genome.fa.s542.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000542.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001052_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  715625

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
519--557	19	2.1	19	90	4	62	58	15	15	10	1.62
3263--3292	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
5994--6032	19	2.1	19	90	4	62	58	15	15	10	1.62
8767--8796	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
19185--19212	14	2.0	14	100	0	56	7	14	21	57	1.61
25916--25979	28	2.3	26	76	19	67	56	3	21	18	1.56
26227--26276	26	2.0	25	88	11	75	16	12	4	68	1.35
29125--29162	18	2.1	19	90	5	60	28	18	23	28	1.98
32235--32814	200	2.9	198	88	3	842	31	17	14	36	1.90
32837--32869	15	2.2	15	94	0	57	27	15	21	36	1.93
33180--33228	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
34785--34823	18	2.2	18	85	0	51	10	30	0	58	1.31
34958--35053	33	2.9	33	95	0	165	25	42	0	32	1.55
35091--35134	21	2.1	21	95	0	79	13	34	11	40	1.81
35511--35561	24	2.2	24	86	6	70	49	3	0	47	1.20
37519--37937	182	2.3	182	88	0	640	27	17	14	40	1.89
37762--38097	162	2.1	162	93	0	564	27	17	14	39	1.89
37580--38259	344	2.0	344	91	1	1112	28	17	14	40	1.88
37924--38354	182	2.4	182	86	2	598	28	15	15	40	1.88
39296--39325	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
47233--47302	20	3.5	20	66	14	63	32	12	17	37	1.87
47235--47325	40	2.3	39	92	1	146	32	13	16	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48133--48180	26	1.9	24	87	8	69	54	8	4	33	1.50
53626--53755	46	2.8	48	80	9	142	30	21	6	41	1.79
60640--60768	49	2.8	47	81	8	147	31	20	6	41	1.79
66085--66218	45	3.0	45	87	2	200	22	20	8	47	1.78
66087--66244	45	3.5	45	83	5	187	21	20	9	48	1.77
66343--66665	81	4.0	81	83	5	350	28	26	8	35	1.87
66357--66660	161	1.9	161	82	2	378	28	26	9	35	1.87
66607--66712	52	2.0	52	87	0	149	32	27	9	31	1.88
66526--66798	133	2.1	133	88	1	404	27	25	10	35	1.90
66659--67024	81	4.5	81	88	0	554	28	24	11	36	1.90
66443--66856	214	1.9	213	90	1	650	28	26	10	34	1.90
66365--66959	294	2.0	294	87	1	852	28	25	10	35	1.89
67245--67413	55	3.0	55	83	7	216	30	21	13	34	1.92
67738--67829	20	4.6	20	85	6	105	30	26	11	31	1.92
67852--67902	20	2.5	21	87	9	79	17	31	17	33	1.94
71847--71881	6	5.7	6	86	6	52	82	2	14	0	0.77
76356--76559	104	2.0	104	97	2	387	33	14	14	36	1.87
77270--77296	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
78752--78805	25	2.2	25	83	6	65	48	0	0	51	1.00
78882--78947	22	2.9	22	76	10	62	40	3	1	54	1.25
79009--79069	22	2.7	23	76	11	65	57	0	0	42	0.98
79108--79153	21	2.1	23	88	8	69	50	0	4	45	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79116--79167	22	2.5	21	77	19	56	50	0	3	46	1.20
83192--83229	20	1.9	20	88	0	58	36	2	0	60	1.11
83709--83813	53	2.0	53	94	0	183	26	12	10	50	1.72
85801--86099	141	2.1	140	82	4	354	29	16	13	41	1.85
89117--89198	43	1.9	43	85	5	112	29	13	25	31	1.94
93586--93631	20	2.3	20	85	10	60	36	23	0	39	1.55
113269--113325	29	2.0	27	93	6	96	35	19	19	26	1.95
138934--138962	15	2.0	15	93	6	51	0	20	0	79	0.74
144389--144474	13	7.2	12	72	22	58	30	3	36	30	1.74
144371--144475	36	2.9	36	92	1	176	29	4	35	30	1.78
148873--148958	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
148855--148959	36	2.9	36	95	1	185	28	4	36	30	1.78
166108--166165	21	2.7	22	78	10	66	67	0	17	15	1.24
169480--169548	36	1.9	36	96	0	129	31	34	4	28	1.77
169479--169551	11	6.3	11	72	21	60	31	34	4	30	1.77
169516--169560	22	2.0	23	95	4	83	31	35	4	28	1.77
