genome.fa.s4985.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004985.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011185_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  383687

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729--796	35	1.9	36	84	3	93	33	2	33	29	1.73
2960--3000	15	2.6	16	84	11	57	80	4	14	0	0.87
5678--5745	35	1.9	36	93	3	120	29	2	36	30	1.72
10077--10123	24	2.0	22	84	15	60	29	0	34	36	1.58
10077--10144	35	1.9	36	90	3	111	29	1	36	32	1.67
18361--18407	24	2.0	23	84	15	62	34	31	0	34	1.58
25031--25082	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
27099--27178	35	2.2	37	88	4	119	31	37	2	28	1.71
31062--31141	35	2.2	37	86	4	119	30	37	3	28	1.75
32411--32461	21	2.5	21	87	6	70	35	9	7	47	1.66
34606--34649	17	2.6	17	83	16	56	0	13	6	79	0.92
36065--36116	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
38613--38672	6	10.5	6	79	13	56	78	1	20	0	0.84
38607--38670	27	2.3	28	84	10	87	78	1	20	0	0.84
38607--38671	11	5.9	11	77	15	55	78	1	20	0	0.83
39940--39993	24	2.2	24	83	0	63	37	16	16	29	1.91
42217--42259	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
45411--45449	14	2.7	15	84	15	55	2	17	0	79	0.84
45403--45442	11	3.8	11	80	12	57	2	17	0	80	0.83
46296--46338	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
48335--48447	36	3.2	36	91	1	165	31	36	4	27	1.77
48368--48433	13	5.5	11	74	22	62	33	34	3	28	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48839--48879	17	2.5	17	82	17	52	80	2	17	0	0.82
48906--48949	14	2.9	15	83	13	54	77	4	13	4	1.08
52191--52303	36	3.2	36	91	1	165	31	36	4	27	1.77
52224--52289	13	5.5	11	74	22	62	33	34	3	28	1.73
55286--55325	11	3.8	11	80	12	57	2	20	0	77	0.88
56180--56222	19	2.2	20	91	4	70	46	6	9	37	1.63
57060--57109	19	2.6	20	84	12	61	64	0	12	24	1.27
61335--61390	20	2.8	20	75	0	58	5	16	1	76	1.05
61321--61394	32	2.2	34	82	15	93	8	14	4	72	1.22
61337--61393	17	3.5	16	79	9	62	5	15	1	77	1.03
61646--61695	19	2.6	20	84	12	61	64	0	12	24	1.27
65628--65667	11	3.8	11	80	12	57	2	17	0	80	0.83
65843--65894	21	2.6	19	84	6	68	34	13	7	44	1.72
66304--66344	19	2.1	20	86	4	57	21	12	0	65	1.25
71225--71268	22	2.0	22	86	4	61	6	18	4	70	1.27
71304--71343	18	2.2	18	86	8	55	0	12	7	80	0.91
71862--71922	26	2.3	26	97	0	113	37	13	21	27	1.90
76487--76599	36	3.2	36	91	1	165	31	36	4	27	1.77
76520--76585	13	5.5	11	74	22	62	33	34	3	28	1.73
77050--77096	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
78651--78703	24	2.2	23	83	12	63	32	15	22	30	1.94
80515--80613	36	2.8	36	92	1	155	30	36	4	29	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80548--80614	13	5.6	11	74	22	64	32	34	2	29	1.73
80598--80662	33	2.0	33	81	6	78	30	32	3	33	1.73
81018--81055	13	2.8	13	84	15	51	76	7	15	0	1.01
81078--81122	14	2.9	15	87	12	65	73	8	13	4	1.23
82676--82728	24	2.2	23	83	12	63	32	15	22	30	1.94
84542--84640	36	2.8	36	92	1	155	30	36	4	29	1.76
84575--84641	13	5.6	11	74	22	64	32	34	2	29	1.73
84625--84689	33	2.0	33	81	6	78	30	32	3	33	1.73
85105--85149	14	2.9	15	87	12	65	73	8	13	4	1.23
90523--90587	16	3.8	18	74	15	57	6	13	3	76	1.09
96452--96504	24	2.2	24	86	3	72	56	16	13	13	1.67
101159--101211	24	2.2	24	86	3	72	56	16	13	13	1.67
107568--107630	13	5.4	11	77	19	65	31	38	3	26	1.72
107568--107646	35	2.3	35	93	0	131	32	37	3	25	1.74
115663--115717	24	2.3	24	70	14	60	7	14	10	67	1.41
