genome.fa.s5371.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005371.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012213_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  362493

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4173--4426	43	5.9	43	79	3	217	25	19	22	32	1.97
4211--4432	87	2.6	86	79	5	214	25	20	20	33	1.97
4301--4469	86	2.0	86	79	10	184	24	21	20	33	1.97
4901--4947	23	2.2	22	85	11	62	2	31	21	44	1.64
4914--4958	21	2.2	20	88	4	63	0	37	17	44	1.49
7707--7833	41	3.1	41	76	10	134	33	16	14	35	1.89
7707--7868	82	2.0	82	81	2	191	34	17	14	33	1.90
7879--8099	42	5.4	42	74	15	210	22	20	19	37	1.95
7879--8082	81	2.5	83	93	4	351	23	20	19	36	1.95
8989--9202	41	5.2	41	85	5	225	28	20	19	32	1.97
8966--9202	82	2.9	82	86	5	284	29	20	18	30	1.97
14807--15178	43	8.7	43	78	9	307	23	21	21	33	1.97
14807--15159	128	2.7	128	81	8	378	23	21	21	33	1.97
14807--15127	85	3.8	85	82	7	366	23	21	21	33	1.97
22312--22351	18	2.2	18	86	8	55	25	20	12	42	1.86
32054--32540	229	2.1	228	95	0	875	44	7	7	40	1.61
32818--32864	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
32607--33077	180	2.6	181	89	2	669	42	14	17	26	1.87
32998--33044	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
33007--33049	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
35272--35336	21	3.1	21	79	0	76	38	13	30	16	1.88
35370--35434	32	2.0	33	87	3	96	29	0	49	21	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37223--37269	19	2.6	19	90	6	71	29	2	10	57	1.44
37404--38139	199	3.7	199	96	0	1341	36	15	16	31	1.90
38100--38151	21	2.3	23	70	12	54	38	9	13	38	1.77
37404--38139	397	1.9	398	97	0	1386	36	15	16	31	1.90
39599--39660	18	3.4	18	79	0	79	37	9	35	17	1.83
39599--39690	6	15.3	6	79	0	67	36	7	34	20	1.81
39614--39694	3	27.0	3	75	0	72	35	6	34	23	1.80
39602--39678	36	2.1	36	90	0	118	35	9	35	20	1.85
39602--39690	12	7.4	12	84	0	88	35	7	34	21	1.82
39599--39690	18	5.1	18	77	0	76	36	7	34	20	1.81
40816--40854	20	2.0	20	89	0	60	28	12	7	51	1.67
41193--41679	180	2.7	183	92	3	817	34	14	17	33	1.91
44136--44200	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
44480--44526	21	2.2	22	81	11	62	40	12	10	36	1.78
44543--44592	23	2.2	23	88	0	73	34	4	24	38	1.74
45020--45056	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
45012--45058	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
45314--45400	39	2.2	39	91	0	147	48	19	13	18	1.81
45822--45871	23	2.2	23	85	0	64	34	4	22	40	1.72
46017--46083	30	2.2	29	82	10	73	52	4	0	43	1.21
49592--49626	16	2.1	17	94	5	63	31	8	25	34	1.86
76308--76341	15	2.3	15	90	10	52	58	14	8	17	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76308--76342	16	2.3	15	85	5	52	60	14	8	17	1.58
86035--86078	21	2.1	21	86	0	61	43	4	18	34	1.70
86436--86472	19	1.9	19	89	10	58	48	0	0	51	1.00
89912--90082	89	1.9	90	87	8	251	32	7	18	42	1.77
92927--92964	20	1.9	20	94	0	67	44	10	23	21	1.83
92927--92970	20	2.3	19	88	7	63	45	9	25	20	1.80
94262--94749	229	2.1	229	95	0	879	45	7	7	39	1.61
95028--95075	20	2.4	20	96	0	87	58	8	16	16	1.61
94816--95289	182	2.6	182	89	1	698	42	13	17	26	1.86
95219--95261	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
97491--97555	21	3.1	21	79	0	76	38	13	30	16	1.88
97589--97654	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
99451--99499	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
99619--101575	198	9.9	199	97	1	3709	36	15	16	31	1.90
99619--101575	395	4.9	397	97	1	3680	36	15	16	31	1.90
101536--101587	21	2.3	23	70	12	54	38	9	13	38	1.77
