genome.fa.s5637.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005637.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013142_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  575832

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8177--8348	84	2.0	85	88	1	256	29	20	18	31	1.96
18213--18255	18	2.3	19	88	4	61	53	6	0	39	1.28
18768--18799	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
18831--18874	22	2.0	21	86	8	61	56	0	2	40	1.11
22682--22724	22	2.0	22	100	0	86	41	6	13	37	1.72
23215--23257	18	2.4	18	84	7	52	27	2	0	69	1.00
23221--23264	13	3.1	14	83	9	54	31	2	0	65	1.05
24504--24543	19	2.1	19	85	0	53	10	15	7	67	1.41
24948--24984	17	2.2	17	95	4	67	70	0	13	16	1.17
32227--32339	51	2.2	51	85	0	145	45	11	8	34	1.72
46088--46229	46	3.3	42	77	15	148	31	19	7	41	1.78
48654--48704	25	2.0	25	96	0	93	31	5	15	47	1.70
50169--50246	20	3.9	20	89	0	120	15	28	35	20	1.93
51680--51727	19	2.5	20	82	3	62	31	10	6	52	1.60
54901--54946	22	2.1	22	87	0	65	39	6	8	45	1.61
56522--56617	48	2.0	48	100	0	192	22	25	10	41	1.85
60083--60119	20	1.9	20	88	5	58	37	27	5	29	1.79
65697--65730	17	1.9	18	94	5	61	55	14	17	11	1.68
65698--65737	17	2.3	18	86	4	55	62	15	15	7	1.53
68165--68201	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
68548--69222	55	12.3	55	84	3	804	30	24	13	31	1.94
68449--68674	56	4.1	56	72	10	185	28	24	14	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68447--69222	165	4.7	166	80	7	676	29	24	14	31	1.94
68677--69175	274	1.8	274	90	1	813	30	24	13	31	1.93
69176--69376	107	1.9	107	84	4	271	24	20	18	35	1.96
69125--69386	54	4.9	55	80	6	261	25	21	17	35	1.95
69682--69840	36	4.4	37	84	3	214	26	18	22	33	1.96
69682--69840	73	2.2	73	88	2	230	26	18	22	33	1.96
74533--74760	114	2.0	114	95	0	411	28	15	20	35	1.93
79707--79921	106	2.0	106	89	0	331	23	22	14	40	1.90
80826--80868	18	2.4	18	92	0	68	62	11	11	13	1.54
80835--80872	18	2.1	18	100	0	76	55	10	15	18	1.68
80839--80879	18	2.3	18	91	0	64	63	12	14	9	1.52
83355--83398	2	22.0	2	95	0	79	47	0	2	50	1.13
90004--90054	19	2.7	19	93	0	84	21	21	25	31	1.98
90022--90182	64	2.5	65	78	15	167	27	16	23	32	1.96
94183--94221	18	2.2	18	86	9	53	30	0	0	69	0.89
94183--94233	24	2.0	24	85	11	66	29	1	0	68	1.00
109677--109714	20	1.9	20	88	0	58	5	15	2	76	1.08
114840--114886	20	2.4	20	86	10	62	36	0	27	36	1.57
116831--116872	20	2.0	20	82	13	50	45	7	7	40	1.59
120190--120216	13	2.1	13	100	0	54	40	22	7	29	1.81
120726--120769	20	2.1	21	87	4	63	40	25	4	29	1.75
122201--122750	81	6.9	81	83	3	630	37	12	20	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122201--122750	80	6.9	81	84	2	637	37	12	20	30	1.89
122201--122734	161	3.3	160	84	2	675	37	11	20	30	1.88
127286--127379	20	4.7	20	86	5	127	37	15	27	19	1.92
127286--127395	40	2.7	39	83	6	130	34	14	28	22	1.94
127824--127949	55	2.3	55	83	4	146	39	11	16	31	1.85
128088--128405	68	4.7	67	82	5	345	31	15	22	30	1.94
128361--128759	162	2.5	161	81	5	475	36	10	21	31	1.88
128361--128759	81	4.9	79	81	5	415	36	10	21	31	1.88
128728--128788	29	2.1	29	93	0	104	47	8	19	24	1.76
134727--134777	20	2.6	19	78	9	57	31	15	27	25	1.96
135202--135358	55	2.8	57	84	6	189	35	11	17	35	1.86
135270--135376	54	2.0	52	87	3	151	38	9	17	34	1.82
135535--135858	68	4.8	68	89	0	486	29	14	25	30	1.95
135808--136369	81	6.9	81	85	2	673	34	12	22	30	1.91
135808--136369	243	2.3	241	85	4	743	34	12	22	30	1.91
