genome.fa.s4986.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004986.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011186_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  428355

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4888--4929	21	2.0	21	90	0	66	23	42	21	11	1.86
6902--7403	45	11.2	45	79	2	472	24	16	17	41	1.90
8490--8733	129	1.9	130	84	9	329	33	21	15	28	1.95
8490--8761	129	2.1	130	82	11	326	32	22	15	30	1.94
18309--18358	21	2.4	21	89	0	73	24	4	22	50	1.66
18326--18367	21	2.0	21	90	0	66	16	4	26	52	1.63
21514--21580	3	22.0	3	85	8	75	31	0	0	68	0.90
23153--23189	19	2.1	19	85	10	51	43	2	0	54	1.14
23818--23882	28	2.2	30	76	20	75	29	3	1	66	1.16
34503--34528	7	3.7	7	100	0	52	42	0	15	42	1.47
34579--34609	16	2.0	15	93	6	53	35	0	19	45	1.51
43101--43156	26	2.2	26	100	0	112	37	3	19	39	1.69
46087--46139	17	3.1	17	83	0	70	49	3	9	37	1.53
46087--46166	34	2.2	34	80	12	81	47	8	8	35	1.66
50669--50718	17	2.9	17	84	0	64	44	6	14	36	1.69
59173--59229	23	2.4	24	77	8	64	43	1	1	52	1.21
60171--60195	13	1.9	13	100	0	50	32	20	24	24	1.98
60274--60331	27	2.1	27	84	12	75	50	18	27	3	1.63
60315--60355	21	1.9	22	90	5	66	43	12	39	4	1.63
60288--60383	49	2.0	49	83	8	124	46	15	33	4	1.65
63331--63416	42	2.0	42	100	0	172	24	9	40	25	1.85
63700--63772	29	2.5	30	82	10	80	17	10	9	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63804--63841	4	9.5	4	100	0	76	23	0	0	76	0.79
67550--67906	95	3.7	95	85	2	428	34	16	18	31	1.93
69010--69627	84	7.4	84	83	1	702	35	22	16	24	1.95
68986--69629	252	2.6	251	83	0	786	35	22	16	25	1.95
69012--69699	84	8.2	82	81	3	444	35	21	16	26	1.95
71496--71559	30	2.2	29	82	2	74	17	14	6	62	1.51
71511--71568	29	2.0	30	86	10	84	17	13	8	60	1.58
71593--71647	26	2.2	25	83	9	67	21	1	0	76	0.88
71601--71671	30	2.4	28	82	13	81	21	1	1	76	0.95
71600--71671	8	9.9	7	77	10	56	20	1	1	76	0.94
73208--73250	14	3.1	14	96	0	77	37	13	11	37	1.82
79699--79737	21	1.9	21	94	5	71	48	10	15	25	1.76
79701--79740	20	2.0	21	90	5	55	52	10	12	25	1.70
84284--84400	59	2.0	59	98	0	225	33	13	27	25	1.94
89544--89582	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
91640--91676	17	2.3	16	90	9	58	37	0	2	59	1.12
93298--93356	29	2.0	29	93	0	100	32	27	22	18	1.97
93553--93798	38	6.7	36	70	17	112	42	4	10	42	1.60
93553--93716	38	4.5	35	77	11	127	42	4	10	42	1.58
93584--93792	37	5.6	37	74	17	157	43	5	11	39	1.65
93842--93883	17	2.5	17	92	7	68	47	0	7	45	1.30
93782--93917	45	3.0	44	80	7	132	40	1	7	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93891--93944	25	2.2	25	90	6	83	29	0	3	66	1.09
93901--93945	13	3.5	13	84	9	65	28	0	2	68	1.01
95197--95226	13	2.2	14	94	5	53	16	13	0	70	1.18
98903--98968	24	2.8	24	77	13	64	34	28	12	24	1.91
99720--100574	55	15.8	55	83	4	882	30	17	17	34	1.94
99720--100574	108	7.9	109	82	5	844	30	17	17	34	1.94
99720--100574	163	5.3	164	82	5	855	30	17	17	34	1.94
101788--101829	17	2.5	17	100	0	84	47	7	7	38	1.58
105845--106603	55	13.9	55	85	2	840	30	16	18	34	1.93
106318--106398	25	3.2	24	67	25	58	25	13	23	37	1.92
107140--107191	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
116603--116633	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
119641--119699	29	2.0	29	90	0	91	33	27	18	20	1.96
119898--120011	37	3.1	36	83	6	122	42	1	9	45	1.47
119930--120076	37	4.0	36	74	19	135	42	5	12	39	1.65
