genome.fa.s5680.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005680.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013285_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1821426

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775278--775303	6	4.3	6	100	0	52	34	34	15	15	1.89
780996--781132	39	3.5	39	87	2	177	21	31	24	23	1.98
780996--781148	39	3.9	39	85	1	146	21	31	22	24	1.98
785179--785826	223	2.9	222	90	0	1010	33	18	14	33	1.91
785903--785937	17	2.1	17	94	0	61	37	34	5	22	1.78
786060--786108	19	2.6	19	81	15	57	42	0	0	57	0.99
801925--802003	39	2.0	39	97	0	149	39	15	16	29	1.89
806495--807328	165	5.0	165	86	2	996	24	21	24	29	1.99
806495--807328	85	10.0	81	82	5	875	24	21	24	29	1.99
814895--815252	175	2.0	175	90	1	565	35	15	14	33	1.89
823698--823741	22	2.0	22	81	0	52	38	6	6	47	1.57
824104--824220	41	2.9	41	77	11	123	31	23	16	28	1.96
824185--824266	20	4.2	20	67	14	64	40	21	15	21	1.91
824394--824444	22	2.3	22	89	0	84	23	43	11	21	1.85
826418--826458	21	2.0	21	90	0	64	12	14	36	36	1.84
826870--826950	21	3.9	21	76	9	67	27	32	17	23	1.97
826895--826986	42	2.2	42	82	0	103	22	34	20	21	1.96
827756--827793	20	1.9	20	100	0	76	42	26	18	13	1.87
828030--828116	39	2.2	39	91	0	138	16	13	20	49	1.79
828494--828543	25	2.0	25	92	0	82	46	20	8	26	1.78
830454--831409	475	2.0	475	99	0	1876	29	21	12	36	1.91
831670--831716	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831674--831725	24	2.2	24	85	0	68	36	19	19	25	1.95
832606--832670	19	3.4	18	83	8	76	32	12	23	32	1.91
832606--832734	20	6.6	20	80	9	124	25	14	23	36	1.93
832725--832771	21	2.2	21	88	0	76	36	14	25	23	1.93
834967--835002	17	2.0	19	89	10	58	55	5	0	38	1.23
838321--838372	23	2.3	23	90	6	79	17	9	30	42	1.81
838754--838799	21	2.2	21	92	0	74	34	21	28	15	1.94
838779--838894	31	3.7	32	71	16	89	35	16	22	25	1.95
841411--841463	4	13.2	4	77	0	52	43	1	26	28	1.65
842496--842547	23	2.3	23	82	0	68	55	0	3	40	1.18
845389--845694	153	2.0	153	100	0	612	26	28	18	26	1.98
845719--845797	35	2.3	35	80	4	97	37	15	31	15	1.88
845847--846052	113	1.8	113	94	4	371	52	3	1	41	1.29
846274--846349	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
846745--846992	130	1.9	130	92	0	415	35	15	13	35	1.86
846759--847023	130	2.0	129	81	4	300	39	13	13	33	1.84
847318--847380	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
847460--847493	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
847493--847551	28	2.1	28	81	6	66	45	6	1	45	1.40
849475--849537	30	2.1	31	82	11	78	60	4	4	30	1.38
851055--851096	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
851100--851200	2	50.5	2	100	0	202	50	0	49	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851785--851918	60	2.2	60	77	13	136	45	3	14	35	1.63
852817--852881	31	2.1	31	88	0	94	55	4	9	30	1.52
853070--853159	29	3.1	29	87	4	128	45	13	4	36	1.63
854485--855058	288	2.0	287	99	0	1139	23	8	23	44	1.80
860339--860388	15	3.3	15	78	10	57	38	0	2	60	1.09
873590--873644	26	2.1	26	96	0	101	49	3	36	10	1.56
877550--877597	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
885526--885873	174	2.0	174	100	0	696	27	23	19	29	1.98
915215--915244	13	2.3	13	100	0	60	33	43	0	23	1.54
917955--917986	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
919259--919306	4	12.0	4	100	0	96	25	0	25	50	1.50
925306--925618	158	2.0	155	97	2	592	29	11	20	38	1.88
926601--926654	3	18.3	3	84	3	74	33	1	1	62	1.16
928173--928197	12	2.1	12	100	0	50	24	24	24	28	2.00
928128--928241	57	2.0	57	84	6	151	35	20	15	28	1.93
