genome.fa.s5234.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005234.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011848_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  296100

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4768--4842	23	3.3	23	94	0	123	22	28	25	24	2.00
4758--4858	23	4.3	23	83	3	69	24	22	21	30	1.99
6275--6335	27	2.4	25	84	13	72	18	21	42	18	1.89
6288--6345	27	2.1	28	96	3	109	20	20	44	13	1.85
15862--15920	26	2.3	26	82	14	77	37	1	1	59	1.18
15843--15892	22	2.3	22	80	12	59	38	4	2	56	1.30
16631--16672	17	2.4	18	88	4	59	23	7	7	61	1.47
20656--20934	144	1.9	144	91	0	450	35	16	12	35	1.87
24988--25064	38	2.0	38	92	0	127	38	3	25	31	1.74
26003--26032	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
27150--27197	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
27698--27982	121	2.3	120	82	7	351	49	10	12	28	1.73
28996--29021	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
30026--30113	23	3.9	23	76	8	81	62	17	6	13	1.52
31767--31804	20	1.9	20	89	10	60	21	2	2	73	1.07
37843--37890	24	2.0	24	100	0	96	41	4	20	33	1.72
49657--50326	198	3.4	198	86	3	884	40	13	13	32	1.83
50335--50391	23	2.4	23	73	2	60	40	8	7	43	1.63
50344--50505	87	1.9	87	80	5	193	36	10	7	45	1.67
50422--50478	23	2.5	23	85	0	69	40	10	3	45	1.56
54460--54845	193	2.0	193	98	0	745	20	17	29	32	1.96
55586--55835	87	2.9	87	93	0	410	43	9	13	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55948--56465	260	2.0	246	88	6	761	31	16	14	38	1.89
60542--60901	200	1.8	200	93	0	621	30	18	14	36	1.91
60741--61072	171	1.9	171	95	1	594	28	16	15	39	1.90
60542--61252	371	1.9	371	92	1	1210	29	17	14	37	1.90
61474--61534	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
61486--61534	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
63099--63139	21	2.0	21	90	0	64	2	41	0	56	1.13
63423--63485	21	3.0	21	92	0	99	17	30	11	41	1.84
64446--64495	24	2.1	24	92	0	82	26	34	10	30	1.89
66424--66486	21	3.0	21	90	0	90	41	9	30	19	1.83
66912--67459	285	1.9	280	96	3	1010	34	10	20	34	1.87
68612--68657	17	2.6	19	80	16	62	32	2	10	54	1.47
70302--70700	183	2.2	182	90	3	622	35	13	15	35	1.87
70585--70820	120	2.0	120	93	0	400	33	12	14	39	1.84
70888--71129	119	2.0	120	92	0	405	32	13	15	38	1.86
70402--71294	303	3.0	303	95	0	1572	34	13	15	35	1.87
74641--74890	87	2.9	87	96	0	455	33	14	9	42	1.79
74725--74769	23	2.0	23	86	0	63	37	15	8	37	1.79
74812--74856	23	2.0	23	86	0	63	37	15	8	37	1.79
81808--81873	29	2.3	29	97	0	123	15	6	7	71	1.29
82630--82677	19	2.5	19	83	6	62	35	2	6	56	1.36
82874--82966	27	3.4	28	75	8	93	50	10	6	32	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83886--83996	31	3.6	31	90	0	177	53	16	9	21	1.70
84498--84541	21	2.1	21	83	8	54	52	2	0	45	1.13
86435--86820	183	2.1	184	92	2	645	46	8	2	42	1.48
88502--88558	23	2.4	23	85	2	78	45	19	12	22	1.83
89308--89332	12	2.1	12	100	0	50	84	0	8	8	0.79
93602--93644	21	2.0	22	86	4	61	53	6	6	32	1.55
99765--99799	14	2.6	13	91	8	61	45	8	5	40	1.58
100147--100301	65	2.4	64	81	7	172	31	21	16	30	1.95
102896--102955	29	2.1	29	96	0	111	35	11	28	25	1.91
102966--102995	7	4.3	7	91	0	51	46	0	36	16	1.47
107125--107166	21	1.9	23	90	9	70	42	7	16	33	1.75
112014--112047	14	2.4	15	85	14	54	0	64	0	35	0.94
113959--113997	20	1.9	21	89	5	62	48	7	0	43	1.31
113959--114003	20	2.3	20	80	3	56	51	6	0	42	1.28
118572--118605	16	2.1	16	89	10	52	70	0	2	26	1.01
127285--127336	24	2.1	26	92	7	90	34	0	13	51	1.41
135433--135507	35	2.1	35	100	0	150	41	16	10	32	1.82
