genome.fa.s5749.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005749.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013446_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  235396

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1687--1729	12	3.4	12	81	18	52	79	6	13	0	0.93
3318--3531	78	2.8	78	85	6	264	37	24	19	19	1.94
3452--4528	106	10.2	106	91	1	1671	34	24	18	23	1.96
5209--5308	37	2.7	37	85	0	119	43	13	14	30	1.82
5845--5873	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
5883--5921	17	2.2	19	86	9	55	23	10	2	64	1.37
6065--6096	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
6239--6296	20	2.8	21	71	10	57	20	6	3	68	1.27
16485--16549	27	2.3	27	81	5	76	47	4	3	44	1.39
20137--20170	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
22471--22525	23	2.3	24	81	12	69	41	7	0	50	1.30
22637--22668	15	2.1	15	94	0	55	78	6	0	15	0.95
28089--28542	123	3.7	120	87	4	601	25	19	14	39	1.90
28092--28542	243	1.8	245	85	5	644	25	19	14	39	1.90
29015--29060	22	2.1	23	88	8	69	54	0	10	34	1.36
44259--44356	14	6.8	14	72	18	67	74	0	15	10	1.07
44269--44349	8	10.0	8	89	7	112	75	0	13	11	1.05
44269--44349	17	4.9	17	86	10	116	75	0	13	11	1.05
45269--45960	105	6.6	105	93	0	1143	36	17	23	22	1.95
45724--45783	16	3.6	16	69	20	50	41	8	30	20	1.81
54535--54566	15	2.1	15	100	0	64	50	6	18	25	1.70
58230--58262	9	3.8	9	84	8	50	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60918--60994	37	2.1	37	100	0	154	33	25	7	32	1.85
61376--61470	15	6.5	15	83	7	115	35	7	20	36	1.80
61370--61470	30	3.5	29	82	9	143	37	6	20	34	1.80
61453--61502	20	2.5	20	100	0	100	40	10	16	34	1.81
61844--62000	30	5.5	28	71	20	89	51	0	0	47	1.05
61815--61979	56	3.0	54	80	11	135	51	1	0	46	1.13
61927--61994	23	3.0	23	79	12	70	52	0	0	47	1.00
61897--61970	26	3.0	24	74	16	71	48	0	0	51	1.00
62176--62295	42	2.9	42	94	0	213	45	19	19	15	1.85
70760--70793	17	1.9	18	88	5	52	23	41	23	11	1.87
70799--70838	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
70898--70980	22	3.9	21	72	7	69	21	37	25	15	1.93
70742--71020	140	2.0	139	95	4	501	25	31	24	18	1.98
72915--72948	17	2.0	17	88	0	50	14	0	32	52	1.42
82281--82381	31	3.3	31	80	2	116	46	8	1	42	1.46
83560--83591	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
84339--85018	336	2.0	343	97	2	1311	32	12	13	42	1.81
87722--87880	83	1.9	83	90	2	257	40	4	12	42	1.63
89070--89120	20	2.5	20	96	0	93	25	19	27	27	1.99
91525--91568	20	2.2	20	87	0	61	31	15	18	34	1.92
91533--91575	20	2.2	20	86	0	59	30	13	16	39	1.87
91747--91786	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95608--95638	13	2.4	13	100	0	62	45	6	12	35	1.68
101407--101438	14	2.3	14	100	0	64	6	15	28	50	1.68
101408--101458	24	2.1	24	85	0	66	11	11	21	54	1.68
102316--102360	23	2.0	23	90	0	72	31	24	20	24	1.98
102734--102766	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
103499--103537	20	1.9	20	84	5	51	43	2	15	38	1.60
103946--103995	19	2.6	19	100	0	100	36	28	16	20	1.93
109471--109508	20	1.9	20	88	0	58	26	34	26	13	1.93
110721--110784	25	2.6	25	100	0	128	32	0	34	32	1.58
112981--113038	21	3.0	19	83	11	82	27	8	10	53	1.64
114461--114577	31	3.8	30	75	4	99	28	18	17	35	1.93
115445--115533	29	3.0	29	85	1	115	28	15	22	33	1.95
119209--119442	117	2.0	117	99	0	459	32	11	26	28	1.92
123707--123747	8	4.8	8	88	8	55	0	4	9	85	0.73
124503--124532	11	2.6	11	94	5	51	63	0	0	36	0.95
