genome.fa.s5168.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005168.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011662_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  818383

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1432--1512	39	2.0	40	97	2	155	32	17	23	27	1.97
1877--1924	23	2.1	23	84	0	60	35	10	18	35	1.85
2327--2397	23	3.2	22	84	8	90	39	22	4	33	1.74
2545--2602	28	2.1	28	81	12	66	37	0	5	56	1.21
1990--3013	420	2.5	417	95	4	1822	38	12	7	41	1.72
2757--2817	23	2.7	23	90	5	90	37	21	4	36	1.75
3228--3313	39	2.2	39	93	0	145	18	13	18	48	1.80
3554--3602	24	2.0	25	88	4	73	48	14	4	32	1.62
4013--4115	23	4.5	23	88	2	145	40	19	4	34	1.73
4013--4115	46	2.2	46	94	0	179	40	19	4	34	1.73
6691--7139	180	2.5	179	96	3	830	33	16	15	34	1.90
8620--8694	3	25.0	3	73	0	60	22	34	6	36	1.81
8624--8706	12	6.9	12	83	0	94	20	34	8	36	1.83
8628--8706	36	2.2	36	90	0	122	20	35	8	35	1.84
8648--8709	18	3.4	18	79	0	79	17	35	9	37	1.83
8624--8709	6	14.3	6	77	0	64	19	34	8	37	1.82
10157--11224	194	5.5	197	95	3	1907	31	17	14	36	1.90
10157--11224	392	2.7	392	95	3	1912	31	17	14	36	1.90
11347--11391	18	2.5	18	88	0	72	55	11	2	31	1.47
13253--13317	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
15477--15519	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
15482--15528	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15650--15695	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
17546--17573	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
17627--17674	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
17782--17811	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
19513--19589	40	2.0	39	87	7	113	50	7	12	28	1.68
22246--22285	20	2.0	20	95	0	71	20	22	0	57	1.41
23563--23609	19	2.5	19	92	0	76	46	23	6	23	1.75
24858--24942	2	43.0	2	95	2	154	49	1	0	49	1.08
25004--25029	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
25578--25615	20	1.9	20	88	0	58	39	10	15	34	1.82
37323--37385	6	10.0	6	77	8	63	20	19	0	60	1.37
37323--37385	13	5.0	12	76	5	63	20	19	0	60	1.37
37321--37385	25	2.6	24	87	7	85	21	20	0	58	1.39
37419--37487	19	3.6	18	79	11	75	34	13	7	44	1.71
37403--37486	39	2.2	38	85	6	107	34	13	5	46	1.67
46533--46577	22	2.0	22	95	0	81	33	0	15	51	1.44
46734--46852	61	2.0	61	88	3	177	30	11	23	34	1.91
50553--50585	15	2.2	15	100	0	66	36	30	6	27	1.81
50983--51019	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
51064--51110	20	2.3	21	74	3	51	27	12	19	40	1.88
51104--51176	20	3.7	20	90	0	110	42	13	19	24	1.87
51168--51289	20	6.1	20	82	7	149	29	27	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51463--51516	22	2.5	22	85	5	76	22	42	11	24	1.85
51844--51911	20	3.5	20	85	2	84	19	20	25	35	1.96
51879--51934	20	2.8	20	86	0	67	16	16	17	50	1.79
51898--51942	20	2.2	20	84	0	54	17	13	15	53	1.73
53920--54114	20	10.4	20	67	12	63	37	22	20	20	1.94
53959--54093	34	3.8	34	73	11	126	37	21	20	20	1.94
53939--54122	74	2.5	74	84	7	255	36	21	20	21	1.95
54124--54160	19	1.9	19	94	0	65	5	13	29	51	1.63
54148--54224	33	2.3	34	90	2	120	16	20	24	37	1.93
54196--54245	20	2.5	20	100	0	100	24	20	26	30	1.98
54251--54295	20	2.2	20	92	0	81	17	11	20	51	1.75
54774--54876	21	5.0	20	72	10	82	20	34	19	25	1.96
56255--56320	30	2.2	30	97	0	123	30	1	13	54	1.48
56470--56754	20	14.9	20	78	8	261	24	19	21	35	1.96
56470--56747	54	4.9	56	80	8	269	23	19	21	35	1.96
