genome.fa.s4821.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004821.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010865_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  427682

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--4599	7	675.3	7	92	7	7757	42	42	0	14	1.46
4625--4763	7	20.0	7	95	4	255	14	56	28	0	1.38
7754--7851	29	3.4	28	80	9	99	37	23	5	33	1.77
7776--7860	30	2.9	29	86	6	109	38	25	3	31	1.73
11030--11112	36	2.3	35	87	4	103	34	0	19	45	1.50
11046--11116	18	4.0	18	96	1	126	35	0	21	43	1.53
14258--14297	19	2.1	19	86	9	55	55	0	0	45	0.99
14649--14679	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
16468--16533	32	2.1	32	91	0	105	34	16	12	36	1.86
23098--23158	30	2.0	30	100	0	122	26	9	13	50	1.72
27047--27087	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
27155--27657	128	3.9	128	98	0	970	22	25	19	32	1.97
32343--32426	21	3.9	22	75	14	68	14	25	35	25	1.93
36230--36269	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
38571--38728	70	2.3	70	89	0	244	27	16	23	32	1.96
38706--38761	21	2.8	20	78	5	58	28	16	23	32	1.96
38646--38819	91	1.9	91	89	2	269	28	14	22	34	1.93
38649--38849	91	2.2	91	84	5	255	28	14	22	33	1.94
38896--38963	21	3.3	21	81	4	93	22	14	29	33	1.94
38896--38974	21	3.8	20	78	5	77	27	12	26	32	1.93
38706--38984	111	2.5	111	78	7	287	27	13	23	34	1.93
38896--39029	20	6.6	21	70	9	91	23	14	28	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38896--38974	41	1.9	41	92	0	131	27	12	26	32	1.93
52420--52464	18	2.5	18	81	0	54	62	0	33	4	1.15
52545--52624	38	2.1	38	85	0	106	20	16	18	45	1.86
52677--52782	54	2.0	54	94	0	185	31	18	17	32	1.95
55576--56052	241	2.0	240	92	1	803	23	22	16	36	1.94
62438--62478	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
62821--62929	31	3.5	31	86	3	132	35	23	20	20	1.96
64000--64140	64	2.2	63	82	7	169	25	24	17	32	1.97
67079--67190	31	3.7	30	84	3	100	37	24	16	21	1.94
67114--67190	31	2.5	31	93	0	127	32	25	19	22	1.97
67114--67204	31	2.9	31	90	3	121	35	24	19	20	1.96
68265--68405	64	2.2	63	81	7	160	25	24	17	33	1.96
75229--75275	21	2.2	21	100	0	94	29	21	4	44	1.71
77908--78047	74	1.9	76	82	11	182	22	17	13	46	1.83
86410--86459	26	2.0	25	88	4	73	26	14	30	30	1.94
96205--96385	81	2.2	81	83	3	195	29	25	12	32	1.92
96142--96364	40	5.5	41	71	8	152	30	26	12	30	1.93
96151--96315	61	2.7	60	83	4	208	30	26	12	30	1.92
96142--96364	20	11.0	20	70	9	130	30	26	12	30	1.93
96271--96385	40	2.8	41	74	7	117	27	27	12	32	1.92
98934--98975	20	2.1	20	90	0	66	45	21	16	16	1.86
98984--99038	20	2.8	20	80	0	65	21	16	18	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100501--100633	21	6.3	21	77	6	108	25	16	37	20	1.93
100767--100808	12	3.5	12	83	0	57	66	2	2	28	1.16
100918--101024	42	2.5	41	72	14	101	38	33	9	18	1.83
100918--101009	21	4.4	21	73	10	80	40	31	9	18	1.83
101048--101097	21	2.4	21	82	0	55	36	30	12	22	1.90
101207--101317	42	2.6	42	86	0	150	19	15	39	25	1.91
102809--102847	20	2.0	20	89	0	60	53	17	10	17	1.71
102842--102890	20	2.4	21	83	6	66	46	20	18	14	1.83
102891--102939	14	3.5	14	88	0	80	8	12	28	51	1.68
103290--103332	22	2.0	22	90	0	68	23	18	41	16	1.89
103362--103429	27	2.5	27	87	0	100	23	2	27	45	1.67
103538--103582	21	2.2	21	88	4	65	28	15	26	28	1.96
104149--104205	29	2.0	29	86	6	80	43	1	19	35	1.61
110608--110693	43	2.0	43	95	0	154	32	23	25	18	1.97
