0	2	81	15	78	55	0	0	44	0.99
85576--85756	67	2.7	67	77	9	186	37	11	19	32	1.88
85538--85756	67	3.2	66	74	7	179	37	11	18	31	1.87
85722--85800	26	2.8	27	81	11	88	37	8	13	39	1.77
85713--85912	66	3.2	63	82	10	223	36	9	18	36	1.83
85774--85912	33	4.3	33	87	3	185	37	9	17	35	1.83
85898--85988	38	2.5	37	96	3	166	41	13	19	25	1.88
86654--86712	22	2.6	23	91	5	102	23	30	27	18	1.98
87323--87474	67	2.3	67	89	3	225	17	26	28	27	1.97
93531--93589	22	2.6	23	91	5	102	23	30	27	18	1.98
94201--94351	67	2.3	67	90	2	232	17	26	28	27	1.97
95142--95179	15	2.5	15	80	16	51	39	15	21	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96107--96191	32	2.6	31	74	7	73	35	23	12	28	1.92
96357--96392	17	2.1	17	100	0	72	61	5	5	27	1.41
97270--97328	26	2.2	26	87	6	82	1	13	5	79	0.97
97271--97352	34	2.4	35	82	10	98	2	12	7	78	1.06
97289--97346	29	2.0	30	83	16	77	0	15	5	79	0.90
97270--97346	27	2.8	29	80	13	81	1	12	6	79	0.99
97269--97348	14	5.8	13	76	12	63	1	13	6	78	0.99
100443--100491	24	2.0	24	84	0	62	65	2	12	20	1.35
100571--100703	21	6.4	20	72	20	87	63	0	3	33	1.10
100587--100646	14	4.5	13	80	14	52	63	0	0	36	0.95
100616--100648	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
100585--100653	8	8.5	8	79	9	50	65	0	0	34	0.93
100587--100763	6	29.0	6	67	22	59	62	1	3	32	1.19
100660--100747	3	29.0	3	69	21	51	63	2	3	30	1.23
100660--100725	13	4.8	13	73	17	55	65	1	3	30	1.17
100773--100797	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
101407--101508	34	2.9	36	85	7	136	28	13	15	42	1.85
101966--102012	24	2.0	24	86	0	67	27	23	8	40	1.83
102134--102182	25	2.1	22	85	11	62	28	6	32	32	1.82
102159--102195	19	1.9	19	100	0	74	37	5	29	27	1.79
102687--102745	21	2.8	20	77	7	64	35	16	18	28	1.93
102636--102756	20	6.0	19	70	15	73	31	17	19	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102708--102913	40	5.1	41	69	10	129	29	16	26	28	1.97
102767--102808	19	2.2	19	86	4	57	19	16	33	30	1.94
102778--102814	19	1.9	19	94	0	65	18	13	32	35	1.90
102659--102936	121	2.3	121	92	0	475	28	16	24	30	1.97
102888--102933	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
102899--102935	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
103158--103315	21	7.8	20	70	7	77	37	24	17	19	1.93
103283--103476	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
103283--103476	40	4.8	39	82	3	199	35	25	19	19	1.95
103283--103475	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
103855--103925	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
104046--104100	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
104046--104116	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
104112--104209	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
104134--104223	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
104117--104231	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
106437--106472	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
106578--106660	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
106689--106943	19	14.4	19	81	16	325	13	21	18	47	1.82
106667--106876	52	3.9	52	84	9	255	14	21	17	46	1.83
106667--106943	90	3.2	90	89	7	398	14	21	18	46	1.83
106689--106915	52	4.2	55	93	6	314	14	22	16	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106708--106943	33	6.8	33	81	12	210	13	21	18	47	1.82
109416--109462	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
110139--110528	20	19.5	20	84	5	457	20	18	25	35	1.95
111856--112281	220	2.0	216	92	2	719	36	23	9	30	1.87
114963--115032	3	23.3	3	84	5	88	37	2	0	60	1.12
120296--121101	106	7.6	106	94	0	1270	34	24	17	22	1.96
121145--121405	84	3.1	83	86	2	353	29	27	19	22	1.98
121643--121725	3	27.3	3	86	7	114	36	2	0	61	1.09
125972--126019	20	2.4	21	82	10	64	50	0	4	45	1.21
127393--128256	244	3.6	242	88	5	1139	22	19	16	41	1.90

Tables:   1   2