60079--60185	20	5.3	20	79	8	128	25	18	27	28	1.98
60131--60205	21	3.7	20	80	10	89	20	21	28	30	1.98
60079--60205	41	3.1	41	87	2	168	23	18	27	29	1.98
62122--62157	18	2.0	18	100	0	72	38	5	22	33	1.77
66757--66786	14	2.1	14	93	0	51	26	30	23	20	1.98
66771--66822	26	2.0	25	88	3	77	34	30	15	19	1.93
68445--68504	30	2.0	30	90	6	95	36	35	3	25	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76851--76890	20	2.0	20	85	9	55	40	17	10	32	1.83
80439--80498	23	2.6	23	86	2	84	61	11	18	8	1.54
85612--85658	21	2.3	21	85	3	60	44	4	14	36	1.65
105640--105699	21	2.9	20	75	7	57	28	11	21	38	1.89
107925--108046	39	3.1	39	86	2	181	24	15	27	31	1.96
107936--108061	39	3.2	37	85	5	144	25	15	26	32	1.95
113993--114024	15	2.1	15	100	0	64	28	12	25	34	1.92
126820--126981	65	2.5	63	82	9	177	29	24	17	29	1.97
128229--128393	90	1.8	89	96	1	303	38	8	8	44	1.65
129667--129693	10	2.7	10	100	0	54	37	18	0	44	1.50
129832--129875	23	2.0	22	82	13	54	54	0	0	45	0.99
131161--131199	19	2.1	19	95	0	69	53	20	2	23	1.57
132699--132736	18	2.1	18	100	0	76	39	23	15	21	1.92
136068--136120	24	2.2	24	96	0	97	41	11	26	20	1.86
136339--136421	39	2.2	39	93	4	143	12	10	37	39	1.78
141270--141314	21	2.1	21	87	0	63	77	11	4	6	1.09
141274--141308	16	2.2	16	100	0	70	77	11	5	5	1.12
141367--141466	50	2.1	46	81	10	112	68	4	5	23	1.27
142564--142625	26	2.3	27	81	10	74	51	4	1	41	1.33
151118--151156	12	3.4	11	80	13	51	0	15	0	84	0.62
161459--161510	27	2.0	28	82	14	67	76	3	3	15	1.07
161535--161607	11	6.8	10	70	25	51	76	4	4	15	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161514--161591	21	3.6	21	78	13	70	73	3	6	16	1.20
161535--161606	28	2.6	27	78	4	81	76	4	4	15	1.09
161514--161622	23	5.0	22	73	11	66	74	3	6	15	1.17
161470--161602	21	6.2	20	69	21	65	73	3	6	15	1.19
161599--161645	14	3.4	14	77	8	51	72	0	10	17	1.12
161634--161667	15	2.3	15	94	0	59	79	8	5	5	1.05
161808--161834	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
167589--167637	19	2.7	17	87	9	62	28	18	28	24	1.98
167589--167768	64	2.8	61	80	12	193	27	16	27	28	1.97
167715--167765	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
167779--167817	21	1.9	20	89	5	60	23	12	30	33	1.92
170304--170383	24	3.5	23	78	14	85	27	23	26	22	2.00
170281--170403	44	2.8	42	78	6	129	25	21	27	26	1.99
176296--176345	19	2.7	19	85	14	70	26	16	34	24	1.95
176187--176353	64	2.6	64	84	6	216	28	14	26	30	1.95
176359--176398	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
177664--177821	77	2.0	77	81	8	185	45	6	8	39	1.61
182016--182145	49	2.7	49	80	4	181	45	3	6	44	1.47
202646--203019	182	2.1	181	96	3	700	31	17	24	26	1.97
203809--203857	20	2.5	20	80	3	55	16	18	0	65	1.28
208040--208079	16	2.4	16	83	4	53	2	12	2	82	0.87
208040--208082	22	1.9	23	90	4	70	2	11	4	81	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214116--214227	55	2.0	56	98	1	217	32	19	10	37	1.86
214262--214316	27	2.0	27	100	0	110	16	32	18	32	1.93
215922--215960	15	2.5	15	87	4	51	33	0	0	66	0.92
227224--227251	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
227468--228100	208	3.0	211	93	1	1067	33	25	17	22	1.96
227468--228155	106	6.7	105	91	3	1064	34	25	17	22	1.96
228714--228768	27	2.0	27	100	0	110	16	32	18	32	1.93
230407--230445	17	2.3	17	86	0	51	30	0	2	66	1.05
230388--230463	38	2.0	39	84	7	102	30	3	1	64	1.20
230364--230467	44	2.4	43	81	15	108	31	4	0	62	1.22

Tables:   1   2   3   4