genome.fa.s5599.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005599.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013024_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  204908

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357--2601	61	4.0	61	88	8	326	44	17	0	37	1.55
2357--2601	120	2.0	120	84	10	286	44	17	0	37	1.55
8289--8359	16	4.4	16	90	0	106	18	25	14	42	1.87
8460--8520	30	2.0	32	84	12	83	44	3	4	47	1.41
8542--8571	9	3.3	9	100	0	60	63	0	0	36	0.95
8613--8659	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
8612--8661	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
8866--8915	26	1.9	26	84	8	66	56	2	4	38	1.30
9199--9241	13	3.2	13	90	3	59	48	23	25	2	1.62
11776--12000	102	2.2	99	88	2	333	51	18	8	21	1.72
12174--12273	33	3.1	32	91	2	155	61	14	11	14	1.58
12297--12346	13	4.2	13	80	19	72	54	6	26	14	1.63
13438--13541	20	5.0	21	76	14	108	43	7	6	42	1.59
13470--13546	22	3.7	22	74	22	76	41	10	6	41	1.65
13456--13534	39	2.0	39	82	4	97	43	6	7	43	1.58
13396--13548	20	7.3	20	71	24	86	43	9	6	40	1.64
13537--13607	37	1.9	37	85	5	99	39	9	9	40	1.72
13566--13610	24	1.9	23	86	4	63	37	6	8	46	1.61
13625--13699	28	2.7	28	83	10	91	29	0	26	44	1.55
13655--13733	14	5.6	14	77	5	70	26	0	27	45	1.54
13659--13728	21	3.3	20	75	20	72	25	0	30	44	1.55
13651--13733	28	3.0	28	84	5	98	26	0	30	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13659--13707	7	7.0	7	76	0	53	24	0	32	42	1.55
13810--13857	2	25.0	2	87	8	73	47	0	0	52	1.00
13886--13956	18	3.6	18	67	20	52	39	11	7	42	1.68
13870--13979	42	2.6	42	95	0	202	40	12	8	39	1.73
14192--14366	2	91.0	2	71	19	124	44	4	2	48	1.36
14312--14552	15	17.1	14	66	23	100	43	4	4	47	1.44
14435--14571	18	7.2	18	70	21	84	45	2	4	47	1.37
14192--14598	13	32.2	13	68	20	124	43	3	3	48	1.39
18055--18196	71	2.0	71	97	0	266	40	16	17	25	1.90
29292--29355	26	2.5	26	89	0	101	42	26	14	17	1.87
30230--30280	15	3.3	15	73	24	52	39	1	0	58	1.09
30234--30294	24	2.5	24	75	17	63	37	1	0	60	1.07
31063--31111	18	2.9	18	74	25	61	55	0	2	42	1.11
31948--31986	21	1.9	20	89	5	60	28	2	0	69	1.02
33003--33127	21	6.0	21	74	9	114	20	19	25	34	1.96
33003--33127	42	3.0	40	83	4	160	20	19	25	34	1.96
33028--33127	40	2.4	42	91	3	168	21	18	26	35	1.95
33134--33272	42	3.4	42	86	2	192	38	24	15	21	1.92
33134--33297	21	7.9	21	71	11	97	37	25	15	21	1.93
42274--42308	16	2.2	16	100	0	70	48	5	5	40	1.51
43098--43170	20	3.8	20	75	10	71	60	0	1	38	1.06
43101--43275	36	4.9	35	69	24	100	56	0	2	41	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43105--43284	33	5.5	32	66	23	81	55	0	2	42	1.12
64770--64803	17	2.0	17	94	0	59	58	2	29	8	1.43
66728--66773	20	2.3	19	82	10	65	52	6	17	23	1.68
76158--76302	69	2.1	70	80	5	161	30	24	20	24	1.99
79384--79849	216	2.2	217	83	3	595	21	17	18	42	1.89
87967--88012	17	2.6	18	89	3	67	34	8	26	30	1.86
88341--88498	21	7.8	20	72	7	86	38	24	17	20	1.93
88504--88618	20	5.7	20	83	6	160	33	26	18	20	1.96
88465--88619	40	3.8	40	81	4	177	37	25	18	18	1.93
89001--89071	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
89151--89225	20	3.8	20	80	5	89	42	20	24	13	1.87
89209--89265	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
89163--89281	33	3.4	33	88	6	157	44	22	22	10	1.82
89163--89251	19	4.9	19	73	15	80	43	21	23	11	1.84
89277--89374	19	5.7	19	70	22	90	10	23	22	43	1.83
89299--89388	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
