genome.fa.s5842.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005842.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013706_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  197362

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 128 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2734--2830	29	3.4	29	81	1	106	44	8	17	29	1.78
2834--2905	26	2.7	26	81	16	85	51	5	2	40	1.40
9621--9688	20	3.4	20	73	13	68	75	0	14	10	1.06
9628--9691	14	4.7	14	81	11	71	73	0	15	10	1.09
9636--9686	7	7.6	7	93	6	88	72	0	13	13	1.12
9627--9686	21	2.9	21	90	7	88	73	0	15	11	1.10
9618--9702	7	12.0	7	82	13	50	76	0	15	8	1.01
11250--11374	64	1.9	64	88	4	189	29	16	12	41	1.85
11477--11650	74	2.3	74	76	12	176	29	19	11	39	1.87
11621--11693	36	2.0	36	86	0	101	24	28	15	31	1.95
11668--11708	15	2.7	15	88	0	64	19	29	19	31	1.96
11632--11733	51	2.0	51	94	3	179	23	26	16	33	1.96
11633--11749	51	2.3	51	89	2	173	23	27	15	33	1.95
12606--13331	138	5.2	138	90	1	1096	37	17	20	24	1.94
12606--13330	277	2.6	276	90	0	1119	37	17	20	24	1.94
13208--13429	98	2.2	100	89	4	351	36	18	19	26	1.94
13411--13446	17	2.1	17	100	0	72	50	5	22	22	1.70
14388--14420	16	2.2	15	89	10	50	12	18	0	69	1.18
17370--17698	153	2.2	153	92	0	532	24	23	21	30	1.99
17370--17736	153	2.4	153	87	1	468	25	22	22	29	1.99
27522--27593	17	4.2	17	76	5	65	37	13	8	40	1.75
27522--27593	34	2.1	35	84	7	94	37	13	8	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28379--28477	49	2.0	49	100	0	198	42	10	16	31	1.81
29467--29657	75	2.6	73	80	8	221	52	5	4	37	1.45
29856--29923	14	4.9	14	76	15	61	63	0	1	35	1.04
31474--31503	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
33432--34011	153	3.8	153	90	2	907	27	21	19	30	1.98
37166--37480	2	159.5	2	68	18	162	46	3	4	45	1.40
37300--37324	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
37187--37402	11	19.5	11	67	17	65	47	4	4	43	1.43
37535--37680	22	7.0	21	76	14	92	52	2	6	39	1.38
37532--37715	19	9.4	19	71	15	99	52	2	5	39	1.38
37642--37721	17	5.1	16	73	22	71	55	1	6	37	1.33
37557--37688	59	2.2	60	82	9	164	53	1	6	37	1.37
37675--37728	23	2.2	24	87	6	74	55	3	3	37	1.35
37639--37719	8	10.2	8	75	11	69	55	1	6	37	1.33
37739--37801	8	7.9	8	87	0	81	39	25	9	25	1.86
37738--37801	16	4.0	16	91	0	92	40	25	9	25	1.85
37747--37801	12	4.6	12	90	0	83	40	25	9	25	1.85
37823--38039	7	30.0	7	70	23	91	52	2	5	40	1.38
37822--38077	25	9.4	27	67	19	72	49	2	5	42	1.37
38055--38113	25	2.3	25	85	2	73	49	5	1	44	1.34
37822--38094	2	137.5	2	67	19	128	49	2	4	42	1.37
38024--38139	45	2.5	46	78	8	119	44	6	3	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38157--38198	22	1.9	22	90	0	66	47	2	4	45	1.36
40670--40707	14	2.6	15	87	4	51	23	21	31	23	1.98
41464--41925	2	241.0	2	70	21	260	51	1	3	42	1.30
41442--41526	26	3.2	26	78	8	100	55	4	4	35	1.42
41451--41491	20	2.1	19	86	4	55	56	4	4	34	1.42
41319--41786	89	5.5	84	72	16	290	53	2	5	38	1.38
41414--41926	35	15.0	34	71	19	154	51	1	4	41	1.33
41589--41689	7	14.7	7	72	12	50	57	2	7	31	1.43
46760--46806	20	2.3	20	92	0	76	51	19	6	23	1.70
47859--47911	20	2.6	21	70	11	56	75	3	5	15	1.13
52199--52748	244	2.3	243	80	3	606	36	19	15	29	1.92
53268--53320	23	2.2	24	80	3	63	26	7	0	66	1.18
53444--53485	15	2.9	15	89	3	59	35	2	2	59	1.23
64685--64719	16	2.1	17	89	5	54	68	0	20	11	1.20
66598--66632	16	2.2	16	100	0	70	34	25	14	25	1.94
