genome.fa.s5575.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005575.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012936_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  214437

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30--73	17	2.5	18	85	3	63	27	45	15	11	1.81
530--594	20	3.4	19	81	6	78	36	24	23	15	1.93
568--661	18	5.6	17	71	22	76	44	23	20	11	1.84
568--656	32	2.8	31	94	3	151	46	23	19	11	1.82
583--645	13	4.4	14	72	20	58	46	25	19	9	1.80
530--661	19	7.6	19	70	22	74	41	24	21	12	1.88
687--774	19	4.6	19	84	4	106	13	22	22	40	1.89
698--771	39	1.9	38	88	2	112	14	24	22	37	1.92
2739--2837	18	5.7	18	85	12	127	44	19	22	14	1.86
2856--2912	19	2.9	20	89	5	89	17	22	22	36	1.94
3957--4010	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
5342--5440	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
5317--5481	19	9.1	19	74	17	136	43	22	22	12	1.86
5477--5543	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
6099--6227	20	6.3	19	73	12	80	19	19	18	42	1.89
6053--6146	20	4.7	20	80	2	89	24	17	24	34	1.96
6074--6208	41	3.3	41	85	4	157	20	19	20	40	1.92
6135--6227	20	4.6	20	78	4	96	17	22	18	41	1.90
6135--6227	41	2.3	41	100	0	186	17	22	18	41	1.90
6530--6587	28	2.1	28	90	0	89	39	10	10	39	1.74
17405--17560	65	2.4	64	89	1	222	30	19	22	28	1.98
18209--18240	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20247--20326	23	3.6	23	69	19	78	28	22	23	25	1.99
26090--26242	65	2.4	64	81	7	184	28	19	22	29	1.98
26581--26623	22	1.9	23	95	4	79	34	9	16	39	1.80
26666--26923	135	1.9	135	86	0	372	37	12	14	36	1.83
27070--27096	13	2.1	13	100	0	54	14	14	14	55	1.70
27330--27819	187	2.6	187	84	1	588	31	19	11	36	1.88
29657--29708	23	2.3	23	93	0	86	19	17	26	36	1.94
29657--29716	23	2.6	22	87	7	84	18	18	28	35	1.94
29870--29912	2	21.5	2	90	9	70	2	0	46	51	1.13
34894--34957	30	2.1	30	97	0	119	48	25	12	14	1.78
38102--38155	20	2.5	22	85	8	76	66	1	1	29	1.12
38181--38221	21	1.9	22	90	5	66	51	0	0	48	1.00
38636--38676	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
47094--47140	22	2.1	23	92	4	78	23	10	25	40	1.87
55703--55733	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
60685--60823	60	2.4	59	81	7	167	34	15	15	35	1.88
71718--71744	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
75039--75261	90	2.5	89	84	5	288	33	12	11	42	1.79
79997--80073	33	2.3	34	82	6	86	18	29	28	23	1.97
80353--80684	111	3.0	111	96	0	610	35	8	11	44	1.70
82195--82246	18	2.9	18	79	0	68	34	25	13	26	1.93
86884--87021	72	1.9	74	95	4	253	37	10	0	50	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89345--89700	177	2.0	182	96	2	668	26	19	13	40	1.89
90343--90398	28	2.0	28	100	0	112	32	14	14	39	1.86
91032--91267	44	5.3	44	85	9	252	36	22	19	20	1.95
91003--91267	88	3.0	88	83	8	306	36	23	20	19	1.95
100124--100241	59	2.0	59	94	0	209	25	20	21	33	1.97
100121--100241	30	4.1	30	93	2	208	25	19	21	33	1.97
104942--104999	24	2.5	24	78	13	61	22	22	22	32	1.98
107328--107373	20	2.3	20	100	0	92	34	0	43	21	1.53
107717--107755	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
107782--107834	20	2.7	20	91	2	81	33	30	16	18	1.94
110205--110307	44	2.4	43	86	1	134	33	22	16	28	1.95
110292--110332	20	2.1	19	90	4	64	21	24	19	34	1.97
110670--110729	21	2.8	21	85	10	68	66	11	1	20	1.31
110793--110826	16	2.1	16	89	10	52	26	8	5	58	1.51
113002--113039	20	1.9	20	100	0	76	31	21	23	23	1.98
117179--117236	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
