genome.fa.s4540.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004540.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010050_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  429677

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 323 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216423--216490	28	2.3	29	75	12	68	48	1	0	50	1.10
216517--216561	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
216791--216853	24	2.6	24	76	0	72	55	20	14	9	1.67
218804--218838	13	2.7	13	86	13	54	80	5	11	2	1.00
218805--218839	12	2.8	12	95	4	61	77	5	14	2	1.07
219711--219758	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
223290--223336	25	1.9	26	87	12	73	29	6	0	63	1.19
225181--225212	17	1.9	16	93	6	55	40	6	9	43	1.62
226145--226177	17	1.9	17	88	11	50	42	21	0	36	1.53
228162--228208	22	2.0	22	84	8	58	51	4	12	31	1.59
229720--229774	21	2.6	21	79	0	65	30	12	10	45	1.77
231239--231264	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
233080--233127	20	2.4	20	92	0	78	47	22	2	27	1.62
233089--233128	20	2.0	20	100	0	80	45	25	5	25	1.73
234132--234169	13	3.0	13	84	3	51	52	0	0	47	1.00
234223--234269	23	2.0	24	84	12	62	59	8	2	29	1.39
237142--237182	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
237303--238115	128	6.3	128	92	0	1356	21	23	20	34	1.97
237303--238115	385	2.1	383	92	1	1347	21	23	20	34	1.97
238406--238513	34	3.1	34	86	1	153	37	3	4	54	1.39
239033--239104	21	3.5	21	83	9	94	22	27	33	16	1.95
240842--240942	48	2.1	48	80	10	109	60	1	0	37	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243362--243428	14	4.6	14	76	10	62	50	1	0	47	1.10
247925--247983	31	2.0	29	90	6	91	25	16	6	50	1.70
250088--250160	31	2.4	31	73	11	78	64	10	10	13	1.50
251875--251910	17	2.1	18	94	5	65	27	11	27	33	1.91
252050--252361	125	2.5	125	86	5	427	27	20	22	30	1.98
258258--258318	27	2.2	28	80	11	72	57	13	13	16	1.66
259802--259843	9	4.7	9	87	0	57	52	2	0	45	1.13
262288--262338	26	2.0	27	92	7	88	37	3	9	49	1.55
262704--262804	51	2.0	51	96	0	184	40	12	17	28	1.87
264604--264658	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
266025--266051	12	2.2	12	100	0	54	40	7	22	29	1.81
266776--266814	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
268930--269128	99	2.0	99	100	0	398	40	17	14	28	1.88
274438--274501	32	2.0	32	96	0	119	28	20	25	26	1.99
277220--277295	27	2.8	28	93	2	136	17	14	2	65	1.37
278065--278123	30	2.0	30	86	6	84	42	5	27	25	1.76
278929--278958	7	4.3	7	91	0	51	46	30	0	23	1.52
278979--279008	7	4.3	7	91	0	51	46	36	0	16	1.47
279252--279302	14	3.6	14	83	0	57	47	29	1	21	1.62
279256--279302	21	2.2	21	88	0	67	44	29	2	23	1.65
278979--279694	296	2.5	288	86	4	994	38	24	6	30	1.81
279541--279585	21	2.1	21	100	0	90	55	22	0	22	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279872--279912	21	2.0	21	90	9	66	58	4	2	34	1.32
279872--279924	21	2.6	19	83	16	63	58	3	1	35	1.27
280279--280336	29	2.0	30	83	6	75	27	27	1	43	1.65
280422--280470	16	3.0	16	78	21	57	61	2	2	34	1.19
280452--280492	13	3.1	13	86	6	55	70	4	0	24	1.06
280452--280489	14	2.8	14	88	4	51	71	2	0	26	1.00
280941--281097	42	3.7	41	79	14	142	52	1	0	45	1.13
281021--281096	24	3.4	23	81	15	90	55	1	0	43	1.08
281041--281091	14	3.6	14	81	0	57	58	0	0	41	0.98
281002--281097	22	4.4	22	78	13	92	52	1	0	46	1.07
281189--281265	22	3.5	22	74	10	75	54	1	0	44	1.08
281207--281243	14	2.6	14	88	12	58	45	0	0	54	1.00
281292--281364	30	2.5	28	73	13	76	52	1	2	43	1.24
281747--281810	2	33.0	2	90	6	105	50	0	1	48	1.10
