genome.fa.s5206.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005206.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011774_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  227869

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--192	107	1.8	105	90	4	314	41	14	19	25	1.89
193--380	103	1.8	102	90	3	306	42	14	18	24	1.88
355--514	83	1.9	82	89	1	248	38	19	15	26	1.92
355--538	83	2.2	84	83	5	232	38	18	16	26	1.92
810--865	3	18.7	3	81	7	69	32	0	0	67	0.91
804--858	25	2.2	26	86	3	76	32	1	0	65	1.03
3759--3820	28	2.1	30	88	11	94	43	1	3	51	1.27
3770--3838	28	2.4	28	83	9	77	50	1	4	43	1.30
4293--4345	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
4320--4551	41	5.7	41	72	7	132	33	19	18	27	1.96
4335--4382	20	2.3	20	85	3	60	39	16	20	22	1.92
4396--4468	21	3.5	21	79	3	76	23	21	17	36	1.94
4458--4569	20	5.6	20	84	4	136	37	20	20	21	1.94
5124--5168	19	2.4	19	92	0	72	46	26	17	8	1.78
5164--5309	19	7.1	19	72	15	112	13	22	19	44	1.85
5229--5260	14	2.3	14	94	0	55	12	28	18	40	1.87
5250--5309	20	3.0	20	77	18	70	13	21	18	46	1.83
6990--7175	95	2.0	90	87	7	266	22	11	17	47	1.80
7449--7515	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
7397--7515	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
8861--8911	14	3.6	14	92	7	86	31	0	21	47	1.51
9018--9076	19	3.4	19	73	22	74	45	18	20	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9018--9111	33	2.8	33	90	3	136	45	21	19	13	1.84
9050--9126	19	4.3	19	76	18	76	45	23	16	14	1.84
9131--9252	19	7.2	18	67	25	88	13	23	18	45	1.84
9126--9252	33	3.8	33	95	0	218	13	23	18	44	1.85
9147--9234	14	5.6	14	69	23	50	12	23	19	44	1.85
9246--9318	20	3.6	20	68	17	60	24	17	24	32	1.97
11776--11829	24	2.2	24	86	0	72	40	20	14	24	1.90
12672--12728	20	2.8	20	94	0	96	26	22	21	29	1.99
12668--12737	20	3.5	20	84	0	68	34	21	18	25	1.96
13016--13060	20	2.2	20	88	4	63	11	13	24	51	1.73
13023--13061	20	2.0	20	94	0	69	12	10	30	46	1.75
14605--14696	42	2.2	42	86	1	132	20	14	42	22	1.88
14632--14692	21	2.9	21	73	9	70	21	11	42	24	1.86
15033--15071	20	2.0	20	89	0	60	35	28	10	25	1.89
15059--15145	20	4.4	20	88	1	122	36	24	24	14	1.93
15059--15178	33	3.2	39	80	10	126	40	23	22	14	1.90
15134--15192	14	3.9	14	76	20	64	49	23	16	10	1.77
15118--15197	33	2.4	33	97	0	151	47	22	18	11	1.80
15204--15320	19	6.6	19	72	19	101	14	20	20	44	1.86
15228--15284	14	3.7	14	75	20	60	10	15	22	50	1.74
15209--15300	33	2.8	33	98	0	175	13	17	20	48	1.80
15291--15328	20	1.9	20	94	0	67	21	23	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15880--15927	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
17248--17306	20	3.0	20	87	0	73	44	22	18	15	1.87
17569--17611	22	2.0	22	90	0	68	20	16	41	20	1.90
17779--17874	20	4.6	22	75	12	96	20	18	23	36	1.95
17779--17874	41	2.3	41	90	0	147	20	18	23	36	1.95
17862--17917	21	2.7	21	94	0	94	21	21	17	39	1.93
17806--17894	41	2.2	41	81	4	99	21	20	23	34	1.96
26079--26136	28	2.0	28	83	9	73	46	1	3	48	1.29
26989--27062	36	2.1	36	94	0	130	39	16	28	16	1.90
29710--29758	25	1.9	26	84	12	66	67	0	10	22	1.20
29871--29900	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
30634--30755	60	2.0	60	100	0	244	35	27	9	27	1.88
37208--37274	33	2.0	33	94	0	116	26	16	23	32	1.96
37353--37544	44	4.3	44	93	2	296	38	5	22	33	1.78