103662--103726	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
104008--104058	22	2.4	22	75	15	61	41	11	9	37	1.75
104073--104145	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
104573--104609	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
104565--104611	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
104868--104954	39	2.2	39	89	0	138	49	19	12	18	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105371--105443	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
115221--115250	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
115672--115747	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
120177--120206	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
120409--120761	185	1.9	180	94	5	620	39	18	18	23	1.92
122446--122502	29	2.0	28	89	3	87	50	3	19	26	1.63
128076--128231	31	5.0	31	95	1	260	38	23	18	19	1.93
138642--138689	13	3.5	13	78	21	53	29	2	0	68	1.01
138765--138800	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
145213--145340	62	2.0	63	90	1	204	17	32	7	42	1.78
149745--149778	14	2.4	14	100	0	68	32	17	14	35	1.91
150503--150629	58	2.2	59	82	5	159	35	12	14	37	1.84
163401--163431	9	3.4	9	100	0	62	87	0	0	12	0.55
168352--168381	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
168730--168789	23	2.6	23	84	7	77	63	13	8	15	1.51
168973--169022	14	3.7	14	84	10	68	66	20	4	10	1.38
172180--172224	21	2.1	21	87	0	63	35	6	4	53	1.47
175233--175273	20	2.2	18	86	8	55	9	7	7	75	1.18
183024--183297	120	2.3	121	87	3	390	46	8	16	28	1.75
189290--189412	62	2.0	62	88	0	183	38	5	13	42	1.69
191225--191380	31	5.0	31	89	1	233	37	22	19	20	1.95
191657--191703	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192336--192380	21	2.1	21	83	0	54	15	22	28	33	1.95
193134--193260	59	2.1	59	82	4	148	37	12	12	37	1.81
193999--194142	60	2.4	59	78	9	148	38	4	22	34	1.73
194842--196043	347	3.3	364	86	6	1514	33	13	8	44	1.74
197447--197547	53	1.9	53	85	0	139	32	7	10	48	1.67
198234--198276	17	2.5	17	96	0	77	41	20	11	25	1.86
200982--201286	36	8.6	36	75	16	201	44	2	6	46	1.44
202030--202096	22	3.0	22	95	2	116	25	28	26	19	1.99
203671--203715	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
206847--206910	21	3.0	22	88	6	96	25	25	29	20	1.99
208482--208526	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
210665--210704	7	5.9	7	88	5	55	35	0	0	65	0.93
210665--210704	20	2.0	20	90	0	62	35	0	0	65	0.93
212388--212428	21	2.0	21	95	0	73	9	4	12	73	1.24
215880--217076	165	7.2	166	82	3	1342	29	25	21	23	1.99
215880--217097	249	4.9	249	93	0	1983	29	25	21	23	1.99
217489--217793	36	8.6	36	76	16	219	44	2	6	46	1.42
220017--220078	30	2.0	31	84	3	81	54	3	4	37	1.38
220017--220063	15	3.1	15	76	11	51	55	2	4	38	1.31
220279--220362	29	2.8	30	70	15	75	35	20	4	39	1.74
220470--220629	58	2.7	58	79	12	157	40	5	21	33	1.75
243175--243228	21	2.6	21	93	0	90	27	14	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243219--243276	22	2.8	20	82	14	73	12	22	22	43	1.86
244272--244301	16	1.9	15	93	6	51	43	0	0	56	0.99
245009--245050	20	2.2	19	87	8	59	54	2	0	42	1.13
262152--262203	20	2.7	20	87	3	70	19	26	28	25	1.98
262197--262271	17	4.4	17	91	0	123	17	42	25	14	1.87
262261--262290	7	4.4	7	91	8	53	16	30	30	23	1.96
262261--262286	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
268855--268924	9	7.3	9	76	12	68	17	27	30	25	1.97
268854--268924	19	3.7	19	92	1	106	18	26	29	25	1.98
268918--268992	17	4.4	17	93	0	114	17	42	24	16	1.88

Tables:   1   2