282049--282127	27	2.8	27	74	16	72	36	1	1	60	1.13
283085--283159	29	2.5	31	77	16	86	48	9	2	40	1.50
283940--284144	105	2.0	105	94	0	356	33	17	13	36	1.88
285095--285315	64	3.5	64	82	6	231	33	20	19	26	1.97
285929--286053	31	4.0	31	96	2	225	18	19	24	38	1.93
286958--287120	80	2.0	80	97	0	308	41	9	22	26	1.84
288885--288910	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
289444--289667	64	3.5	63	83	3	252	33	20	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297502--297534	15	2.2	15	94	0	57	6	15	69	9	1.34
300690--300723	15	2.1	17	89	10	54	73	2	0	23	0.97
303203--303268	30	2.2	30	83	5	80	30	7	10	51	1.64
306717--306772	13	4.6	12	75	18	53	76	5	16	1	1.05
306717--306774	25	2.4	23	86	11	80	77	5	15	1	1.02
306712--306774	26	2.4	26	81	7	83	77	4	15	1	1.01
307802--307895	32	2.9	32	80	0	107	34	9	24	31	1.88
308306--308429	43	2.9	43	80	4	135	29	29	19	21	1.98
308099--309013	335	2.7	335	89	2	1336	32	24	18	24	1.97
309254--309358	35	3.0	36	78	9	117	24	20	15	40	1.91
309262--309370	36	3.1	36	80	9	125	25	18	14	41	1.89
309370--309805	131	3.3	130	82	2	523	26	29	17	25	1.97
311077--311133	30	1.9	30	85	7	80	21	7	7	64	1.42
311642--311678	16	2.3	16	90	0	56	29	5	2	62	1.31
312767--312819	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
312809--312922	21	5.5	21	77	7	92	38	19	21	21	1.93
312809--312950	62	2.3	60	89	8	187	39	19	19	21	1.93
312849--313020	20	8.4	20	77	10	116	33	24	19	22	1.97
312826--313004	62	2.9	62	89	2	254	36	22	19	21	1.95
312845--312965	21	5.9	21	74	6	95	40	20	19	19	1.92
312908--313020	41	2.8	40	86	1	136	32	25	18	23	1.97
312912--313030	20	5.9	20	86	2	130	30	26	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312951--313044	20	4.7	20	90	0	80	27	27	20	24	1.99
313787--313840	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
314015--314039	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
316343--316397	19	2.8	19	83	2	65	38	21	21	18	1.94
316370--316456	33	2.6	33	92	0	138	47	16	22	13	1.82
316463--316504	19	2.2	19	91	0	66	11	19	28	40	1.87
316645--316681	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
318034--318094	21	3.0	20	71	7	59	19	19	37	22	1.94
318034--318156	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
318545--318849	94	3.3	94	93	3	512	47	19	12	21	1.82
320561--320616	14	3.6	14	74	21	58	42	21	25	10	1.85
320532--320657	19	7.1	19	73	17	110	45	18	23	12	1.84
320540--320638	33	3.0	33	90	1	153	43	20	24	12	1.85
320669--320705	14	2.6	14	95	0	65	10	24	24	40	1.87
321258--321309	20	2.6	20	90	0	86	23	17	25	34	1.96
321300--321389	20	4.4	20	84	2	126	20	21	20	38	1.93
321300--321389	41	2.2	40	88	2	126	20	21	20	38	1.93
321318--321527	41	5.1	41	72	11	144	28	19	19	32	1.96
321386--321441	20	2.7	21	80	5	69	42	16	21	19	1.89
321303--321423	61	2.0	61	80	6	138	25	20	19	34	1.96
321379--321451	21	3.5	21	79	3	76	36	17	21	23	1.94
329444--329495	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
329484--329597	20	5.7	20	82	6	104	31	24	18	25	1.97
329481--329597	61	1.9	61	83	0	153	33	23	17	24	1.97
330152--330195	18	2.4	19	84	7	63	47	27	15	9	1.76
330191--330336	19	8.1	19	69	17	96	12	23	21	43	1.86
330224--330311	33	2.6	33	90	1	140	11	25	23	39	1.88
330279--330336	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
332486--332636	21	7.2	21	62	10	58	22	37	19	21	1.95
332439--332636	42	4.7	42	81	2	202	22	36	18	22	1.95
332435--332606	84	2.0	84	100	0	344	21	38	17	22	1.93
332435--332636	84	2.4	84	92	1	289	22	37	18	22	1.94

Tables:   1   2   3