genome.fa.s5247.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005247.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011870_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  232795

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232--2269	20	1.9	20	88	0	58	60	7	10	21	1.54
2825--3104	57	4.9	58	88	4	397	29	6	18	45	1.75
4137--4173	19	1.9	19	94	0	65	18	32	8	40	1.80
7617--7673	30	2.0	28	86	6	78	47	8	17	26	1.77
8121--8152	6	5.3	6	100	0	64	34	50	15	0	1.45
8663--8713	6	8.5	6	100	0	102	0	15	50	33	1.44
8829--9068	41	5.9	41	90	3	385	39	22	19	18	1.93
8805--9065	82	3.2	82	94	2	436	39	22	19	19	1.93
8873--9116	61	4.0	61	73	8	228	39	22	19	18	1.92
26410--26495	31	2.8	31	92	0	136	47	10	13	27	1.76
28030--28078	20	2.5	20	86	6	64	42	18	10	28	1.83
28626--28673	25	2.1	22	85	14	62	12	20	33	33	1.90
28818--28900	30	2.8	30	80	10	91	53	3	9	33	1.51
38150--38210	32	1.9	32	89	0	95	11	22	42	22	1.86
44287--44311	12	2.1	12	100	0	50	24	24	16	36	1.94
58218--58293	31	2.5	31	88	0	107	46	9	5	39	1.58
58412--58452	21	2.0	20	86	13	57	53	17	4	24	1.63
60187--60229	17	2.6	16	80	20	52	25	6	6	60	1.48
62605--62668	29	2.2	30	88	2	94	25	3	4	67	1.25
62619--62680	29	2.1	29	82	5	72	32	1	3	62	1.20
63678--63718	20	2.0	21	85	4	57	58	2	2	36	1.24
64593--64662	26	2.7	26	86	8	97	0	28	17	54	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64607--64655	11	4.0	11	76	23	53	0	26	18	55	1.43
65125--65186	3	20.3	3	90	3	97	62	0	1	35	1.05
65370--66053	113	6.2	116	84	10	767	31	20	13	34	1.91
65374--66053	114	6.1	114	85	9	779	31	20	13	34	1.91
66789--66904	53	2.1	59	82	11	145	31	24	12	32	1.91
66866--67028	79	2.1	79	91	6	269	36	20	14	27	1.92
68138--68189	10	4.9	10	78	21	61	1	19	0	78	0.84
68139--68184	6	7.2	6	81	13	56	2	17	0	80	0.81
68157--68181	13	1.9	13	100	0	50	4	16	0	80	0.87
79396--79436	20	2.0	21	85	4	57	58	2	2	36	1.24
80327--80361	18	1.9	18	94	0	61	0	17	5	77	0.96
80366--80414	12	3.8	12	75	15	53	0	28	14	57	1.38
80351--80421	27	2.7	26	86	6	97	0	29	15	54	1.41
80376--80422	13	3.2	16	69	27	50	0	27	17	55	1.42
80891--80961	3	23.7	3	94	0	124	63	0	1	35	1.03
81277--81357	29	2.7	30	81	7	103	65	4	3	25	1.30
81553--81633	41	2.0	41	82	0	99	35	20	18	24	1.95
81570--81656	20	4.3	20	77	2	102	39	19	19	21	1.93
81605--81673	20	3.5	20	86	4	77	43	18	14	23	1.87
84995--85088	20	4.7	21	84	7	124	35	23	21	20	1.96
85080--85155	33	2.3	34	95	2	136	46	19	21	13	1.84
85165--85285	20	6.8	18	72	19	69	13	22	21	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85170--85265	33	2.9	34	90	3	149	13	22	20	42	1.87
85237--85289	20	2.7	20	100	0	106	15	20	26	37	1.92
85387--85423	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
89657--89759	20	4.9	20	81	8	100	14	25	35	24	1.93
93573--93612	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
96284--96365	42	2.0	41	85	2	110	20	17	39	23	1.92
96874--97047	20	9.4	20	75	16	142	40	21	19	18	1.91
96873--97066	40	5.4	34	73	13	147	40	21	20	17	1.91
96871--97066	107	1.8	107	97	0	374	41	20	20	17	1.91
97056--97177	54	2.3	53	89	1	181	18	21	20	39	1.93
97094--97177	20	4.5	20	77	17	99	20	20	21	38	1.94
99055--99121	20	3.3	20	89	0	80	41	25	17	14	1.88
99543--99604	18	3.0	22	69	26	62	17	16	38	27	1.91
99830--99875	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
104293--104359	4	17.2	4	79	17	79	46	25	1	26	1.62
104301--104359	16	3.7	16	93	4	93	45	25	1	27	1.63
