genome.fa.s4540.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004540.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010050_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  429677

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8977--9016	15	2.6	15	84	4	53	70	10	2	17	1.27
17301--17459	32	5.0	32	77	0	165	28	23	27	20	1.99
17301--17502	96	2.1	96	96	0	368	27	23	27	20	1.99
17301--17502	32	6.3	32	75	0	143	27	23	27	20	1.99
18594--18660	27	2.4	28	90	5	109	20	10	25	43	1.84
21944--21986	16	2.7	16	82	10	52	53	0	4	41	1.21
22019--22043	7	3.6	7	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22404--22441	11	3.5	11	82	7	51	18	2	18	60	1.48
22848--23186	43	7.9	43	87	2	396	32	18	24	24	1.97
22848--23186	85	4.0	86	83	2	396	32	18	24	24	1.97
26550--26851	41	7.4	41	74	7	238	33	19	18	28	1.96
26550--26851	81	3.7	81	82	4	279	33	19	18	28	1.96
26593--26851	81	3.2	80	83	4	281	32	19	18	28	1.96
28817--28876	27	2.2	29	85	14	83	80	5	5	10	1.02
28861--28902	17	2.4	18	84	4	50	76	2	14	7	1.10
30179--30228	11	4.8	10	81	16	57	76	0	2	22	0.89
30181--30213	15	2.2	15	94	0	57	75	0	3	21	0.93
30228--30278	27	1.9	27	84	11	70	52	5	1	39	1.37
30240--30431	39	5.1	36	74	13	154	44	6	4	44	1.48
30245--30431	41	4.9	39	77	10	156	44	5	3	45	1.45
30381--30481	25	3.9	25	71	21	75	44	5	3	45	1.46
30308--30568	124	2.1	125	96	2	481	43	6	4	45	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30433--30632	37	5.4	37	79	8	194	44	7	4	44	1.51
30492--30654	74	2.2	71	81	7	175	46	7	4	41	1.51
30492--30657	37	4.5	35	78	8	111	46	7	4	42	1.51
31247--31840	329	1.8	330	93	0	1037	23	21	25	29	1.99
31247--31840	165	3.6	165	95	0	1037	23	21	25	29	1.99
35229--35274	19	2.4	19	96	0	83	65	10	13	10	1.48
38339--38388	16	3.1	16	77	8	57	74	0	2	24	0.93
38339--38389	26	2.0	25	81	14	59	72	0	1	25	0.95
38405--38592	41	4.9	40	79	9	146	44	5	3	45	1.45
38542--38642	27	3.9	25	73	17	89	44	5	3	45	1.46
38400--38793	36	10.1	37	73	16	223	44	6	4	44	1.49
38578--38607	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
38467--38718	124	2.0	128	96	3	476	43	6	4	45	1.50
38594--38818	74	3.1	74	78	10	219	44	6	4	44	1.50
38594--38793	37	5.4	37	80	7	212	44	7	4	44	1.49
38691--38820	37	3.5	37	81	9	126	46	6	3	43	1.49
38948--38997	19	2.6	18	84	9	55	28	2	8	62	1.35
39422--39606	93	2.0	92	92	1	307	25	13	22	38	1.90
45175--45227	3	18.3	3	75	21	51	66	0	28	5	1.15
45164--45236	29	2.6	28	79	14	71	63	0	28	8	1.23
45662--45700	3	12.7	3	94	5	69	69	0	0	30	0.89
45661--45703	19	2.3	19	100	0	86	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45665--45697	16	2.1	16	100	0	66	69	0	0	30	0.88
45661--45716	19	2.9	19	91	0	76	69	0	3	26	1.04
47796--47835	21	1.9	21	100	0	80	40	15	25	20	1.90
49091--49122	16	2.0	16	93	0	55	53	0	9	37	1.34
49590--49642	20	2.7	20	82	8	65	15	3	7	73	1.20
55710--55748	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41
57070--57101	12	2.7	12	100	0	64	9	46	15	28	1.77
60591--60651	19	3.2	19	85	0	77	21	29	31	18	1.96
60617--60659	19	2.3	19	83	0	50	18	34	30	16	1.93
61580--61609	14	2.1	14	93	0	51	33	0	30	36	1.58
69815--69873	30	2.0	30	96	0	109	40	6	6	45	1.57
70878--70905	14	2.0	14	100	0	56	35	35	14	14	1.86
79125--79181	2	29.0	2	89	10	91	47	1	0	50	1.11
80582--80659	34	2.4	32	79	14	88	23	3	2	70	1.16
80611--80683	34	2.1	34	82	10	85	19	9	0	71	1.13
81629--81674	20	2.3	18	82	17	56	13	13	0	73	1.09
