genome.fa.s5676.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005676.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013275_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  284150

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1367--1407	21	2.0	21	90	0	64	41	2	2	53	1.27
1431--1471	21	2.0	21	90	0	64	63	7	12	17	1.50
5799--5835	19	1.9	19	88	0	56	29	2	18	48	1.62
5883--6059	98	1.8	98	94	0	318	37	16	11	33	1.86
17598--17645	20	2.4	20	100	0	96	45	25	0	29	1.53
17969--18037	23	3.0	23	86	0	93	26	24	27	21	1.99
18053--18263	103	2.0	103	96	0	386	36	22	14	26	1.92
19640--19699	20	2.9	21	85	7	77	20	23	25	31	1.98
28985--29097	35	3.2	35	81	2	127	41	19	0	38	1.58
28997--29096	36	2.8	36	81	1	112	43	20	1	36	1.59
34746--34772	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
48541--48646	30	3.5	30	80	5	106	33	22	18	24	1.97
48554--48646	30	3.1	30	80	6	107	33	21	18	26	1.96
48781--48816	17	2.0	19	89	10	58	38	11	5	44	1.63
49608--49683	21	3.6	21	100	0	152	18	27	30	23	1.98
49719--49927	75	2.8	76	85	4	280	20	23	32	23	1.98
50532--50575	17	2.6	17	85	7	63	56	29	0	13	1.38
50527--50577	9	6.2	8	78	17	52	58	27	0	13	1.36
56405--56444	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
58369--58566	74	2.6	76	86	4	267	20	24	32	22	1.98
59135--59294	64	2.5	65	83	8	184	26	19	19	35	1.95
62720--62825	30	3.5	30	78	5	97	33	22	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62960--62995	17	2.0	19	89	10	58	38	11	5	44	1.63
63484--63643	64	2.5	65	85	4	200	26	20	18	34	1.96
64415--64443	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
64615--64681	33	2.0	34	91	2	109	26	19	10	43	1.83
66633--66657	13	1.9	13	100	0	50	56	0	12	32	1.36
73481--73556	29	2.5	31	79	8	95	30	26	25	18	1.98
73481--73554	9	7.6	10	74	14	66	31	27	25	16	1.96
80643--80686	7	6.4	7	86	5	63	27	27	27	18	1.98
80643--80686	20	2.1	21	87	4	63	27	27	27	18	1.98
80684--80736	14	4.1	14	72	18	60	9	18	49	22	1.76
80731--80781	9	5.3	9	84	13	66	29	29	29	11	1.92
93478--96674	4	805.8	4	98	1	6203	25	24	0	50	1.50
107040--107156	59	2.0	59	83	3	146	29	23	7	39	1.82
108482--108515	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
119298--119322	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
119782--119857	40	1.9	40	97	0	143	39	26	10	23	1.87
123994--124043	19	2.7	18	82	14	57	22	2	4	72	1.12
126960--126989	15	2.1	15	93	6	53	23	33	23	20	1.97
136175--136598	92	4.7	92	92	1	606	38	14	21	24	1.91
136175--136598	183	2.3	181	87	2	591	38	14	21	24	1.91
137851--137950	24	4.3	22	75	14	78	24	2	6	68	1.23
137870--137957	22	3.9	22	76	19	65	22	2	5	69	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150073--150098	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
150601--150674	21	3.5	21	85	3	105	25	22	14	36	1.93
150601--150819	21	10.6	21	74	10	71	29	19	18	31	1.96
150661--150850	40	4.7	41	73	10	149	33	18	20	27	1.96
150661--150837	61	2.9	61	71	9	153	33	18	20	27	1.96
150664--150850	20	9.2	20	79	6	119	33	18	20	27	1.96
150989--151024	5	6.5	6	93	6	51	36	47	16	0	1.47
152407--152435	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
155324--155383	29	2.1	29	93	0	102	26	28	26	18	1.98
155386--155430	21	2.1	21	100	0	90	28	24	31	15	1.96
155471--155630	29	5.6	29	93	1	261	14	30	30	25	1.95
156206--156282	34	2.3	33	82	10	95	41	0	11	46	1.40
158526--158558	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
158766--159031	11	21.9	11	67	25	76	46	8	1	42	1.45
