genome.fa.s5378.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005378.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012275_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  184360

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 130 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60--96	2	19.5	2	89	10	60	51	0	0	48	1.00
1678--1718	20	2.0	21	85	4	57	39	26	7	26	1.82
6299--6432	42	3.2	41	69	15	121	35	19	16	29	1.94
8134--8191	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
9249--9320	36	2.0	36	89	5	110	37	15	12	34	1.85
14108--14164	28	1.9	30	86	10	82	35	10	26	28	1.89
14722--14828	35	3.0	36	90	2	180	35	14	14	35	1.87
21106--21163	27	2.1	27	96	0	107	56	17	22	3	1.55
21327--21370	23	2.0	21	86	8	61	75	2	0	22	0.92
21942--22032	27	3.4	27	90	0	146	29	23	23	24	1.99
23408--23445	19	2.0	19	90	10	60	36	0	7	55	1.29
35157--35193	19	1.9	19	88	0	56	32	2	2	62	1.23
35634--35673	6	6.8	6	97	2	73	17	0	0	82	0.67
38677--38704	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
40258--40419	63	2.5	64	82	4	202	27	16	25	30	1.96
40368--40417	19	2.8	17	80	14	64	26	16	34	24	1.95
40261--40468	63	3.2	63	82	9	199	27	17	25	29	1.98
40797--40876	31	2.6	31	91	0	124	31	35	2	31	1.71
47890--47940	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
51654--52012	194	1.9	194	83	1	468	37	10	11	40	1.76
61346--61397	27	1.9	27	84	7	70	55	15	9	19	1.67
63236--63276	19	2.2	19	95	4	75	46	0	53	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67289--67327	19	2.1	19	85	0	51	25	23	17	33	1.96
68013--68051	19	2.1	19	90	0	60	33	15	23	28	1.95
78082--78193	23	5.0	23	81	11	142	31	24	20	24	1.98
78082--78255	67	2.6	66	76	19	159	32	25	20	21	1.98
78186--78256	21	3.4	21	98	0	133	36	29	16	16	1.92
80334--80374	21	2.0	21	90	0	64	24	24	24	26	2.00
81107--81200	31	3.0	31	85	3	109	40	22	15	21	1.91
86038--86071	17	1.9	18	88	5	52	73	0	11	14	1.10
91769--91827	20	3.0	20	90	9	86	55	10	6	27	1.58
92357--92550	29	6.7	29	82	3	135	42	2	13	40	1.58
92444--92694	29	8.9	28	87	4	326	39	1	14	43	1.57
96161--96219	20	3.0	20	85	9	77	55	8	8	27	1.58
96742--96834	29	3.3	29	77	8	111	39	4	15	40	1.66
96826--97059	28	8.2	29	87	3	296	39	2	13	43	1.60
96826--97059	57	4.1	58	87	2	287	39	2	13	43	1.60
99908--99991	21	3.9	21	76	17	91	34	28	15	21	1.94
99895--99980	44	2.0	44	90	0	136	33	27	16	22	1.95
99955--100001	21	2.2	21	84	0	58	44	25	10	19	1.82
100303--100328	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
103220--103246	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
108009--108132	39	3.2	39	97	0	230	39	4	16	40	1.67
108109--108157	21	2.3	22	82	13	66	26	0	16	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108213--108265	28	1.9	27	88	3	79	32	1	16	49	1.57
108212--108276	27	2.3	29	82	10	82	36	1	15	46	1.55
108404--108458	18	3.4	18	65	31	52	38	0	9	52	1.33
108486--108525	21	1.9	21	94	0	71	30	0	12	57	1.36
108704--108777	30	2.4	29	82	10	87	39	0	12	48	1.41
110074--110118	23	2.0	23	86	0	63	40	2	2	55	1.24
110068--110118	23	2.5	20	77	20	52	39	1	1	56	1.22
110993--111113	59	2.1	56	90	4	188	49	7	4	38	1.50
111198--111532	11	27.3	11	69	25	142	45	9	1	43	1.46
111198--111532	26	15.1	22	67	24	106	45	9	1	43	1.46
111185--111436	26	10.0	26	77	10	229	43	7	3	45	1.48
111277--111323	23	2.2	21	81	11	51	40	6	4	48	1.48
111296--111487	90	2.2	88	88	8	284	46	8	2	42	1.45
111198--111463	12	21.1	14	69	21	74	44	8	2	44	1.47
111444--111506	19	3.5	19	75	20	80	50	15	0	33	1.45
