genome.fa.s4907.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004907.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011039_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  273424

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2547--2582	15	2.4	15	90	9	56	66	2	11	19	1.35
2621--2708	4	21.2	4	75	15	63	69	1	1	28	1.03
2671--2770	2	52.5	2	70	20	54	59	1	2	38	1.16
12640--12730	30	2.9	32	81	6	123	31	15	5	47	1.68
12740--12776	18	2.1	18	94	0	65	21	27	10	40	1.86
14117--14165	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
15208--15267	29	2.1	29	87	0	84	26	23	6	43	1.78
15239--15640	81	5.0	81	87	1	558	27	19	12	40	1.88
15602--15846	68	3.6	68	85	2	294	29	23	15	31	1.95
16054--16246	59	3.4	56	84	6	187	36	19	11	32	1.88
16111--16246	59	2.3	59	94	0	236	39	17	11	30	1.86
16262--16656	81	4.9	81	88	0	567	27	20	12	39	1.89
16608--16840	68	3.4	67	83	4	263	30	21	14	32	1.94
16650--16859	68	3.1	68	86	1	269	32	19	14	32	1.92
17121--17293	59	3.0	59	88	1	251	34	17	12	34	1.88
17816--17873	21	2.8	20	73	19	57	36	22	8	32	1.85
22010--22071	29	2.1	29	82	5	72	29	22	4	43	1.74
22039--22283	81	3.0	81	89	1	357	27	22	11	38	1.88
22215--22488	68	4.0	68	84	3	318	29	23	15	31	1.95
22746--22918	59	3.0	59	90	1	269	34	18	12	34	1.89
25151--25190	21	1.9	21	84	0	53	50	0	0	50	1.00
29432--29468	6	6.2	6	96	0	56	5	16	43	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29585--29653	21	3.3	20	69	16	59	36	24	18	20	1.95
29561--29826	42	6.7	42	72	19	216	36	23	18	21	1.95
29621--29681	30	2.0	30	96	0	113	36	24	18	21	1.95
29657--29810	21	7.4	21	83	8	149	33	25	19	20	1.96
29651--29810	63	2.6	62	81	9	191	35	25	19	20	1.96
29699--29826	21	6.3	19	83	8	85	35	21	20	21	1.96
29655--29826	40	4.2	40	74	12	161	35	24	19	20	1.96
30770--30798	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
35331--35403	13	5.6	13	88	0	110	36	19	17	26	1.94
43825--43858	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
56872--56910	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
61936--61973	14	2.8	13	84	7	58	42	5	0	52	1.24
61936--61992	13	4.6	12	76	20	55	43	5	0	50	1.24
62193--62217	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
65172--65210	21	2.0	19	85	14	53	48	0	0	51	1.00
65611--65659	22	2.2	21	82	10	62	55	0	0	44	0.99
65817--65859	21	2.0	21	82	8	52	37	13	0	48	1.43
68098--68151	21	2.5	21	90	3	90	38	18	9	33	1.83
72205--72584	182	2.1	178	91	5	606	43	3	8	45	1.49
77205--77422	103	2.1	103	93	0	382	26	12	23	37	1.91
82435--82652	103	2.1	103	97	0	409	25	13	23	36	1.92
82662--82736	23	3.4	22	81	7	73	24	17	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85906--85970	18	3.6	18	100	0	130	23	30	18	27	1.97
85914--85964	10	5.5	10	73	17	56	23	33	15	27	1.95
85942--86082	64	2.2	64	88	6	207	29	21	17	31	1.97
88009--88048	21	1.9	21	89	0	62	55	7	7	30	1.56
91860--91933	21	3.4	22	78	14	82	29	22	20	27	1.98
93459--93513	27	2.0	27	82	6	67	16	43	9	30	1.79
94528--94683	64	2.4	64	88	4	226	30	23	16	29	1.96
98170--98200	2	15.5	2	93	0	53	51	45	3	0	1.17
98203--98239	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
101238--101294	25	2.3	25	100	0	114	29	21	3	45	1.68
102577--102622	23	2.0	23	100	0	92	17	21	21	39	1.93
107430--107525	3	30.3	3	72	12	59	58	2	1	38	1.17
107430--107525	19	5.1	18	74	20	81	58	2	1	38	1.17
107813--108001	70	2.7	71	81	1	218	19	23	26	30	1.98
