genome.fa.s5373.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005373.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012233_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  312417

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5406--5457	21	2.5	21	100	0	104	36	15	21	26	1.93
6167--6242	39	1.9	39	94	0	134	19	23	10	46	1.81
11857--11885	15	1.9	15	100	0	58	34	10	27	27	1.89
15999--16039	21	2.0	20	86	13	57	75	4	2	17	1.08
17640--17828	60	3.2	60	78	4	202	31	23	5	40	1.77
21087--21175	32	2.8	31	76	5	90	23	28	28	20	1.99
21087--21210	63	2.0	63	80	6	144	25	27	28	18	1.98
22084--22129	13	3.5	13	93	3	74	26	30	28	15	1.96
22080--22129	20	2.5	20	90	6	75	26	30	28	16	1.96
22119--22168	17	2.9	17	93	0	82	16	24	42	18	1.89
22080--22129	7	7.4	7	86	8	77	26	30	28	16	1.96
22165--22254	19	4.7	19	86	6	119	27	30	24	17	1.97
22167--22254	9	9.1	10	74	12	85	28	30	22	18	1.97
28431--28507	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
28384--28507	63	2.0	63	82	6	153	25	29	28	16	1.97
29381--29426	13	3.5	13	96	3	83	23	30	30	15	1.95
29377--29426	20	2.5	20	93	6	84	24	30	30	16	1.96
29416--29465	17	2.9	17	93	0	82	16	24	42	18	1.89
29377--29426	7	7.4	7	91	8	86	24	30	30	16	1.96
29462--29541	9	8.3	9	71	13	52	27	28	26	17	1.98
29464--29542	10	8.1	10	72	9	65	27	29	24	18	1.98
29462--29522	19	3.2	19	88	4	88	24	31	27	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32764--32800	19	1.9	19	88	0	56	32	27	16	24	1.96
32904--33026	21	5.9	21	94	0	212	21	26	21	30	1.98
33733--33816	21	4.0	21	88	0	123	32	21	25	21	1.98
33744--33837	42	2.2	42	81	7	111	31	24	23	20	1.98
33806--33855	21	2.4	21	96	0	91	28	28	22	22	1.99
33917--33962	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
33928--33964	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
34248--34554	156	2.0	156	94	1	544	39	8	21	30	1.83
36671--36711	18	2.2	19	91	4	66	36	0	0	63	0.95
47357--47446	10	8.7	10	73	16	51	80	4	3	12	0.99
47357--47434	24	3.1	24	80	14	70	80	5	2	11	0.96
47371--47455	26	3.4	25	80	9	84	81	3	4	10	0.97
47361--47456	20	4.8	20	75	11	81	80	4	4	11	1.00
47464--47494	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
47464--47498	8	4.4	8	92	0	52	51	5	0	42	1.25
47517--47579	32	2.1	31	82	8	76	71	1	9	17	1.20
50350--50390	20	2.0	21	90	4	66	12	12	0	75	1.05
60840--60870	13	2.3	14	94	5	55	77	0	6	16	0.97
60962--61029	14	4.8	13	73	19	57	79	2	10	7	1.03
61174--61212	3	13.0	3	89	10	62	69	0	0	30	0.89
62964--63732	380	2.0	380	96	0	1430	33	15	15	35	1.89
65597--65714	27	4.4	27	75	13	111	49	20	7	22	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65608--65713	25	4.1	25	77	9	106	48	20	6	24	1.73
73173--73252	42	1.9	42	84	5	108	33	15	25	26	1.95
79464--79507	21	2.1	21	86	0	61	40	20	38	0	1.53
79525--79594	21	3.3	21	89	0	113	40	21	35	2	1.68
79525--79607	42	2.0	42	85	4	114	42	20	32	4	1.73
79910--80026	44	2.7	44	86	3	159	33	18	18	29	1.95
80061--80201	43	3.3	43	76	1	140	38	24	15	21	1.92
80135--80287	43	3.5	42	75	6	110	37	24	11	26	1.89
81206--81253	25	1.9	25	86	0	69	22	6	6	64	1.39
84588--84643	27	2.0	28	89	3	87	23	5	21	50	1.69
86300--86360	23	2.7	23	76	5	61	14	8	0	77	0.99
87346--87541	109	1.8	109	83	3	261	19	13	18	48	1.81
88744--89064	37	8.8	36	84	8	375	44	4	8	43	1.52
88918--88942	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
