genome.fa.s5344.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005344.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012104_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  640787

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10111--10144	8	4.2	8	84	0	50	38	5	0	55	1.24
15445--15531	2	45.0	2	93	6	153	49	0	0	50	1.00
15787--16531	121	6.1	121	86	2	911	29	17	9	43	1.81
15787--16528	242	3.0	244	88	2	1049	29	17	9	43	1.81
25816--25842	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
26147--27070	122	7.6	120	82	6	1017	30	15	9	44	1.78
25935--26363	214	2.0	214	83	7	548	33	14	7	44	1.75
29453--29508	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
47916--48052	74	1.9	73	83	7	179	29	12	10	47	1.74
52961--53019	21	2.9	21	92	2	93	30	0	6	62	1.21
65453--65497	22	2.0	22	87	8	65	8	64	15	11	1.49
75594--75698	43	2.5	42	86	6	158	30	16	24	28	1.96
75703--75798	43	2.2	43	81	0	111	36	18	12	32	1.89
78595--78625	13	2.4	13	94	0	53	0	6	9	83	0.79
79202--79235	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
79433--79759	130	2.5	133	86	5	441	24	18	29	27	1.98
79534--79730	43	4.6	43	75	12	179	23	19	30	26	1.98
80007--80094	34	2.4	36	83	7	108	37	11	14	36	1.83
80384--80427	15	2.9	15	93	0	70	43	4	20	31	1.72
80416--80490	31	2.4	30	82	8	80	40	13	14	32	1.85
80523--80602	40	2.0	40	85	4	108	37	12	20	30	1.89
80584--80707	63	2.0	62	87	3	178	43	12	14	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80977--81045	28	2.5	28	90	4	104	43	14	7	34	1.73
81134--81245	29	4.1	25	80	13	89	47	14	8	29	1.74
81149--81251	29	3.7	29	85	5	133	45	15	8	30	1.76
81534--81635	36	2.9	35	82	5	100	35	10	19	34	1.87
81533--81650	33	3.4	33	81	6	128	35	11	20	32	1.89
81504--81662	33	4.6	36	79	9	93	34	12	19	33	1.89
81603--81830	101	2.3	99	82	10	250	36	12	19	30	1.89
81953--82051	36	2.8	36	96	0	180	37	11	16	35	1.84
82406--82483	4	20.0	4	81	5	97	28	1	21	48	1.58
83656--83777	12	10.5	11	73	10	84	3	14	9	72	1.24
83670--83718	11	4.4	11	84	2	62	6	10	12	71	1.30
83670--83778	22	4.7	22	75	15	96	3	14	10	71	1.26
83709--83753	21	2.2	22	84	11	60	2	20	6	71	1.20
89192--89222	13	2.4	13	94	0	53	0	6	9	83	0.79
89799--89838	3	13.3	3	89	0	62	65	2	2	30	1.19
90442--90495	27	2.0	27	85	0	72	37	5	3	53	1.42
95897--95943	23	2.0	23	87	4	67	55	14	17	12	1.70
104556--104698	68	2.1	70	96	2	263	48	14	9	27	1.75
114784--114884	48	2.1	48	81	0	121	48	17	5	27	1.70
114808--114884	25	3.2	24	87	7	102	46	20	6	25	1.75
114782--114878	23	4.1	23	81	5	104	48	18	6	26	1.71
114811--114886	23	3.2	23	86	3	71	47	21	6	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115658--115697	19	2.1	19	100	0	80	50	25	10	15	1.74
117623--117670	25	1.9	25	86	0	69	31	14	8	45	1.74
127396--127433	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
143083--143109	14	1.9	14	100	0	54	40	14	7	37	1.74
145931--145971	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
146549--146582	16	2.1	16	94	0	59	32	2	0	64	1.08
146549--146590	22	1.9	22	90	0	66	35	2	0	61	1.09
147453--147568	61	1.9	61	81	8	139	39	12	8	38	1.75
156391--156438	24	2.0	25	84	12	64	43	2	6	47	1.40
162825--162873	21	2.4	20	79	3	53	38	10	14	36	1.80
163460--163495	16	2.1	17	90	10	56	25	8	25	41	1.83
169371--169408	19	2.0	19	100	0	76	31	10	10	47	1.72
174645--174791	60	2.5	61	79	8	151	40	12	11	35	1.80
182558--182658	37	2.7	37	85	0	121	40	11	14	32	1.83
183192--183232	2	21.0	2	85	5	57	43	0	0	56	0.99
