genome.fa.s5655.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005655.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013225_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  194601

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1260--1309	24	2.1	24	96	0	91	32	18	10	40	1.83
2095--2124	11	2.7	11	100	0	60	10	53	0	36	1.35
2677--2716	21	1.9	21	89	0	62	50	15	0	35	1.44
7567--7601	17	1.9	19	88	11	56	40	5	5	48	1.51
11988--12070	41	2.0	41	97	0	157	49	8	0	42	1.33
15973--16064	21	4.4	21	78	13	118	16	19	27	36	1.93
16016--16084	20	3.4	20	68	18	61	13	20	24	42	1.87
15994--16086	41	2.3	41	96	0	177	15	20	25	38	1.91
15994--16105	41	2.7	41	87	5	129	17	19	25	36	1.94
16124--16278	41	3.8	41	87	2	215	16	21	22	39	1.92
15970--16215	110	2.3	103	80	10	298	17	20	25	36	1.94
17093--17152	8	7.6	8	78	10	70	15	38	25	21	1.92
17084--17121	17	2.2	18	95	4	69	18	50	21	10	1.76
17113--17152	15	2.7	15	96	0	71	12	35	25	27	1.92
17113--17151	7	5.3	7	88	11	60	12	33	25	28	1.93
18448--18483	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
19637--19710	23	3.2	23	79	9	87	24	17	20	37	1.93
19643--19717	24	3.2	24	84	1	107	25	17	20	37	1.94
21083--21107	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
21161--21229	21	3.3	21	67	18	63	37	26	20	15	1.93
21180--21293	20	5.6	20	65	12	61	40	21	21	16	1.91
21241--21314	21	3.6	21	72	3	78	35	24	17	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21176--21315	41	3.4	41	86	8	187	39	22	19	18	1.93
21317--21362	19	2.3	20	81	7	58	23	15	28	32	1.95
25665--25702	16	2.4	16	86	8	51	57	0	0	42	0.98
30887--30920	18	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
30890--30947	25	2.4	24	76	23	59	62	1	6	29	1.31
31095--31153	23	2.9	20	85	12	68	8	22	18	50	1.73
31123--31161	18	2.1	19	85	4	53	12	20	12	53	1.71
35818--35857	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
36423--36465	16	2.6	17	77	3	52	58	0	0	41	0.98
40669--40712	20	2.1	21	87	4	63	52	0	38	9	1.33
41404--41449	17	2.7	17	82	0	65	50	0	2	47	1.13
45333--45381	4	12.2	4	95	0	53	48	10	0	40	1.37
48425--48569	3	47.7	3	88	2	218	62	1	0	35	1.04
48701--50173	76	19.4	76	98	0	2858	35	21	21	21	1.96
51220--51429	54	3.9	54	86	2	296	25	22	13	38	1.91
51220--51428	108	1.9	108	91	1	339	25	22	13	38	1.91
52293--52466	75	2.3	75	79	11	185	29	20	15	34	1.93
53669--53933	83	3.2	83	95	1	460	36	21	13	27	1.92
62955--63100	3	47.7	3	87	4	211	62	1	0	36	1.04
68594--68635	21	2.0	21	86	9	59	7	23	19	50	1.72
76655--76690	17	2.1	18	89	5	56	41	0	2	55	1.14
82193--82226	15	2.3	15	89	0	50	58	5	2	32	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82725--82789	22	3.3	21	68	28	61	43	1	1	53	1.19
89311--89348	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
92469--92534	23	2.9	23	77	8	71	62	4	1	31	1.25
92751--92782	12	2.7	12	100	0	64	40	34	18	6	1.76
95197--95316	41	2.9	41	92	0	195	35	10	18	35	1.84
96662--96699	11	3.2	12	85	11	51	36	0	0	63	0.95
96687--96729	15	2.6	16	79	17	52	41	2	2	53	1.26
96718--96769	18	2.9	18	74	5	52	30	1	1	65	1.14
96736--96799	28	2.2	29	83	8	78	32	1	6	59	1.32
98340--98425	33	2.6	33	80	7	95	19	4	67	8	1.35
98334--98380	18	2.6	18	83	6	60	21	2	70	6	1.20
98334--98396	18	3.7	16	79	12	56	20	3	68	7	1.29
100543--100576	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
101326--101358	15	2.1	16	88	5	50	51	15	24	9	1.72
117972--118031	28	2.1	28	84	3	75	43	13	13	30	1.82