111430--111531	35	3.0	35	95	2	181	51	12	0	35	1.40
111426--111522	16	5.9	16	71	24	69	51	12	0	36	1.40
111440--111532	8	10.3	9	74	23	72	50	12	0	36	1.41
111437--111528	19	5.2	19	67	24	74	52	11	0	35	1.39
111737--112004	49	5.4	49	95	2	432	46	12	0	41	1.41
111739--112063	147	2.2	148	86	7	455	46	11	0	41	1.44
115384--115441	17	3.3	18	80	20	70	44	10	0	44	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115906--115968	28	2.2	30	94	5	112	57	12	0	30	1.36
115910--115975	28	2.4	28	87	10	107	56	12	0	31	1.36
115945--115993	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
116214--116274	26	2.3	26	85	0	86	26	11	31	31	1.91
116459--116502	23	1.9	23	100	0	88	27	27	22	22	1.99
116634--116698	32	2.0	32	96	0	121	13	35	21	29	1.92
126625--126668	20	2.2	20	95	0	79	50	0	0	50	1.00
126660--126735	36	2.1	35	80	7	82	52	3	1	42	1.28
128219--128291	36	2.0	36	82	10	87	46	12	16	24	1.81
128409--128596	41	4.5	41	76	9	150	54	6	13	25	1.64
128251--128588	44	7.9	42	74	10	240	51	7	16	24	1.69
128389--128596	85	2.5	83	80	10	226	55	6	13	24	1.62
131236--131274	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
133296--133347	22	2.3	22	96	3	95	32	36	13	17	1.89
137406--137430	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
137712--137757	21	2.2	20	85	11	58	47	8	4	39	1.54
146240--146289	25	2.0	25	96	0	91	34	12	26	28	1.92
146668--146724	24	2.4	24	88	8	82	63	5	3	28	1.33
146674--146724	15	3.8	15	66	28	51	60	5	3	29	1.38
146886--147214	43	7.6	44	70	13	155	23	18	30	27	1.98
146922--147260	130	2.6	129	87	3	475	23	19	30	27	1.98
147342--147459	63	1.9	62	86	8	168	42	11	17	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147631--147705	31	2.4	30	82	12	82	42	12	16	29	1.83
147762--147887	68	1.9	67	89	1	198	42	12	14	30	1.83
148067--148221	68	2.3	68	79	7	165	43	13	10	31	1.79
148166--148231	30	2.2	30	91	0	105	39	13	7	39	1.73
148176--148238	30	2.1	30	90	0	99	49	14	6	30	1.68
148217--148320	52	2.0	53	92	3	174	35	17	14	32	1.90
148331--148492	28	5.9	28	93	2	260	45	14	10	29	1.78
148731--148834	36	3.0	36	81	4	124	36	12	19	31	1.89
148732--148850	36	3.4	36	79	6	120	36	13	20	29	1.91
149491--149546	4	15.0	4	80	14	66	28	0	21	50	1.49
149491--149540	18	2.8	18	96	0	91	30	0	20	50	1.49
151339--151379	20	2.0	20	95	0	73	36	14	21	26	1.93
153819--153880	31	2.0	32	93	3	108	59	9	16	14	1.60
153933--154058	50	2.5	50	97	1	236	35	31	7	24	1.84
157481--157530	25	2.0	25	96	0	91	34	12	26	28	1.92
157909--157965	24	2.4	24	88	8	82	63	5	3	28	1.33
157915--157965	15	3.8	15	66	28	51	60	5	3	29	1.38
159105--159130	6	4.3	6	100	0	52	19	34	0	46	1.50
161957--161992	14	2.6	14	95	0	63	22	19	11	47	1.80
162189--162218	15	2.0	15	100	0	60	33	13	6	46	1.69
168585--168616	16	2.0	16	100	0	64	43	25	6	25	1.77
172213--172777	121	5.0	112	81	8	555	46	14	15	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172321--172768	108	4.1	110	82	6	523	46	13	15	24	1.82
172321--172773	116	4.1	109	80	10	485	46	13	15	24	1.82
172755--172783	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
172314--172769	224	2.1	211	81	11	560	46	13	15	24	1.82
173387--173425	20	2.0	20	89	0	60	25	48	10	15	1.76
173959--174602	139	4.6	139	86	0	878	23	17	29	29	1.97
174938--175054	36	3.4	36	67	20	95	42	12	16	28	1.84
174915--175326	67	6.3	66	88	4	600	41	14	16	27	1.88
174915--175326	132	3.1	131	89	3	614	41	14	16	27	1.88
175173--175288	30	3.8	29	70	13	90	37	15	17	29	1.90

Tables:   1   2