127044--127085	22	1.9	22	85	9	59	69	2	2	26	1.13
127476--127506	16	1.9	16	93	0	53	19	12	19	48	1.81
128323--128365	17	2.5	17	100	0	86	39	4	0	55	1.20
128700--128741	21	2.0	21	100	0	84	52	4	4	38	1.44
128749--128803	29	1.9	28	85	3	74	43	5	3	47	1.44
133117--133203	35	2.5	34	80	12	97	56	8	8	27	1.56
133198--133222	13	1.9	13	100	0	50	72	8	0	20	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133194--133287	36	2.7	34	80	6	125	61	12	2	23	1.42
133301--133334	14	2.4	14	95	0	59	70	8	0	20	1.13
135067--135125	30	1.9	30	82	6	73	27	25	27	20	1.99
144397--144466	16	4.4	16	73	21	58	70	1	1	27	1.05
144409--144466	16	3.7	15	82	15	64	70	1	1	25	1.06
157662--157799	70	2.0	70	95	0	249	21	18	18	41	1.91
160088--160143	28	2.0	28	92	0	94	35	10	17	35	1.85
165573--165605	14	2.4	14	90	10	50	21	0	3	75	0.93
165676--165729	23	2.4	21	79	11	54	31	3	1	62	1.23
167829--168038	65	3.2	64	80	8	212	26	18	23	30	1.98
168692--168762	31	2.3	31	82	4	90	28	16	15	39	1.89
171155--171231	37	2.1	37	97	0	145	42	10	11	35	1.76
171793--172040	130	1.9	130	91	0	406	37	12	14	35	1.84
179230--179306	31	2.4	32	80	2	93	48	12	9	29	1.73
180707--180757	20	2.5	20	90	0	75	39	17	21	21	1.93
180747--180875	20	6.4	20	88	5	170	27	28	19	24	1.98
180724--180839	61	1.9	61	83	3	153	34	25	18	21	1.96
180743--180859	41	2.9	42	88	3	159	31	27	18	22	1.97
180747--180893	60	2.4	60	82	3	170	29	27	19	23	1.98
180808--180893	40	2.2	40	89	0	127	26	27	19	25	1.99
181096--181170	20	3.8	20	92	3	125	38	24	22	14	1.92
181170--181277	52	2.1	53	80	1	119	23	20	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181208--181252	19	2.4	19	84	0	54	20	20	20	40	1.92
181225--181352	33	3.8	33	82	2	139	15	17	21	45	1.85
181279--181336	14	3.8	14	73	20	53	12	13	24	50	1.76
181337--181380	20	2.2	20	92	4	72	20	25	18	36	1.95
181926--181973	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
183289--183347	20	3.0	20	87	0	73	44	22	18	15	1.87
183826--183939	40	2.8	41	87	1	149	22	17	26	33	1.96
183806--183943	41	3.4	41	82	2	179	22	16	24	36	1.94
183826--183939	20	5.7	20	80	6	122	22	17	26	33	1.96
183833--183998	41	4.0	41	83	7	135	22	18	22	36	1.95
183934--183998	21	3.1	21	90	0	112	21	20	15	43	1.88
192181--192249	31	2.2	31	84	0	93	27	10	13	49	1.73
197267--197364	19	5.7	18	68	24	77	43	19	24	12	1.85
197267--197360	33	2.8	33	93	3	154	43	19	24	12	1.85
197360--197405	19	2.4	19	92	0	74	15	15	23	45	1.84
197542--197578	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
198968--199047	42	1.9	42	84	0	106	22	17	38	21	1.93
199269--199453	91	2.0	90	89	6	282	47	17	12	22	1.82
201145--201182	20	1.9	20	88	0	58	42	21	23	13	1.88
201174--201234	14	4.0	14	73	19	50	45	22	21	9	1.81
201153--201242	33	2.7	33	89	1	135	44	22	21	12	1.85
201247--201339	33	2.8	32	88	4	123	10	20	24	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201277--201345	20	3.8	19	68	26	60	11	21	21	44	1.84
201864--201975	20	5.6	20	79	4	64	21	20	18	39	1.93
201882--201975	41	2.3	40	83	1	116	20	21	17	41	1.90
201943--202121	41	4.4	42	69	12	113	32	17	21	27	1.96
201972--202027	20	2.7	21	80	5	69	42	16	21	19	1.89
201965--202119	21	7.5	21	71	7	77	34	18	21	25	1.96
201965--202141	82	2.2	82	80	8	200	33	18	22	26	1.96
205792--205865	29	2.6	29	93	0	121	25	8	20	45	1.78
206566--206638	24	3.0	24	81	0	92	24	15	20	39	1.91
206655--206691	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2