928788--928821	15	2.3	15	89	0	50	14	17	32	35	1.91
934925--935030	45	2.3	46	82	6	128	36	19	15	28	1.92
935576--935609	15	2.3	15	89	0	50	17	17	32	32	1.94
936460--936525	22	3.0	22	95	0	114	21	21	42	15	1.89
937054--937085	16	2.0	16	100	0	64	25	6	6	62	1.42
937112--937138	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
939426--939487	31	2.1	30	87	6	90	69	1	12	16	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939521--939577	18	3.2	18	80	7	71	66	1	8	22	1.29
940324--940367	21	2.0	21	83	12	54	6	13	27	52	1.66
940706--940730	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
940843--940898	27	2.2	25	83	6	67	51	10	1	35	1.47
940860--941027	37	4.8	36	77	15	156	43	6	4	45	1.49
940785--941027	37	7.0	34	71	19	150	44	6	4	45	1.48
940860--941027	70	2.4	69	76	13	164	43	6	4	45	1.49
940860--941039	35	5.0	36	77	17	144	42	7	4	45	1.51
941525--943114	84	19.1	84	82	5	1743	23	21	26	29	1.99
941527--943097	417	3.8	416	90	2	2140	23	21	26	29	1.99
941519--943103	333	4.8	332	85	4	1885	23	21	26	29	1.99
947945--948006	31	2.1	30	87	6	90	69	1	12	16	1.27
948857--948900	21	2.0	21	83	12	54	6	13	27	52	1.66
949243--949274	12	2.7	12	95	0	55	75	0	0	25	0.81
949300--949654	38	9.2	38	75	12	226	43	7	3	45	1.49
950012--950065	23	2.3	23	74	0	63	44	3	1	50	1.30
951307--951385	39	2.0	40	90	7	126	27	15	25	31	1.95
954249--954282	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
954636--954669	11	3.2	10	88	12	50	55	20	11	11	1.67
954653--954732	23	3.4	23	76	10	81	43	20	15	21	1.87
954682--954743	24	2.4	27	79	15	69	48	17	11	22	1.79
957120--957182	25	2.5	25	79	5	65	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
957108--957192	34	2.5	34	94	0	143	57	0	0	42	0.98
959322--959351	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
960348--960379	15	2.1	15	94	0	55	40	0	50	9	1.35
960356--960403	21	2.3	21	81	0	60	39	0	54	6	1.26
961895--961941	22	2.1	22	96	0	85	19	14	17	48	1.81
968122--968311	99	1.9	97	94	2	335	29	12	29	28	1.93
972645--973100	240	1.9	240	88	2	684	30	23	15	30	1.95
979874--979921	22	2.1	23	84	3	62	47	2	0	50	1.12
981544--981619	35	2.2	35	90	4	118	39	22	1	36	1.63
982016--982263	130	1.9	130	92	0	415	36	14	12	35	1.85
982030--982294	130	2.0	129	81	4	300	40	13	12	33	1.83
982607--982669	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
982749--982782	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
988441--988576	37	3.7	37	78	15	106	44	2	6	46	1.44
988441--988779	38	8.8	37	73	18	207	44	4	6	44	1.49
988505--988761	121	2.1	122	92	6	448	45	4	6	43	1.50
988640--988829	38	5.1	37	75	16	142	44	4	6	45	1.48
988715--988819	41	2.6	39	80	7	122	46	3	2	46	1.35
988648--988829	74	2.4	74	80	9	208	44	4	6	45	1.48
990097--990147	18	2.7	19	85	11	61	31	1	0	66	1.03
990185--990210	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
991936--991982	19	2.4	20	85	7	69	12	12	6	68	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
995010--995794	161	4.8	162	83	6	984	29	24	21	24	1.99
995046--995791	84	9.2	82	76	8	663	29	24	20	24	1.99
995027--995791	243	3.1	236	77	9	697	29	24	21	24	1.99
995046--995794	327	2.3	322	86	4	999	29	24	20	24	1.99
996382--996509	38	3.5	36	78	17	120	39	1	7	50	1.41
996381--996542	37	4.4	35	83	9	139	41	1	7	48	1.42
996381--996608	75	3.1	72	78	10	185	42	3	7	46	1.48
996445--996795	36	9.0	36	71	17	159	44	3	6	45	1.47
996560--996659	26	3.7	27	72	16	82	47	4	5	44	1.43
996479--996734	126	2.0	125	97	2	494	45	4	6	43	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6