genome.fa.s4829.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004829.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010877_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  271781

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876--950	7	10.4	7	82	13	82	10	5	0	84	0.78
876--1034	15	11.3	14	71	17	82	10	11	0	77	1.03
973--1045	17	4.3	19	73	22	63	10	16	1	71	1.21
881--1045	49	3.6	47	80	14	170	10	12	0	76	1.06
980--1066	30	2.8	31	76	16	90	11	17	1	70	1.23
895--1088	7	25.4	8	69	22	84	10	13	0	74	1.10
1026--1060	13	2.8	13	95	4	63	14	20	0	65	1.26
9274--9308	18	1.9	18	88	0	52	25	17	5	51	1.67
9615--9685	18	3.8	18	72	7	61	28	26	22	22	1.99
9626--9707	38	2.2	38	86	0	110	26	29	21	21	1.99
10909--10946	20	1.9	20	94	0	67	23	18	21	36	1.95
10973--11076	45	2.3	45	81	4	122	27	20	18	33	1.96
12953--13025	18	3.9	18	78	7	92	26	30	23	20	1.99
12955--13054	20	5.2	20	77	7	73	27	30	21	22	1.98
14244--14303	20	2.8	21	83	14	77	25	20	20	35	1.96
14244--14303	24	2.7	22	87	10	79	25	20	20	35	1.96
14289--14429	64	2.2	63	80	7	151	25	24	18	31	1.97
18539--18591	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
18621--18676	21	2.6	21	82	2	76	26	21	14	37	1.92
18539--18737	103	1.9	103	80	4	231	30	21	17	30	1.96
18663--18716	20	2.6	21	82	5	74	38	20	22	18	1.93
18519--18742	82	2.7	82	80	8	208	30	21	17	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19333--19421	14	5.6	14	71	23	70	11	24	24	39	1.88
19316--19445	33	3.9	33	96	1	233	11	24	23	40	1.87
24649--24710	2	33.5	2	81	15	71	46	0	0	53	1.00
33202--33226	13	1.9	13	100	0	50	8	24	24	44	1.80
49921--49981	23	2.7	23	94	2	106	62	14	11	11	1.55
56101--56150	23	2.3	21	86	6	64	66	2	0	32	1.03
57955--58024	20	3.3	20	79	13	77	34	5	21	38	1.77
57950--58024	23	3.5	22	80	12	75	34	5	21	38	1.76
58375--58419	22	2.0	22	91	0	72	37	6	13	42	1.70
58437--58509	23	3.2	23	88	0	110	34	4	20	41	1.72
57528--58867	486	2.8	481	93	2	2284	41	7	10	40	1.67
58885--58930	20	2.4	18	79	13	56	54	8	17	19	1.68
59065--59111	20	2.4	19	79	10	58	53	8	17	21	1.70
61213--61241	15	1.9	15	100	0	58	20	6	55	17	1.65
61330--61390	21	2.9	21	90	0	95	40	11	27	19	1.86
61424--61489	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
62962--64029	200	5.4	200	96	0	1838	34	14	19	31	1.92
65522--65585	6	10.7	6	86	0	65	39	6	32	21	1.79
65539--65589	3	17.0	3	83	0	66	37	3	33	25	1.74
65522--65585	12	5.3	12	90	0	83	39	6	32	21	1.79
66786--67187	183	2.2	182	91	2	653	34	13	16	35	1.88
67067--67431	120	3.0	120	94	0	622	33	12	15	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70521--70585	23	2.8	23	92	0	112	33	6	21	38	1.78
70997--71069	23	3.2	23	88	0	101	34	5	20	39	1.76
70069--72939	490	5.9	489	95	1	5051	40	7	11	40	1.69
71487--71559	23	3.2	23	92	0	110	35	4	20	39	1.72
71977--72049	23	3.2	23	86	0	101	34	5	21	38	1.77
72466--72538	23	3.2	23	94	0	119	34	6	23	35	1.81
70069--72939	979	2.9	978	95	1	5100	40	7	11	40	1.69
78632--78681	22	2.3	22	100	0	100	18	50	24	8	1.73
78618--78662	17	2.6	17	96	3	81	17	51	22	8	1.73
79489--79542	25	2.2	25	86	3	74	25	9	16	48	1.76
85810--85843	17	1.9	18	94	5	61	20	50	17	11	1.77
85885--85953	29	2.3	30	82	2	86	33	5	21	39	1.77
86658--86726	24	2.9	24	77	0	75	24	13	18	43	1.86
88807--88877	36	2.0	36	100	0	142	39	14	9	36	1.79
95933--96013	16	5.0	16	72	3	72	49	25	11	13	1.75
