genome.fa.s4822.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004822.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010867_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  272678

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
478--635	65	2.4	63	84	7	194	27	18	22	31	1.98
527--677	65	2.3	65	80	6	171	25	19	23	31	1.98
2371--2484	21	5.4	20	72	13	86	21	35	19	22	1.96
2372--2484	42	2.7	42	88	0	154	22	36	18	23	1.95
3750--3868	20	5.9	20	85	3	159	42	25	17	15	1.88
4155--4190	18	2.0	18	94	0	63	16	0	25	58	1.38
6637--6670	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
7440--7506	20	3.5	19	89	4	73	37	10	20	31	1.87
7439--7528	40	2.3	39	81	9	96	37	11	20	31	1.87
7458--7550	20	4.6	20	84	1	114	33	10	20	35	1.87
7562--7630	20	3.4	20	82	7	86	20	17	26	36	1.94
8869--8901	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8919--9029	39	2.8	39	76	15	104	36	18	0	45	1.56
14634--14665	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
15474--15538	24	2.7	23	79	9	76	9	13	23	53	1.68
15473--15504	14	2.3	14	100	0	64	12	15	21	50	1.77
15488--15558	34	2.1	34	83	0	88	11	12	19	56	1.66
16150--16215	16	4.3	16	81	7	66	12	4	18	65	1.42
16278--16310	16	2.1	16	94	0	57	6	9	24	60	1.49
24926--24950	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
25043--25109	34	1.9	34	82	14	84	47	17	11	22	1.80
36072--36126	24	2.3	24	96	0	101	23	7	16	52	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37905--37952	20	2.4	20	92	0	87	25	22	6	45	1.75
38405--38432	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
39926--39961	16	2.2	17	90	5	56	50	2	0	47	1.15
41046--41079	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
41653--41720	29	2.4	28	78	11	75	36	1	1	60	1.15
41842--41897	26	2.3	23	81	12	67	26	0	7	66	1.18
43363--43435	21	3.5	21	85	7	87	23	32	27	16	1.96
43891--43945	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
49703--49885	36	4.9	36	84	11	237	46	4	4	43	1.46
49838--49862	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
49674--49904	35	6.2	36	76	15	186	45	4	5	44	1.47
49889--49947	31	1.9	31	96	3	111	54	1	3	40	1.27
49997--50045	25	2.0	25	84	7	66	38	0	0	61	0.96
50044--50094	3	17.7	3	83	4	52	33	1	0	64	1.05
57661--57845	31	6.0	31	94	1	309	38	21	19	21	1.94
61723--62011	73	4.1	73	75	15	275	26	20	13	40	1.88
61723--61838	36	3.2	36	87	8	164	29	19	11	39	1.86
61758--61940	102	1.8	99	85	3	258	27	20	13	38	1.90
61857--62011	37	4.2	36	84	2	211	24	21	14	40	1.90
62064--62153	37	2.6	34	83	13	128	43	17	8	30	1.80
62207--62398	84	2.3	85	79	3	208	32	23	19	24	1.97
62942--63195	36	7.1	36	78	17	239	45	4	6	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62979--63195	36	6.2	35	81	16	254	46	3	5	44	1.45
62967--63168	110	1.8	110	86	6	293	46	3	6	43	1.48
63113--63176	28	2.4	26	82	12	78	46	1	6	45	1.37
63161--63257	31	3.2	31	86	5	128	45	4	4	46	1.41
63335--63385	3	16.7	3	85	4	66	25	3	0	70	1.04
69417--69462	21	2.2	21	100	0	92	19	17	32	30	1.95
70318--70368	19	2.7	19	90	0	84	29	25	21	23	1.99
74109--74133	12	2.1	12	100	0	50	28	16	32	24	1.96
80646--80670	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
81213--81265	20	2.7	20	85	5	63	47	22	15	15	1.82
81274--81488	20	10.6	20	80	7	211	39	23	18	18	1.92
81274--81464	60	3.2	60	86	3	240	38	23	18	19	1.93
81702--81755	27	2.0	27	82	3	65	35	31	11	22	1.89
82046--82084	20	2.0	20	89	0	60	61	17	7	12	1.54
