genome.fa.s5680.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005680.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013285_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1821426

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720--791	3	24.0	3	78	0	72	25	34	5	34	1.79
739--803	30	2.2	30	88	0	94	21	35	9	33	1.85
2240--3775	194	7.9	197	93	6	2556	30	15	17	36	1.91
3889--3933	19	2.4	19	88	0	63	60	8	2	28	1.39
5696--5761	32	2.1	32	91	0	105	22	50	0	27	1.50
5794--5858	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
8055--8101	20	2.4	19	86	6	76	19	17	10	53	1.72
8344--8611	146	1.8	150	93	3	472	35	6	7	51	1.56
10622--10679	31	1.9	31	82	10	75	24	12	12	51	1.72
13842--13930	39	2.3	39	86	7	119	28	23	17	30	1.97
33844--33872	15	1.9	15	100	0	58	13	27	34	24	1.93
34294--34333	3	13.3	3	94	0	71	65	0	2	32	1.06
51564--52039	243	2.0	240	97	2	893	33	18	18	28	1.95
59858--59897	2	20.0	2	94	0	71	52	0	0	47	1.00
60635--60756	53	2.3	54	89	1	183	22	23	31	22	1.99
61384--61427	17	2.6	17	89	7	63	59	27	0	13	1.35
67167--67206	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
69147--69272	54	2.3	54	84	2	155	21	22	30	25	1.98
69567--69619	12	4.5	12	80	4	54	26	49	13	11	1.75
71675--71711	18	2.1	18	94	0	65	24	2	21	51	1.61
72763--72845	28	3.1	28	77	14	70	61	1	3	33	1.21
74228--74304	29	2.7	29	97	0	145	14	35	27	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75870--75904	17	2.1	17	94	0	61	25	34	22	17	1.96
76898--76972	34	2.3	33	78	19	77	52	6	0	41	1.28
80342--80396	28	1.9	29	85	3	76	30	1	23	43	1.64
83389--83438	19	2.6	19	100	0	100	22	36	16	26	1.94
87360--87409	21	2.4	21	96	0	91	38	4	48	10	1.56
88903--88970	29	2.3	29	97	0	127	44	2	5	47	1.42
90254--90352	21	4.8	20	75	6	81	37	23	18	21	1.94
90319--90473	40	3.8	40	82	4	186	37	26	18	18	1.93
90319--90472	20	7.7	20	80	7	168	37	26	18	18	1.93
90856--90926	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
91004--91121	40	3.3	36	86	11	154	44	19	25	11	1.83
91006--91110	19	5.6	19	72	17	94	44	19	24	11	1.83
91065--91121	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
91018--91137	33	3.4	33	88	8	150	45	20	23	10	1.81
91133--91230	19	5.7	19	67	22	81	11	21	21	45	1.82
91155--91244	14	5.7	14	68	23	54	10	22	22	45	1.81
91138--91252	33	3.5	33	96	0	212	10	21	20	47	1.79
92944--93412	93	5.1	93	98	0	904	22	12	18	46	1.83
93460--93588	19	7.3	19	73	17	116	45	27	17	9	1.78
93501--93588	33	2.7	33	92	3	142	45	28	19	6	1.76
93460--93588	52	2.5	52	73	14	131	45	27	17	9	1.78
93584--93718	19	7.6	19	76	16	137	11	19	22	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93606--93662	14	3.7	14	79	20	69	10	21	21	47	1.80
93589--93681	33	2.8	33	96	0	177	10	20	20	48	1.79
94997--95032	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
95139--95236	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
95139--95256	52	2.2	53	95	3	211	43	17	24	14	1.87
95245--95486	19	13.7	19	78	17	281	14	21	17	45	1.84
95245--95500	52	4.9	52	89	8	387	14	21	17	45	1.84
95249--95486	71	3.4	69	81	11	263	15	21	17	46	1.84
95251--95500	33	7.2	33	75	16	247	14	21	18	46	1.83
97927--97973	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
98656--98905	20	12.5	20	88	0	286	20	17	25	36	1.94
98921--99003	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
106625--106657	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
117292--117327	16	2.2	16	100	0	72	13	19	30	36	1.91
123959--124073	60	1.9	60	82	3	142	33	26	3	36	1.73
