genome.fa.s5274.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005274.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011922_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  315540

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 200 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1647--1708	3	21.0	3	77	9	65	64	0	1	33	1.03
1647--1690	18	2.5	18	92	3	72	65	0	0	34	0.93
2120--2410	113	2.7	107	85	7	394	26	17	15	40	1.89
2350--2454	40	2.7	40	95	1	194	19	23	9	47	1.78
2242--2566	152	2.1	153	93	1	546	24	19	13	42	1.88
2395--2820	112	3.8	112	96	0	773	26	19	15	38	1.92
3532--3868	114	3.0	114	93	0	548	30	20	14	34	1.92
4180--4224	16	2.8	16	100	0	90	53	8	6	31	1.58
4574--4615	22	2.0	21	85	4	57	0	21	0	78	0.75
17572--17655	9	9.7	9	77	10	77	65	0	1	33	1.00
17564--17649	18	4.8	18	92	2	129	66	0	1	32	1.00
17564--17667	18	5.8	18	84	8	106	67	0	0	31	0.97
17564--17674	9	11.8	9	69	25	54	67	0	0	31	0.97
18113--18151	7	5.4	7	96	3	69	2	41	0	56	1.13
19917--19952	14	2.6	14	86	0	54	61	16	11	11	1.57
31277--31345	35	2.0	35	97	0	129	27	13	20	39	1.89
32011--32473	112	4.1	112	87	4	623	46	12	14	26	1.80
32348--32794	180	2.5	179	89	2	648	43	13	15	27	1.84
33370--33417	23	2.1	23	84	0	60	37	14	8	39	1.76
33905--34048	38	3.8	38	100	0	288	47	22	5	24	1.73
36811--36877	3	22.7	3	82	8	84	29	0	1	68	0.98
36811--36877	31	2.2	31	89	5	100	29	0	1	68	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40973--41037	26	2.5	27	72	22	68	20	12	4	63	1.46
48059--48156	45	2.1	48	88	5	148	29	12	19	38	1.88
54205--54232	8	3.5	8	100	0	56	39	0	10	50	1.37
57736--57848	7	15.7	7	93	5	190	73	0	14	12	1.10
57865--57950	45	1.9	45	80	4	102	40	17	26	15	1.89
59211--59532	111	2.9	110	84	9	431	27	15	23	32	1.95
59211--59532	56	5.8	56	87	5	406	27	15	23	32	1.95
64433--64457	13	1.9	13	100	0	50	20	8	16	56	1.65
69366--69417	22	2.3	23	80	12	63	26	7	3	61	1.41
69376--69417	22	2.0	22	90	4	68	21	9	4	64	1.42
71866--71894	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
77362--77417	26	2.2	26	100	0	112	42	21	3	32	1.70
77932--77988	20	2.9	20	84	7	64	33	26	15	24	1.95
77996--78063	21	3.2	21	91	0	100	25	25	13	36	1.92
77932--78071	21	6.9	21	76	11	94	30	24	15	30	1.95
77932--78078	42	3.6	41	71	10	122	31	23	14	29	1.95
78209--78257	22	2.2	22	85	7	64	20	32	14	32	1.92
80519--80560	4	10.5	4	84	0	57	28	0	2	69	1.01
80701--80799	21	4.7	21	66	12	60	28	32	16	23	1.96
82230--82269	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
82179--82319	66	2.2	66	83	8	177	31	1	17	50	1.54
82390--82462	34	2.1	34	82	9	96	26	21	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82459--82514	20	2.8	20	86	0	67	23	19	19	37	1.94
82837--82872	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
84940--84976	3	12.3	3	88	0	56	0	27	0	72	0.84
84936--84976	15	2.7	15	100	0	82	0	26	0	73	0.84
86132--86219	21	4.2	21	98	0	167	37	18	25	19	1.94
88906--88940	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
89000--89269	140	1.9	140	96	0	504	28	13	14	42	1.84
89240--89567	20	17.6	20	72	15	231	33	21	19	25	1.97
89248--89558	54	5.6	54	75	13	267	34	21	19	24	1.97
89302--89496	74	2.6	73	85	6	259	33	22	19	24	1.97
89356--89567	94	2.3	94	89	0	318	31	21	21	25	1.98
89736--89774	14	2.8	14	88	0	60	46	10	2	41	1.51
91785--91880	20	4.8	20	92	0	147	39	23	17	18	1.92
91923--91970	20	2.4	20	89	0	69	20	18	27	33	1.96
94313--94355	22	2.0	22	85	0	59	23	16	37	23	1.94