136338--136398	29	2.1	29	90	0	95	45	9	19	24	1.80
137676--137717	21	2.0	22	90	4	68	30	4	16	47	1.67
139078--139123	24	2.0	23	86	4	65	19	0	8	71	1.11
139093--139135	19	2.3	20	80	15	56	23	0	4	72	1.04
140792--140838	18	2.6	18	96	0	85	23	23	17	36	1.95
147618--147819	36	5.7	36	86	1	273	25	18	17	37	1.93
154144--154400	92	2.9	89	83	5	354	34	17	19	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154644--154691	9	5.3	9	82	0	51	47	0	2	50	1.12
156050--156100	25	2.0	25	85	7	68	41	0	5	52	1.25
158790--158818	10	2.7	11	89	10	51	41	0	0	58	0.98
158836--158896	27	2.3	26	78	13	70	47	3	0	49	1.18
159918--159982	25	2.5	25	76	18	62	55	0	3	41	1.15
159935--159981	16	2.9	16	84	9	60	53	0	2	44	1.12
159941--159982	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
161683--161723	18	2.3	18	100	0	82	26	26	9	36	1.88
165333--165376	19	2.1	22	88	12	67	40	0	0	59	0.98
166620--166648	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
172139--172236	32	3.0	35	75	13	100	31	16	12	39	1.85
172058--172522	140	3.3	140	78	7	471	38	16	9	34	1.82
172105--172487	141	2.7	141	81	6	429	38	17	9	34	1.83
182300--182368	3	22.7	3	76	8	59	60	1	4	33	1.25
182306--182338	16	2.1	16	88	11	50	63	0	6	30	1.18
182651--182974	134	2.4	134	80	1	362	25	16	29	28	1.97
182991--183107	52	2.2	52	86	3	155	39	14	17	29	1.89
183046--183240	67	3.0	67	85	6	281	40	12	17	28	1.87
183982--184012	16	2.0	15	93	6	53	19	0	29	51	1.47
195081--195113	17	2.0	17	94	5	59	36	12	6	45	1.66
196033--196064	6	5.3	6	100	0	64	15	0	0	84	0.63
196666--196699	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196761--196815	8	7.0	8	80	10	51	61	0	0	38	0.96
196802--196857	30	1.9	29	82	7	69	55	1	7	35	1.38
198087--198722	130	4.9	128	76	7	478	31	13	19	35	1.91
202514--202781	148	1.8	148	91	0	446	40	14	8	36	1.76
212405--212727	125	2.6	127	79	3	330	30	15	18	35	1.91
212249--212727	252	1.9	255	83	5	630	30	15	19	35	1.92
212136--213077	132	7.3	129	73	8	639	32	15	18	34	1.92
212147--212894	384	1.9	385	82	3	934	31	14	18	34	1.92
212548--213043	130	3.8	128	76	9	337	32	16	17	34	1.92
212533--213077	262	2.1	259	79	6	602	32	15	17	34	1.92
215151--215179	13	2.1	14	93	6	51	82	6	0	10	0.83
225618--225660	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
229372--229444	3	24.3	3	84	5	85	61	0	2	35	1.10
230800--230825	13	2.0	13	100	0	52	69	7	7	15	1.35
231797--231833	12	3.1	12	88	0	56	37	0	10	51	1.37
236231--236278	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
236672--236732	32	1.9	32	100	0	122	40	26	0	32	1.56
238406--238468	2	31.5	2	96	0	117	50	0	1	47	1.10
241914--241968	19	2.9	19	82	12	69	18	20	10	50	1.76
245506--245568	26	2.3	27	91	8	110	36	4	22	36	1.75
246340--246391	19	2.7	19	82	8	70	17	17	11	53	1.72
254337--254372	16	2.3	15	90	4	54	75	2	0	22	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262865--262904	17	2.4	17	100	0	80	22	45	5	27	1.73
286237--286359	59	2.1	59	90	3	194	24	21	12	41	1.87
295628--295656	14	2.1	14	100	0	58	27	13	0	58	1.36
296467--296510	20	2.1	21	91	4	72	38	11	34	15	1.84
297220--297271	25	2.1	25	96	0	95	50	19	5	25	1.69
299111--299166	24	2.3	25	81	9	71	25	8	25	41	1.84
299111--299161	12	4.2	12	82	0	57	25	7	25	41	1.82
301870--301984	60	1.9	60	90	0	185	31	15	5	47	1.67
301853--301963	29	3.8	29	65	13	73	33	13	4	48	1.63
302202--302284	31	2.8	29	75	15	89	44	9	14	31	1.77

Tables:   1   2