genome.fa.s521.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000521.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000999_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1347562

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2976--3017	15	2.9	15	82	3	59	52	0	0	47	1.00
13242--13269	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
27939--27984	21	2.2	21	100	0	92	41	21	19	17	1.90
43488--43527	17	2.4	17	100	0	80	37	17	10	35	1.83
59567--59591	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
59673--59753	40	2.0	40	92	0	135	45	23	7	23	1.78
60022--60050	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
61659--61761	44	2.3	44	91	0	161	40	25	9	24	1.85
62019--62081	29	2.2	28	80	8	72	39	1	1	57	1.18
67555--67580	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
70431--70482	20	2.6	20	93	0	86	44	21	23	11	1.84
70540--70604	20	3.2	20	68	10	60	35	24	20	20	1.96
70451--70637	101	1.9	101	95	0	338	33	21	24	20	1.97
102113--102169	23	2.5	23	77	11	64	35	0	3	61	1.13
104560--104601	14	2.7	15	82	17	50	45	0	19	35	1.50
104896--104939	23	1.9	23	90	0	70	18	29	27	25	1.98
105021--105073	18	2.9	18	91	0	88	18	18	33	28	1.95
106133--106193	23	2.7	23	89	0	95	29	27	24	18	1.98
113807--113850	22	2.0	22	86	4	61	20	27	31	20	1.97
126071--126407	168	2.0	168	99	0	665	35	14	12	37	1.84
127531--127574	21	2.1	21	91	0	70	15	27	31	25	1.96
131619--131770	76	2.0	76	100	0	304	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135989--136037	25	2.0	25	85	14	68	42	6	2	48	1.39
136083--136115	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
147544--147659	58	2.0	58	100	0	232	36	5	18	39	1.74
147801--147854	27	2.0	27	100	0	108	40	7	14	37	1.74
150116--150155	14	2.9	14	84	0	53	35	2	0	62	1.09
150115--150161	14	3.4	14	77	11	51	31	2	0	65	1.04
150325--150411	43	2.0	44	93	2	149	26	22	22	27	2.00
152555--152670	58	2.0	58	100	0	232	27	13	24	34	1.93
153889--153926	20	1.9	20	100	0	76	15	10	10	63	1.52
156950--157087	73	1.9	74	89	3	217	44	13	11	31	1.79
164968--165013	23	2.0	23	83	8	58	58	0	0	41	0.98
165757--165845	39	2.2	41	88	4	128	47	1	1	50	1.15
165576--166026	225	2.0	223	91	8	744	45	7	2	44	1.45
165876--165905	9	3.3	9	100	0	60	46	0	0	53	1.00
165876--165911	18	2.0	18	88	0	54	47	2	0	50	1.15
173892--173945	26	2.1	26	82	3	65	46	7	14	31	1.73
182407--182452	24	1.9	24	90	0	74	21	10	15	52	1.73
190563--190784	111	2.0	111	96	1	410	34	18	14	31	1.92
193612--193640	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
195999--196042	19	2.3	19	100	0	88	56	0	0	43	0.99
197821--197851	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
198831--198889	25	2.4	25	97	0	109	22	10	15	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204461--204785	164	2.0	161	94	5	575	30	12	16	41	1.85
206310--206361	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
206350--206461	20	5.7	20	80	9	95	31	25	18	25	1.98
206350--206401	19	2.7	19	88	8	79	30	23	19	26	1.98
206347--206461	61	1.9	59	82	3	140	33	24	18	24	1.97
206975--207029	26	2.1	27	89	3	85	40	29	21	9	1.84
207002--207041	19	2.1	19	90	0	62	47	27	17	7	1.74
207043--207122	18	4.4	19	87	7	114	12	18	21	47	1.81
207107--207186	30	2.7	29	86	7	106	12	23	25	38	1.90
207059--207189	48	2.7	48	71	12	115	12	21	23	42	1.86
208262--208312	25	2.1	23	92	7	84	41	9	15	33	1.80
209183--209305	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
209239--209305	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
