genome.fa.s5704.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005704.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013339_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  232903

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4502--4541	21	1.9	21	84	0	53	47	10	0	42	1.37
7112--7157	25	1.9	25	86	8	69	58	6	6	28	1.48
24495--24543	20	2.5	19	83	9	55	4	10	14	71	1.27
30046--30113	34	2.0	34	94	5	120	35	11	8	44	1.72
39623--39655	16	2.0	17	94	5	59	36	6	21	36	1.78
49331--49366	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
49364--49425	3	20.3	3	82	9	72	61	0	1	37	1.06
50353--50406	22	2.5	22	100	0	108	50	3	0	46	1.19
50680--50704	12	2.1	12	100	0	50	32	0	8	60	1.26
54287--54316	15	2.0	15	100	0	60	33	20	26	20	1.97
60416--60513	34	2.9	32	81	6	88	35	0	4	60	1.16
60428--60513	18	5.1	18	70	22	53	38	0	2	59	1.10
60464--60500	17	2.1	19	85	10	51	40	0	2	56	1.13
62233--62280	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
62288--62377	21	4.3	21	91	5	137	18	32	27	21	1.97
62900--62996	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
62898--63003	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36
63396--63896	128	3.9	128	96	0	930	32	19	24	22	1.98
63967--64007	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
67010--67050	21	1.9	21	85	14	57	43	0	2	53	1.13
72638--72697	29	2.1	29	90	3	95	36	13	11	38	1.81
80334--80410	3	26.0	3	92	2	129	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80741--81176	113	3.9	113	97	0	791	30	18	12	38	1.88
81914--82306	83	4.7	83	96	1	718	36	22	13	26	1.92
83454--83507	5	11.0	5	74	18	51	0	18	0	81	0.69
83444--83506	17	3.8	16	81	8	72	0	15	0	84	0.63
83443--83507	22	3.0	21	83	16	89	0	18	0	81	0.69
83443--83507	13	4.7	13	83	16	78	0	18	0	81	0.69
83443--83506	29	2.2	29	88	8	94	0	17	0	82	0.66
95813--95889	3	26.0	3	88	7	113	67	0	1	31	0.99
95803--95885	15	5.4	15	77	16	73	65	0	1	33	1.01
96154--96235	3	28.0	3	86	9	116	67	0	1	31	0.99
101487--101513	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
101903--101939	2	19.5	2	83	10	51	54	0	0	45	1.00
101999--102027	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
103522--103553	7	4.6	7	100	0	64	15	68	0	15	1.21
105022--105066	18	2.5	18	82	10	56	37	2	2	57	1.23
107976--108037	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
108803--108881	29	2.6	30	75	13	72	55	5	10	29	1.54
116000--116032	15	2.3	15	89	5	50	39	6	0	54	1.25
122684--122710	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
122749--122779	14	2.2	14	94	0	53	32	0	16	51	1.44
122716--122846	64	2.0	68	91	7	216	23	0	19	55	1.48
122835--122871	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122937--123018	36	2.2	36	91	6	130	45	14	7	32	1.73
124032--124070	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
124335--124425	11	8.9	10	71	20	64	42	0	3	53	1.17
124323--124415	31	3.0	31	78	6	98	41	0	3	54	1.16
128472--128545	38	1.9	39	86	8	107	43	4	14	37	1.65
133898--134063	90	1.8	90	90	0	269	24	22	18	34	1.96
134053--134103	21	2.4	21	96	0	93	21	17	17	43	1.88
134719--134748	6	5.0	6	91	0	51	0	16	46	36	1.47
134777--134909	21	6.3	21	74	13	112	41	21	18	19	1.91
134762--134888	42	3.0	42	91	0	191	38	23	18	18	1.93
134777--134909	42	3.2	41	87	4	133	41	21	18	19	1.91
135264--135378	20	5.7	19	72	12	61	38	22	19	20	1.94
135327--135519	20	9.6	20	81	5	219	35	25	19	19	1.95
135327--135520	60	3.2	60	82	0	244	35	25	19	19	1.95
135899--135969	33	2.2	33	92	0	115	12	22	16	47	1.80
136090--136144	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
136179--136265	14	5.5	14	73	24	75	9	25	22	42	1.83
136155--136271	14	7.1	18	65	27	71	10	24	21	43	1.83
136160--136273	33	3.5	33	93	1	203	9	24	21	44	1.82
137962--138339	92	4.1	93	97	1	717	22	12	18	46	1.82
138383--138511	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
138419--138511	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138383--138511	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
138507--138641	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
138529--138585	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
138512--138604	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
140527--140562	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
140669--140751	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
140780--141052	19	15.4	19	81	15	345	13	21	17	46	1.83
140758--141024	52	5.0	52	92	5	446	14	22	16	46	1.84
143309--143333	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
143508--143554	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
144218--144608	20	19.5	20	83	6	425	20	18	25	35	1.95
146413--146486	31	2.4	31	86	0	103	27	20	12	40	1.87
146908--146942	16	2.2	16	89	0	52	42	5	11	40	1.65
149911--149960	23	2.2	23	88	0	73	44	8	16	32	1.76
154395--154969	187	3.1	187	94	0	1010	29	18	12	39	1.87
159899--159945	23	2.0	23	91	0	76	23	27	12	36	1.91
163437--163514	31	2.5	31	87	6	104	37	5	10	47	1.60
163494--163528	17	2.1	17	89	10	54	31	11	5	51	1.61
165488--165532	19	2.5	19	80	16	51	57	2	0	40	1.11
166658--166693	3	12.3	3	88	5	56	66	2	0	30	1.06
166995--167363	20	18.5	20	84	4	449	34	26	18	20	1.96
168037--168083	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168258--168282	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
170587--170911	19	18.4	19	80	15	396	47	17	20	14	1.83
170587--170911	33	9.2	34	82	14	312	47	17	20	14	1.83
170615--170933	52	6.0	52	93	4	541	46	16	21	14	1.83
170654--170933	71	4.0	70	80	9	345	46	17	21	15	1.83
170940--171041	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
171148--171184	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
171179--171251	12	6.0	12	67	20	53	57	16	1	24	1.47
171165--171237	38	1.9	38	97	0	137	53	16	1	28	1.51
173109--173165	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
173090--173182	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
173053--173187	19	7.6	19	75	16	119	46	22	19	11	1.81
173183--173311	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
173183--173274	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
173355--173733	93	4.1	93	98	1	744	46	18	12	22	1.83
173355--173733	184	2.0	186	98	1	744	46	18	12	22	1.83
177611--177660	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
178162--178188	14	1.9	14	100	0	54	44	3	7	44	1.49
185129--185163	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
185164--185200	2	18.5	2	94	0	65	2	0	45	51	1.15
185190--185286	45	2.2	45	90	3	151	19	0	18	61	1.34
185264--185298	14	2.6	14	86	4	54	31	0	17	51	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185361--185442	36	2.2	36	91	6	130	45	14	7	32	1.73
186604--186635	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
187193--187231	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
187455--187545	11	8.9	10	71	20	64	42	0	3	53	1.17
187443--187535	31	3.0	31	78	6	98	41	0	3	54	1.16
191607--191680	38	1.9	39	88	2	114	43	5	14	36	1.69
197398--197563	90	1.8	90	93	0	287	24	22	19	33	1.97
197553--197603	21	2.4	21	96	0	93	21	17	17	43	1.88
198279--198411	21	6.3	21	75	13	121	39	21	18	20	1.92
198264--198390	42	3.0	42	92	0	200	37	23	19	19	1.95

Tables:   1   2