genome.fa.s4492.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004492.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009904_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  302411

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 233 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177947--178003	18	2.9	19	75	12	62	50	8	8	31	1.64
184454--184500	19	2.6	17	83	16	51	29	19	21	29	1.97
186233--186262	15	2.1	14	93	6	51	30	0	0	70	0.88
186233--186267	17	2.1	17	88	0	52	28	0	0	71	0.86
188886--188925	18	2.2	18	100	0	80	25	20	25	30	1.99
191524--191606	43	1.9	43	95	0	148	32	31	15	20	1.94
191644--191846	110	1.8	110	88	4	311	35	21	18	23	1.95
192335--192406	36	2.0	36	88	0	108	25	20	12	41	1.87
192389--192468	30	2.7	29	82	5	99	40	18	10	31	1.84
192275--192500	96	2.4	96	84	4	269	31	19	11	37	1.87
192489--192568	37	2.4	31	73	25	81	36	16	12	35	1.86
192498--192579	37	2.3	35	87	8	112	47	14	10	26	1.77
192535--192610	40	1.9	40	89	5	118	48	14	9	27	1.74
203498--203635	64	2.2	62	81	7	152	28	18	21	31	1.96
203648--203686	20	2.0	20	94	0	69	17	15	35	30	1.91
206215--206273	20	2.8	20	77	7	55	28	33	23	13	1.93
206210--206274	22	3.0	21	71	10	69	29	32	23	15	1.95
208373--208408	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
209987--210040	16	3.0	19	76	20	62	25	18	27	27	1.98
210069--210138	21	3.7	20	74	16	76	24	20	30	25	1.99
215123--215169	20	2.3	20	92	0	76	34	12	14	38	1.85
215850--215909	30	2.0	30	100	0	120	6	13	20	60	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215861--215915	15	3.7	15	72	18	60	5	14	18	61	1.51
228824--228858	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
229923--230020	51	1.9	51	100	0	196	29	15	17	37	1.90
230304--230334	13	2.4	13	94	0	53	19	12	12	54	1.70
231410--231451	21	2.0	21	95	0	75	30	14	7	47	1.71
231446--231544	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
231831--231862	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
235348--235502	29	5.4	28	74	9	116	54	8	2	34	1.44
235345--235528	29	6.4	29	73	6	113	55	8	2	34	1.42
235366--235528	57	2.8	57	82	2	193	55	7	1	34	1.40
237730--237787	25	2.3	26	82	8	66	32	13	3	50	1.59
243551--243593	21	2.0	21	100	0	86	23	18	27	30	1.98
245340--245373	17	1.9	17	88	5	50	50	0	0	50	1.00
245337--245410	11	6.2	11	70	21	51	48	1	1	48	1.18
245343--245402	18	3.4	18	75	11	61	46	1	1	50	1.21
245393--245440	13	3.5	13	75	10	51	45	4	4	45	1.41
245346--245452	15	7.0	15	71	16	60	46	2	4	45	1.38
245808--245963	2	81.0	2	69	18	91	49	1	4	44	1.30
246158--246231	37	2.1	36	84	5	96	40	9	10	39	1.73
246342--246455	21	5.8	20	71	20	82	50	22	2	23	1.61
246365--246441	35	2.2	36	82	15	99	51	23	2	22	1.60
246541--246633	20	4.7	19	71	10	71	44	8	4	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246552--246592	15	2.6	16	88	7	57	46	9	2	41	1.50
246541--246615	35	2.0	39	82	10	95	44	9	4	42	1.55
246572--246630	22	2.7	22	78	17	68	42	8	5	44	1.57
246505--246645	57	2.5	55	80	8	167	42	9	7	41	1.64
246639--246730	21	4.3	20	69	16	60	38	6	6	48	1.55
246697--246865	65	2.6	65	83	7	191	42	5	4	47	1.45
246756--246866	34	3.4	32	75	17	86	44	5	3	46	1.43
246709--246959	31	8.2	30	71	18	114	45	3	2	48	1.36
246709--246836	31	4.0	31	76	13	134	40	5	3	50	1.44
246851--246902	21	2.5	20	85	11	70	50	0	1	48	1.12
246851--246928	6	13.3	6	74	23	53	48	0	1	50	1.09
246870--246956	21	3.9	22	77	15	81	49	1	0	49	1.08
