genome.fa.s4917.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004917.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011072_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109818

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 131 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3262--3307	12	3.8	12	82	11	58	73	0	0	26	0.83
3303--3367	20	3.6	18	82	13	80	49	10	1	38	1.47
3303--3373	19	3.8	19	82	17	87	47	11	1	39	1.48
3294--3374	37	2.2	35	77	14	83	49	9	1	39	1.44
3372--3399	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
3386--3427	21	2.0	21	95	0	75	40	7	4	47	1.52
3317--3445	35	3.6	35	84	12	149	43	10	3	43	1.53
3421--3463	17	2.6	16	82	13	52	48	9	0	41	1.35
12985--13030	15	3.1	15	90	3	58	17	8	15	58	1.61
12992--13030	15	2.6	15	95	0	69	17	7	17	56	1.64
13664--13730	19	3.6	19	78	11	68	62	4	0	32	1.15
13669--13729	17	3.4	18	79	16	65	62	4	0	32	1.17
13726--13784	17	3.2	17	77	17	64	44	10	1	44	1.48
13721--13801	22	3.8	22	73	18	82	43	8	2	45	1.48
13726--14007	35	7.7	37	78	15	284	43	8	4	44	1.53
13735--14007	74	3.8	73	86	8	353	43	8	4	43	1.53
13966--13999	14	2.4	14	90	5	50	47	8	2	41	1.50
13980--14025	20	2.4	19	85	7	65	50	8	2	39	1.46
14851--15061	38	6.0	35	72	16	152	45	1	8	44	1.45
14957--15002	2	23.5	2	95	4	85	52	0	0	47	1.00
14991--15067	34	2.3	34	86	6	104	50	2	9	37	1.48
15069--15118	12	4.1	13	85	14	63	28	0	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15077--15131	19	2.9	19	86	5	67	27	1	1	69	1.09
15701--15744	20	2.2	20	88	4	63	52	22	18	6	1.69
16225--16254	10	3.0	10	100	0	60	30	10	0	60	1.30
16306--16338	9	3.8	9	84	8	50	9	0	3	87	0.63
16310--16354	17	2.6	17	89	3	63	13	4	2	80	0.97
16327--16375	24	2.1	24	84	3	64	22	6	0	71	1.08
16381--16450	26	2.7	25	82	8	86	17	7	2	72	1.19
16394--16478	30	3.2	25	77	18	82	20	8	3	68	1.31
16409--16472	30	2.1	30	91	0	101	21	6	3	68	1.26
16382--16482	26	3.6	26	74	13	85	19	6	2	70	1.24
16420--16471	17	3.3	17	68	29	51	17	7	3	71	1.25
20968--21066	47	2.2	46	89	7	150	42	0	7	50	1.29
20998--21076	36	2.3	35	86	8	108	40	0	7	51	1.30
21013--21156	36	4.0	35	83	12	166	43	2	8	45	1.48
21013--21176	73	2.2	72	84	8	197	44	3	8	43	1.50
21079--21132	28	1.9	28	85	7	74	46	3	7	42	1.49
21013--21156	34	3.9	36	77	13	116	43	2	8	45	1.48
22412--22505	29	3.3	27	81	15	100	12	7	5	74	1.20
22452--22505	17	3.4	17	69	26	55	12	7	3	75	1.14
22421--22516	30	3.3	29	85	5	131	15	7	4	72	1.22
22439--22526	4	21.8	4	72	19	51	20	4	2	72	1.13
23081--23139	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23164--23254	22	4.0	22	80	10	119	51	16	0	31	1.45
23168--23250	26	3.3	26	68	13	84	53	16	0	30	1.44
23216--23263	22	2.4	19	78	18	53	52	14	0	33	1.42
23186--23367	80	2.3	80	96	0	337	52	16	0	30	1.48
23234--23398	32	5.7	32	73	21	148	52	13	0	33	1.46
23595--23773	21	8.6	21	75	11	163	19	18	26	35	1.95
23595--23798	42	4.9	40	91	2	264	20	18	25	36	1.95
23620--23798	84	2.2	82	93	2	304	20	17	25	36	1.94
23681--23794	21	5.4	21	69	22	78	20	16	23	39	1.92
24329--24503	21	8.4	21	72	15	150	38	21	18	21	1.94
24322--24442	42	2.9	42	94	0	206	37	21	18	23	1.94
24322--24503	42	4.4	40	82	10	170	37	21	18	22	1.94
24434--24600	40	4.1	40	87	4	235	34	24	18	22	1.96
24455--24560	21	5.1	21	81	4	144	32	29	18	19	1.96
24619--24668	21	2.4	21	89	0	82	16	20	32	32	1.94
24817--24859	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