89282--89396	33	3.5	33	97	0	221	9	23	20	46	1.80
91090--91651	93	6.1	93	99	0	1108	21	12	19	46	1.83
91699--91827	19	7.3	19	75	17	125	46	28	17	7	1.75
91735--91827	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
91699--91827	52	2.5	52	75	14	149	46	28	17	7	1.75
91823--91941	19	6.8	19	75	18	123	10	20	22	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91845--91901	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
91828--91920	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
91892--91957	19	3.4	19	87	6	89	9	16	27	46	1.77
94024--94140	19	6.4	19	85	10	172	46	16	22	15	1.84
94024--94140	33	3.2	36	82	13	150	46	16	22	15	1.84
94042--94159	53	2.2	53	95	1	211	44	16	24	14	1.86
94149--94285	19	7.7	19	78	17	159	16	20	18	45	1.86
94149--94285	72	1.9	71	89	4	213	16	20	18	45	1.86
94155--94299	33	4.2	33	80	13	184	14	20	18	46	1.84
96726--96772	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
97455--97744	20	14.5	20	86	1	312	20	17	24	37	1.94
97731--97809	21	3.8	21	76	5	79	24	16	22	36	1.94
97711--97809	42	2.4	43	77	11	100	22	17	22	38	1.93
100490--100525	18	1.9	18	88	5	54	22	2	0	75	0.94
102957--103015	22	2.7	22	86	0	82	30	16	11	40	1.85
107332--107393	29	2.1	29	96	0	115	48	16	17	17	1.82
116493--116533	3	13.7	3	94	0	73	0	31	0	68	0.90
119445--119478	18	1.9	17	88	5	50	32	5	14	47	1.69
121023--121071	19	2.8	17	74	20	55	34	0	4	61	1.15
121050--121128	42	1.9	41	85	10	108	36	3	0	59	1.16
130770--130807	17	2.2	17	86	9	51	65	0	2	31	1.06
131193--131281	37	2.4	37	77	7	99	34	19	6	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131777--132198	209	2.0	209	99	0	835	38	6	6	49	1.53
132671--132711	14	2.9	14	81	0	55	65	0	0	34	0.93
133086--133171	33	2.6	33	88	5	120	27	11	19	40	1.86
133219--133276	8	6.9	8	80	7	62	67	0	0	32	0.91
133221--133276	3	18.7	3	85	14	64	66	0	0	33	0.92
133221--133279	23	2.5	23	78	21	68	66	0	0	33	0.92
133667--134756	84	13.1	84	80	5	1067	24	19	24	30	1.98
133667--134756	249	4.4	249	86	2	1390	24	19	24	30	1.98
133598--134716	413	2.7	410	83	3	1345	24	19	25	30	1.98
133671--134756	497	2.2	495	85	2	1399	24	19	24	30	1.98
139203--139245	21	2.0	21	86	0	59	32	30	23	13	1.93
140598--140624	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
140872--140944	23	3.2	22	74	14	67	19	26	21	32	1.97
141856--141916	18	3.4	17	80	13	61	75	1	3	19	1.03
141884--141922	4	9.2	4	83	10	51	71	0	0	28	0.86
142286--142371	33	2.6	33	83	5	102	30	12	16	40	1.86
142421--142476	3	19.3	3	79	20	66	67	0	0	32	0.91
144301--144328	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
147033--147066	6	5.7	6	92	0	50	0	44	14	41	1.45
147033--147067	18	1.9	18	94	0	61	0	42	14	42	1.45
150128--150207	40	2.0	40	95	0	142	28	16	21	33	1.95
154927--154965	19	2.0	19	85	5	51	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155318--155384	25	2.9	23	75	22	68	41	5	0	52	1.26
155326--155384	21	2.6	22	85	15	84	42	6	0	50	1.28
155335--155383	25	2.0	24	88	11	73	40	6	0	53	1.26
159080--159118	20	2.0	20	85	10	53	41	5	12	41	1.65
159064--159171	53	2.0	53	94	0	189	31	4	14	49	1.64
159133--159172	20	2.0	20	95	0	71	37	5	17	40	1.72
163279--163344	28	2.4	28	97	2	125	37	15	24	22	1.92
163771--163809	20	2.0	20	94	0	69	35	5	17	41	1.72
168619--168670	22	2.3	22	86	3	68	59	1	7	30	1.36
168872--168909	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2