120053--120090	14	2.7	14	91	0	67	44	10	7	36	1.68
120014--120126	51	2.2	52	84	9	142	43	7	9	39	1.65
120080--120149	37	1.9	36	91	8	115	42	2	11	42	1.55
120113--120162	23	2.1	24	92	3	84	46	4	10	40	1.56
120157--120204	17	2.6	18	87	12	71	45	0	6	47	1.27
120206--120276	25	2.9	25	82	12	78	29	0	2	67	1.05
120206--120277	14	4.8	16	75	18	50	29	0	2	68	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120217--120266	19	2.6	19	84	6	66	30	0	2	68	1.01
121559--121588	13	2.2	14	94	5	53	16	13	0	70	1.18
126903--127766	55	15.8	55	83	2	879	30	17	17	34	1.93
128310--128388	2	39.5	2	97	0	149	51	0	0	48	1.00
129034--129075	17	2.5	17	100	0	84	47	7	7	38	1.58
133088--133838	55	13.8	55	84	3	808	30	16	18	35	1.93
133566--133644	25	3.0	27	72	20	94	26	16	21	35	1.94
133543--133621	25	3.0	25	69	22	63	30	12	20	36	1.90
141609--141653	21	2.1	21	100	0	90	24	8	13	53	1.68
144123--144151	15	1.9	15	100	0	58	27	24	6	41	1.80
144365--144395	16	1.9	16	100	0	62	25	19	29	25	1.99
144622--144676	23	2.5	21	77	16	58	36	16	16	30	1.91
148547--148758	117	1.8	117	80	6	259	28	13	10	47	1.76
152419--152846	53	8.1	53	83	4	499	41	17	14	26	1.88
152419--152846	159	2.7	158	86	2	581	41	17	14	26	1.88
159492--159809	53	6.0	52	89	2	449	38	18	16	26	1.91
159514--159815	159	1.9	159	91	5	495	38	18	16	27	1.91
160761--160868	38	3.0	35	75	12	105	43	2	7	46	1.46
161944--162366	55	7.7	55	91	0	695	34	16	12	37	1.86
161944--162366	164	2.6	165	91	1	697	34	16	12	37	1.86
167298--167458	85	1.9	85	87	2	234	29	17	22	31	1.96
167435--167481	13	3.6	13	97	0	85	29	21	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167981--168153	37	4.6	37	80	9	190	46	5	8	39	1.59
168073--168129	13	4.7	13	72	14	59	50	7	5	36	1.52
168192--168224	16	2.1	16	100	0	66	42	0	0	57	0.98
170598--170656	20	2.8	22	77	15	70	38	1	5	54	1.33
171842--171883	21	2.0	21	100	0	84	38	23	14	23	1.92
174316--174634	53	6.0	52	87	2	458	38	18	16	26	1.92
174316--174640	160	2.0	159	89	1	499	39	18	16	26	1.91
174325--174640	107	3.0	106	90	0	506	38	18	15	26	1.91
176529--176636	38	3.0	34	75	17	103	41	2	7	48	1.46
177274--177699	55	7.7	55	91	0	681	34	16	12	36	1.86
179528--179557	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
179622--179660	16	2.4	16	91	0	60	28	20	20	30	1.98
182628--182788	85	1.9	85	87	2	234	31	18	20	29	1.96
182760--182824	13	5.0	13	90	0	76	35	15	21	27	1.94
182770--182824	26	2.1	26	93	0	92	34	16	20	29	1.94
183331--183488	37	4.3	37	79	9	162	44	5	9	40	1.61
183347--183490	74	1.9	75	88	6	222	45	6	8	39	1.59
183446--183479	13	2.5	13	90	4	50	47	2	8	41	1.50
183466--183534	30	2.4	29	83	11	90	47	5	5	40	1.51
183554--183596	21	2.0	21	86	8	61	34	0	2	62	1.08
185959--186025	22	3.1	21	74	21	68	35	0	4	59	1.18
185959--186025	21	3.1	22	77	10	77	35	0	4	59	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187215--187257	21	2.0	21	95	0	77	39	23	13	23	1.90
188829--188938	38	3.0	35	77	15	116	42	1	7	48	1.41
190010--190339	55	6.0	55	89	2	473	36	16	10	36	1.83
192615--192706	35	2.6	35	91	0	148	30	13	19	36	1.90
192865--192931	20	3.3	20	91	0	89	31	13	19	35	1.90
200405--200434	14	2.1	15	93	6	53	0	10	20	70	1.16
202750--202802	22	2.4	23	84	12	76	32	9	9	49	1.67
203255--203387	35	3.8	35	77	9	130	34	24	16	24	1.95
204463--204562	30	3.3	29	83	5	121	59	8	15	18	1.60
205219--205257	20	2.0	20	94	0	69	23	7	0	69	1.14

Tables:   1   2