genome.fa.s5860.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005860.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013773_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  375081

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5116--5158	22	2.0	22	86	13	63	72	4	4	18	1.20
7331--7410	38	2.1	38	88	0	115	36	10	22	31	1.87
11476--11504	7	4.1	7	100	0	58	27	0	27	44	1.54
11858--11909	21	2.4	21	80	3	68	26	25	21	26	1.99
12455--12496	22	1.9	22	90	0	66	26	21	30	21	1.98
12829--12856	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14569--14615	18	2.5	19	86	6	69	23	34	17	25	1.96
15098--15122	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
17634--17699	25	2.5	26	83	11	82	42	3	0	54	1.15
17620--17698	24	3.1	26	82	12	94	43	3	0	53	1.19
18595--18629	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
20481--20540	13	4.8	13	76	15	72	26	0	1	71	0.95
20481--20545	21	3.3	20	73	20	66	26	0	1	72	0.94
20483--20545	29	2.2	29	83	11	76	25	0	1	73	0.93
20485--20527	16	2.7	16	88	0	59	25	0	2	72	0.97
21815--21900	45	1.9	45	97	0	163	40	17	13	27	1.88
23305--23345	21	2.0	21	90	0	64	39	2	0	58	1.11
23358--23421	29	2.2	29	94	2	110	34	15	3	46	1.62
31344--31420	29	2.7	29	97	0	145	14	35	27	23	1.93
31480--31520	14	2.9	14	100	0	82	7	34	36	21	1.82
34113--34176	19	3.4	19	76	2	58	70	0	1	28	0.97
34137--34192	19	3.0	19	84	2	60	66	1	0	32	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34174--34400	36	6.2	37	74	15	156	46	8	3	41	1.51
34250--34372	37	3.2	38	83	10	144	45	6	3	44	1.45
34938--36059	84	13.6	84	81	6	1290	23	20	26	30	1.99
34938--36059	165	6.8	165	86	3	1377	23	20	26	30	1.99
35023--36059	249	4.2	249	92	2	1574	23	20	26	29	1.99
39127--39172	19	2.4	19	100	0	92	67	10	10	10	1.43
40949--41023	20	3.8	20	72	19	68	73	0	5	21	1.03
40949--41086	19	7.6	18	70	16	61	67	0	4	27	1.14
41068--41266	37	5.4	36	76	15	153	46	7	4	42	1.51
41087--41221	67	2.0	69	81	7	159	45	8	4	41	1.54
41068--41297	74	3.2	73	75	14	185	46	8	3	41	1.52
43580--43614	5	6.6	5	96	3	52	25	54	20	0	1.45
44105--44138	12	3.1	11	91	8	52	0	17	52	29	1.45
44148--44287	42	3.3	42	83	4	167	32	22	18	27	1.97
44185--44293	21	5.2	21	80	7	114	30	22	20	26	1.98
44302--44397	21	4.6	21	98	0	174	20	19	30	29	1.97
46109--46182	33	2.5	28	74	19	76	45	31	8	14	1.74
50099--50210	35	3.2	35	83	0	134	39	21	1	37	1.64
50206--50280	35	2.1	35	80	4	80	34	0	20	45	1.51
51963--52009	18	2.6	18	81	15	53	48	2	0	48	1.13
51996--52035	17	2.2	19	91	8	66	65	0	0	35	0.93
52068--52095	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59576--59606	16	1.9	16	93	0	53	45	0	9	45	1.36
59537--59609	25	3.1	24	72	18	64	49	1	6	42	1.38
86455--86488	2	17.0	2	87	0	50	44	5	0	50	1.26
88335--88368	17	1.9	18	88	5	52	17	23	29	29	1.97
88733--88844	59	1.9	59	84	0	152	36	25	2	35	1.70
91898--91957	30	2.0	30	86	0	84	18	18	31	31	1.95
93149--93198	25	2.0	25	96	0	91	32	30	8	30	1.86
94587--94652	33	2.0	33	93	0	114	21	15	18	45	1.85
106969--107029	21	2.9	21	92	0	95	22	21	0	55	1.43
111853--111902	22	2.3	22	79	3	57	48	2	0	50	1.12
117745--117784	20	2.0	20	85	9	55	57	5	0	37	1.21
117743--117789	18	2.5	20	83	16	64	55	4	0	40	1.19
119676--120144	157	3.0	155	88	5	678	29	17	5	47	1.71
127093--127227	20	6.7	20	77	7	103	34	24	16	24	1.95
127103--127217	61	1.9	61	85	0	158	35	24	14	25	1.94
127682--127745	20	3.2	20	86	0	83	15	18	21	43	1.87
127882--127936	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