119884--119934	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
120617--120659	20	2.1	21	82	4	52	48	9	16	25	1.75
127588--127689	51	2.0	51	96	0	186	32	26	27	13	1.94
132819--132899	30	2.7	30	98	0	153	29	17	28	24	1.97
134122--134170	23	2.1	23	88	0	71	55	18	14	12	1.69
134165--134200	5	7.2	5	93	0	63	77	2	19	0	0.88
139569--139622	23	2.2	25	87	6	76	9	16	12	61	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143562--143616	24	2.3	24	73	14	69	7	12	10	69	1.37
143576--143624	22	2.1	24	81	7	57	10	10	14	65	1.47
146644--146703	13	5.1	11	73	18	50	30	35	6	28	1.83
146644--146722	35	2.3	35	90	0	122	32	35	6	25	1.81
146865--146896	15	2.1	15	100	0	64	18	25	0	56	1.42
152153--152215	13	5.4	11	77	19	65	31	38	3	26	1.72
152153--152229	35	2.2	35	92	0	127	32	37	3	25	1.75
152153--152239	35	2.5	35	88	0	111	33	35	3	27	1.74
155399--155446	24	2.0	25	83	4	62	14	22	12	50	1.77
160247--160301	24	2.3	24	70	14	60	7	14	10	67	1.41
165138--165188	19	2.6	20	90	3	77	43	5	17	33	1.73
166080--166139	30	2.0	31	83	3	77	56	8	8	26	1.57
166418--166458	21	2.0	21	85	9	57	4	14	4	75	1.14
173340--173441	51	2.0	51	94	0	177	33	23	27	15	1.95
179891--179921	5	6.2	5	100	0	62	80	0	19	0	0.71
189367--189434	35	1.9	36	84	3	93	29	38	2	29	1.72
190020--190069	24	2.0	25	85	11	68	16	20	0	64	1.30
201066--201119	23	2.2	25	87	6	76	9	16	12	61	1.56
203637--203690	23	2.2	24	87	6	74	9	14	12	62	1.53
228775--228847	16	4.5	16	74	19	55	27	4	9	58	1.48
232874--232900	14	1.9	14	100	0	54	22	14	14	48	1.81
238344--238386	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241779--241832	23	2.2	25	87	6	76	9	16	12	61	1.56
255928--255972	20	2.2	20	84	0	54	0	8	15	75	1.03
255935--255980	20	2.2	21	88	3	67	0	6	13	80	0.89
264620--264717	36	2.8	36	90	1	153	32	33	4	29	1.76
266467--266648	90	2.0	91	89	1	276	20	27	24	27	1.99
267431--267490	23	2.6	23	73	7	59	63	10	15	11	1.52
274268--274313	22	2.0	22	83	12	56	32	2	13	52	1.52
276349--276391	17	2.4	19	88	7	63	86	6	2	4	0.79
286008--286042	5	7.2	5	96	3	63	0	20	0	80	0.72
289882--289935	23	2.2	25	87	6	76	9	16	12	61	1.56
292954--293007	23	2.2	25	87	6	76	9	16	12	61	1.56
299617--299667	17	3.0	17	77	8	59	74	5	15	3	1.16
299619--299670	25	2.2	23	82	6	59	76	3	15	3	1.07
299626--299671	23	1.9	25	91	8	78	73	4	15	6	1.19
301209--301242	16	2.1	17	89	10	54	70	5	0	23	1.09
301302--301347	22	2.0	22	83	12	56	52	13	2	32	1.52
305917--305950	16	2.1	17	89	10	54	70	5	0	23	1.09
305923--306034	45	2.3	48	81	17	117	53	12	0	33	1.45
306009--306054	22	2.0	22	83	12	56	52	13	2	32	1.52
316227--316280	23	2.2	25	83	6	67	9	16	11	62	1.52
327906--327957	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
331142--331174	8	4.1	8	96	0	57	3	21	0	75	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
331129--331167	13	3.0	12	85	14	51	2	20	0	76	0.90
335666--335713	8	5.9	8	78	11	53	2	18	4	75	1.07
335663--335715	16	3.3	16	80	15	65	1	16	5	75	1.08
338147--338198	19	2.6	21	90	6	81	46	5	13	34	1.67
343999--344180	90	2.0	91	90	1	285	20	28	23	27	1.99
344964--345017	23	2.3	24	83	3	74	62	11	14	11	1.53
347772--347801	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
351443--351576	10	14.0	9	67	12	61	16	23	29	31	1.96
351467--351574	19	5.6	19	86	8	130	13	24	32	29	1.94
351444--351575	38	3.4	38	80	10	133	15	23	29	31	1.96

Tables:   1   2