genome.fa.s4492.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004492.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009904_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  302411

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9216--9277	4	15.8	4	83	3	81	51	22	6	19	1.69
15862--15887	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
17077--17148	36	2.0	36	97	0	135	40	13	13	31	1.85
20356--20385	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24397--24440	3	15.0	3	90	4	72	65	0	0	34	0.93
24758--24933	83	2.1	83	88	2	255	24	19	32	23	1.97
24789--24943	40	3.8	39	73	9	132	25	19	32	23	1.98
25177--25390	91	2.3	93	82	4	254	44	14	11	28	1.81
25334--25448	29	3.8	30	80	10	126	45	13	11	29	1.79
25419--25650	64	3.5	66	76	8	224	40	13	12	33	1.82
25615--25687	36	2.0	36	89	5	112	39	12	9	38	1.76
25565--25744	99	1.8	100	84	6	249	44	13	11	30	1.80
25812--25949	36	3.8	36	85	3	172	34	13	18	34	1.90
25921--26237	107	3.0	106	82	7	419	42	10	15	31	1.81
33521--33573	3	18.0	3	92	3	90	66	0	0	33	0.92
33856--33900	24	2.0	22	82	8	54	64	2	2	31	1.18
33845--33903	17	3.4	18	79	9	70	61	1	1	35	1.16
37931--37978	19	2.5	20	89	3	71	33	14	4	47	1.63
52137--52171	18	1.9	18	88	0	52	25	31	20	22	1.98
56810--56928	36	3.3	36	86	0	166	43	10	17	27	1.83
56902--56931	15	2.1	14	93	6	51	43	20	10	26	1.83
57349--57388	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57735--57769	18	1.9	18	100	0	70	17	20	34	28	1.95
59786--59811	7	3.7	7	100	0	52	0	42	0	57	0.98
59723--59899	95	1.9	95	100	0	354	21	23	14	40	1.90
60357--60399	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
60379--60529	67	2.2	68	95	2	270	30	28	25	15	1.96
61008--61311	149	2.0	149	97	0	572	26	14	21	37	1.92
61290--61334	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
67391--67433	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
67412--67563	67	2.3	67	93	3	261	31	27	25	15	1.96
68043--68344	149	2.0	149	97	0	568	26	14	21	37	1.92
69121--69507	45	8.6	45	88	1	490	44	11	21	22	1.84
70207--70249	22	1.9	22	85	4	59	58	13	6	20	1.59
71387--71426	17	2.3	17	86	4	53	22	30	17	30	1.97
71479--71522	21	2.1	21	100	0	88	45	18	0	36	1.49
71635--71682	20	2.4	20	96	0	87	52	14	4	29	1.60
71739--71864	54	2.3	54	95	0	234	52	16	4	26	1.63
71842--71901	30	2.0	30	90	0	93	48	11	5	35	1.61
72403--72427	9	2.8	9	100	0	50	20	36	0	44	1.52
75010--75144	61	2.3	60	89	5	204	60	17	10	11	1.58
75612--75644	17	2.0	17	88	5	50	45	0	9	45	1.35
76097--76135	15	2.6	15	100	0	78	12	46	28	12	1.79
76114--76216	48	2.1	48	100	0	206	9	40	31	18	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76424--76457	15	2.3	15	89	0	50	41	26	8	23	1.83
76627--76728	53	1.9	52	88	2	150	48	12	23	15	1.80
78713--78794	11	7.8	11	74	16	68	63	0	34	2	1.08
78714--78786	20	3.4	20	77	20	76	64	0	32	2	1.08
78696--78794	30	3.3	31	80	9	123	63	0	34	2	1.06
78808--78848	21	2.0	21	95	0	73	26	0	17	56	1.41
78825--78887	28	2.2	30	94	5	112	30	0	12	57	1.36
79165--79192	5	5.6	5	100	0	56	60	0	39	0	0.97
79588--79661	20	3.7	20	71	8	60	48	4	4	43	1.40
81607--81684	23	3.3	23	81	1	93	34	23	17	24	1.96
81691--81908	103	2.1	103	99	0	427	36	23	13	25	1.92
83281--83339	20	2.8	21	87	7	84	20	27	22	30	1.98
87050--87091	11	3.8	11	84	9	59	28	0	2	69	1.01
87158--87215	16	3.4	16	71	17	53	41	5	8	44	1.57
87153--87239	23	4.2	22	66	29	66	39	4	8	48	1.53
87267--87306	17	2.5	15	88	8	53	45	0	2	52	1.14