210640--210681	13	3.4	12	81	12	50	26	0	19	54	1.44
210784--210909	33	3.8	33	85	7	177	14	22	19	44	1.86
210780--210909	14	7.7	19	64	27	69	13	22	19	44	1.85
210783--210908	64	1.9	67	93	4	222	14	22	19	43	1.87
214281--214331	20	2.5	20	93	0	84	35	25	21	17	1.95
214355--214419	18	3.8	18	78	15	75	13	20	18	47	1.82
214538--214574	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
216416--216495	16	4.9	16	72	19	67	42	23	22	11	1.86
216413--216495	33	2.6	29	72	20	76	44	22	21	10	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216507--216562	14	3.7	14	76	17	58	12	16	21	50	1.78
216502--216578	32	2.4	33	93	2	129	14	18	20	46	1.83
216502--216552	16	3.2	16	74	20	61	11	19	23	45	1.83
216563--216616	20	2.8	19	83	5	72	16	22	24	37	1.94
217098--217135	18	2.1	18	90	0	58	13	15	44	26	1.83
218643--218690	22	2.3	21	80	13	55	22	14	41	20	1.89
218650--218692	22	2.0	22	90	4	70	18	16	44	20	1.87
218919--218972	20	2.7	20	100	0	108	24	20	24	31	1.98
218858--218975	61	1.9	62	82	5	150	23	16	21	38	1.93
218961--219053	41	2.3	41	98	0	177	17	23	18	40	1.90
218961--219053	20	4.5	21	76	9	93	17	23	18	40	1.90
221608--221778	60	3.0	58	80	10	183	40	8	16	33	1.79
224517--224939	209	2.0	212	97	2	809	33	15	12	38	1.85
231617--231678	28	2.2	28	82	2	72	46	3	19	30	1.65
234557--234589	18	1.9	18	88	11	52	66	3	6	24	1.28
242501--242550	24	2.1	23	88	3	73	34	0	0	66	0.92
250902--250949	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
252184--252240	29	2.0	29	89	0	87	15	31	29	22	1.95
252394--252451	23	2.7	21	82	10	64	10	32	29	27	1.90
252362--252464	33	3.1	33	83	5	109	8	34	29	27	1.87
252419--252452	10	3.4	10	84	15	52	8	29	38	23	1.85
252509--252566	29	2.0	29	82	0	71	22	25	32	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253398--253561	42	3.9	41	78	10	152	29	14	3	52	1.58
253398--254131	85	8.6	85	73	10	263	26	17	6	49	1.70
253511--253737	87	2.6	86	79	7	237	23	18	7	51	1.70
253400--254117	43	16.8	43	75	8	422	26	17	6	50	1.69
253670--253899	128	1.8	126	83	5	311	25	18	6	49	1.71
253618--254077	212	2.2	215	81	5	522	26	17	6	49	1.70
253790--254115	170	1.9	170	83	5	417	27	18	5	48	1.70
254439--254497	24	2.5	24	78	5	68	54	0	0	45	0.99
260435--260557	29	4.1	29	79	4	120	35	6	10	47	1.64
266768--266853	35	2.5	35	84	1	111	43	24	8	24	1.81
267898--267949	25	2.0	26	82	10	63	55	9	5	28	1.55
272693--272737	24	1.9	23	86	4	63	53	15	6	24	1.66
276484--276534	4	12.5	4	87	4	75	3	47	0	49	1.20
285987--286357	124	2.9	127	92	4	637	32	8	5	52	1.57
287216--287273	30	1.9	30	92	0	98	32	34	1	31	1.68
287261--287299	20	1.9	20	84	5	51	28	33	5	33	1.79
287250--287302	21	2.5	22	76	11	58	24	35	3	35	1.74
292462--292523	30	2.1	30	90	0	97	32	33	3	30	1.74
296988--297032	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
298720--298929	103	2.0	104	98	0	404	27	13	22	37	1.91
298946--299013	23	3.0	23	78	8	75	22	20	25	32	1.98
299186--299238	16	3.2	16	75	5	52	32	1	22	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303709--303758	13	4.2	11	80	14	55	70	0	2	28	0.99
303719--303767	24	2.0	24	100	0	98	69	0	4	26	1.06
312947--313002	16	3.4	16	77	18	53	46	0	0	53	1.00
313661--313742	2	41.0	2	100	0	164	50	0	50	0	1.00
316272--316325	7	8.0	7	75	8	58	64	0	0	35	0.94
316265--316334	33	2.1	33	89	5	106	61	0	1	37	1.05
316274--316341	33	2.1	32	94	2	118	58	0	1	39	1.07
326329--326406	20	3.9	20	84	0	111	42	7	23	26	1.81
334171--334204	14	2.4	14	85	0	50	26	14	14	44	1.84
334185--334278	42	2.3	42	96	1	172	17	18	18	46	1.84

Tables:   1   2   3   4   5