129064--129108	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
129590--129635	20	2.3	20	88	0	65	36	26	21	15	1.93
129601--129659	19	3.1	19	85	2	73	38	20	23	16	1.92
129671--129761	14	5.9	14	69	20	65	12	16	21	49	1.78
129666--129777	33	3.4	33	91	1	181	13	17	20	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129717--129777	19	3.5	19	72	21	69	16	19	18	45	1.85
129762--129805	20	2.3	19	80	7	52	20	22	18	38	1.93
129771--129814	20	2.2	20	95	0	79	13	22	25	38	1.91
130183--130270	41	2.1	41	85	2	122	21	43	14	20	1.88
131688--131723	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
131901--131988	20	4.4	20	80	5	115	15	21	23	38	1.92
131881--131968	40	2.4	36	83	12	108	15	20	21	42	1.89
132202--132293	20	4.6	20	73	2	76	20	18	21	39	1.93
132526--132559	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
133341--133365	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
135642--135772	19	7.7	19	62	23	76	43	18	22	15	1.87
135642--135768	33	3.8	33	83	4	175	43	18	22	15	1.88
135645--135775	66	2.0	66	93	0	226	42	17	22	16	1.88
135799--135843	19	2.3	20	81	11	67	17	20	17	44	1.87
135950--135986	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
137382--137545	42	3.9	42	80	0	193	23	17	37	21	1.94
137373--137547	84	2.1	84	98	0	341	24	17	37	21	1.94
137767--137951	91	2.0	90	91	6	300	47	18	12	21	1.82
139734--139936	19	10.7	19	96	2	363	46	21	20	10	1.81
139639--139936	38	8.1	38	89	5	375	44	20	22	11	1.84
139639--139936	57	5.4	57	84	9	375	44	20	22	11	1.84
140568--140621	20	2.7	20	94	0	90	25	16	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140692--140732	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
141397--141437	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
143119--143153	18	1.9	18	94	0	61	31	25	17	25	1.97
147380--147489	41	2.7	41	88	0	175	16	33	27	22	1.95
175846--175895	19	2.7	19	84	12	68	32	20	24	24	1.98
175506--176030	263	2.0	263	95	0	942	32	16	20	31	1.94
177210--177263	14	4.0	14	76	16	51	35	1	3	59	1.26
179641--179727	20	4.5	19	70	9	59	40	3	6	49	1.46
179744--179789	23	2.0	24	87	12	69	50	2	0	47	1.13
180425--180522	32	3.1	32	84	0	124	25	16	19	38	1.92
183890--183964	21	3.6	21	75	12	73	60	2	1	36	1.20
194865--194900	18	2.0	18	100	0	72	22	0	16	61	1.35
205098--205260	86	1.9	86	100	0	326	25	25	15	34	1.95
206507--206532	13	2.0	13	100	0	52	7	23	23	46	1.78
210192--210277	42	2.0	42	100	0	172	23	10	20	45	1.82
216129--216217	14	6.6	14	76	14	73	43	3	2	50	1.31
216139--216265	26	4.9	26	75	14	113	41	4	3	49	1.42
216225--217465	8	167.5	8	67	22	442	40	4	5	49	1.47
216139--217442	14	99.8	14	67	25	470	40	4	5	49	1.46
216151--217447	37	33.9	37	75	18	619	40	4	5	49	1.46
216263--217084	23	30.9	26	65	25	154	40	4	5	49	1.46
217213--217429	75	3.1	72	83	13	299	41	5	4	49	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217280--217471	28	6.6	28	75	18	139	40	3	4	51	1.40
218103--218160	29	2.0	29	96	3	109	24	18	22	34	1.96
220277--220354	41	1.9	41	97	0	147	20	32	14	33	1.92
220509--220552	23	1.9	23	100	0	88	25	40	25	9	1.84
221112--221180	35	2.0	35	91	5	113	31	8	5	53	1.55
221917--221965	24	1.9	27	84	12	68	55	4	0	40	1.19
225269--225294	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
225332--225360	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
234834--234873	20	2.0	20	95	0	71	42	10	5	42	1.60
235246--235324	41	2.0	40	90	7	126	45	13	24	16	1.84

Tables:   1   2