183479--183562	16	5.1	17	69	17	61	16	7	0	76	1.00
183502--183553	26	2.0	25	85	10	70	17	5	0	76	0.97
184271--184307	19	1.9	19	89	10	58	8	24	0	67	1.17
187706--187755	15	3.2	15	81	10	64	82	6	12	0	0.85
187708--187786	20	4.2	18	76	18	72	79	6	12	1	0.97
187706--187788	7	11.6	7	72	13	53	80	6	12	1	0.94
189392--190349	106	9.0	106	94	0	1567	33	25	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190527--190708	83	2.2	82	83	2	229	32	21	21	24	1.98
191183--191287	37	2.8	37	85	0	138	40	15	13	30	1.85
191774--191854	21	3.8	21	74	18	67	32	2	1	64	1.15
191969--192001	17	1.9	17	88	11	50	18	0	0	81	0.68
192066--192096	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
195071--195253	92	2.0	92	81	0	213	23	16	25	33	1.96
198241--198438	100	2.0	100	90	4	310	42	21	19	16	1.89
201349--201390	14	2.7	15	79	13	50	57	14	0	28	1.38
209891--209933	22	2.0	22	90	9	70	27	0	25	46	1.53
210559--210674	51	2.3	50	78	11	128	49	2	2	45	1.29
213643--213678	17	2.1	18	89	5	56	50	0	0	50	1.00
214101--214246	71	2.0	74	94	5	262	36	14	10	38	1.81
216528--216596	23	3.2	23	65	23	67	23	11	18	46	1.82
216517--216622	42	2.5	42	98	0	203	22	7	20	49	1.74
216522--216587	19	3.3	19	66	22	53	25	7	18	48	1.74
216541--216610	23	3.2	23	66	22	69	21	10	20	48	1.78
217683--217717	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
229577--229617	21	2.0	21	85	0	55	21	2	29	46	1.64
230646--230695	21	2.4	21	79	0	55	30	20	24	26	1.98
233696--233793	47	2.1	47	100	0	196	29	23	6	40	1.79
235214--235240	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
239537--239603	32	2.1	32	97	0	125	37	26	5	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239904--239984	30	2.7	30	86	3	110	17	14	11	56	1.66
241868--241960	40	2.3	41	92	5	154	61	5	2	31	1.30
259458--259713	126	2.0	126	83	3	320	33	21	14	30	1.93
259757--260050	126	2.3	126	86	2	403	35	23	12	28	1.91
261337--261428	43	2.1	43	86	7	125	38	13	19	29	1.89
265077--265208	68	1.9	68	100	0	264	16	25	25	32	1.96
265747--265831	7	11.4	8	84	12	110	24	12	38	23	1.90
265747--265831	15	5.7	15	82	12	113	24	12	38	23	1.90
265747--265831	22	3.8	23	87	9	122	24	12	38	23	1.90
268975--269005	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
270324--270601	58	4.8	58	85	2	339	32	24	17	26	1.97
270377--270600	115	2.0	114	90	0	349	31	23	17	27	1.97
276798--276822	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
282822--282873	27	1.9	27	84	0	68	34	11	3	50	1.57
288499--288532	15	2.2	16	89	5	52	26	2	0	70	1.01
288935--288965	16	1.9	16	93	0	53	32	0	3	64	1.09
290214--290304	32	2.9	32	88	6	132	56	10	17	15	1.67
293481--293526	4	11.5	4	85	0	56	43	2	6	47	1.41
293481--293526	6	7.7	6	87	0	56	43	2	6	47	1.41
293481--293526	10	4.6	10	86	0	56	43	2	6	47	1.41
295808--295933	57	2.2	56	78	4	135	39	3	3	53	1.33
295839--295939	30	3.5	28	70	17	73	37	2	2	56	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295916--295952	19	1.9	19	94	0	65	40	0	0	59	0.97
298982--299018	15	2.5	15	95	0	65	27	40	18	13	1.88
299419--299467	15	3.3	15	82	8	55	12	18	61	8	1.55
302140--302248	55	2.0	55	87	0	155	43	23	6	26	1.78
302523--302567	14	3.1	14	83	3	54	48	22	2	26	1.62
302473--302546	28	2.7	27	72	14	69	48	29	0	21	1.50
302515--302567	21	2.5	21	75	6	54	47	26	1	24	1.62
302478--302573	14	6.9	15	71	11	53	45	28	1	25	1.60
306274--306332	12	5.2	12	82	15	81	52	0	47	0	1.00
306280--306320	20	2.0	21	95	4	75	48	0	51	0	1.00

Tables:   1   2   3