24819--24867	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
24817--25471	54	12.4	54	76	12	483	51	13	0	34	1.42
24871--24913	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
24873--24921	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
24927--25001	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
25005--25121	22	5.0	22	71	19	101	51	13	0	35	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24822--25605	134	5.9	134	93	3	1399	51	13	0	34	1.42
25135--25183	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
25191--25264	22	3.2	22	69	19	53	52	14	1	31	1.50
25267--25309	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
25269--25317	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
25321--25385	22	3.0	22	100	0	130	50	13	0	35	1.42
25397--25439	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
25399--25447	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
25453--25527	22	3.2	22	75	14	69	54	16	0	29	1.42
25402--25551	80	1.9	80	98	0	291	52	14	0	32	1.42
24925--25674	54	14.4	53	84	9	639	51	13	0	34	1.42
25531--25573	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
25533--25581	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
25585--25687	22	4.5	22	71	7	89	50	8	0	40	1.33
25630--25745	15	7.3	15	80	13	135	50	2	0	45	1.21
25575--25732	69	2.3	67	88	8	232	50	5	0	43	1.30
25629--25796	81	2.0	82	83	10	211	49	3	0	46	1.23
27615--27674	2	30.5	2	96	3	113	51	0	0	48	1.00
27941--28006	27	2.4	27	82	2	87	36	30	9	24	1.86
32043--32085	12	3.0	15	81	18	56	55	0	0	44	0.99
33309--33506	102	1.9	102	88	0	297	31	19	20	27	1.97
33511--33708	36	5.4	36	88	0	279	21	20	19	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35109--35164	27	2.1	27	89	0	85	35	26	10	26	1.89
35695--35741	2	25.0	2	83	12	64	46	0	0	53	1.00
36518--36558	20	2.1	19	86	4	55	12	39	43	4	1.63
37085--37111	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
37009--37133	65	1.9	66	83	8	164	32	6	2	59	1.36
37196--37252	22	2.5	22	88	8	80	17	8	1	71	1.19
37196--37263	22	3.2	21	82	15	79	17	8	1	72	1.18
47810--47867	22	2.6	22	81	10	66	79	1	18	0	0.82
47714--47829	63	1.9	63	83	7	157	50	12	24	12	1.74
48947--49458	99	5.0	105	82	7	553	33	25	19	21	1.97
48915--49455	206	2.7	203	82	6	650	33	24	19	21	1.97
50162--50217	23	2.5	22	80	11	69	46	0	1	51	1.11
51517--51558	21	2.0	22	90	4	68	14	4	2	78	1.01
52721--52778	7	7.7	7	75	12	53	74	1	3	20	1.06
56633--56710	3	26.0	3	100	0	156	66	0	0	33	0.92
56897--57093	102	1.9	102	92	0	331	31	19	19	28	1.96
57098--57476	36	10.4	36	88	0	560	20	20	18	40	1.91
57098--57476	109	3.5	109	90	0	571	20	20	18	40	1.91
57482--57677	89	2.2	89	88	3	288	30	20	22	26	1.99
57685--57950	62	4.2	62	74	10	202	38	12	18	30	1.87
58527--58578	22	2.4	21	81	12	61	19	0	26	53	1.45
59235--59262	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66907--66984	20	3.8	20	86	1	93	19	25	37	17	1.94
68421--68468	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
68435--68868	218	2.0	218	97	0	814	32	16	12	38	1.86
69545--69614	34	2.1	32	86	5	95	25	30	12	31	1.93
69964--70047	21	4.0	21	86	6	107	14	27	38	20	1.91
75493--75557	26	2.4	28	77	12	73	43	9	23	24	1.83
77458--77570	42	2.7	42	76	8	113	27	1	14	56	1.48
78217--78274	24	2.4	24	100	0	116	15	8	0	75	1.02
78224--78274	7	8.2	6	76	23	52	15	7	0	76	1.00
78217--78288	24	3.0	24	89	0	63	20	8	0	70	1.12

Tables:   1   2