genome.fa.s5397.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005397.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012370_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1218879

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6007--6057	14	3.7	14	85	12	61	11	29	35	23	1.90
9542--9597	28	2.0	28	85	0	76	23	17	28	30	1.97
14448--14496	24	2.0	24	84	0	62	65	2	12	20	1.35
14578--14724	11	13.2	11	67	25	53	64	2	2	30	1.19
14578--14698	22	5.4	22	73	18	90	64	1	2	31	1.16
14775--14799	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20313--20393	37	2.2	36	80	6	92	38	3	1	56	1.25
25225--25266	21	2.0	22	90	4	68	47	0	0	52	1.00
25677--25758	43	1.9	43	85	5	112	37	14	18	29	1.90
27736--27768	7	4.9	7	92	7	59	27	30	27	15	1.96
27740--27766	13	2.1	13	100	0	54	25	29	29	14	1.95
27779--27849	19	3.6	19	83	9	74	25	29	25	19	1.99
27779--27848	9	7.3	9	75	12	59	25	30	25	18	1.98
35008--35046	7	5.9	7	88	11	64	25	30	28	15	1.96
35012--35046	13	2.7	13	100	0	70	25	31	28	14	1.95
35059--35127	9	7.1	10	76	12	63	27	28	23	20	1.99
35057--35127	19	3.7	19	84	1	88	26	28	25	19	1.99
36110--36188	25	3.0	26	75	10	88	39	8	6	45	1.61
36105--36194	28	3.3	27	74	14	87	40	7	7	44	1.62
37661--37712	22	2.5	21	85	14	72	44	9	1	44	1.48
38780--38817	19	2.1	19	85	5	51	31	0	7	60	1.25
38814--38843	13	2.2	14	94	5	53	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38813--38845	17	2.0	17	88	5	50	30	0	0	69	0.88
46782--46947	83	2.0	85	87	3	246	31	15	21	30	1.95
51869--51925	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
52417--52611	60	3.2	60	83	1	257	53	12	8	25	1.67
53923--53979	24	2.4	24	100	0	114	43	22	21	12	1.85
65800--65844	7	6.4	7	89	0	63	22	0	33	44	1.53
67046--67090	19	2.4	19	84	0	63	53	2	0	44	1.13
73166--73190	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
77465--77497	17	1.9	17	93	0	57	60	0	9	30	1.27
77465--77523	31	1.9	31	89	0	91	61	3	11	23	1.46
77465--77509	14	3.0	14	83	9	54	60	0	11	28	1.31
102209--102278	23	3.3	23	69	19	78	35	4	7	52	1.48
102207--102289	41	2.0	41	100	0	166	37	4	7	50	1.51
105595--105671	2	39.5	2	93	5	131	51	0	0	48	1.00
111897--111942	23	2.0	24	86	4	67	63	4	4	28	1.33
114354--114385	7	4.9	7	96	3	50	0	25	12	62	1.30
128415--128457	18	2.2	21	88	12	65	69	0	0	30	0.88
128415--128468	21	2.7	21	83	8	60	66	1	1	29	1.12
128983--129025	11	3.5	13	84	15	65	23	46	13	16	1.83
135261--135300	20	2.0	20	100	0	80	55	15	15	15	1.71
138491--138591	52	1.9	52	90	4	159	37	8	18	34	1.82
151542--151594	23	2.3	23	96	0	97	18	18	9	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152838--152882	20	2.2	21	88	4	65	37	8	8	44	1.67
156830--156982	76	2.0	76	100	0	306	31	19	9	39	1.83
160762--160789	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
166092--166201	54	2.1	53	92	1	184	39	15	12	32	1.85
171508--171533	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
180875--180938	21	3.1	20	73	13	67	37	26	17	18	1.93
182553--182582	14	2.1	15	93	6	53	66	0	0	33	0.92
185699--186069	200	1.9	200	90	2	593	34	17	15	32	1.92
187798--187846	25	2.0	25	100	0	98	20	18	16	44	1.86
189442--189471	5	6.0	5	96	0	51	76	0	20	3	0.92
193431--193469	19	2.1	19	100	0	78	20	23	35	20	1.96
196083--196141	30	1.9	30	86	3	82	55	1	40	1	1.20
196089--196135	18	2.6	18	82	0	67	59	2	38	0	1.09
196152--196200	18	2.7	18	74	0	53	40	4	46	8	1.52
206137--206228	23	4.0	23	88	0	130	27	25	26	21	2.00
209119--209157	13	3.1	13	88	3	53	48	2	7	41	1.45