119400--119457	14	3.9	14	70	12	53	51	6	3	37	1.46
120559--120620	25	2.5	25	91	0	97	37	29	19	14	1.91
120745--120774	11	2.7	11	94	0	51	60	10	3	26	1.45
124762--124886	58	2.2	58	84	4	155	24	22	18	35	1.96
140652--140712	30	2.0	30	100	0	122	22	13	44	19	1.85
140693--140731	20	2.0	20	100	0	78	15	10	48	25	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140693--140725	11	3.2	11	83	16	52	18	9	48	24	1.76
140694--140796	26	4.2	25	68	20	67	18	14	41	25	1.88
140710--140815	52	2.0	52	94	0	185	17	15	41	25	1.89
140910--141020	44	2.5	44	89	0	168	18	22	26	32	1.97
141374--141433	29	2.1	29	90	0	93	31	1	13	53	1.50
145424--145611	49	3.8	49	95	0	331	41	0	11	46	1.43
145535--145567	13	2.4	14	90	5	50	45	0	15	39	1.46
145818--146220	12	33.3	11	72	18	224	45	1	8	44	1.43
145855--145890	18	2.0	18	94	0	63	47	0	8	44	1.33
145873--146155	23	12.2	23	72	16	167	46	2	7	43	1.44
145844--146220	26	15.2	25	77	15	245	45	1	8	44	1.44
145996--146146	6	26.2	6	62	7	53	49	1	6	41	1.40
145957--146220	49	5.4	48	85	6	282	46	1	8	43	1.43
146361--146434	38	2.1	35	83	14	91	41	4	6	47	1.49
148580--148613	15	2.2	16	94	5	61	55	5	0	38	1.24
148775--148864	45	2.0	47	84	8	123	50	12	1	36	1.47
149060--149106	14	3.5	13	77	11	51	2	40	0	57	1.11
160978--161017	21	1.9	21	94	0	71	42	15	5	37	1.68
160977--161023	21	2.2	21	84	0	67	38	17	8	36	1.80
161455--161496	15	2.8	15	96	0	75	54	4	9	30	1.53
162161--162240	31	2.6	31	80	11	101	42	1	5	51	1.31
162185--162247	19	3.2	20	72	16	53	44	1	1	52	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162194--162243	20	2.5	20	78	12	59	40	2	2	56	1.22
162161--162246	11	8.3	10	69	13	50	41	1	4	52	1.30
162969--163055	31	2.8	30	81	10	95	54	3	1	41	1.25
162964--163031	19	3.5	20	73	15	54	54	1	2	41	1.24
173145--173175	15	2.1	15	93	0	53	67	0	0	32	0.91
173230--173270	17	2.4	18	80	12	50	43	7	4	43	1.53
174520--174612	21	4.5	21	81	4	109	39	17	24	18	1.91
174520--174612	41	2.3	41	98	0	177	39	17	24	18	1.91
174539--174673	41	3.3	41	84	4	139	37	20	20	20	1.94
174601--174694	20	4.7	20	80	7	91	32	25	17	24	1.96
174557--174648	20	4.5	20	67	20	57	42	18	18	20	1.90
175212--175292	19	4.5	19	73	16	73	48	24	16	11	1.78
175288--175438	19	8.1	19	82	10	177	11	21	21	45	1.84
175288--175438	39	4.1	38	78	10	177	11	21	21	45	1.84
177421--177543	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
177477--177543	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
178901--178936	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
179119--179245	33	3.9	32	85	8	184	15	22	18	42	1.89
179112--179242	66	2.0	66	96	0	244	16	22	18	41	1.89
181509--181533	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
181706--181759	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
182791--182916	19	7.2	19	73	17	85	12	20	23	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182805--182862	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
182791--182878	32	2.7	33	94	3	160	11	19	22	46	1.81
182863--182916	20	2.8	19	86	5	72	16	24	24	35	1.95
183389--183433	18	2.5	18	85	0	63	11	15	46	26	1.79
184964--185007	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
185175--185288	20	5.7	20	77	10	90	25	16	24	33	1.96
185277--185352	21	3.7	21	80	3	100	15	25	18	40	1.90
185216--185350	41	3.3	41	84	4	148	20	20	21	37	1.94
185296--185362	20	3.3	20	79	4	89	16	23	17	41	1.89
185277--185366	41	2.2	41	100	0	180	16	24	17	41	1.90

Tables:   1   2