genome.fa.s521.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000521.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000999_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1347562

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
676892--676916	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
680551--680617	19	3.5	19	97	0	125	19	17	17	44	1.87
680502--680661	41	4.0	41	80	8	177	19	17	21	41	1.91
681221--681247	6	4.5	6	100	0	54	0	14	51	33	1.43
681358--681411	22	2.5	22	100	0	108	37	27	18	16	1.93
681402--681448	19	2.5	19	100	0	94	40	19	21	19	1.92
701106--701153	25	2.0	24	87	4	69	54	16	4	25	1.60
704597--704622	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
710456--710497	3	14.0	3	89	0	66	61	4	0	33	1.17
715641--715695	24	2.3	24	78	15	60	41	5	5	47	1.49
716398--716434	18	2.1	18	90	10	58	70	2	0	27	1.01
717212--717251	21	2.0	20	86	13	57	70	2	0	27	1.01
736493--736567	22	3.5	22	75	3	89	38	26	14	20	1.91
736512--736586	22	3.6	21	73	7	73	40	24	14	21	1.90
736475--736595	43	2.9	41	83	7	163	40	22	15	21	1.91
736602--736699	41	2.4	41	89	0	142	40	21	16	21	1.91
736622--736695	21	3.6	21	68	3	69	36	22	16	24	1.94
736638--736703	21	3.2	21	65	4	62	42	24	13	19	1.87
744985--745022	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
747383--747435	27	1.9	27	85	11	72	49	1	1	47	1.23
747795--747851	3	19.0	3	96	0	105	1	31	0	66	1.02
749511--749965	219	2.0	225	87	7	649	30	12	16	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753414--753446	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
753512--753586	10	7.7	10	69	21	61	57	21	12	9	1.62
753516--753580	16	4.1	16	95	0	121	56	23	12	7	1.61
754330--754384	14	4.2	14	80	17	64	54	25	10	9	1.64
754310--754386	24	3.2	24	88	3	102	55	20	10	12	1.66
755732--755812	7	11.7	7	93	1	128	29	18	37	14	1.91
759828--759860	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
759927--760001	10	7.7	10	69	21	61	57	21	12	9	1.62
759931--759995	16	4.1	16	95	0	121	56	23	12	7	1.61
760747--760802	14	4.3	14	76	17	66	53	23	12	10	1.69
760727--760801	24	3.1	24	86	3	98	56	20	10	13	1.66
764485--764537	21	2.5	21	93	0	88	30	32	20	16	1.95
764533--764612	44	1.9	40	87	10	115	21	21	21	36	1.96
764589--765124	42	12.9	42	93	2	861	20	19	24	36	1.95
766616--766651	18	2.1	18	90	10	58	47	5	5	41	1.50
768029--768164	72	1.9	70	80	5	157	46	6	8	38	1.61
768951--768984	17	1.9	18	88	5	52	26	29	26	17	1.98
769672--769712	22	1.9	21	90	5	64	24	0	4	70	1.06
772468--772512	20	2.4	19	85	10	65	24	22	4	48	1.68
774916--775013	50	2.0	50	85	0	133	27	19	21	31	1.97
781533--781589	25	2.3	25	87	6	80	56	0	7	36	1.27
781582--781629	23	2.0	24	84	4	62	60	6	4	29	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790067--790122	25	2.3	25	93	3	96	51	19	12	16	1.75
796423--796457	18	1.9	18	88	11	54	14	8	22	54	1.67
802271--802307	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
802414--802484	20	3.5	20	79	11	81	29	28	19	22	1.98
803362--803391	12	2.5	12	94	0	51	50	30	3	16	1.62
803449--803731	140	2.0	140	96	0	521	29	13	14	43	1.83
803702--803790	20	4.8	20	73	18	84	35	21	16	25	1.94
803702--803832	54	2.4	54	83	5	149	38	19	16	25	1.93
803843--803894	20	2.6	20	87	0	68	13	17	21	48	1.81
804012--804121	27	3.7	27	72	19	103	51	18	2	27	1.59
803960--804193	63	3.5	64	86	8	267	50	17	3	29	1.62
803983--804094	36	3.4	34	71	21	103	54	16	3	25	1.58
805028--805052	9	2.8	9	100	0	50	12	0	0	88	0.53
806610--806646	13	2.7	14	91	8	67	24	29	29	16	1.96
