genome.fa.s561.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000561.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001095_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  332011

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1257--1306	3	16.0	3	91	8	82	36	0	0	64	0.94
1259--1306	10	5.0	10	94	5	82	37	0	0	62	0.95
7086--7153	30	2.3	30	84	0	82	42	19	5	32	1.75
15193--15294	39	2.5	40	83	10	111	23	35	18	22	1.96
15261--15355	46	2.1	45	88	9	140	28	33	14	23	1.94
15374--15490	43	2.8	40	71	12	103	23	32	18	24	1.97
26713--26743	12	2.6	12	94	0	53	6	9	32	51	1.60
32701--32737	2	18.5	2	88	0	56	56	0	43	0	0.99
34552--36047	81	18.6	80	81	4	1456	18	20	23	36	1.95
36542--36581	18	2.2	18	95	0	71	17	20	35	27	1.95
42191--42215	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
45328--45379	23	2.3	23	93	0	86	42	19	3	34	1.69
45222--46097	435	2.0	438	95	1	1589	38	11	7	42	1.69
45763--45835	23	3.2	23	90	0	101	38	20	5	35	1.76
48627--49204	183	3.2	183	95	1	1034	33	16	14	35	1.89
50718--50762	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
51135--51386	30	8.4	30	99	0	497	23	19	23	32	1.97
52993--53073	6	13.5	6	77	5	56	22	32	7	38	1.82
52997--53073	12	6.4	12	85	5	84	20	32	7	38	1.81
53015--53077	12	5.2	12	94	0	108	19	31	9	39	1.83
53019--53085	12	5.6	12	90	0	89	19	31	10	38	1.85
53015--53090	6	12.7	6	74	0	71	19	30	9	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52997--53077	24	3.4	24	85	0	108	20	32	8	38	1.83
54566--55349	200	3.9	200	94	1	1338	31	18	15	35	1.91
55461--55508	19	2.6	19	93	3	80	54	10	2	33	1.46
57288--57351	32	2.0	32	90	0	101	23	46	0	29	1.52
57385--57449	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
59588--59634	20	2.4	19	79	10	58	21	17	8	53	1.70
59777--59814	20	1.9	20	89	10	60	18	15	7	57	1.62
59690--60006	163	2.0	163	85	3	433	27	16	12	43	1.84
64752--64784	13	2.5	13	95	0	57	48	0	3	48	1.17
70135--70164	14	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
70799--70849	2	26.0	2	84	4	68	47	5	0	47	1.26
71408--71463	24	2.3	24	93	0	94	48	28	21	1	1.60
72996--73028	17	1.9	17	93	0	57	6	12	9	72	1.26
75427--76313	105	8.5	105	93	2	1448	33	25	18	21	1.97
77022--77082	2	31.0	2	90	3	97	49	3	0	47	1.18
77641--77696	24	2.3	24	93	0	94	48	28	21	1	1.60
77641--77707	24	2.7	24	88	4	80	46	28	22	2	1.66
78213--78834	311	2.0	311	99	0	1226	32	21	19	26	1.97
78894--78963	31	2.3	31	82	0	86	38	12	12	35	1.82
81700--81744	20	2.2	20	88	0	63	40	20	17	22	1.92
81872--81922	22	2.3	22	86	0	75	23	41	11	23	1.87
82136--82180	13	3.5	13	96	0	81	0	8	15	75	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82235--82276	21	2.0	21	95	4	77	11	19	19	50	1.78
84436--84558	42	2.9	42	80	4	122	24	34	18	21	1.96
85909--86049	66	2.2	64	82	9	173	31	1	17	50	1.54
85960--85999	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
86472--86507	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
88913--88946	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
89690--89739	19	2.6	19	81	6	57	28	10	24	38	1.87
89690--89818	20	6.6	20	66	13	63	30	13	24	32	1.93
93926--93955	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
98016--98069	21	2.6	21	93	0	99	14	18	46	20	1.84
102136--102489	189	1.9	189	91	0	582	31	19	20	28	1.97
104170--104912	83	9.0	83	86	2	913	34	20	18	26	1.96
104170--104912	165	4.5	166	85	2	922	34	20	18	26	1.96
105185--105245	24	2.5	24	94	0	104	34	34	11	19	1.88
