genome.fa.s4597.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004597.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010271_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  225727

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19--214	36	5.4	35	76	13	150	25	20	12	42	1.86
111--214	35	3.0	36	91	4	160	26	20	12	40	1.88
231--392	36	4.5	36	83	6	193	24	20	14	39	1.91
111--523	171	2.4	169	90	6	635	25	20	13	40	1.89
1--392	207	1.9	205	86	8	560	26	19	13	41	1.87
456--505	15	3.1	15	73	15	55	22	20	16	42	1.89
299--483	98	1.9	101	87	3	277	25	20	14	40	1.89
292--552	36	7.6	34	70	18	96	25	21	14	37	1.92
541--601	31	1.9	33	90	6	99	44	22	9	22	1.82
616--1018	82	5.0	81	78	7	374	31	24	19	23	1.98
991--1104	54	2.1	55	86	1	158	29	20	21	28	1.98
1344--1369	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
3855--3925	34	2.0	36	84	10	94	47	1	1	49	1.18
4463--4506	21	2.2	20	83	4	52	56	0	0	43	0.99
11528--11593	27	2.4	28	80	7	82	12	34	21	31	1.90
16354--16403	23	2.2	23	88	0	73	38	6	22	34	1.78
16317--16479	87	1.9	87	96	0	299	40	11	15	33	1.82
16497--17198	199	3.5	197	83	7	861	30	14	14	39	1.87
21321--21797	200	2.4	198	86	2	668	32	16	12	37	1.87
22488--22521	15	2.3	15	89	0	50	32	29	20	17	1.96
22606--22715	29	3.8	29	93	2	186	17	21	16	44	1.86
29372--29406	18	1.9	18	94	0	61	20	37	20	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29520--29629	29	3.8	29	90	2	159	18	20	16	45	1.86
29520--29629	58	1.9	58	90	3	177	18	20	16	45	1.86
30006--30166	64	2.5	65	78	9	179	26	19	19	34	1.96
30933--32002	200	5.5	200	80	6	1215	31	15	12	40	1.84
31286--31641	179	2.0	178	90	0	559	30	15	11	42	1.83
31465--32002	201	2.7	200	87	1	740	31	15	12	40	1.85
31086--31800	378	1.9	379	92	0	1200	32	15	11	41	1.83
32382--32432	24	2.1	24	85	0	66	47	19	3	29	1.68
33737--33807	6	11.8	6	83	0	79	30	30	1	36	1.66
33737--33807	9	7.9	9	83	0	79	30	30	1	36	1.66
33737--33802	15	4.4	15	86	0	78	31	31	1	34	1.67
35281--35755	201	2.4	201	83	5	620	31	16	15	37	1.90
36136--36184	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
37741--37780	19	2.2	19	90	4	64	2	42	0	55	1.13
37964--38063	33	3.0	33	86	5	148	25	46	0	29	1.53
38096--38139	21	2.1	21	95	0	79	13	34	11	40	1.81
38518--38575	27	2.4	26	81	18	72	50	3	0	46	1.18
40536--41380	182	4.6	182	88	2	1148	28	16	13	41	1.86
40536--41385	363	2.3	365	85	4	1128	28	16	13	41	1.86
42497--42528	15	2.1	16	88	11	50	21	6	6	65	1.38
49924--49989	20	3.3	20	89	0	96	45	22	13	18	1.84
50493--50563	20	3.5	20	94	0	124	46	23	19	9	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50638--50683	20	2.3	20	92	0	74	13	19	21	45	1.84
50656--50695	20	2.0	20	85	0	53	20	17	17	45	1.86
52887--52957	21	3.4	21	74	1	54	23	39	21	15	1.91
52836--52954	42	2.8	40	75	12	114	22	35	21	21	1.96
54471--54607	34	3.9	34	77	11	130	24	18	21	35	1.95
54503--54565	20	3.2	20	97	0	117	30	19	19	31	1.96
54611--54649	20	2.0	20	94	0	69	17	20	20	41	1.91
65386--65422	20	1.9	19	89	10	58	18	21	37	21	1.94
67540--67570	16	1.9	16	93	0	53	93	3	3	0	0.41
67500--67641	73	1.9	75	81	5	173	55	13	21	9	1.66
69932--69985	22	2.2	25	87	12	78	27	42	9	20	1.82
70961--70986	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
71051--71121	28	2.4	29	79	13	74	28	2	4	64	1.26
71081--71157	17	4.4	17	67	23	52	20	6	0	72	1.06
71176--71210	3	11.7	3	93	0	61	34	0	0	65	0.93
71436--71494	5	11.8	5	74	13	50	15	5	3	76	1.10
