genome.fa.s5024.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005024.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011277_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  902903

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 355 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1165--1313	72	2.1	73	92	3	248	13	36	32	17	1.89
1296--1516	33	6.5	33	72	13	155	17	30	34	17	1.93
1333--1548	65	3.2	65	69	16	195	18	29	35	16	1.93
1273--1561	138	2.1	138	94	0	515	18	31	33	16	1.94
1412--1991	169	3.4	170	91	1	934	17	31	32	18	1.94
1606--1687	33	2.5	33	90	2	121	15	30	35	18	1.92
1229--1823	307	1.9	305	85	5	727	17	31	33	17	1.93
5001--5189	95	2.0	95	89	0	288	15	32	31	19	1.94
5200--5349	33	4.6	33	76	5	144	20	26	32	20	1.97
5206--5350	65	2.2	65	87	2	211	21	26	31	20	1.98
5235--5387	65	2.3	64	81	4	164	22	26	32	18	1.97
5169--5552	202	1.9	203	84	2	513	20	28	30	20	1.98
5417--5567	65	2.3	65	86	2	205	19	30	29	21	1.97
5459--5555	33	3.0	33	74	7	117	17	29	29	22	1.97
5417--5574	33	4.9	32	67	13	108	18	30	28	22	1.98
6312--6354	21	2.0	21	95	0	77	32	34	9	23	1.87
13942--13984	19	2.3	19	95	0	77	37	11	13	37	1.82
17392--17458	29	2.3	29	89	0	98	17	8	28	44	1.79
17627--17845	33	6.7	33	75	2	210	18	28	31	21	1.97
17627--17843	65	3.3	64	87	2	317	18	28	31	21	1.97
20106--20173	29	2.3	29	82	5	84	17	7	32	42	1.77
21576--21686	33	3.4	33	77	5	118	19	26	35	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21576--21669	31	2.9	32	77	6	100	20	27	32	19	1.96
28543--28605	29	2.2	28	88	8	92	19	9	31	39	1.83
28543--28615	28	2.6	29	85	10	80	17	9	30	42	1.81
29815--29994	32	5.6	32	81	4	191	19	25	32	22	1.97
29815--29996	65	2.8	65	84	4	224	19	25	32	22	1.97
29815--29994	97	1.9	97	89	0	279	19	25	32	22	1.97
36969--37035	29	2.3	29	87	2	91	13	8	34	43	1.75
38404--38614	106	2.0	106	91	0	341	18	27	33	21	1.96
38573--38682	33	3.4	33	70	5	89	19	24	33	22	1.97
38537--38680	65	2.2	65	81	3	173	20	24	32	22	1.98
52397--52493	29	3.3	29	92	0	158	18	8	34	39	1.81
64971--65097	21	6.1	21	85	3	150	25	27	29	18	1.98
66002--66068	28	2.3	29	92	2	109	16	8	31	43	1.79
67418--67519	40	2.5	40	85	3	134	19	26	35	18	1.95
67632--67754	32	3.8	31	73	12	113	17	24	33	25	1.96
67465--67757	138	2.1	138	77	5	315	18	27	31	21	1.97
67634--67756	65	1.9	65	89	0	192	17	25	33	24	1.96
67645--67778	65	2.1	65	86	0	187	17	26	32	23	1.97
75802--76120	33	9.5	33	73	10	209	19	26	31	21	1.97
75770--76022	138	1.8	138	87	1	382	18	26	32	22	1.97
75944--76120	98	1.8	98	91	0	291	18	28	33	19	1.96
75946--76122	65	2.7	65	82	1	194	19	28	32	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83552--83639	44	2.0	45	90	2	142	12	6	38	42	1.69
84847--85090	95	2.6	95	80	5	244	22	29	25	21	1.99
92321--92360	20	2.0	20	85	9	55	42	25	17	15	1.88
95189--95324	66	2.2	62	85	7	177	30	1	16	51	1.54
95409--95453	20	2.2	20	88	0	72	35	22	24	17	1.95
95660--95746	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
96535--96583	20	2.5	20	89	0	71	16	18	20	44	1.86
96547--96584	20	1.9	20	100	0	76	18	18	21	42	1.90
96859--96894	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
99799--99837	15	2.5	15	83	4	51	66	0	5	28	1.12
100009--100151	20	7.2	20	88	1	216	18	16	25	39	1.92
100009--100146	59	2.3	60	94	2	251	18	15	25	39	1.91
102248--102290	18	2.6	16	79	13	50	39	6	9	44	1.64
102254--102292	18	2.2	18	95	0	69	48	7	5	38	1.54