806636--806693	17	3.4	17	97	0	107	15	24	43	17	1.87
806610--806646	7	5.4	7	93	6	67	24	29	29	16	1.96
806687--806776	19	4.7	19	89	6	128	26	30	25	17	1.98
806689--806776	9	9.1	10	77	12	94	27	30	23	18	1.97
813860--813896	13	2.7	14	91	8	67	24	29	29	16	1.96
813886--813943	17	3.4	17	97	0	107	15	24	43	17	1.87
813860--813896	7	5.4	7	93	6	67	24	29	29	16	1.96
813937--814006	19	3.7	19	92	3	106	24	30	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813939--814006	9	7.1	10	75	9	70	25	30	25	19	1.98
815167--815258	21	4.4	21	68	4	60	28	14	36	20	1.91
815143--815262	42	2.9	42	82	2	152	25	14	37	22	1.92
815622--815664	19	2.2	20	87	4	61	48	20	13	16	1.80
815651--815706	20	2.8	20	91	0	94	39	23	23	14	1.91
815742--815786	20	2.2	20	92	0	72	17	20	26	35	1.95
817718--817791	20	3.8	20	78	3	87	41	21	18	17	1.90
817706--817780	39	1.9	39	94	0	132	49	20	17	13	1.79
818446--818491	19	2.4	19	88	3	65	23	17	28	30	1.97
818455--818493	19	2.1	19	95	0	69	23	15	28	33	1.95
819175--819217	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
819501--819525	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
835848--835886	13	3.0	13	100	0	78	30	23	7	38	1.83
838328--838357	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
842258--842282	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
845755--845823	23	3.0	22	75	8	66	31	23	20	24	1.98
845839--846056	103	2.1	103	90	1	339	37	21	13	28	1.91
850904--851107	101	2.0	99	90	3	320	37	22	12	27	1.90
854647--854971	36	9.1	35	65	13	169	29	17	13	40	1.87
854638--854978	72	4.8	72	90	1	524	29	17	13	40	1.87
854638--854992	144	2.5	143	93	0	586	29	17	12	40	1.86
854638--855032	144	2.7	144	88	3	474	29	17	12	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855083--855169	37	2.4	37	88	1	122	25	20	13	40	1.89
854995--855298	102	3.0	102	94	1	511	29	19	12	38	1.88
855184--855270	36	2.4	36	90	0	129	26	19	12	41	1.87
855255--855331	30	2.6	29	85	6	102	37	18	10	33	1.85
855248--855331	29	2.9	27	79	13	96	36	16	11	34	1.86
855015--855427	102	4.2	96	86	8	320	30	20	12	36	1.89
855362--855464	34	3.0	33	83	12	136	38	20	10	30	1.86
881515--881641	64	2.0	64	84	3	166	26	17	26	29	1.97
882449--882511	21	3.1	21	77	9	67	34	4	15	44	1.68
882440--882518	23	3.3	23	68	23	65	35	5	15	44	1.68
882671--882747	34	2.3	34	84	4	93	50	23	2	23	1.61
882945--883004	21	2.9	22	75	9	54	55	25	0	20	1.44
883360--883398	18	2.2	17	86	4	51	48	7	5	38	1.54
883376--883455	11	7.4	11	68	18	51	48	8	1	41	1.42
883371--883411	21	1.9	22	90	5	66	48	4	2	43	1.37
883521--883551	14	2.2	14	94	0	53	54	29	0	16	1.42
883843--883885	13	3.1	14	86	10	61	39	2	0	58	1.11
883909--883945	15	2.4	15	95	4	65	51	5	2	40	1.39
884020--884090	14	5.1	14	77	3	63	49	26	0	23	1.51
882903--884564	539	3.1	536	91	5	2574	43	12	8	35	1.73
884407--884459	20	2.5	20	72	6	52	47	5	9	37	1.60
884925--884961	15	2.4	15	95	4	65	51	5	2	40	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885036--885106	14	5.1	14	75	3	63	49	28	0	22	1.50
885036--885112	41	1.9	40	86	2	109	49	25	0	24	1.51
885048--885107	21	3.0	20	75	4	57	48	25	0	26	1.52
885271--885317	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
885268--885318	23	2.2	24	96	3	95	49	3	0	47	1.20
885565--885650	16	5.4	16	87	2	111	44	15	23	17	1.86
888052--888133	33	2.5	33	83	0	92	17	18	30	34	1.94
888441--888641	59	3.4	58	79	4	195	20	16	29	32	1.95
888482--888641	60	2.7	60	84	2	198	21	17	28	32	1.96
889083--889174	33	2.8	33	93	0	157	20	23	23	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5