82114--82202	20	4.8	19	71	20	66	12	23	17	46	1.82
83898--84277	94	4.1	94	94	1	638	21	12	18	47	1.81
84325--84458	19	7.4	19	70	19	108	44	22	20	11	1.84
84383--84439	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
84365--84489	33	3.8	33	95	0	214	46	24	20	8	1.79
84325--84489	19	9.3	18	69	25	68	46	23	19	10	1.81
84503--84590	19	4.8	19	68	21	62	12	20	20	46	1.82
86459--86485	14	1.9	14	100	0	54	40	0	22	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86461--86494	14	2.4	14	90	0	50	38	0	17	44	1.49
86601--86692	19	5.4	19	68	24	87	46	18	21	13	1.82
86601--86713	33	3.4	33	93	0	190	46	20	21	11	1.81
86799--86855	20	2.9	19	84	7	69	17	22	21	38	1.93
86847--86874	14	2.0	14	100	0	56	14	21	21	42	1.88
86723--86888	33	4.8	33	77	10	163	13	22	19	44	1.86
89317--89370	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
89317--89384	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
90231--90361	20	6.4	20	82	6	147	19	17	25	37	1.93
90230--90383	41	3.8	41	81	6	163	19	17	25	37	1.94
90231--90361	61	2.1	62	87	5	187	19	17	25	37	1.93
90370--90422	20	2.7	20	88	5	72	15	18	22	43	1.87
90472--90525	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
92869--92924	24	2.2	25	81	9	69	46	0	0	53	1.00
92863--92917	29	1.9	28	82	10	67	49	0	0	50	1.00
92982--93065	30	2.8	30	87	0	114	32	7	1	59	1.32
93171--93210	19	2.0	21	90	9	66	32	0	2	65	1.06
98366--98398	7	4.7	7	92	0	57	42	0	12	45	1.41
100579--100623	20	2.2	20	84	0	63	37	33	8	20	1.83
101319--101606	141	2.0	141	82	4	339	31	14	14	39	1.86
102960--103018	31	1.9	31	85	0	82	40	13	18	27	1.88
104199--104244	20	2.3	20	88	3	67	34	0	26	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109030--109119	44	2.0	45	97	2	173	38	6	20	34	1.78
110127--110411	141	2.0	141	98	1	554	38	2	26	32	1.71
110635--110682	18	2.7	18	93	0	78	25	18	35	20	1.95
111036--111065	14	2.1	14	93	0	51	33	10	6	50	1.62
114142--114179	19	2.0	19	100	0	76	31	10	31	26	1.90
137027--137333	153	2.0	150	94	5	546	46	17	10	24	1.80
140563--140619	22	2.6	22	81	8	55	50	1	1	45	1.22
140679--140712	14	2.5	13	86	9	50	47	2	0	50	1.16
143587--144263	139	4.9	138	90	1	957	23	19	23	33	1.97
143587--144263	277	2.5	276	89	1	1000	23	19	23	33	1.97
144688--144760	34	2.1	34	94	0	128	36	4	6	52	1.48
145274--145355	42	2.0	42	87	4	121	23	20	36	19	1.95
145268--145358	21	4.3	21	86	5	105	23	23	34	19	1.97
145339--145445	42	2.5	42	76	5	108	22	16	35	25	1.95
147460--147598	60	2.3	61	85	3	174	20	35	25	17	1.95
150807--150869	32	2.0	32	90	0	99	39	17	12	30	1.87
154097--154884	76	10.4	76	96	0	1443	34	22	19	23	1.96
155561--155619	26	2.5	22	80	19	82	42	13	11	32	1.81
155570--155621	26	2.0	26	96	0	95	48	11	13	26	1.77
158151--158364	114	1.9	114	88	0	320	31	18	14	34	1.92
167498--167553	26	2.1	27	83	9	71	62	3	7	26	1.38
170675--170738	31	2.0	32	93	3	112	31	14	18	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170931--171139	114	1.8	114	92	2	357	32	18	17	31	1.94
176001--176041	7	5.9	7	83	11	57	14	17	9	58	1.62
180268--180489	114	1.9	114	89	0	345	33	14	19	31	1.92
183024--183081	25	2.5	23	86	8	82	34	10	13	41	1.79
183758--184546	76	10.4	76	96	0	1443	23	18	22	34	1.96
184700--184774	18	4.2	18	80	14	93	44	0	0	56	0.99
184700--184774	36	2.1	37	85	11	104	44	0	0	56	0.99
184700--184763	3	21.3	3	78	12	69	42	0	0	57	0.98
186169--186432	109	2.4	109	86	8	349	41	6	6	44	1.57
186169--186489	113	2.9	108	84	9	382	41	7	6	44	1.58

Tables:   1   2