106949--106998	19	2.5	20	80	9	57	34	8	6	52	1.55
108664--108715	24	2.2	25	82	6	63	9	44	5	40	1.61
112236--112330	42	2.3	42	94	3	165	16	16	18	47	1.83
112561--112607	22	2.1	23	92	4	78	46	2	0	51	1.13
112609--112663	18	3.1	18	86	5	76	52	1	1	43	1.22
112601--112677	23	3.3	25	73	24	71	51	1	1	45	1.17
112804--112848	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
113196--113254	14	4.1	14	82	4	73	33	20	6	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113194--113252	29	2.0	29	93	0	100	30	20	8	40	1.82
114479--114608	60	2.1	61	87	6	185	30	25	4	40	1.76
114778--114920	60	2.4	58	79	9	153	48	4	15	31	1.66
115003--115076	31	2.4	31	84	8	98	36	1	5	56	1.31
119297--119377	23	3.5	23	89	3	110	35	19	14	29	1.92
123721--123832	23	4.9	23	82	8	149	24	20	26	28	1.99
164665--164742	34	2.3	35	78	10	81	52	2	2	42	1.28
181094--181149	27	2.1	27	90	3	87	51	8	8	30	1.64
184523--184581	3	20.0	3	85	3	66	62	0	0	37	0.95
185808--185847	21	2.0	20	85	5	53	45	5	2	47	1.38
191788--191818	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
209175--209251	36	2.3	34	81	18	90	51	1	2	44	1.23
212538--213333	53	15.1	53	86	2	1012	20	26	19	33	1.97
212538--213596	106	10.1	106	83	4	1267	21	26	19	32	1.97
212538--213596	159	6.8	159	82	5	1267	21	26	19	32	1.97
213298--213373	40	1.9	40	88	0	116	22	23	22	31	1.98
213245--213426	93	2.0	93	91	2	294	21	25	21	31	1.98
213341--213596	53	4.8	52	86	1	332	21	26	19	32	1.97
213113--213585	252	1.9	252	89	0	732	21	26	20	32	1.97
213193--213596	146	2.7	150	86	6	532	21	25	20	32	1.98
213139--213532	199	2.0	199	89	2	612	21	25	20	32	1.97
213599--213680	37	2.2	37	86	4	112	21	17	14	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214887--214983	16	6.3	15	80	15	92	4	18	3	74	1.11
214887--214975	15	5.8	15	80	16	85	3	19	3	74	1.11
214896--214994	8	12.5	8	76	13	64	5	16	3	75	1.10
214970--214995	10	2.6	10	100	0	52	7	7	0	84	0.77
214896--214975	7	10.6	7	75	14	54	3	17	3	75	1.11
219687--219792	55	1.9	55	90	0	167	22	19	10	47	1.80
223269--223353	3	29.0	3	71	13	61	55	1	2	41	1.20
223307--223348	14	2.9	14	80	16	50	52	0	2	45	1.13
223598--224705	53	20.9	53	85	2	1436	21	25	20	32	1.97
224714--224788	37	2.0	37	84	5	98	24	17	16	42	1.88
225992--226096	8	13.2	8	79	17	105	1	15	0	82	0.75
225993--226090	28	3.4	29	80	17	114	2	14	0	83	0.73
226000--226066	1	67.0	1	75	0	62	0	11	0	88	0.53
228574--228748	90	2.0	89	93	1	296	45	6	11	36	1.66
234293--234403	55	2.0	55	92	0	186	16	9	25	48	1.76
238664--238748	37	2.3	36	86	7	118	31	4	21	42	1.73
240105--240191	45	1.9	45	88	0	129	28	17	13	40	1.88
241024--241100	39	2.0	39	89	0	118	45	16	9	28	1.78
242618--242690	24	3.0	24	95	0	128	50	15	17	16	1.78
247312--247404	40	2.3	40	79	1	105	32	18	17	32	1.94
247297--247504	41	5.1	41	74	8	165	30	17	17	34	1.93
248918--248983	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251327--251369	21	2.0	21	100	0	86	9	9	23	58	1.58
254398--254437	19	2.1	19	100	0	80	17	5	30	47	1.69
258999--259037	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
259187--259226	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
259207--259266	23	2.7	23	75	10	63	18	21	36	23	1.95
260794--260835	17	2.5	17	100	0	84	19	30	9	40	1.83
264664--264704	18	2.2	19	95	4	75	14	29	36	19	1.92
264664--264712	18	2.5	19	90	9	73	16	26	36	20	1.93
267621--267741	43	2.8	43	87	2	172	25	25	19	29	1.98
268011--268080	22	2.9	24	77	16	74	51	5	1	41	1.34

Tables:   1   2