71446--71505	31	1.9	30	83	12	77	13	8	3	75	1.16
75682--75718	18	2.1	17	90	5	56	72	5	0	21	1.04
77762--77816	23	2.4	23	70	8	58	9	10	32	47	1.70
86772--86913	41	3.4	41	67	14	94	33	14	21	30	1.93
86745--87025	82	3.4	82	79	6	282	31	14	21	32	1.93
86827--87025	42	4.8	41	69	14	122	30	15	22	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87441--87484	22	2.0	22	95	0	79	38	9	15	36	1.80
87444--87491	22	2.2	22	88	0	69	39	10	16	33	1.83
97874--97952	21	3.8	21	91	0	113	48	17	31	2	1.61
98364--98496	43	3.1	43	83	3	169	30	21	18	28	1.97
106607--106654	16	2.8	18	78	12	57	62	2	0	35	1.07
107934--108036	40	2.6	40	92	0	161	43	11	14	30	1.81
108371--108451	13	6.8	12	68	18	53	7	12	19	60	1.55
108371--108461	36	2.5	36	94	0	155	6	13	20	59	1.56
108372--108438	23	3.0	22	82	4	71	7	13	20	58	1.59
111040--111083	22	2.0	22	81	0	52	52	15	4	27	1.63
113122--113202	3	25.3	3	80	16	83	67	2	0	29	1.03
113437--113727	40	6.7	46	71	15	167	24	19	30	25	1.98
113407--113717	129	2.4	129	94	0	550	24	18	30	25	1.98
113746--113842	28	3.4	27	82	15	106	45	13	15	25	1.83
113844--114033	66	2.9	63	72	7	148	37	14	18	29	1.90
114820--114946	37	3.6	38	68	22	114	44	11	12	30	1.78
114863--114993	30	4.1	30	72	21	106	41	13	12	32	1.82
114767--114976	67	3.2	67	89	4	302	44	11	13	30	1.79
114981--115083	52	2.0	53	94	1	181	36	16	13	33	1.88
115079--115137	27	2.2	27	90	6	93	45	13	8	32	1.74
114906--115170	141	1.9	143	94	2	471	41	14	12	30	1.83
115384--115487	36	3.0	36	83	4	133	36	11	19	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115385--115503	36	3.4	36	80	6	120	36	12	20	30	1.90
115455--115687	105	2.3	101	85	8	292	37	12	19	30	1.89
121332--121375	22	2.0	22	81	0	52	52	15	4	27	1.63
123417--123491	3	23.3	3	78	17	71	68	2	0	29	1.04
123417--123492	34	2.1	37	85	7	104	68	2	0	28	1.03
123724--123785	31	2.0	31	83	0	79	37	9	17	35	1.83
130101--130233	66	2.0	66	89	2	205	29	5	14	51	1.64
132777--132803	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
138047--138091	4	11.2	4	90	9	74	26	0	22	51	1.49
144830--144858	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
145173--145234	28	2.1	28	85	5	79	20	6	6	66	1.38
149573--149604	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
149619--149678	23	2.7	23	94	2	104	48	0	6	45	1.29
149938--149962	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
156146--156197	23	2.3	23	89	0	86	23	26	28	21	1.99
157240--157482	4	60.8	4	99	0	441	48	49	2	0	1.12
157666--157703	20	1.9	20	88	0	58	26	15	18	39	1.91
160065--160135	34	2.1	33	89	2	106	32	14	29	23	1.94
162134--162196	18	3.3	18	75	14	63	26	12	7	52	1.67
162581--162620	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
162836--162906	34	2.1	33	86	2	97	32	14	28	25	1.94
163380--163415	15	2.4	15	90	9	56	27	33	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166003--166054	24	2.2	24	82	0	59	17	26	44	11	1.83
180477--180503	14	1.9	14	100	0	54	22	11	7	59	1.56
183729--183767	16	2.6	14	84	15	51	82	0	17	0	0.68
183723--183767	10	4.4	10	85	2	54	82	0	15	2	0.77
183729--183767	17	2.5	15	88	12	53	82	0	17	0	0.68
184700--185007	136	2.3	136	87	1	429	35	16	21	26	1.95
184892--185097	96	2.1	96	88	0	295	31	16	19	32	1.95
184988--185347	137	2.6	137	82	3	449	34	17	20	28	1.95
184700--185586	369	2.4	370	83	4	1101	34	17	20	27	1.95
185269--185448	96	1.9	96	83	0	234	34	18	16	30	1.94

Tables:   1   2