90042--90097	15	3.8	14	81	11	67	3	30	0	66	1.09
90048--90095	19	2.5	19	93	0	78	4	31	0	64	1.12
94389--94429	21	2.0	21	90	0	64	43	4	14	36	1.67
103946--103988	19	2.3	19	88	8	61	53	4	4	37	1.43
104074--104106	13	2.6	13	85	4	50	45	6	6	42	1.53
105865--105906	19	2.2	19	91	4	66	71	14	0	14	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111888--111931	20	2.2	20	88	4	63	54	4	4	36	1.41
113527--113572	17	2.6	17	80	16	58	50	0	17	32	1.47
114923--114970	21	2.3	21	82	7	62	22	0	6	70	1.09
115317--115364	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
116265--116327	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
116345--116389	22	2.0	22	83	8	56	35	13	13	37	1.84
115881--119097	430	7.5	430	96	1	5886	39	12	7	40	1.72
116685--116757	23	3.2	23	88	0	110	38	20	5	35	1.76
117120--117182	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
117527--117596	21	3.2	21	85	4	95	38	22	5	32	1.78
117532--117602	23	3.2	23	88	8	110	38	22	5	33	1.78
117960--118032	23	3.2	24	84	7	89	39	21	4	34	1.73
118389--118461	23	3.2	23	88	0	110	39	20	5	34	1.76
118820--118892	23	3.2	23	86	7	103	41	20	4	34	1.72
120709--122482	200	8.9	200	96	0	3260	30	17	14	36	1.90
122563--122623	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
122575--122623	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
124420--124480	32	1.9	32	89	0	95	22	47	0	29	1.52
124514--124578	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
126601--126653	24	2.2	24	83	6	63	30	5	9	54	1.55
126779--126821	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
126784--126830	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126965--127011	20	2.3	20	89	10	78	19	17	8	55	1.67
126733--127223	181	2.7	180	89	1	714	26	17	14	41	1.88
127290--127785	230	2.2	228	96	0	911	38	8	7	45	1.63
128032--128056	11	2.3	11	100	0	50	36	24	8	32	1.84
142276--142334	19	3.1	19	100	0	118	40	0	16	42	1.49
143671--143762	22	4.2	22	73	13	73	35	21	17	25	1.95
145180--145241	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
149555--149581	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
151137--151172	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
153028--153099	31	2.4	29	80	13	83	45	2	1	50	1.25
153045--153119	31	2.4	32	84	6	91	48	6	1	44	1.37
164034--164091	29	2.0	29	96	0	107	44	25	13	15	1.83
164714--164751	14	2.6	14	80	19	51	18	0	28	52	1.45
164888--164954	34	2.0	34	88	8	102	41	0	14	43	1.46
164967--165054	22	4.2	21	84	8	117	21	0	23	54	1.45
165045--165104	7	8.6	7	84	0	84	18	0	26	55	1.43
165037--165100	14	4.6	14	84	3	85	18	0	28	53	1.45
165146--165296	7	21.7	7	71	4	63	45	29	2	22	1.66
165146--165296	14	10.9	14	68	9	76	45	29	2	22	1.66
165315--165381	21	3.0	22	71	18	59	26	1	19	52	1.55
165397--165463	7	9.6	7	81	0	53	50	28	0	20	1.48
165402--165465	21	3.0	21	82	13	78	50	26	0	23	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165683--165731	22	2.2	22	81	0	62	53	26	0	20	1.46
165750--165830	39	2.2	36	86	10	110	48	8	0	43	1.34
165963--165992	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
166456--166498	20	2.2	20	100	0	86	44	16	4	34	1.68
171885--171924	21	1.9	21	85	10	55	60	0	2	37	1.11
173678--173740	2	32.0	2	96	3	119	50	0	0	49	1.00
176503--176584	22	3.7	22	78	0	83	28	19	20	31	1.97
177531--177605	20	4.0	20	76	16	79	30	20	22	26	1.98
177536--177605	35	2.0	36	91	2	115	31	20	20	28	1.97
177670--177722	20	2.7	19	91	5	79	30	11	30	28	1.91

Tables:   1   2