89083--89125	14	3.2	14	81	18	56	37	0	2	60	1.10
90419--90476	19	2.9	20	82	17	84	17	12	5	65	1.43
90455--90519	32	2.1	31	82	8	78	18	6	3	72	1.19
90480--90546	23	2.7	25	81	13	84	16	8	2	71	1.24
90529--90586	19	3.1	19	78	9	73	22	0	1	75	0.89
90527--90584	11	5.1	11	71	8	53	20	0	1	77	0.86
97361--97554	95	2.1	95	95	1	345	37	10	20	31	1.87
101557--101618	13	4.8	13	86	5	81	82	0	11	6	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101558--101637	40	1.9	42	87	12	121	81	0	8	10	0.88
101554--101637	27	3.1	27	78	13	84	80	0	9	9	0.89
102926--103435	138	3.8	133	84	4	575	31	22	17	28	1.97
103615--103662	13	3.6	13	81	10	53	20	2	2	75	1.02
104469--104494	12	2.2	12	100	0	52	7	0	7	84	0.77
106676--106714	20	2.0	20	89	0	60	30	0	25	43	1.55
107602--107633	11	2.9	11	95	0	55	50	0	0	50	1.00
108881--108937	28	2.0	28	82	0	69	59	0	5	35	1.20
110042--110077	18	2.1	18	89	5	56	50	2	2	44	1.31
110554--110591	20	1.9	20	88	0	58	42	0	2	55	1.14
111309--111389	21	3.8	21	85	8	110	29	24	18	27	1.98
111309--111389	43	1.9	42	89	2	126	29	24	18	27	1.98
111333--111442	56	2.0	55	85	7	152	29	26	16	28	1.97
112911--112945	17	2.1	17	94	0	61	71	0	25	2	1.00
113436--113473	19	2.0	20	94	5	69	47	7	13	31	1.71
114588--114639	18	2.7	19	80	11	61	32	13	11	42	1.80
116561--116690	35	3.7	35	98	0	251	28	24	17	29	1.97
117635--117669	18	1.9	18	88	11	54	45	2	0	51	1.16
119462--119498	14	2.6	15	87	8	51	59	0	5	35	1.20
120543--120589	25	2.0	23	83	8	58	51	0	2	46	1.13
123229--123261	6	5.7	6	96	3	59	15	0	0	84	0.61
124827--124868	20	2.1	20	86	8	59	78	0	9	11	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125486--125538	19	2.8	19	82	5	63	39	7	0	52	1.30
128501--128525	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
128618--128653	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
133022--133091	20	3.5	20	82	1	79	34	20	10	35	1.86
138418--138456	20	2.0	19	85	5	51	66	12	0	20	1.24
142602--142640	21	1.9	20	84	5	51	10	0	20	69	1.17
142747--142790	20	2.2	20	100	0	88	43	13	34	9	1.76
143279--143320	16	2.5	17	85	11	52	30	33	0	35	1.58
161825--161935	27	4.1	27	86	0	141	14	25	0	59	1.41
181265--181410	76	1.9	76	83	2	186	27	15	8	48	1.74
183999--184033	16	2.2	16	94	0	61	31	11	25	31	1.91
188936--188968	17	1.9	17	93	0	57	24	18	9	48	1.76
192137--192329	36	5.4	35	79	8	192	39	17	17	25	1.91
192143--192335	72	2.7	72	86	3	273	38	18	17	26	1.92
193988--194040	19	2.8	19	88	0	79	28	20	32	18	1.97
193988--194048	19	3.2	18	81	4	59	31	19	31	18	1.96
196660--196783	35	3.5	35	72	16	110	41	16	14	26	1.87
196652--196801	72	2.1	72	86	2	203	40	18	15	26	1.89
196660--196787	36	3.6	36	73	16	131	41	16	14	27	1.87
198777--198818	22	1.9	22	95	0	75	47	19	19	14	1.82
202049--202087	21	1.9	20	84	5	51	35	20	15	28	1.93
202241--202285	20	2.2	20	92	0	72	28	22	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210391--210426	18	2.0	18	94	0	63	25	11	13	50	1.75
213307--213376	21	3.3	21	97	0	131	31	31	18	18	1.95
216329--216395	34	2.0	34	88	5	100	34	14	25	25	1.94
217438--217477	21	2.0	20	85	5	53	35	35	10	20	1.86
217674--217737	34	1.9	33	83	3	83	35	14	26	23	1.93
218425--218633	72	2.9	72	89	0	310	36	18	18	26	1.94
218452--218633	36	5.1	36	76	12	194	36	19	19	24	1.95
218449--218656	72	2.9	70	85	8	235	36	19	19	24	1.95
223797--223847	23	2.2	23	100	0	102	27	25	13	33	1.94
227099--227129	9	3.4	9	95	0	53	35	16	12	35	1.87

Tables:   1   2