158750--158836	38	2.4	37	81	9	99	51	4	2	41	1.35
158766--158967	14	15.1	13	74	19	102	46	8	1	43	1.45
158766--158967	26	8.2	26	70	14	131	46	8	1	43	1.45
158826--159025	98	2.0	98	98	1	384	44	9	2	44	1.48
161852--161910	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
162590--162652	28	2.2	30	91	5	103	57	11	0	31	1.34
162594--162659	28	2.4	28	85	10	98	56	10	0	33	1.34
162629--162677	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163032--163114	43	2.0	40	84	11	105	30	27	22	19	1.98
163182--163219	20	1.9	20	94	0	67	21	50	13	15	1.78
163177--163283	51	2.1	51	100	0	214	21	50	12	15	1.77
163233--163270	20	1.9	20	94	0	67	21	50	13	15	1.78
169005--169062	29	2.0	29	83	6	73	41	8	0	50	1.33
170049--170105	29	1.9	30	85	3	80	56	3	3	36	1.34
170988--171043	29	1.9	29	85	7	78	57	3	3	35	1.34
171556--171588	17	1.9	17	100	0	66	33	48	6	12	1.65
172801--172832	8	4.1	8	96	4	57	50	0	0	50	1.00
175014--175075	25	2.4	25	81	7	72	37	12	8	41	1.73
175117--175187	30	2.3	31	86	11	110	36	5	26	30	1.80
176678--176737	21	2.9	21	89	0	93	25	26	18	30	1.98
203594--203652	24	2.5	24	72	10	59	47	15	22	15	1.82
206600--206654	25	2.2	25	84	12	69	47	1	0	50	1.11
214047--214120	7	10.7	7	94	1	114	32	14	37	14	1.87
214047--214120	28	2.7	28	95	2	132	32	14	37	14	1.87
215489--215533	24	1.9	24	90	4	74	53	0	2	44	1.13
216853--216898	12	3.9	12	91	8	53	28	2	0	69	1.00
216865--216899	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
222457--222481	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
222825--222862	2	19.0	2	84	10	51	50	2	2	44	1.30
222825--222862	15	2.7	14	84	11	51	50	2	2	44	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222928--222966	14	2.6	15	84	8	53	35	2	0	61	1.10
228313--228382	32	2.1	34	81	5	81	41	8	28	21	1.82
229904--229936	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
236348--236388	20	2.0	21	85	4	57	58	2	2	36	1.24
237276--237346	19	3.7	18	77	9	70	1	21	9	67	1.27
237279--237342	18	3.5	18	73	12	58	1	21	9	67	1.28
237821--237903	3	27.7	3	97	0	157	65	0	1	33	1.01
238223--238634	113	3.7	112	93	0	680	28	20	12	38	1.89
238574--238677	40	2.6	40	95	1	190	20	25	7	47	1.76
238463--238787	153	2.1	153	94	2	564	27	20	11	40	1.87
238616--238819	113	1.8	113	92	2	347	28	20	12	38	1.89
239620--239784	82	2.0	83	97	1	314	35	21	13	29	1.92
240928--240980	1	53.0	1	84	0	61	0	9	0	90	0.45
240928--240981	11	4.9	11	97	0	99	0	11	0	88	0.50
253343--253381	3	13.7	3	89	10	64	64	0	0	35	0.94
253195--253564	187	2.0	186	91	5	606	29	10	22	38	1.87
253540--253625	3	28.7	3	95	0	154	63	0	2	33	1.07
254306--254358	18	2.9	18	88	2	79	0	3	11	84	0.73
254318--254356	8	4.6	8	81	12	51	0	5	10	84	0.76
254306--254357	10	5.7	9	76	17	54	0	3	11	84	0.74
257013--257055	13	3.2	14	77	12	54	48	2	0	48	1.14
261082--261135	20	2.7	19	75	8	63	33	31	18	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261082--261197	21	5.6	21	70	7	76	33	25	19	20	1.97
261226--261437	41	5.2	41	88	1	311	37	23	18	19	1.94
261226--261435	61	3.4	61	79	7	237	38	23	18	20	1.94
261226--261458	20	11.6	20	76	7	213	36	24	19	19	1.95
261203--261461	20	12.9	18	75	10	151	36	24	18	20	1.95
261509--261553	21	2.1	21	87	0	63	17	26	17	37	1.93
261567--261696	20	6.5	20	90	1	190	40	20	17	22	1.92
261551--261696	40	3.7	40	87	1	186	39	20	17	22	1.93
262096--262132	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
263514--263593	42	1.9	42	82	5	99	21	17	40	21	1.92

Tables:   1   2