117980--118040	28	2.2	28	84	0	77	42	14	13	29	1.84
119381--119474	36	2.5	37	82	3	109	44	1	10	43	1.46
119392--119566	89	1.9	91	82	6	221	44	2	10	42	1.52
119482--119584	39	2.7	38	85	7	129	45	4	8	40	1.56
119590--119624	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
119662--119699	15	2.5	15	86	4	58	44	0	5	50	1.24
119698--119835	10	13.8	10	71	23	80	36	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119693--119834	26	5.3	27	74	19	86	38	0	2	59	1.09
119679--119848	79	2.1	82	78	15	187	35	0	2	61	1.11
119711--119823	16	6.4	17	75	20	83	36	0	1	61	1.06
119701--119829	67	1.9	69	84	12	176	36	0	2	61	1.09
119693--119847	42	3.8	40	76	15	138	35	0	1	62	1.06
120907--121058	45	3.4	45	82	9	170	25	9	0	64	1.24
121096--121129	17	1.9	18	88	5	52	17	14	0	67	1.23
129072--129101	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
132468--132509	13	3.1	14	86	10	61	45	0	2	52	1.13
132462--132776	159	2.0	155	95	4	569	41	5	3	49	1.44
135339--135393	25	2.1	25	86	6	74	58	0	3	38	1.16
135566--135599	13	2.6	13	85	0	50	23	8	8	58	1.56
143150--143215	2	36.0	2	72	22	56	51	1	0	46	1.10
143158--143217	13	4.8	12	76	19	52	50	1	0	48	1.11
143150--143217	24	2.7	25	82	17	95	51	1	0	47	1.09
143654--143876	2	115.0	2	78	11	232	46	1	4	47	1.31
144009--144073	19	3.4	19	80	4	67	46	7	7	38	1.61
144502--144560	20	2.8	21	82	7	66	49	5	5	40	1.47
144527--144571	23	2.0	22	91	4	72	53	4	0	42	1.21
145086--145139	11	4.9	11	86	0	63	25	20	20	33	1.97
145831--145896	24	2.8	24	86	2	98	27	25	25	21	1.99
147235--147519	140	2.0	145	92	6	489	37	21	4	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148070--148120	21	2.4	21	83	0	66	49	33	0	17	1.47
148070--148120	14	3.6	14	74	10	50	49	33	0	17	1.47
148443--148483	8	4.8	9	82	11	50	53	2	7	36	1.42
148492--148569	7	11.3	7	75	2	50	46	33	2	17	1.62
148918--148999	19	4.2	19	79	14	94	48	4	3	42	1.42
148938--148990	2	26.0	2	85	11	72	49	1	1	47	1.23
149071--149121	21	2.4	21	83	0	66	49	33	0	17	1.47
149071--149121	14	3.6	14	74	10	50	49	33	0	17	1.47
149452--149498	2	24.0	2	95	4	87	51	0	0	48	1.00
149922--149948	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
149952--150003	20	2.7	20	82	5	63	46	7	5	40	1.57
149972--150018	2	22.0	2	83	12	58	48	4	2	44	1.34
150540--150601	7	8.9	7	76	13	65	53	25	0	20	1.46
150547--150601	21	2.6	21	88	0	74	52	25	0	21	1.47
150851--150877	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
151072--151174	32	3.2	32	94	2	181	39	13	27	19	1.89
151076--151170	16	5.9	16	91	3	156	41	12	26	20	1.88
154928--154967	6	6.7	6	85	8	55	67	2	30	0	1.04
155954--155979	13	2.0	13	100	0	52	0	7	7	84	0.77
156621--156656	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
157241--157366	60	2.1	60	80	11	134	43	2	19	34	1.64
167194--167223	15	2.1	15	93	6	53	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170381--170439	29	2.0	29	83	9	75	40	6	10	42	1.65
171315--171428	62	1.9	61	89	7	180	27	8	5	58	1.49
173085--173127	16	2.7	16	100	0	86	27	16	13	41	1.86
173760--173803	19	2.2	20	84	4	63	36	22	0	40	1.54
174181--174235	13	4.5	12	77	22	53	40	3	0	56	1.17
174189--174243	17	3.2	17	72	25	53	38	5	0	56	1.23
174181--174243	26	2.5	25	82	14	76	38	4	0	57	1.20
174178--174243	15	4.6	15	78	16	61	37	6	0	56	1.24
179019--179052	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
182050--182076	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2