genome.fa.s5740.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005740.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013427_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  231194

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3435--4005	54	10.6	54	88	2	740	29	17	19	32	1.95
3435--3954	212	2.4	214	89	1	774	29	17	20	32	1.96
3437--4005	266	2.1	268	86	1	784	30	17	19	32	1.95
10658--10702	19	2.4	19	88	3	65	46	0	2	51	1.13
11674--11702	5	5.8	5	100	0	58	62	0	0	37	0.96
12568--12612	21	2.1	21	87	0	63	37	6	37	17	1.76
12991--13028	6	6.7	6	91	8	53	71	7	2	18	1.23
12990--13028	17	2.3	17	83	12	53	71	7	2	17	1.21
12987--13040	23	2.3	23	79	17	67	68	5	1	24	1.21
13505--13570	34	1.9	34	93	0	114	51	6	3	39	1.42
13601--13639	20	2.0	20	100	0	78	56	5	2	35	1.35
13570--13683	48	2.4	48	93	0	201	54	6	2	36	1.39
19964--20023	30	2.0	29	81	9	68	38	15	8	38	1.77
26456--26495	20	2.0	21	90	5	64	27	17	20	35	1.95
41442--41538	35	2.8	35	91	0	149	28	20	12	38	1.89
53979--54017	11	3.5	11	92	0	60	58	20	2	17	1.50
53971--54017	22	2.2	22	84	3	60	59	23	2	14	1.46
55887--55914	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
57828--57902	29	2.6	27	80	15	80	21	8	10	60	1.55
58562--58871	131	2.4	131	83	2	408	33	10	13	42	1.78
63049--63086	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
63054--63209	63	2.5	62	85	4	188	32	19	21	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63665--63968	149	2.0	149	99	0	599	27	15	21	35	1.94
63946--63991	23	2.0	23	91	0	74	21	23	26	28	1.99
70054--70091	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
70059--70217	63	2.5	63	87	2	212	32	19	22	26	1.97
70672--70975	149	2.0	149	96	0	554	27	15	20	36	1.93
70953--70998	23	2.0	23	91	0	74	21	23	26	28	1.99
71624--71718	15	6.1	16	76	10	72	78	2	14	4	0.99
71639--71786	7	20.7	7	68	15	81	76	0	19	3	0.97
71654--71762	29	3.8	28	70	20	73	76	0	20	3	0.94
71629--71706	32	2.4	33	84	2	95	78	2	14	5	1.03
71639--71794	46	3.3	46	76	11	120	76	0	19	3	0.97
71668--71795	16	8.4	15	73	17	88	75	0	21	2	0.91
71724--71795	30	2.4	28	82	15	83	73	0	23	2	0.96
71724--71789	29	2.4	28	82	17	84	72	0	24	3	0.98
71669--71795	8	16.6	8	70	19	76	75	0	22	2	0.91
74652--75295	322	2.0	322	97	0	1209	30	20	15	33	1.94
74974--79957	811	6.2	810	89	1	7446	35	17	16	30	1.92
83647--83687	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
83845--83902	13	4.5	13	85	6	75	34	22	17	25	1.96
86816--86855	18	2.2	18	100	0	80	65	10	15	10	1.48
88815--90583	803	2.2	805	87	2	2575	34	17	16	31	1.93
90620--92853	809	2.8	808	89	1	3364	35	16	16	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93088--101872	805	10.9	811	78	8	8666	34	18	16	30	1.93
98613--101872	808	4.1	808	86	4	4212	35	18	15	30	1.92
105890--107729	813	2.3	798	84	5	2373	36	16	16	30	1.91
106980--108456	736	2.0	738	85	3	2020	34	17	16	31	1.92
109104--114821	808	7.1	808	85	3	7587	35	17	16	30	1.91
116448--116493	24	1.9	24	95	0	83	36	13	13	36	1.83
117246--117320	23	3.3	23	88	0	105	41	21	13	24	1.88
129050--129104	25	2.2	25	87	3	76	9	14	18	58	1.62
135392--138053	802	3.3	801	88	3	3736	35	16	15	31	1.91
138054--139898	791	2.3	786	85	5	2387	35	16	16	32	1.91
139903--143715	811	4.8	808	86	3	5209	35	17	16	30	1.92
143713--145400	791	2.1	785	86	5	2374	36	17	16	30	1.92
146803--148293	517	2.9	517	90	1	2350	32	17	16	33	1.93
149428--150160	394	1.9	394	88	2	1114	31	16	17	34	1.92
149822--151738	798	2.4	799	86	3	2615	35	17	16	31	1.92
149822--156135	791	8.0	794	86	5	7473	35	17	16	30	1.92
155399--156880	745	2.0	736	88	2	2184	34	17	15	31	1.92
160616--166955	811	8.0	743	76	12	3670	35	16	16	30	1.92
161372--167226	811	7.3	806	85	3	7466	35	17	16	30	1.92
166852--167622	385	2.0	385	87	4	1101	31	18	16	32	1.94
169044--170818	799	2.2	800	84	5	2204	36	16	16	31	1.90
170134--171533	714	2.0	703	82	4	1729	36	18	15	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170828--176232	800	6.7	807	85	3	6996	35	17	16	30	1.92
181006--192905	808	14.8	810	85	3	15862	35	17	16	30	1.92
193010--200478	811	9.3	812	86	2	9889	35	16	16	31	1.92
201900--203614	853	2.0	857	98	0	3321	30	22	21	25	1.98
209715--209752	20	2.1	19	85	14	53	81	2	13	2	0.90
211626--214918	808	4.1	804	84	6	4282	35	17	15	30	1.92
214996--215150	17	9.1	17	74	10	102	38	9	15	36	1.79
215006--215048	18	2.5	17	85	11	52	37	11	11	39	1.78
215059--215130	32	2.2	34	85	5	94	40	8	18	33	1.80
215893--215922	14	2.1	14	93	0	51	50	6	10	33	1.62
216064--216088	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
217206--217365	17	9.4	17	83	6	189	36	7	18	38	1.79
217284--217391	33	3.2	33	82	7	119	38	6	19	35	1.78
218438--218489	27	1.9	27	92	0	86	55	7	15	21	1.64
221081--221124	17	2.6	17	85	0	52	29	20	9	40	1.83
221222--221300	17	4.6	17	88	0	122	41	3	18	35	1.69
221222--221300	34	2.3	34	97	0	149	41	3	18	35	1.69
222346--222395	20	2.5	20	80	9	57	36	24	14	26	1.93
227535--227564	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
228987--229138	65	2.4	65	79	9	177	55	14	1	28	1.47
230846--230892	19	2.4	19	82	10	51	72	4	2	21	1.12
230901--230946	11	4.3	11	83	2	58	78	6	2	13	1.04

Tables:   1

The End!