94503--94656	71	2.2	71	93	0	272	27	20	25	26	1.99
94602--94699	20	4.9	20	88	0	133	25	22	25	26	2.00
97303--97374	21	3.2	24	66	22	75	30	6	4	58	1.43
97293--97373	42	1.9	42	100	0	162	33	6	2	58	1.36
109480--109715	125	1.9	125	85	0	328	32	17	24	26	1.97
110927--111161	36	6.5	37	81	7	191	37	22	20	19	1.95
110914--111118	108	1.9	109	85	3	288	36	24	20	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110927--111118	72	2.7	70	80	4	231	36	24	20	18	1.95
111349--111540	51	3.7	51	87	4	260	32	20	26	21	1.97
111349--111540	106	1.8	103	86	5	278	32	20	26	21	1.97
111542--111708	55	3.0	55	92	0	280	29	15	25	29	1.96
111550--111862	55	5.8	54	81	9	218	31	17	24	27	1.97
111339--111867	54	9.8	54	80	8	224	31	17	24	25	1.97
119381--119426	21	2.2	21	84	0	56	43	8	15	32	1.77
119775--119814	18	2.2	18	95	0	71	32	15	10	42	1.79
119927--119967	2	20.5	2	94	0	73	0	2	48	48	1.14
120299--120338	16	2.6	16	92	4	64	37	10	20	32	1.85
129130--129159	7	4.3	7	100	0	60	73	0	0	26	0.84
129146--129182	16	2.2	18	86	13	53	54	0	2	43	1.14
129132--129182	14	3.2	17	84	15	58	58	0	1	39	1.09
132680--132756	29	2.7	29	81	6	93	35	5	12	46	1.65
132674--132756	28	2.9	28	85	1	103	36	4	13	45	1.64
132769--132869	44	2.2	45	76	16	102	63	4	1	29	1.26
141283--141316	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
145067--145254	78	2.4	78	86	1	252	25	27	10	36	1.89
146541--146587	21	2.3	20	82	10	60	46	2	2	48	1.25
147745--147774	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
148018--148191	93	1.9	94	90	2	280	43	11	0	45	1.40
153083--153137	21	2.6	21	94	0	92	23	21	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153681--153729	6	8.2	6	100	0	98	0	16	48	34	1.46
153726--153756	6	5.2	6	100	0	62	32	0	32	35	1.58
153843--153938	40	2.3	42	87	3	142	36	20	18	23	1.95
153843--153944	21	4.9	20	73	11	73	36	20	19	23	1.95
153904--153963	21	2.9	20	80	11	68	35	18	23	23	1.96
158085--158174	45	2.0	45	100	0	180	42	4	4	48	1.43
166849--166949	46	2.3	43	81	10	121	58	1	3	35	1.28
166902--166950	17	2.8	18	81	12	57	61	4	2	32	1.26
167536--167589	20	2.7	20	77	11	74	27	31	14	25	1.95
167613--167757	20	7.2	20	76	9	125	40	20	16	22	1.91
168177--168223	20	2.3	20	92	0	85	12	19	21	46	1.82
170198--170239	4	10.5	4	84	0	57	28	2	0	69	1.01
170383--170478	21	4.6	21	72	10	88	23	35	17	22	1.95
170408--170501	42	2.2	42	83	3	109	22	36	20	21	1.95
171746--171785	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
171952--171990	20	2.0	20	89	0	60	20	20	20	38	1.94
172203--172280	33	2.4	33	93	0	129	17	16	19	46	1.85
172276--172351	35	2.2	35	78	4	82	27	13	21	38	1.90
172595--172631	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
173017--173066	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
173171--173270	20	5.3	20	66	13	68	19	21	22	38	1.94
173556--173591	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177233--177289	17	3.4	17	81	13	73	15	12	7	64	1.47
182099--182142	13	3.6	13	72	27	51	70	4	6	18	1.27
182098--182153	23	2.4	23	100	0	112	73	3	7	16	1.20
183169--183215	24	2.0	24	91	0	76	36	14	21	27	1.93
184116--184306	20	9.6	20	74	12	153	24	16	25	33	1.96
190331--190384	24	2.2	24	83	6	65	31	12	0	55	1.38
195083--195129	14	3.4	14	93	0	76	25	40	27	6	1.80
195135--195191	10	5.4	10	74	12	51	26	26	40	7	1.81
195111--195195	33	2.6	33	92	0	134	25	28	37	8	1.85
195199--195255	29	2.0	29	96	0	105	21	31	33	14	1.92

Tables:   1   2