genome.fa.s5381.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005381.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012307_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  351681

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804--845	18	2.4	17	84	11	50	61	16	14	7	1.53
6375--6412	19	2.0	19	89	0	58	21	36	26	15	1.93
8378--8428	9	6.2	8	76	19	52	13	0	27	58	1.36
8380--8423	17	2.6	17	85	7	63	13	0	29	56	1.38
9010--9216	77	2.7	76	88	2	292	24	31	23	20	1.98
9415--9456	18	2.4	17	84	11	50	61	16	14	7	1.53
10830--10854	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
10972--11018	24	2.0	24	91	0	76	38	21	17	23	1.93
11711--11942	20	11.4	20	80	6	207	19	16	24	39	1.92
11711--11923	60	3.5	60	83	8	236	20	16	24	38	1.92
14973--15788	210	3.8	212	92	2	1214	50	7	12	30	1.67
15926--15993	27	2.5	28	79	18	81	48	8	4	38	1.54
15812--15949	2	67.5	2	80	9	154	47	1	3	47	1.28
16035--16072	11	3.5	11	88	0	58	50	2	2	44	1.30
15815--16082	20	12.7	20	72	13	116	47	5	4	42	1.47
16011--16102	42	2.2	43	82	5	107	46	5	4	43	1.46
16210--16276	23	3.1	20	78	16	62	37	5	2	53	1.41
16221--16342	13	9.2	13	69	21	74	40	6	4	48	1.48
16223--16268	25	1.9	23	86	8	65	36	6	2	54	1.39
16352--16407	18	3.4	18	72	18	59	37	8	7	46	1.63
16383--16455	2	34.0	2	74	17	58	43	5	2	47	1.40
16383--16455	20	3.6	20	83	9	87	43	5	2	47	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16269--16427	67	2.4	65	73	17	175	40	7	6	45	1.59
16409--16477	34	2.0	36	85	5	97	46	7	2	43	1.46
16272--16477	49	4.1	48	67	23	113	42	7	5	43	1.57
16504--16647	9	15.4	9	65	22	57	45	5	4	43	1.48
16516--16749	18	13.1	18	71	13	171	44	7	6	41	1.57
16492--16679	69	2.7	69	78	9	229	44	6	5	43	1.53
16519--16647	7	20.7	6	66	23	54	46	6	4	42	1.49
16516--16752	51	4.5	51	84	9	305	44	7	6	41	1.57
16519--16647	2	62.0	2	66	23	54	46	6	4	42	1.49
16823--16923	34	3.2	33	66	18	88	50	3	7	37	1.50
16804--16948	61	2.4	60	87	3	202	49	4	8	37	1.53
19486--19592	51	2.1	52	82	8	139	50	6	2	40	1.43
19570--19606	17	2.2	17	95	0	65	43	8	0	48	1.32
19726--19760	16	2.2	16	89	0	52	31	17	28	22	1.96
21792--22113	170	1.9	167	85	3	439	27	19	33	20	1.96
22923--23258	169	2.0	168	83	2	424	22	32	18	26	1.97
24541--24894	37	9.7	37	82	9	340	47	2	5	44	1.40
24541--24894	39	9.7	36	82	9	350	47	2	5	44	1.40
24985--25030	16	2.9	15	93	6	74	19	0	2	78	0.86
24977--25030	25	2.1	25	86	10	74	20	0	1	77	0.86
24984--25039	25	2.2	24	78	9	58	16	5	1	76	1.05
26503--26528	11	2.4	11	100	0	52	42	7	7	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29659--29723	17	3.8	17	81	6	78	56	3	1	38	1.24
29643--29731	20	4.8	18	73	14	74	57	4	1	37	1.26
29664--29724	24	2.7	21	77	20	61	57	3	1	37	1.25
29647--29731	37	2.3	38	80	13	97	57	4	1	36	1.27
29769--29842	16	4.3	17	74	16	71	47	6	2	43	1.44
29892--29942	17	2.9	18	85	2	68	41	5	1	50	1.37
29888--29951	18	3.4	19	78	12	69	42	7	1	48	1.41
32413--32447	18	1.9	18	100	0	70	17	51	17	14	1.77
34922--35037	24	4.8	24	89	4	171	25	16	18	39	1.91
36781--36884	44	2.4	44	88	3	147	40	2	19	37	1.66
37036--37061	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
37251--37302	22	2.3	23	86	3	70	15	25	23	36	1.93
42076--42115	20	2.0	20	95	0	71	42	20	22	15	1.88
42253--42287	17	2.0	18	88	5	54	37	11	22	28	1.89
42603--42706	44	2.4	44	90	3	156	42	3	18	35	1.68