116412--116476	31	2.1	31	88	0	94	44	9	4	41	1.57
118905--118996	46	2.0	46	97	2	177	28	15	14	42	1.85
123807--123881	37	2.1	36	87	2	105	48	5	0	46	1.25
129009--129055	14	3.4	14	96	0	85	53	19	12	14	1.73
130066--130129	19	3.2	20	72	14	53	43	1	1	53	1.19
130075--130124	20	2.5	20	78	12	59	40	2	2	56	1.22
130042--130128	31	2.8	30	79	10	95	41	1	3	54	1.25
130851--130935	31	2.7	30	80	10	91	54	3	1	41	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130846--130913	19	3.5	20	73	15	54	54	1	2	41	1.24
135810--135851	2	22.0	2	88	9	61	47	0	2	50	1.14
152288--152529	43	5.6	43	79	3	218	26	21	16	35	1.94
156510--156548	17	2.2	19	86	9	55	61	2	0	35	1.10
174091--174542	226	2.0	226	100	0	904	31	11	23	33	1.90
177141--177393	89	2.8	89	96	2	472	35	17	12	34	1.87
180749--180779	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
184752--184839	30	2.9	30	82	1	113	22	17	10	50	1.76
198721--198769	23	2.1	24	81	11	57	59	2	2	36	1.21
200705--200775	37	2.0	35	91	5	115	46	15	2	35	1.61
202064--202123	29	2.1	29	100	0	120	38	18	16	26	1.92
204082--204113	15	2.1	16	94	5	57	6	25	18	50	1.70
205319--205391	38	2.0	35	92	7	119	46	13	5	34	1.67
222174--222218	22	2.0	22	95	0	81	31	31	13	24	1.93
223143--223172	14	2.1	14	93	0	51	30	0	16	53	1.44
226054--226175	60	2.0	60	84	6	158	40	9	13	35	1.78
227098--227153	29	1.9	29	96	0	103	16	39	26	17	1.91
227176--227240	31	2.1	31	97	0	121	4	29	30	35	1.78
227466--227533	35	1.9	35	96	0	127	29	29	16	25	1.96
227970--228013	21	2.1	21	86	0	61	29	0	18	52	1.46
228417--228443	14	1.9	14	100	0	54	7	3	14	74	1.18
228414--228446	17	1.9	17	88	11	50	9	3	15	72	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228539--228581	22	2.0	22	85	0	59	39	0	9	51	1.34
228811--228875	26	2.6	25	79	13	62	50	6	1	41	1.36
231770--232120	26	14.2	26	74	12	256	43	2	9	45	1.49
231712--232104	124	3.2	124	95	1	686	43	2	9	45	1.48
231770--232120	14	26.1	14	69	18	128	43	2	9	45	1.49
232073--232146	38	1.9	38	83	5	96	45	4	5	44	1.45
232328--232360	17	1.9	17	93	0	57	36	6	12	45	1.66
232274--232353	24	3.3	23	71	21	67	38	3	8	48	1.52
234511--234541	15	2.1	14	94	5	53	54	6	0	38	1.26
234516--234562	16	3.0	16	84	9	53	59	10	0	29	1.31
234724--234860	45	3.0	45	80	10	136	48	11	0	40	1.40
235023--235075	21	2.5	21	96	0	97	1	35	0	62	1.06
235046--235077	17	1.9	16	93	6	55	0	37	0	62	0.95
235080--235125	23	2.0	23	86	0	65	15	32	4	47	1.65
235138--235189	25	2.1	25	96	0	95	28	34	9	26	1.88
235238--235441	102	2.0	102	97	0	381	26	17	27	27	1.98
235575--235603	9	3.2	9	100	0	58	10	20	34	34	1.87
235598--235640	12	3.7	12	93	6	79	16	39	16	27	1.90
236218--236264	24	2.0	24	95	0	85	10	14	17	57	1.65
243781--244351	114	5.0	114	100	0	1142	28	21	28	21	1.99
247589--247631	22	2.0	22	100	0	86	30	27	4	37	1.77
254035--254076	20	2.2	21	84	16	56	69	2	11	16	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258622--258654	6	5.5	6	96	0	57	63	0	0	36	0.95
259513--259537	13	1.9	13	100	0	50	0	8	84	8	0.79
268837--269320	123	4.0	123	71	15	337	22	51	8	18	1.72
269264--269298	18	1.9	18	88	0	52	17	60	2	20	1.49
277245--277346	30	3.4	30	91	1	159	37	17	9	35	1.83
281804--281843	21	1.9	21	89	0	62	2	25	22	50	1.62
283231--283296	28	2.4	28	78	0	69	24	1	30	43	1.63
283784--283987	96	2.1	96	90	0	318	39	9	15	36	1.79
284201--284257	14	3.9	14	80	13	69	59	1	0	38	1.08
284191--284252	17	3.8	17	77	16	69	58	1	0	40	1.08

Tables:   1   2