104154--104191	9	4.2	9	89	0	58	21	28	31	18	1.97
104174--104252	31	2.5	31	83	4	97	26	27	27	17	1.98
106765--106803	18	2.2	18	90	0	60	48	10	2	38	1.51
108673--108762	46	2.0	46	90	0	144	23	13	27	35	1.92
111601--111629	15	1.9	15	100	0	58	48	0	31	20	1.50
113563--113656	48	2.0	48	87	2	136	27	9	13	48	1.74
113676--113791	53	2.2	53	88	0	178	25	18	20	35	1.96
128159--128479	157	2.0	157	96	0	588	31	11	22	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132136--132240	48	2.2	48	87	0	147	25	7	14	52	1.68
132160--132238	24	3.3	24	71	7	79	26	7	13	51	1.68
132260--132371	53	2.1	53	84	0	143	27	19	20	32	1.97
136762--136827	28	2.4	27	82	7	80	30	15	24	30	1.95
139507--140078	283	2.0	287	98	1	1107	28	17	18	35	1.94
141778--141807	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
141874--141906	17	1.9	17	88	11	50	33	9	24	33	1.87
143482--143521	20	2.0	20	90	9	64	42	15	12	30	1.83
143551--143625	29	2.5	31	75	12	75	46	6	16	30	1.72
145605--145651	17	2.8	17	83	0	58	38	14	2	44	1.58
146264--146289	10	2.6	10	100	0	52	26	11	19	42	1.85
156484--156543	17	3.6	17	79	2	59	38	15	0	46	1.45
158343--158370	12	2.3	12	100	0	56	39	0	0	60	0.97
160361--160415	21	2.6	21	79	0	74	56	21	16	5	1.60
162233--162283	21	2.4	22	83	6	68	25	29	21	23	1.99
162937--163067	32	4.1	32	96	2	230	34	21	18	25	1.96
170211--170253	22	2.0	22	100	0	86	32	13	9	44	1.76
171106--171149	17	2.6	18	82	13	58	47	0	0	52	1.00
186740--186782	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
186984--187013	15	1.9	16	93	6	53	20	3	3	73	1.12
187045--187098	10	5.2	10	77	16	56	25	1	0	72	0.95
187041--187097	14	4.2	13	73	18	53	24	1	0	73	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192038--192543	169	2.9	173	89	5	736	27	19	21	31	1.97
192210--192543	184	1.8	183	90	1	544	27	19	21	31	1.98
193945--194019	39	1.9	39	86	5	107	28	21	12	38	1.89
193922--194238	104	3.1	103	88	5	464	31	20	11	36	1.89
194142--194213	36	2.0	36	88	0	108	23	20	16	38	1.92
194453--194538	43	2.0	44	93	2	147	30	27	11	30	1.92
194495--194979	105	4.7	105	86	2	642	34	26	16	23	1.95
194986--195031	18	2.9	15	80	20	58	26	26	10	36	1.89
194991--195027	18	2.0	19	94	5	67	27	24	10	37	1.88
195539--195643	37	2.8	37	82	0	129	40	14	15	29	1.86
195999--196037	16	2.4	17	82	4	53	25	5	2	66	1.25
199419--199494	5	14.8	5	74	19	59	77	5	17	0	0.94
199420--199493	16	5.2	15	72	20	61	77	5	17	0	0.96
202141--202256	35	3.3	34	78	9	108	30	15	12	42	1.83
202209--202344	67	2.0	67	83	8	170	33	18	11	36	1.87
202567--202831	66	4.0	66	92	1	426	27	18	14	38	1.90
202620--202729	30	3.5	30	66	22	80	29	20	12	38	1.89
202641--202851	36	6.2	35	67	19	108	28	19	13	38	1.90
202852--203275	139	3.1	139	84	0	551	28	27	16	26	1.97
203532--203573	3	14.3	3	90	5	68	33	2	0	64	1.07
204208--204243	13	2.6	15	83	16	51	66	8	25	0	1.19
204570--204598	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205220--205253	4	8.5	4	100	0	68	23	0	0	76	0.79
205984--206015	16	1.9	17	93	6	57	31	6	6	56	1.49
206666--206705	3	13.7	3	85	15	57	32	0	0	67	0.91
207961--208016	18	3.4	16	79	13	53	28	1	3	66	1.19
208190--208233	2	23.0	2	88	9	65	45	2	0	52	1.13
208723--208760	19	2.1	19	85	5	51	39	5	0	55	1.23
218559--219198	113	5.7	113	92	2	1043	37	15	20	26	1.93
218559--219198	339	1.9	339	96	0	1181	37	15	20	26	1.93
219539--219581	3	14.7	3	86	13	63	32	0	0	67	0.91
220833--220888	18	3.4	16	79	13	53	28	1	3	66	1.19

Tables:   1   2   3