70123--70749	54	11.7	54	82	6	631	35	15	17	31	1.91
77435--77475	7	5.9	7	86	11	57	0	2	9	87	0.62
77436--77469	10	3.3	10	84	8	50	0	2	5	91	0.51
81342--81377	18	2.0	18	94	0	63	19	11	25	44	1.83
86982--87024	17	2.6	16	78	10	50	25	9	4	60	1.47
96005--96033	12	2.3	13	94	5	51	55	6	13	24	1.63
97554--97646	41	2.2	47	76	23	107	64	1	5	29	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99940--99999	3	20.0	3	79	6	68	63	1	0	35	1.05
105203--105327	65	2.0	63	81	6	146	34	5	11	48	1.62
105306--105349	16	2.7	16	85	3	61	31	4	9	54	1.52
106026--106069	21	2.1	21	86	0	61	22	2	34	40	1.67
106684--106718	15	2.3	15	100	0	70	31	0	40	28	1.57
108606--109060	54	8.4	54	86	0	597	36	18	13	31	1.89
108612--109041	108	4.0	108	91	0	671	36	17	13	32	1.89
113502--113549	20	2.5	19	86	6	62	27	12	29	31	1.93
113591--113652	22	2.8	22	92	0	97	38	16	17	27	1.91
114062--114366	60	5.1	60	83	3	346	35	11	22	30	1.90
117849--118191	54	6.3	54	86	2	474	36	17	13	32	1.89
117812--118191	108	3.5	108	88	3	523	36	17	13	32	1.89
120308--120344	18	2.0	19	94	5	67	43	0	21	35	1.53
121000--121055	27	2.1	27	93	0	94	21	12	21	44	1.85
123992--124040	14	3.5	14	84	15	66	32	18	24	24	1.97
131685--131846	40	4.1	40	91	1	254	24	15	25	34	1.95
131923--132016	44	2.1	44	90	3	145	36	7	24	31	1.83
135471--135515	23	1.9	24	82	13	58	42	11	20	26	1.85
139114--139275	40	4.1	40	95	0	279	22	16	25	35	1.95
139352--139455	44	2.3	44	85	6	129	35	5	24	34	1.79
139923--139959	19	1.9	19	88	0	56	24	40	21	13	1.89
141145--141222	22	3.6	22	75	13	81	41	14	17	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141146--141239	42	2.2	42	82	0	116	39	13	20	26	1.90
141642--141851	46	4.6	46	90	2	325	44	10	23	21	1.83
141700--141825	20	5.7	20	71	20	99	42	11	25	20	1.85
141677--141877	26	8.5	25	71	19	153	44	10	22	21	1.83
141722--141937	118	1.8	117	81	5	265	46	10	20	22	1.80
142899--142935	16	2.3	16	95	0	65	27	10	37	24	1.88
142899--142941	16	2.7	16	88	0	50	27	13	37	20	1.91
148503--148670	12	14.5	12	65	24	85	43	9	25	21	1.83
148525--148654	26	5.5	25	69	23	84	44	9	24	21	1.81
148491--148838	46	7.3	46	83	8	392	44	9	24	21	1.81
148549--148762	104	2.1	104	91	3	351	44	8	25	21	1.80
148653--148808	20	6.7	25	68	20	90	44	8	25	21	1.80
148503--148808	150	2.0	150	91	1	488	44	8	25	21	1.81
151347--151385	19	2.1	19	100	0	78	46	5	25	23	1.73
156549--156619	36	1.9	37	91	2	117	25	16	11	46	1.80
156544--156632	37	2.4	38	84	5	128	29	14	15	40	1.87
156601--156904	45	6.8	45	74	4	220	23	16	18	41	1.89
156656--156899	135	1.8	134	81	1	301	23	15	20	40	1.90
157492--158041	134	4.1	134	85	2	730	30	17	19	32	1.95
158237--158266	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
158378--158408	15	2.0	16	93	6	55	29	25	19	25	1.99
167702--167767	14	4.7	14	71	0	51	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178304--178807	54	9.4	54	74	10	358	34	20	13	31	1.92
178345--178807	158	2.9	162	80	10	445	34	19	13	32	1.91
179382--179427	23	2.0	24	86	4	67	4	21	4	69	1.24
179382--179483	39	2.5	40	75	16	95	4	21	1	71	1.15
179423--179490	9	7.4	9	73	17	52	4	22	0	73	1.01
179417--179489	16	4.5	15	77	17	65	4	20	0	75	0.97
179424--179503	20	4.2	20	71	18	64	5	22	0	72	1.04
179417--179506	35	2.5	36	80	10	103	5	22	0	72	1.05
179417--179489	5	14.4	5	75	15	53	4	20	0	75	0.97
179388--179503	55	2.1	58	81	14	136	4	22	1	71	1.13

Tables:   1   2