138113--138159	18	2.7	18	86	3	60	34	8	27	29	1.87
139524--139579	26	2.2	26	83	3	69	58	0	1	39	1.08
139514--139662	27	5.8	24	75	18	92	53	2	1	43	1.20
139566--139658	27	3.6	27	85	10	131	49	3	1	46	1.25
139584--139666	24	3.4	24	71	28	77	51	2	0	45	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139563--139676	27	4.5	24	75	22	83	50	2	0	46	1.21
139901--140024	39	3.2	39	73	12	112	48	3	12	35	1.58
141386--141425	16	2.5	16	100	0	80	45	22	10	22	1.82
142497--142525	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
144911--144987	23	3.3	23	88	0	109	55	12	20	10	1.66
145232--145260	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
145946--146073	60	2.1	60	84	5	161	34	15	19	30	1.93
154165--154215	26	2.0	24	85	7	66	56	13	11	17	1.66
154787--154811	6	4.2	6	100	0	50	48	32	20	0	1.50
191691--191816	57	2.2	57	87	2	173	38	17	5	38	1.73
193149--193268	62	1.9	62	98	0	231	43	8	9	39	1.67
196297--196389	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
196297--196389	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
196294--196389	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
196378--196471	20	4.7	20	77	2	80	35	24	17	23	1.95
196375--196452	41	1.9	41	83	0	102	41	21	15	21	1.90
196990--197053	18	3.4	18	84	6	74	43	26	18	10	1.83
197049--197119	19	3.7	19	80	10	90	14	18	22	45	1.85
197049--197214	20	9.1	19	73	16	127	13	21	22	42	1.87
197102--197189	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
199117--199239	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
199173--199239	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200595--200630	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
200737--200790	20	2.8	19	88	5	81	46	18	20	14	1.84
200795--200912	19	6.7	19	68	19	85	13	22	20	43	1.87
200799--200892	33	2.8	34	95	4	174	12	23	19	44	1.85
203186--203210	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
204648--204684	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
205049--205099	20	2.5	20	93	0	84	33	23	23	19	1.97
205129--205201	14	4.5	15	74	22	60	13	20	19	46	1.83
205125--205191	18	3.8	19	83	16	92	13	22	17	46	1.83
205308--205344	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
207209--207275	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
207264--207321	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
207248--207326	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
207355--207412	14	3.9	14	75	16	62	10	15	24	50	1.75
207338--207425	32	2.7	32	87	3	122	12	17	21	48	1.79
207414--207459	20	2.3	20	92	3	76	19	26	19	34	1.96
207946--207990	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
209606--209649	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
209837--209889	20	2.7	20	93	0	88	24	18	28	28	1.98
209817--209928	20	5.5	20	77	5	82	23	17	23	35	1.95
209857--209934	41	1.9	41	83	0	102	23	16	20	39	1.92
209920--209996	21	3.7	21	72	6	75	18	24	16	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209920--210016	42	2.3	42	94	5	171	19	23	16	40	1.91
210441--210492	18	3.1	16	76	17	52	26	26	5	40	1.79
210454--210491	20	2.0	20	90	10	62	23	26	5	44	1.74
210571--210595	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
214345--214431	31	2.8	31	81	6	88	32	12	5	49	1.64
217122--217309	96	2.0	96	90	0	295	34	26	15	23	1.95
228687--228726	20	2.0	20	85	4	55	45	2	10	42	1.51
234403--234448	20	2.2	20	82	17	51	39	0	6	54	1.26
237912--237995	31	2.8	31	81	3	100	45	11	10	32	1.75
243629--243739	57	1.9	57	88	0	168	36	30	12	20	1.90

Tables:   1   2