95917--96038	32	3.8	33	86	2	133	50	23	11	14	1.76
95934--96038	32	3.2	32	89	1	156	48	24	12	14	1.78
95933--95980	17	2.9	17	75	3	53	50	27	10	12	1.73
96755--96788	16	2.1	16	88	0	50	26	38	14	20	1.91
99550--99713	77	2.1	77	81	6	181	27	13	19	39	1.89
99550--99743	39	5.0	39	75	7	146	28	11	20	39	1.88
105757--105782	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106984--107133	39	3.8	39	79	6	151	36	10	15	38	1.81
106984--107132	78	1.9	78	84	2	201	36	10	14	38	1.80
108697--108744	24	1.9	25	91	8	80	37	10	20	31	1.87
122932--123018	17	5.1	17	97	2	158	25	34	22	17	1.96
122932--123018	6	15.3	6	79	11	103	25	34	22	17	1.96
122932--123019	23	3.9	23	82	11	110	25	34	23	17	1.96
123123--123185	11	5.9	11	73	14	60	57	1	1	39	1.18
123326--123450	14	9.1	14	76	10	105	45	31	3	20	1.66
123308--123447	21	6.8	21	76	6	133	47	30	2	19	1.64
123320--123438	41	2.9	41	91	1	175	47	28	3	20	1.66
123308--123420	7	16.4	7	71	7	70	49	29	1	19	1.58
123312--123448	41	3.3	41	79	5	150	46	30	2	19	1.65
123521--123636	7	16.7	7	77	1	63	41	33	2	22	1.68
124060--124325	135	2.0	135	96	0	496	21	19	20	38	1.93
130858--130993	22	6.2	22	93	0	218	26	11	22	38	1.89
132479--132517	20	2.0	20	94	0	69	28	10	35	25	1.89
132481--132524	20	2.3	19	84	7	54	31	9	36	22	1.86
132715--132741	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
133271--133326	23	2.6	23	80	8	64	28	17	23	30	1.97
137608--137712	54	1.9	54	86	0	147	35	17	19	28	1.94
144184--144261	15	5.4	15	64	14	56	47	1	2	48	1.23
144149--144246	43	2.3	43	84	6	121	45	2	5	46	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154065--154104	20	2.0	20	95	0	71	45	12	5	37	1.64
154118--154157	20	2.0	21	90	5	64	45	12	5	37	1.64
154171--154209	20	2.0	20	94	0	69	41	17	5	35	1.72
154061--154210	53	2.9	51	95	3	264	48	12	6	33	1.66
158778--158817	20	2.0	20	95	0	71	45	12	5	37	1.64
158831--158870	20	2.0	21	90	5	64	45	12	5	37	1.64
158884--158922	20	2.0	20	90	10	62	43	15	5	35	1.69
158774--158923	53	2.9	51	94	3	255	48	12	6	33	1.64
159148--160022	444	2.0	433	84	7	1131	35	20	14	30	1.92
174157--174201	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
177982--178067	29	3.0	29	100	0	172	13	34	31	19	1.91
178158--178242	33	2.6	33	88	3	118	8	38	27	25	1.84
178170--178282	10	10.3	10	70	14	64	9	36	30	23	1.87
178224--178256	14	2.4	14	94	0	57	6	30	39	24	1.79
178243--178280	20	1.9	20	100	0	76	10	28	36	23	1.88
178319--178376	29	2.0	29	86	0	80	22	27	34	15	1.94
179137--179211	14	5.7	13	75	10	55	37	1	57	4	1.26
179127--179214	6	14.7	6	75	9	54	39	1	55	3	1.24
179137--179212	26	2.9	26	78	5	82	36	1	57	3	1.25
179162--179208	16	3.1	15	85	11	60	34	0	61	4	1.15
179257--179308	22	2.5	22	81	6	63	40	3	48	7	1.50
179320--179392	18	4.1	18	74	0	65	45	6	35	12	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179309--179388	36	2.2	36	90	0	124	42	6	37	13	1.70
179430--179478	18	2.7	18	80	0	62	51	0	42	6	1.27
181227--181257	16	1.9	16	93	0	53	16	51	0	32	1.44
181309--181366	28	2.0	30	86	6	84	13	37	3	44	1.61
181643--181684	20	2.1	20	86	0	57	11	30	0	57	1.35
181728--181783	20	2.8	20	84	10	78	8	44	0	46	1.34
181878--181968	38	2.5	36	78	7	94	14	38	1	46	1.52
181963--182002	18	2.2	18	86	0	53	15	42	0	42	1.46
182187--182237	10	5.1	10	80	0	57	1	29	0	68	1.00
182191--182237	14	3.2	14	75	21	51	2	29	0	68	1.02

Tables:   1   2