124190--124349	60	2.7	60	82	3	189	38	5	23	31	1.78
124243--124341	29	3.3	29	68	10	74	39	3	23	34	1.70
124558--124656	29	3.3	29	67	20	78	39	4	24	32	1.74
124554--124686	60	2.2	60	90	4	207	39	4	22	33	1.74
124581--124664	29	2.8	29	72	15	82	40	5	19	34	1.76
124086--124717	315	2.0	315	95	0	1131	39	8	18	34	1.80
126529--126620	37	2.4	38	78	10	98	44	0	1	54	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128312--128400	29	3.1	29	83	3	117	14	31	33	20	1.93
128452--128497	22	2.1	22	100	0	92	13	36	28	21	1.91
128501--128562	31	2.0	31	90	0	97	24	35	14	25	1.93
144315--144342	13	2.2	13	100	0	56	50	21	21	7	1.72
144888--145117	113	2.0	113	100	0	460	39	22	13	25	1.90
155835--155932	29	3.3	30	66	12	76	37	7	1	54	1.35
155850--156021	60	2.9	59	79	6	177	33	13	2	51	1.54
156536--156595	21	2.8	21	89	2	84	25	16	23	35	1.95
157202--157241	5	7.4	5	97	2	53	0	20	52	27	1.46
157333--157492	21	7.4	21	83	10	207	39	20	20	20	1.93
157333--157499	44	3.8	44	94	1	275	38	20	19	20	1.93
157442--157517	21	3.6	21	77	13	84	35	26	19	18	1.95
170758--170811	15	3.4	15	80	14	56	50	12	0	37	1.41
175170--175203	16	2.1	16	100	0	68	32	17	0	50	1.47
176749--176786	20	1.9	20	94	0	67	65	13	0	21	1.26
177654--177678	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
179192--179235	6	7.3	6	100	0	88	36	47	0	15	1.46
180927--180970	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
181089--181132	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
181136--181163	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
182371--182396	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
185713--185758	3	15.3	3	86	0	65	63	2	4	30	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186719--186778	29	2.2	27	85	8	77	36	18	5	40	1.72
186896--186936	16	2.5	16	88	11	57	68	2	0	29	1.03
188269--188388	36	3.3	36	80	2	116	19	9	36	35	1.83
189609--189670	28	2.2	28	85	5	90	11	40	6	41	1.66
193816--193917	46	2.2	47	87	1	152	41	19	12	26	1.87
203507--203599	36	2.6	36	87	0	132	15	13	35	35	1.87
203735--203803	30	2.3	30	84	0	93	24	7	46	21	1.77
208753--208880	36	3.6	36	80	10	138	12	10	37	39	1.77
208894--208980	36	2.4	36	84	3	104	16	10	33	40	1.82
209081--209199	30	4.0	29	85	6	157	14	10	56	19	1.66
209139--209214	30	2.9	24	68	20	62	14	7	56	21	1.63
209081--209199	60	2.0	60	90	3	186	14	10	56	19	1.66
210968--211029	30	2.0	31	84	3	81	54	4	6	33	1.47
219364--219611	130	1.9	130	91	1	408	36	14	12	36	1.84
219378--219642	130	2.0	129	80	5	293	39	12	13	34	1.82
220073--220109	15	2.4	16	86	13	51	59	5	2	32	1.34
220243--220328	35	2.5	35	84	0	100	37	2	20	39	1.66
222407--222452	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
224232--224260	14	2.0	15	93	6	51	13	6	17	62	1.52
228244--228294	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
228244--228482	20	11.6	20	77	9	92	40	20	22	16	1.91
228263--228357	40	2.4	41	82	10	124	48	20	18	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228368--228425	24	2.5	24	85	2	73	37	17	24	20	1.93
228473--228512	20	2.0	20	90	0	62	52	17	17	12	1.74
228590--228694	6	17.5	6	100	0	210	33	50	16	0	1.45
229507--229657	20	7.4	20	87	4	176	21	25	17	35	1.95
229485--229782	20	14.6	20	76	7	116	18	21	19	40	1.92
229732--229782	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
236870--236941	4	18.0	4	88	0	63	0	62	0	37	0.95
236871--236939	12	5.9	12	84	6	79	0	63	0	36	0.94
239291--239324	16	2.0	18	88	11	54	35	2	0	61	1.11
244075--244212	60	2.3	59	82	7	161	35	18	16	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6