215503--215593	45	2.0	46	89	2	139	26	17	26	29	1.98
218650--218683	17	2.0	17	94	0	59	26	14	5	52	1.64
220075--220118	19	2.3	19	84	7	54	27	15	9	47	1.76
220408--220494	41	2.2	39	84	13	117	50	8	12	28	1.68
220834--220858	6	4.2	6	100	0	50	32	36	16	16	1.90
224612--224694	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229373--229455	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
230634--230716	41	2.0	42	95	2	150	48	25	12	14	1.78
232585--232615	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
233077--233137	32	1.9	32	96	0	113	19	1	19	59	1.47
234218--234340	65	1.9	64	86	6	178	32	15	23	28	1.95
234238--234381	65	2.2	64	84	9	177	29	13	25	31	1.94
234344--234381	20	1.9	20	88	0	58	18	13	34	34	1.89
236610--236809	82	2.4	83	88	0	276	27	16	19	37	1.92
236694--236926	116	2.0	116	81	6	276	27	13	18	40	1.88
245154--245217	2	32.5	2	93	3	112	48	0	1	50	1.10
245265--245304	22	1.9	20	90	10	62	35	0	10	55	1.34
250344--250395	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
250360--250485	24	5.2	24	85	7	150	42	18	16	23	1.89
252935--252984	15	3.3	15	94	2	82	28	26	32	14	1.94
252935--252984	23	2.2	23	89	7	59	28	26	32	14	1.94
252965--253055	18	5.2	18	78	16	102	15	20	47	16	1.83
252971--253051	31	2.6	31	92	0	144	14	22	46	16	1.83
252935--252997	8	8.5	8	83	15	73	25	25	34	14	1.94
252971--253002	13	2.5	13	100	0	64	12	25	46	15	1.81
257606--257631	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
262580--262757	90	2.0	90	89	0	275	44	7	10	37	1.67
268553--268586	17	2.1	16	88	5	50	14	20	5	58	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275056--275140	40	2.1	40	95	0	152	24	9	12	52	1.69
282444--282552	35	3.1	34	87	8	148	33	5	18	43	1.73
284872--284897	11	2.4	11	100	0	52	23	11	7	57	1.59
288791--288840	23	2.2	23	81	0	55	48	18	22	12	1.80
293572--293734	60	2.7	61	79	1	186	43	6	16	33	1.74
297519--297553	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
300568--300609	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
307720--307853	43	3.1	43	98	0	259	35	16	17	29	1.92
308338--308397	27	2.2	27	96	0	111	45	25	3	26	1.69
308360--308442	39	2.1	39	97	0	157	44	24	2	28	1.66
310209--310265	29	2.0	29	92	0	96	38	3	10	47	1.55
310215--310277	29	2.2	29	88	5	92	36	4	12	46	1.63
313930--314010	29	2.8	29	94	0	135	44	11	6	38	1.65
315368--315439	34	2.1	34	94	2	128	36	5	11	47	1.63
317423--317488	14	4.6	14	72	12	53	25	0	31	42	1.55
317421--317521	36	2.8	36	89	3	141	27	0	30	41	1.56
317717--317741	7	3.6	7	100	0	50	12	0	44	44	1.41
320003--320048	19	2.4	19	100	0	92	19	17	32	30	1.95
321637--321694	23	2.6	23	77	2	73	55	13	15	15	1.70
326383--326597	90	2.4	90	96	0	403	45	18	9	26	1.79
329500--329561	32	1.9	32	83	0	79	19	40	24	16	1.91
329703--329761	24	2.5	24	82	17	70	32	1	1	64	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
334010--334042	14	2.4	14	100	0	66	39	9	21	30	1.84
334269--334439	60	2.8	59	81	5	182	29	20	25	23	1.99
334918--334985	8	8.2	8	79	6	73	30	1	29	38	1.66
342943--342978	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
347569--347636	28	2.4	28	95	0	118	23	36	1	38	1.64
354171--354198	13	2.2	13	100	0	56	14	28	21	35	1.92
355590--355677	44	2.0	44	95	0	158	47	9	10	32	1.69
355730--355761	12	2.7	12	90	0	55	46	9	0	43	1.35
357423--357550	3	42.7	3	93	0	220	34	2	0	63	1.07
357550--357593	20	2.3	19	84	4	52	63	6	0	29	1.20

Tables:   1   2   3   4   5