82969--83021	22	2.4	22	93	0	88	32	9	41	16	1.81
89950--89995	24	2.0	21	84	12	56	80	2	15	2	0.91
91840--91899	2	30.0	2	86	6	86	46	3	0	50	1.18
93272--93360	4	21.5	4	71	21	51	23	4	1	70	1.12
93305--93357	18	2.9	18	81	8	63	20	5	0	73	1.03
93272--93374	26	3.9	25	72	17	75	22	5	0	70	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93392--93436	20	2.2	21	80	11	58	13	13	2	71	1.25
93890--93945	19	2.9	19	81	0	67	19	5	0	75	1.00
93980--94024	20	2.2	21	80	11	58	15	11	2	71	1.24
93193--94364	587	2.0	587	95	0	2123	29	14	10	45	1.78
114994--115022	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
115128--115170	3	14.7	3	86	13	63	72	0	0	27	0.85
115126--115200	9	9.4	8	80	15	68	76	1	1	21	0.94
115127--115177	21	2.4	20	90	9	75	72	1	0	25	0.95
115091--115218	32	4.2	31	74	16	99	73	3	3	18	1.15
116930--118068	84	13.5	84	88	1	1562	24	18	22	34	1.96
119631--119688	23	2.5	23	83	5	73	32	24	22	20	1.98
120341--120502	63	2.6	65	84	6	199	24	19	22	32	1.97
125227--125269	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
125815--126130	150	2.1	150	94	1	555	26	17	21	34	1.95
126098--126142	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
132191--132233	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
132301--132333	13	2.8	12	90	9	50	81	0	18	0	0.68
132301--132335	17	2.2	15	90	10	52	80	0	20	0	0.72
132780--133097	152	2.1	149	92	2	530	27	16	21	34	1.95
133065--133109	23	2.0	23	82	8	56	20	24	26	28	1.99
135252--135285	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
135507--135567	23	2.7	23	84	0	86	27	26	26	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140276--140369	23	4.0	24	78	14	106	30	24	25	19	1.98
141394--141464	35	2.0	36	94	2	126	19	29	32	18	1.96
142545--142603	3	20.7	3	83	10	79	67	1	0	30	1.00
142548--142611	6	9.3	7	86	8	55	67	3	0	29	1.06
144721--144772	20	2.6	20	78	0	59	28	21	23	26	1.99
148443--148468	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
151234--151315	31	2.6	31	82	1	83	32	12	6	48	1.65
152379--152492	21	5.5	21	78	10	117	32	23	21	21	1.98
152379--152487	41	2.6	41	81	11	123	31	23	22	22	1.99
152391--152518	62	2.1	62	91	2	204	33	21	21	24	1.97
152509--152614	21	5.1	21	82	4	144	21	20	27	30	1.98
153310--153392	2	41.5	2	100	0	166	50	0	0	49	1.00
154322--154361	22	1.9	21	90	10	64	30	20	10	40	1.85
160296--160349	27	2.0	27	88	0	81	27	18	11	42	1.84
163982--164032	16	3.2	16	89	8	70	45	11	23	19	1.83
163990--164033	14	3.0	14	90	6	61	47	11	22	18	1.80
166255--166355	51	2.0	51	96	3	186	35	13	19	30	1.91
167743--167786	14	2.9	15	93	6	72	47	13	22	15	1.81
170771--170827	24	2.4	24	85	5	71	33	29	17	19	1.95
170949--171002	22	2.5	22	90	0	90	25	12	22	38	1.90
173103--173146	19	2.3	19	92	0	70	9	61	15	13	1.56
180482--180542	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181761--181821	26	2.3	26	97	0	113	16	22	29	31	1.96
183519--183569	21	2.4	21	90	0	75	29	0	21	49	1.50
192037--192061	12	2.1	12	100	0	50	44	16	24	16	1.86
195165--195253	46	1.9	46	84	4	117	39	5	15	39	1.71
197837--198084	31	8.0	31	93	0	408	27	18	20	33	1.96
199783--199840	18	3.1	19	75	9	73	20	20	29	29	1.98
199782--199841	20	3.1	20	76	9	70	23	20	28	28	1.99
206547--206619	18	3.9	18	75	7	74	24	19	28	27	1.98
216306--216390	29	2.9	29	96	0	152	52	4	2	40	1.35
216308--216382	18	3.9	18	72	16	62	53	4	2	40	1.34

Tables:   1   2   3