173981--174083	36	2.9	35	84	7	136	31	33	4	31	1.79
174432--174560	36	3.6	36	94	2	217	30	36	4	28	1.78
174443--174543	13	8.5	11	70	23	71	31	36	3	27	1.75
173983--174882	474	1.9	463	92	4	1495	27	28	9	35	1.88
178981--179078	13	8.2	11	73	22	74	31	35	4	28	1.76
178944--179095	36	4.2	36	92	1	234	30	35	4	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181021--181053	11	2.8	12	81	9	50	24	3	9	63	1.38
181924--181973	20	2.6	20	90	6	77	36	14	6	44	1.69
188990--189028	20	1.9	20	84	5	51	5	2	17	74	1.12
192831--192873	19	2.2	20	87	4	61	48	6	9	34	1.62
198710--198738	15	2.0	15	93	6	51	0	20	3	75	0.94
198731--198788	23	2.5	23	80	8	64	6	17	12	63	1.49
200715--200765	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
202672--202711	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
203696--203725	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
207858--207897	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
208305--208378	13	5.4	14	70	20	50	14	22	1	60	1.42
223377--223421	8	5.5	8	87	12	65	0	20	2	77	0.87
227363--227402	19	2.1	19	85	4	53	22	17	0	60	1.37
227366--227431	25	2.7	24	79	6	60	24	19	0	56	1.43
228102--228535	220	2.0	212	95	4	780	38	19	19	22	1.93
229623--229717	34	2.7	36	90	4	151	30	5	33	30	1.80
230940--230967	13	2.2	13	100	0	56	50	14	14	21	1.78
239038--239077	19	2.0	20	90	4	64	20	17	0	62	1.33
239689--239740	19	2.6	21	87	6	72	34	13	7	44	1.72
241336--241376	21	2.0	21	86	9	59	39	9	4	46	1.58
242961--243012	21	2.6	19	85	11	61	36	13	3	46	1.62
244602--244650	20	2.5	19	83	9	64	32	10	6	51	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252938--252977	15	2.9	15	78	14	50	17	15	0	67	1.23
252952--253000	25	2.0	24	84	4	62	18	14	0	67	1.23
253977--254027	20	2.6	20	93	3	86	35	13	5	45	1.68
265589--265633	10	4.5	10	80	0	54	2	4	11	82	0.91
268579--268629	20	2.6	20	87	3	77	35	13	3	47	1.62
269341--269393	24	2.2	24	100	0	106	26	15	22	35	1.93
274347--274376	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
296635--296674	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
298009--298038	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
302182--302221	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
309308--309354	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
309271--309316	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
310653--310692	19	2.0	20	86	13	57	22	10	0	67	1.20
310960--311004	8	5.5	8	87	12	65	77	2	20	0	0.87
310959--311009	8	6.2	8	80	10	50	80	1	17	0	0.81
310962--311017	19	2.9	20	79	12	64	78	1	19	0	0.84
310959--311017	17	3.4	16	76	15	55	79	1	18	0	0.81
310959--311015	26	2.1	27	81	12	73	80	1	17	0	0.79
313919--313958	2	20.5	2	89	5	64	47	2	0	50	1.14
313882--313927	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
315556--315600	8	5.5	8	87	12	65	77	2	20	0	0.87
315558--315613	19	2.9	20	79	12	64	78	1	19	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315555--315613	17	3.4	16	76	15	55	79	1	18	0	0.81
315555--315611	26	2.1	27	81	12	73	80	1	17	0	0.79
315555--315605	8	6.2	8	80	10	50	80	1	17	0	0.81
318477--318520	24	1.9	23	86	9	63	36	6	6	50	1.56
318477--318533	23	2.6	22	74	15	55	36	7	5	50	1.52
327113--327164	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
331216--331267	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
331680--331719	19	2.0	20	90	4	64	25	10	0	65	1.24
332849--332901	24	2.2	24	84	12	74	58	13	15	13	1.64
332891--332923	14	2.4	14	90	10	50	78	0	21	0	0.75

Tables:   1   2   3