246856--246933	15	6.1	12	74	22	54	50	0	1	48	1.09
246876--246933	28	2.1	27	90	3	89	50	0	0	50	1.00
250264--250320	22	2.5	24	88	8	82	40	3	0	56	1.17
250411--250447	19	1.9	19	94	0	65	43	5	0	51	1.24
250514--250580	16	4.2	16	88	0	98	37	13	26	22	1.91
251024--251049	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
254531--254749	36	6.1	36	95	0	357	34	24	24	16	1.95
254531--254780	72	3.5	72	90	2	378	34	23	23	19	1.97
255040--255104	19	3.4	19	91	0	94	38	10	13	36	1.80
256989--257034	23	2.0	23	86	0	65	19	26	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256990--257045	23	2.4	23	82	5	60	17	26	26	28	1.98
258181--258223	21	2.0	21	100	0	86	23	18	27	30	1.98
258505--258552	11	4.2	11	80	15	53	70	0	25	4	1.04
264186--264220	13	2.7	13	81	0	52	5	14	17	62	1.49
272261--272285	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
272674--272757	22	3.7	23	68	24	70	38	2	7	52	1.42
272687--272775	46	1.9	46	97	0	169	41	3	4	50	1.39
273383--273538	29	5.4	29	75	4	109	55	8	2	33	1.43
273383--273540	58	2.7	58	81	12	164	55	8	2	33	1.43
274911--274949	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
275565--275641	21	3.7	21	98	0	145	38	19	27	14	1.90
275630--275743	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
275627--275743	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
275954--276004	27	2.0	26	84	7	68	45	31	3	19	1.69
276321--276488	33	4.9	33	87	7	219	11	23	20	43	1.85
276321--276513	19	10.8	19	73	17	164	12	23	19	44	1.85
276409--276464	14	3.6	14	74	21	58	10	25	25	39	1.87
276321--276488	71	2.5	66	87	5	219	11	23	20	43	1.85
278606--278769	42	3.9	42	79	3	177	20	36	17	25	1.94
278605--278778	84	2.1	84	94	0	303	20	36	17	25	1.95
278748--278808	21	3.0	20	73	7	50	22	34	19	22	1.97
278605--278808	84	2.4	84	89	1	266	21	34	18	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280166--280201	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
280310--280390	33	2.5	33	89	4	119	46	17	22	13	1.82
280399--280525	33	3.9	32	79	8	157	17	21	18	43	1.88
280467--280525	19	3.4	19	73	22	74	13	22	18	45	1.84
282815--282839	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
283014--283067	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
283817--283862	20	2.3	20	82	17	60	41	15	23	19	1.89
283825--283863	20	2.1	19	90	9	62	41	15	20	23	1.90
283830--283882	21	2.6	21	87	3	72	39	16	22	20	1.92
283871--283928	20	2.9	20	89	0	71	29	24	20	25	1.99
284171--284224	20	2.7	20	100	0	108	48	22	20	9	1.78
284269--284342	19	4.5	16	81	16	57	12	20	20	47	1.81
284284--284332	19	2.6	19	100	0	98	14	20	16	48	1.80
284469--284505	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
285948--286012	21	3.1	21	68	16	62	21	12	44	21	1.85
285929--286012	42	2.0	42	90	0	132	19	14	45	21	1.85
286375--286442	20	3.5	19	82	6	82	38	23	23	14	1.92
286464--286507	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
286994--287038	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
288359--288417	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
288914--288985	20	3.6	20	92	0	117	26	19	29	25	1.99
288994--289047	20	2.7	20	88	0	81	25	18	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296294--296375	29	2.8	29	88	1	119	31	15	10	41	1.82
297662--297691	15	2.0	15	93	0	51	56	30	0	13	1.37
301056--301130	29	2.6	29	89	0	114	30	16	12	41	1.84

Tables:   1   2

The End!