107966--108116	67	2.3	67	79	0	167	19	19	25	34	1.96
122286--122354	30	2.2	30	82	15	86	34	4	18	42	1.71
122295--122354	29	2.0	30	90	6	95	33	5	18	43	1.72
122434--122491	21	2.8	21	86	0	89	22	37	17	22	1.93
122476--122518	22	1.9	23	85	4	61	25	30	20	23	1.99
122434--122532	42	2.4	41	81	13	105	23	33	19	24	1.97
122553--122626	20	3.7	20	82	10	96	20	28	22	28	1.99
122553--122608	21	2.8	20	88	2	76	19	26	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122553--122635	41	2.0	41	90	4	132	20	27	25	26	1.99
130981--131097	56	2.1	56	96	0	216	43	4	13	38	1.64
132813--132983	45	3.8	44	79	8	182	41	7	20	30	1.80
136361--136420	24	2.5	24	100	0	120	20	16	26	36	1.93
141773--141802	14	2.1	14	100	0	60	16	36	13	33	1.88
145966--146010	22	2.0	22	95	0	81	40	22	4	33	1.74
147049--147105	23	2.6	19	79	17	51	61	3	10	24	1.44
148973--148999	12	2.2	12	100	0	54	7	22	0	70	1.12
149676--149721	23	2.0	23	83	8	58	58	6	2	32	1.36
153518--153559	17	2.5	17	84	3	50	28	19	19	33	1.96
161097--161155	16	3.7	16	93	0	100	10	11	22	55	1.65
162296--162339	24	1.9	22	90	9	70	50	4	6	38	1.50
163965--164003	13	2.9	13	88	3	51	53	0	0	46	1.00
166463--166526	32	2.0	32	87	6	94	43	4	18	32	1.71
166463--166526	16	4.0	16	81	0	74	43	4	18	32	1.71
167098--167186	38	2.4	38	90	7	146	37	39	11	12	1.79
167355--167445	38	2.4	38	87	3	130	38	39	10	10	1.76
167049--167633	259	2.3	257	90	4	901	35	28	12	23	1.92
167797--167865	27	2.8	24	72	14	68	26	18	15	39	1.91
168246--168371	50	2.5	50	88	0	189	16	34	27	20	1.94
168246--168401	50	3.1	48	83	7	136	17	32	29	21	1.96
168494--168533	10	4.0	10	84	12	55	32	27	0	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168660--168881	111	2.0	111	96	0	408	36	7	10	45	1.68
170137--170192	15	3.5	15	81	13	67	35	25	32	7	1.83
170137--170186	18	2.8	18	87	0	73	34	24	34	8	1.84
174588--174622	16	2.2	16	94	0	61	11	20	17	51	1.75
175549--175598	3	16.0	3	87	8	73	36	0	0	64	0.94
188245--188300	16	3.4	16	80	7	67	85	0	14	0	0.59
188245--188287	1	43.0	1	80	0	50	90	0	9	0	0.45
188240--188300	11	5.3	11	92	6	86	83	0	14	1	0.72
189446--189997	83	6.7	83	94	0	915	27	12	22	38	1.89
189446--189997	249	2.2	249	96	0	1014	27	12	22	38	1.89
189952--190391	114	3.9	114	95	0	754	34	14	19	31	1.92
191159--191904	113	6.6	113	97	0	1399	38	16	18	26	1.91
191872--191957	33	2.6	34	92	5	140	48	10	20	19	1.78
191759--192045	139	2.0	144	85	6	388	41	13	17	26	1.87
192310--192386	3	25.0	3	84	5	100	37	0	1	61	1.05
201746--201830	31	2.8	31	83	1	100	27	18	16	37	1.92
216536--216604	20	3.4	20	71	2	57	28	17	24	28	1.97
221145--221186	14	3.0	14	85	0	66	23	40	26	9	1.85
222951--223030	42	1.9	42	84	0	106	22	8	13	55	1.66
222951--223040	42	2.1	42	82	8	103	22	8	15	53	1.69
223255--223292	12	3.2	12	81	3	51	47	0	0	52	1.00
223239--223317	22	3.4	23	81	10	81	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223307--223360	23	2.3	23	84	6	65	55	1	1	40	1.21
223456--223529	35	2.1	34	83	11	89	50	2	1	45	1.24
223485--223529	23	2.0	23	90	0	72	53	2	2	42	1.25
223867--223925	14	4.1	14	78	4	64	35	18	5	40	1.73
224166--224311	60	2.4	57	83	11	177	34	19	13	32	1.91
226771--227006	118	2.0	118	99	0	463	30	8	13	48	1.71
226799--227040	118	2.1	118	87	3	344	31	10	13	45	1.77
238580--238661	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
243349--243430	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
246185--246339	18	8.2	18	73	19	111	47	4	3	44	1.39

Tables:   1   2