104357--104433	2	38.5	2	97	0	145	50	48	0	1	1.09
107322--107371	21	2.4	21	90	3	75	38	28	0	34	1.57
109030--109164	71	1.9	71	83	6	175	43	10	13	32	1.78
109554--109723	75	2.2	77	84	4	238	35	14	7	42	1.74
110732--110784	20	2.7	20	87	0	70	37	11	20	30	1.88
113483--113661	2	93.0	2	76	11	151	47	1	3	46	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124487--124520	12	2.8	12	100	0	68	17	23	41	17	1.90
127760--127807	23	2.1	23	100	0	96	25	12	25	37	1.91
132008--132056	25	2.0	25	84	8	64	38	0	2	59	1.09
132405--132446	11	3.5	12	80	9	50	61	2	4	30	1.29
133379--133421	18	2.4	18	88	0	59	72	0	0	27	0.85
133719--133768	23	2.2	23	85	3	66	12	16	12	60	1.60
133782--133831	26	1.9	26	100	0	100	20	8	12	60	1.57
134260--134387	65	2.0	65	90	3	204	47	7	5	39	1.54
134362--134394	16	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
137401--137442	22	1.9	22	90	0	66	47	7	14	30	1.71
141550--141600	20	2.5	20	100	0	102	0	33	7	58	1.27
142816--142863	21	2.3	20	80	16	53	47	0	2	50	1.12
143472--143522	28	1.9	27	84	11	70	56	3	17	21	1.57
145330--145424	20	4.8	20	83	5	113	38	23	16	21	1.92
145228--145439	20	10.6	20	73	11	105	33	24	15	27	1.95
146336--146389	24	2.2	24	83	0	63	22	16	22	38	1.93
146564--146600	12	3.1	12	84	0	56	70	0	27	2	1.01
146817--147275	232	2.0	232	96	0	855	34	12	21	31	1.91
148891--148926	18	2.0	18	94	0	63	58	22	0	19	1.40
154910--154970	23	2.9	21	82	7	61	26	31	26	16	1.96
157315--157391	20	3.8	20	96	0	136	14	19	25	40	1.89
157855--157891	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157847--157899	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
158202--158287	39	2.2	39	97	0	163	47	19	15	17	1.82
160496--160539	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
161125--161204	31	2.6	31	91	0	124	31	2	35	31	1.71
163552--163595	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
164179--164258	31	2.6	31	91	0	124	31	2	35	31	1.71
166617--166656	21	1.9	21	84	0	53	7	37	15	40	1.75
167239--167318	31	2.6	31	91	0	124	31	2	35	31	1.71
169672--169715	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
170300--170379	31	2.6	31	91	0	124	31	2	35	31	1.71
173384--173445	31	2.0	31	96	0	115	27	3	33	35	1.73
174890--174943	28	1.9	28	84	0	72	48	20	0	31	1.50
174907--174943	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
176337--176449	21	5.4	21	71	6	68	21	20	34	23	1.97
176357--176455	42	2.4	42	77	6	110	22	19	33	25	1.97
179087--179252	20	8.3	20	79	9	160	19	15	24	41	1.89
179087--179252	60	2.8	60	83	5	203	19	15	24	41	1.89
180027--180060	16	2.2	15	89	5	50	20	0	2	76	0.92
182281--182313	18	1.9	17	88	11	50	27	3	12	57	1.49
188393--188444	27	2.0	26	92	3	86	44	7	0	48	1.31
191478--191551	31	2.3	33	83	4	107	40	25	10	22	1.87
192830--192864	18	1.9	18	100	0	70	25	17	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196213--196305	14	6.6	14	75	15	84	43	3	2	51	1.29
196249--197311	8	138.8	8	77	15	957	40	2	7	49	1.44
196314--197269	55	17.0	55	78	15	753	40	2	7	49	1.44
196277--197322	39	26.6	39	83	10	1098	40	2	7	49	1.44
198316--198360	15	2.7	18	77	22	53	64	6	0	28	1.19
199556--199903	172	2.0	173	90	1	556	37	17	4	40	1.71
200366--200409	23	1.9	23	100	0	88	25	40	25	9	1.84
200426--200479	22	2.5	22	87	0	90	16	35	18	29	1.93
201089--201125	15	2.4	16	95	4	67	64	0	0	35	0.94
202527--202555	15	1.9	15	100	0	58	62	3	0	34	1.12

Tables:   1   2