42864--42918	28	2.0	28	85	0	74	34	14	23	27	1.94
43051--43133	22	3.6	22	77	6	85	16	25	24	33	1.96
43095--43142	24	2.0	24	83	0	60	25	25	20	29	1.99
46564--46657	16	5.5	17	75	17	61	59	4	0	36	1.17
46595--46658	9	7.5	8	77	20	60	59	3	0	37	1.13
46579--46651	21	3.6	21	77	17	75	57	4	0	38	1.18
46595--46658	13	4.9	13	71	25	55	59	3	0	37	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46575--46657	35	2.4	33	78	21	91	57	3	0	38	1.16
46703--46742	20	2.0	21	90	5	64	45	7	2	45	1.45
46809--46855	17	2.7	17	93	3	76	44	8	0	46	1.33
54336--54388	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
54378--54429	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
54418--54512	20	4.7	20	71	7	84	36	25	16	21	1.94
54700--54756	23	2.5	23	86	10	82	21	45	15	17	1.85
55093--55133	19	2.1	20	90	4	66	48	19	21	9	1.77
55097--55165	20	3.5	21	78	11	74	42	23	20	14	1.89
55156--55215	14	4.0	14	76	16	57	46	21	20	11	1.82
55199--55245	19	2.5	19	96	0	85	46	29	14	8	1.74
55240--55308	20	3.9	19	75	24	78	14	23	17	44	1.85
55266--55318	14	3.5	14	73	26	54	13	20	20	45	1.84
55246--55338	32	2.8	33	86	6	125	13	22	20	43	1.87
55310--55386	20	3.8	20	96	0	136	15	20	24	38	1.92
55303--55398	20	4.8	20	86	10	117	14	19	23	41	1.89
55303--55398	40	2.4	40	84	6	140	14	19	23	41	1.89
58625--58649	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
59595--59689	20	4.7	20	75	7	66	23	17	25	33	1.96
59595--59710	61	1.9	61	87	0	169	24	18	25	32	1.97
59616--59710	20	4.7	20	75	7	84	23	18	26	31	1.98
59699--59750	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61865--61905	21	1.9	22	85	5	57	58	7	14	19	1.59
62456--62561	18	6.1	17	81	4	113	44	11	6	37	1.67
62456--62561	35	3.0	36	82	5	128	44	11	6	37	1.67
68298--68342	24	2.0	23	83	12	58	53	8	4	33	1.52
68322--68375	23	2.4	22	75	9	56	51	9	7	31	1.61
68741--68774	12	2.8	12	100	0	68	5	23	0	70	1.09
76954--77080	53	2.4	52	96	3	238	33	5	12	48	1.64
76986--77025	20	2.0	21	90	5	64	35	5	15	45	1.68
77039--77078	20	2.0	20	95	0	71	37	5	12	45	1.64
81654--81744	20	4.9	20	68	20	72	34	5	15	45	1.69
81653--81800	53	2.8	52	95	3	271	33	5	13	47	1.65
81759--81798	20	2.0	20	95	0	71	37	5	12	45	1.64
85299--85377	39	2.0	39	100	0	158	25	12	15	46	1.80
104729--104774	23	2.0	23	95	0	83	34	19	26	19	1.96
106983--107035	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
107025--107076	21	2.5	21	87	3	70	36	19	23	21	1.95
107044--107174	41	3.2	39	78	9	111	32	24	19	22	1.97
107065--107179	20	5.7	20	81	2	131	33	25	19	22	1.97
107064--107199	61	2.2	60	78	7	150	34	24	19	22	1.96
107372--107419	22	2.2	22	92	0	78	22	41	12	22	1.88
107753--107831	20	4.0	20	85	3	79	43	21	21	13	1.87
107904--107979	20	3.8	20	84	6	109	14	18	23	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108689--108756	20	3.5	19	76	6	73	39	20	23	16	1.91
108763--108816	19	2.8	20	80	8	58	14	16	25	42	1.87
108806--108862	14	3.7	14	72	20	51	12	15	21	50	1.76
108785--108878	33	2.8	33	91	3	145	12	18	22	46	1.82
108863--108918	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
108905--108948	20	2.2	20	95	0	79	13	13	22	50	1.77
109300--109369	21	3.3	20	76	4	68	24	40	15	20	1.91
109290--109381	42	2.2	42	88	0	139	22	40	15	21	1.91
110785--110820	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
110916--110954	20	2.0	20	84	0	51	48	28	7	15	1.72

Tables:   1   2