37425--37496	24	3.2	24	62	34	59	38	8	22	30	1.83
37881--37905	12	2.1	12	100	0	50	24	16	24	36	1.94
42555--42579	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
46462--46496	17	2.0	18	88	5	54	5	37	0	57	1.23
47110--47142	17	1.9	17	100	0	66	45	0	0	54	0.99
49085--49148	9	6.8	10	82	17	68	37	0	0	62	0.95
49085--49136	3	17.7	3	84	11	72	34	0	0	65	0.93
49085--49148	12	5.7	12	83	12	66	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52844--52905	32	2.0	32	93	3	108	14	16	9	59	1.60
55763--55811	12	3.9	12	86	5	62	71	12	12	4	1.28
55735--55813	24	3.2	24	75	10	70	67	10	20	2	1.32
56993--57038	4	12.2	4	82	13	62	52	21	0	26	1.47
57001--57036	18	2.1	17	94	5	63	52	22	0	25	1.47
57421--57653	104	2.3	102	83	8	296	30	19	12	37	1.88
57592--57688	36	2.7	36	78	9	99	35	19	12	32	1.89
57973--58098	55	2.3	53	83	12	166	28	9	15	46	1.78
57973--58098	29	4.6	27	86	7	166	28	9	15	46	1.78
58201--58264	30	2.1	30	91	5	103	35	10	14	39	1.81
58197--58269	30	2.6	29	83	12	98	34	9	16	39	1.81
58541--58899	63	5.6	62	71	12	212	30	16	11	41	1.84
59235--59316	28	2.9	28	80	10	87	24	13	13	48	1.78
59342--59576	40	5.5	43	72	11	146	25	32	19	23	1.97
59323--59802	134	3.6	134	85	4	632	25	31	19	24	1.98
59732--59808	40	1.9	40	91	0	127	20	33	19	25	1.96
59958--60021	9	6.8	10	77	20	59	35	0	0	64	0.94
59958--60009	3	17.7	3	80	11	63	32	0	0	67	0.91
64108--64145	15	2.6	15	87	4	51	26	10	28	34	1.90
67596--67633	15	2.6	15	87	4	51	68	5	0	26	1.11
67988--68031	21	2.1	21	83	8	54	45	4	2	47	1.35
71705--71729	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73180--73204	11	2.3	11	100	0	50	40	0	0	60	0.97
73146--73438	87	3.4	85	83	12	359	50	2	6	41	1.39
73320--73373	28	2.0	28	82	13	69	50	1	0	48	1.11
73421--73478	23	2.5	22	94	5	98	50	0	0	50	1.00
73825--73864	17	2.3	18	91	4	64	55	0	5	40	1.22
75376--75428	26	2.0	26	82	10	63	28	11	0	60	1.31
81038--81079	21	2.0	22	86	13	61	26	0	2	71	0.98
81773--81805	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
82161--82279	29	4.1	29	73	4	96	28	20	12	38	1.89
82173--82323	29	5.2	29	75	3	115	25	19	14	40	1.89
83176--83231	20	2.8	20	94	0	94	33	12	23	30	1.92
83298--83341	20	2.2	20	84	11	56	43	13	11	31	1.80
85559--85592	15	2.3	15	94	0	59	32	32	20	14	1.93
86114--86270	64	2.5	63	78	10	167	26	18	19	35	1.95
92533--92642	29	3.8	29	96	2	195	17	22	15	44	1.86
104774--105282	101	5.0	99	88	5	727	22	28	11	37	1.89
108696--108727	3	10.3	3	93	6	55	65	0	0	34	0.93
109899--109965	23	2.9	23	84	0	89	19	26	23	29	1.98
113863--113928	23	2.9	23	79	0	78	21	27	21	30	1.98
114912--114996	42	2.0	42	86	0	116	17	31	5	44	1.73
115207--115238	15	2.1	15	100	0	64	25	0	6	68	1.12
130028--130145	58	2.0	58	96	0	218	29	23	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131307--131335	14	2.0	15	93	6	51	55	0	3	41	1.17
131674--131737	29	2.2	29	94	0	110	31	21	10	35	1.88
131753--131860	51	2.1	51	83	6	130	17	32	29	20	1.96
132065--132105	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
133659--133879	64	3.5	64	84	4	268	33	19	18	28	1.96
134631--134848	103	2.1	103	97	0	409	25	13	23	36	1.92
134865--134927	23	2.7	23	90	0	90	20	28	25	25	1.99
136736--136770	18	1.9	18	94	0	61	25	28	14	31	1.95
136739--136789	18	2.8	18	81	0	57	29	23	15	31	1.95
137126--137175	3	16.7	3	95	0	73	34	26	34	6	1.81

Tables:   1   2